Reprise du message précédent :
Tant qu'à faire j'en veux bien une aussi, faut dire que je t'ai pas mal aidé

Tu dois en fait une bière à chacun des Membres Enregistrés : 671862 (moins toi, donc 671861).
Va falloir t'améliorer, parce que sinon, ça va te ruiner!
 
Vais aller sur le topoc binch demander ce qu'il y a dans l'Eure pour passer commande!

coucou!(une trotte que j'ai pas été sur ce sympatique topic )
j'aurais 2-3 questions a vous poser.
comment je pourrais faire du phénol???
et aussi dans le cadre de la synthese de la vanilline a partir de l'eugénol, comment puis-je passer de eugénol à isoeugénol???
merci

Pour le phenol google a la réponse "synthèse du phénol"
pour l'isomerisation des alcènes (eugenol => isoeugenol) c'est chauffage + acide.

Je bloque sur une question depuis plusieurs jours...
 
"On s'intéresse au titrage de 100mL d'une solution A contenant de l'acide phosphorique à 5.10^-3 mol/L et des ions Zn(2+) à 3.10^-3 mol/L , introduits sous forme de nitrate de zinc, par une solution de soude molaire
Calculer la valeur du pH de début de précipitation de Zn3(PO4)2. On précisera avec soin quelle est alors la forme majoritaire de l'acide phosphorique qui est en solution."
 
On a les pKa de l'acide phosphorique : 2.1 ; 7.2 ; 12.4
et les pKs de Zn3(PO4)2 = 32  et Zn(OH)2 = 15.7
 
 
D'après la courbe de répartition des espèces je suis censé trouver un pH aux alentours de 5.
 
La réaction de formation du phosphate de zinc est 3Zn(2+) + 2PO4(3-) -> Zn3(PO4)2
Je dis que le précipité se forme quand [Zn(2+)]^3 * [PO4(3-)]^2 = 10^-32
Je trouve alors la concentration en ions PO4(3-) quand le phosphate de zinc commence à précipiter : 6,09.10^-13 mol/L
 
Et c'est là que ça bloque, je vois pas trop quoi faire.
En partant de la réaction H3PO4 + 3 H2O  -> 3 H3O+ + PO4(3-)   , et en disant que pH = -log (3*6,09.10^-13) je trouve 11,73 , ce qui a vraiment rien à voir avec 5...
 
C'est où que mon raisonnement foire exactement? Qu'est-ce que je devrais faire sinon?
Merci

Tu vois, là, les biochimistes, ben ils rentrent de bar. Et ils ont lu ton pblm, mais pas retenu un traitre mot! Et demain, ils font 8h-17h30...
Donc dsl, mais je regarderai plus tard

J'ai ouïe dire que la réaction de Mitsunobu pouvait conduire à la formation du produit de rétention de configuration, est que quelqu'un a deja observé ça a la paillasse ?

 
Tu fais pas intervenir qu'il y a d'abord précipitation de Zn(OH)2. Il n'y a plus d'ion Zn²+ libre en solution dès le début.

Hello, j'ai une question en chimie...
 

 
L'équation de réaction:
     Fe(2+)             +        3 phen                  <->    Fe(phen)3 (2+)
0,01*10.10^-3            3*0,02*30.10^-3                        0
 = 10^-4                         = 1,8.10^-3                          0
10^-4  - x(eq)               1,8.10^-3 - x(eq)                  x(eq)
 
d'où x(eq) = 10^-4 ou x(eq)=6.10^-4
donc on prend x(eq) le plus petit càd 10^-4 mol
 
Je ne suis pas bien sur de moi, j'ai peur de raisonner à l'état final. Et en plus j'ai la quantité de matière et non la concentration...
Comment s'y prendre? Merci

Tu n'as pas de constante d'équilibre?

Euh, non. D'après le Ks de Zn(OH)2, la précipitation commence à pH = 7,4. Le pH initial de la solution est de 2,45.
 

 
Déjà, il faudrait que tu donnes la constante de complexation Kd.
Ensuite, il serait bon que tu reprennes ton tableau d'avancement (niveau seconde). Tu devrais avoir un truc de ce genre :
     Fe(2+)             +        3 phen                  <->    Fe(phen)3 (2+)
      C1V1                         C2V2                                   0
    C1V1-x(eq)                 C2V2-3x(eq)                         x(eq)
D'où Kd=x/[(C1V1-x)(C2V2-3x)]
En fonction de Kd, des quantités relatives de chacune des espèces, tu fais des approximations et tu résouts.

Ah oui !! Le 3*x(eq) je l'ai marqué sur mon brouillon, mais oublier en recopiant.
 
Sinon j'ai Fe(2+) + 3 phen <-> Fe(phen)3 (2+) et marqué à coté beta = 2.10^20 qui semble etre alors la constant de complexation?!?

