Reprise du message précédent :
Je vais changer la carte mère, j'ai trouvé un équivalent avec un i5 4590S et un port pcie 16x gen3, je pourrais mettre une carte mini sas dessus. Je le testerai d'abord uniquement en sata.
La conso sera pas la même, mais si je gagne en stabilité globale ça sera déjà une amélioration.

Je regarde les cartes mini sas, ne connaissant pas trop.
Est-ce que ce modèle est correct ? https://www.amazon.fr/gp/product/B07VV91L61
Je vois dans les commentaires que la carte peut être chaude, mon boitier jonsbo n3 est à l'air, sans ventilo (pour le peu de temps de fonctionnement du nas). Est-ce que ca posera problème si je dois utiliser le nas pendant quelques heures d'affilée ?

Un ventilo DIY et l'affaire est réglée pour la dissipation thermique. Pas besoin de le faire tourner vite.

Nouveau chapitre dans mon histoire.
 
J'ai reçu une autre mobale itx asus Z97I-PLUS avec un i5-4590S, mis 8Go de DDR3 que j'avais encore dans un carton, memtest ok. Branché le disque dur "problématique" du nas sur cette mobale, en sata avec de nouveaux câbles, alim différente et booté sur le même nvme contenant omv. Après démarrage d'omv, login, cd sur le dossier qui contient un des fichiers problématiques, pas moyen de le lire (dtrx amerzone_manual.zip).
Je reboot sur un livecd lmde7, je monte le même disque, accède au même fichier, lisible, pas d'erreur.
 
Je remet le disque dur et le nvme dans le nas, je redémarre omv, pas moyen de lire le fichier (permission denied, plantage de dtrx). Je boot sur le même iso lmd7, fichier lisible, pas d'erreur.
 
J'en conclu que ce n'était pas un problème matériel. Le problème semble être omv (ou le nvme qui héberge omv). Faut que je prenne le temps d'installer une debian netinstall pour vérifier sur le même matériel si le comportement se reproduit ou non. Puis si c'est ok, installer omv depuis debian et refaire le même test.

Je pense que ton disque a eu un soucis de fichier corrompu (secteur defectueux ? soucis avec un câble ?). Du coup, selon la librairie qui sert à lire le fichier en question (ie, telle distrib linux, ou telle autre, ou windows), soit on parvient à l'ouvrir (mais pas forcément avec toute l'intégrité, genre, certains fichier risquent d'être altérés au dézippage), soit l'ouverture bloque dès le début.
 
Personnellement, j'ai déjà connu ce genre de chose sur des fichier d'images (jpeg ?) ... et il manquait une partie de l'image quand j'arrivais à les ouvrir sous le "bon" OS qui voulait bien. Dans ton cas, c'est l'occasion de récupérer les fichiers non corrompus issus du zip.  
C'est un peu pour ca que j'évite que mes sauvegardes de data soient dans des "conteneurs" compressés : je préfère avoir des fichiers faciles à manipuler (quitte à chiffrer la partition avec LUKS ou Bitlocker), que d'avoir une sorte d'image "ghost" de mes données.

J'ai aussi des fichiers .exe de jeux gog qui provoquent des erreurs. Le .zip est le plus facile à vérifier.