Alors tel que je comprend l'univers MGS post MGS5 :

Zero a créé FOX et XOF en même temps, juste avant MGS3, le but étant que le second doit assister secrètement le premier.

Les Philosopher américains ont le projet des organismes tueurs de langue de mgs5 qqpart dans leur organisation.

Zero et Ocelot récupèrent the philosopher legacy, remplacent les philosophers américains et prennent le nom de Cypher avec la team de MGS3 (Paramedic, Sigint, Eva et Snake). (Portable Ops)

Vu que l'unité FOX a été sacrifiée pour récupérer l'argent (PO), Zero créé Foxhound dirigé par Snake (et Campbell, (rencontré dans PO) qui lui est au courant de rien) à la place. (Il reste donc Foxhound et XOF comme organisations pour aider Cypher).

Skull Face, qui dirige XOF, est mis dans le coup également. Seulement, il est pas du tout d'accord avec Zero qui veut unifier le monde sous une seule idéologie, une seule langue et voit plutôt les organismes des philosophers comme le truc parfait pour dégommer l'anglais et redonner du pouvoir aux petites communautés.

Ayant peur de perdre Snake, Zero le fait cloner par Paramedic (les enfants terribles), Snake apprend ça et quitte Cypher (avec Eva). Ocelot reste à Cypher mais garde contact avec eux.
Snake rencontre Miller et créé MSF avec lui. Zero devient parano et se met à vivre caché de peur de se faire tuer. Il fait un accord avec Miller pour aider MSF à grandir et envoie Paz (son espionne) pour provoquer les événements de Peace Walker. Il espère que MSF va remplacer Foxhound pour Cypher comme organisation de support pour imposer sa volonté si besoin est (Peace Walker).

Paz vole Zeke à la fin de peace walker et tente de forcer, sans succès, MSF et Snake à rejoindre Cypher. Elle survie et est capturée par Skull Face, qui veut l'utiliser pour trouver la position de Zero. (Ground Zero, 1974).

Paz parle, SkullFace envoie XOF détruire MSF et empoisonne Zero. Zero survit mais il en a plus pour longtemps, et vu qu'à cause des secrets, personne ne connaît les vrais leader de Cypher, Skull Face parvient à prendre le contrôle d'une bonne partie de l'organisation.

Snake et Miller survivent à l'attaque de XOF, et Zero les voyant comme le seul espoir contre Skull Face, fait cacher Snake à Chypres, et lance le projet Venom Snake afin d'avoir un 2e Snake au ou ou XOF le retrouverait.

Zero se dit que les humains, c'est pas un bon plan pour Cypher car ca finit toujours pas trahir donc il change totalement d'objectif. Il décide de créer des AI, les patriotes, qui dirigeront correctement le monde après sa mort. Le projet "les enfants terribles" est abandonné, laissant trois clones actifs.

Strangelove est engagée pour travailler sur le projet des AI avec Sigint, mais après un incident, elle quitte le projet et est capturée par XOF et rejoint Huey (qui finit par la tuer, car elle a envoyé Otacon au loin après que Huey a tenté d'en faire un pilote de Metal Gear).

Sigint finira le projet des AI seul.

A la fin des années 70, Zero devient un légume, conséquences de l'attaque de Skullface, et évidemment plus personne n'a de contact avec lui. Snake/Big Boss se reveille en 1984, Venom est activé en même temps et BigBoss l'envoie recréer MSF (Diamond Dogs) et détourner l'attention de XOF lui laissant le champ libre pour travailler tranquillement (Ocelot est le seul au courant).

Venom Snake fait un très bon boulot car en plus de recréer DD et mother base, il tue Skull Face. Sans lui, Sigint lance ses AI qui reprennent sans problème le controle de Cypher. Les AI (Les patriotes) deviennent un système automatique avec un contrôle partiel de Sigint, Paramedic et Ocelot (qui est encore là undercover alors qu'il travaille avec Big Boss).

Big Boss, Eva et Ocelot ne veulent pas de ce monde ou les AI controllent tout et cherchent un moyen de détruire le système. Big Boss utilise Venom Snake et Diamond Dogs pour créer les bases d'Outer Heaven qui seront utilisées contre les patriotes pendant qu'il repart undercover dans le système et rejoint FoxHound à nouveau.

Miller apprend la vérité et est dégouté que Big Boss les a utilisé comme ça et balance son "Big Boss can go to hell" (Conversation post ending de Phantom Pain).

Les patriotes découvrent l'existence d'Outer Heaven et on demande a Big Boss (de Foxhound) d'envoyer des agents pour infiltrer la base.

Big Boss envoie Gray Fox et Solid Snake (Metal Gear 1 MSX) qui découvrent que le leader de la base est Big Boss (Venom Snake).

Snake tue Venom Snake, et Big Boss, sachant qu'il est grillé, disparaît de Foxhound et se fait passer pour mort en faisant croire qu'il était Venom Snake.

Miller en veut à Big Boss d'avoir sacrifié Venom Snake comme ça et rejoint Foxhound (dirigé par Campbell) pour entrainer Solid Snake, dans l'espoir qu'il finira par tuer le vrai Big Boss.

Lorsque Big Boss apparaît à Zanzibar (MG2 MSX), Miller aide Solid Snake à descendre Big Boss. (Master Miller: Snake, that guy is a monster)

Le corps à peine vivant de Big Boss est récupéré par les patriotes et placé encore une fois dans un coma par paramedic.

Paramedic se fait tuer par Gray Fox en 2003, Sigint par Ocelot pendant MGS1. Ocelot venge également Big Boss en tuant Miller juste avant MGS1 et Liquid se fait passer pour lui pendant les 2/3 du jeu.

Après ça, les AI des patriotes fonctionnent totalement en roue libre et font n'importe quoi/créé l'économie de guerre (MGS2/MGS4).