Donc la réaction est très fortement déplacée vers la formation du complexe. Tu peux donc supposer que x(eq)~C1V1.
On pose ε=C1V1-x(eq). D'où à l'équilibre
β=C1V1/[ε(C2V2-3C1V1)]
 
Tu n'as plus qu'à sortir ε

 
Ah désolé autant pour moi
 

Au fait il ne manque pas un cube dans ton Kd à C2V2-x(eq) ?
 
Sinon, ε est bien en mol? Par quel volume faut il diviser pour obtenir la concentration recherchée? Par V1 ? Car x(eq) ~ C1V1 ?
 

Oui, tu as raison, il faut un cube. Pour le volume, c'est V1+V2.

Ok, merci!! J'ai d'autre question
 
Je trouve la concentration en phen bien supérieur au ion Fe(2+). Puis je en déduire, que la couleur du mélange est donc celle du phen (càd rouge?)
 
Et qu'est ce qu'un suivi potentiomètrique? Quel est le matériel nécessaire?

Dosage par suivi du potentiel électrique (voirs le cours sur les couples rédox) avec un potentiomètre et deux électrodes (généralement une électrode de référence - généralement l'électrode au calomel saturé -et une électrode de mesure correspondant à la mesure, fer ou platine ici).

D'accord! Merci Je n'ai pas de valeur d'absorbance donc je vais le supposer ^^
J'ai encore des questions
 
On me donne Fe(3+) + 3 phen <=> Fe(phen)3 (3+) et beta 2 = 10^14 et le couple Fe(phen)3(3+) / Fe(phen)3(2+) à E°=1,06 V
Ainsi que Fe(3+) / Fe(2+) avec E° = 0,77V
On me demande la relation de Nernst du 1er couple que voici selon moi :
E = 1,06 + 0,059.log [Fe(phen)3 (3+)]/[Fe(phen)3 (2+)]
et ensuite de justifier la valeur de E°=1,06 de beta (donné plus haut beta = 2.10^20) beta 2 et E° de Fe(3+)/Fe(2+). Je ne sais pas trop ce que l'on attendait de moi alors j'ai fait ceci:
J'ai supposé que E° de Fe(phen) était supérieur à E° de Fe donc j'ai écrit ensuite la réaction Fe(phen)3(3+) + Fe(2+) <=> Fe(3+) + Fe(phen)3(2+) comme ici puis j'ai écrit la constante d'équilibre qui est K= beta / beta2 = 2.10^6 > 10^4 donc la réaction est totale et est dans le bon sens: la supposition du départ est vérifiée. Esst ce juste? Est ce cela qu'on attend de moi?
 
Ensuite on dit que le changement de couleur de l'indicateur se produit à un potentiel rédox de 1,12V
Quel est le rapport de [Fe(phen)3 (2+)]/[Fe(phen)3 (3+)]: pas trop dur, c'est du calcul, alors c'est 0,096
 
Ensuite, on me demande pourquoi le virage ne se fait pas pour un rapport de 1 ? Strictement aucun idée
Et quelle couleur observe t on si la valeur du potentiel rédox est inférieur à 1,12 V ? Je dirai du rouge, mais pourquoi: je ne sais pas non plus
 
Je te remercie d'avance si jamais tu venais à m'aider  

- OK pour l'écriture de la loi de Nernst
- On te demande ensuite de trouver la relation entre E°1 (Fe3+/Fe2+), E°2, β1 et β2. Pour cela une méthode consiste à construire un cycle faisant intervenir les divers équilibres/équations rédox puis utiliser les relations ΔG=-nFE°1 ou E°2 et ΔG=-RTlnβ1 ou β2.
Tu devrais trouver une relation du style E°2=E°1+0,06log(β1/β2)
- Ok, ce n'est qu'un calcul, mais ton rapport est inversé par rapport à l'équation de Nernst. C'est normal ?
- Simplement encore une histoire d'absorbance. Il suffit qu'il y ait 100 fois moins grosso modo de Fe(phen)3 2+ que Fe(phen)3 3+ pour qu'il soit prépondérant visuellement (d'après la valeur de ton rapport)
- Une histoire de domaine de prépondérance des espèces. En dessous de 1,12 V, c'est Fe(phen)3 2+ prépondérant qui semble rouge.

J'ai du mal à établir la relation entre E°1 E°2 β1 et β2, sinon oui pour le rapport, on me le demande comme ça, c'est bizarre!
 
Merci pour le reste.

Bon be j'ai écrit le potentiel E1 de Fe(phen) et celui E2 de Fe. J'ai dis qu'à l'équilibre, on avait E1=E2 (pas sur de moi la dessus ^^ ) puis j'ai trouvé E°1=E°2+0,06log(β1/β2) et a partir des données, je ne trouve pas la bonne de valeur de E°1  

En terme d'équilibre, le couple Fe(phen)3 3+ +e <=> Fe(phen)3 2+, c'est équivalent à  
1) Fe(phen)3 3+ <=> Fe3+ + 3 phen    K = 1/β2 et ΔG1=-RTln1/β2
2) Fe3+ + e <=> Fe2+                                       ΔG2=-FE°1
3) Fe2+ + 3phen <=> Fe(phen)3 2+     K = β1 et    ΔG3=-RTlnβ1
On en déduit
-FE°2 = ΔG1 + ΔG2 + ΔG3
On simplifie et on trouve
E°2=E°1+0,06log(β1/β2)
Inconvénient, on trouve le potentiel standard (1,14V) et non le potentiel formel de 1,06V dans HCl à 1mol.L-1

Oui moi aussi je trouve 1,14. C'est bizarre, non?
Je pense que dans ta formule tu as un indice de faux car c'est E°1 = E°2+0,06log(β1/β2) si tu trouves E°1=1,14.
Bon ben je m'en satisfairait pour mon TD ^^
 
Merci encore pour toute cette aide!

Hello, je sais pas s'il y en a ici qui connaissent bien l'HPLC mais j'ai un problème de baseline lorsque je fais un gradient de 0 à 100% avec eau+0.1%TFA et acetonitrile+0.1%TFA. J'obtiens des sortes de "petites vagues" au début de mon chromatogramme et je me demande de quoi ça vient? Serait-ce ma lampe qui est morte ou est-ce plutôt dû à la pompe (elle est plus toute récente).

Je mets une image du problème pour mieux comprendre.

Il s'agit juste d'un blanc (eau/ACN 1:1)

Il est vraiment moche!  

Bon y a pas de chimistes sur HFR?    
 

ta courbe est effectivement dégueulasse
 
ça ressemble  à un phénomène d'amortissement, t'as des vibrations sur ton montage ?

 
C'est un hplc tout pourri, y a pas de four et la colonne tient juste par les 2 capillaires (bon j'ai quand même mis un statif pour tenir le tout), ceci dit en isocratique j'ai pas ces vagues, juste en gradient, du coup je me demande si c'est pas la lampe (950h et 480'000 counts), ou alors la pompe mais j'ai fait un test de gradient et le R^2 est quand même de 0.9998. Ce qui est bizarre c'est que c'est surtout les 15ère min où ça fait ça après ça se calme...

Sérieux je vois pas, mais bon l'instrumentale est pas mon point fort
 
intuitivement je pencherai pour la pompe si tout le reste te semble "correct", mais à part ça...

la dernière fois que j'ai eu un truc de ce genre, c'était le compensateur de pression (mélange en haute pression) qui faisait pas bien son boulot et dès qu'on changeait la composition, il pulsait comme ça.

De mémoire, on a réglé ça en mettant le solvant aqueux en direct sur le compensateur (c'est l'organique auparavant) et en augmentant le volume de la chambre de mélange.

 
Compensateur de pression = pressure transducer? (j'ai rien en français à mon job)
 
Si c'est ça je vois pas trop comment mettre le solvant en direct dessus? Et la chambre de mélange comment tu peux augmenter le volume?    
 

La pompe, ça se voit pas des masses sur le chromato. Si t'as un graph qui te donne l'évolution de la pression, tu dois avoir un ripple du genre 1%. Si tu as pas de pression, tu as pas de produits qui sortent, et basta.
Apres, si tu laves pas ta colonne, le TFA, c rémanant, ça s'adsorbe dans ta colonne, et là, t'as des résultats crades. Passe déjà une fois ta colonne à l'envers. 100% ACN 15-20mins à 1.5mL sec (si c'est une analytique, plus si c'est un semi prep)... Puis relave là dans le bon sens, puis équilibre, et refais un blanc.
Le TFA, c'est une chierie. C'est vraiment à limiter à quelques cas précis.. ITC par exemple.

 
Non pas j'ai pas le graph de la pression malheureusement! (vieux truc pourri)
 
La colonne (C18) n'est pas très vieille, le TFA il est en ampoule spécial hplc en général ça se passe plutot bien avec celui-là. Ceci dit c'est pour analyser des protéines et j'ai pas mal utilisé la colonne ces dernières semaines pour de l'OEG + phospholipides, il ne serait pas impossible que des saletés se soient accrochées! Je vais essayer de la rincer un bon coup...
 

Rinçage 1h 30% H2O + 70% ACN , sans TFA, sans acide, sans rien...
Apres passage de TFA, faudrait toujours rincer 15-20mins comme ça normalement...
T'as pas un affichage directement sur les pompes? Même ma vieille Kontron avait un affichage en façade...

en théorie, tu as un compensateur de pression si tu utilises des pompes en // ; c'est un truc entre la pompe et le circuit, donc tu suis les fils et tu va trouver (le transducer, c'est plutôt le détecteur de pression je crois).
Et sur certaines pompes, la taille de la chambre de mélange est variable.

c'est à quel longueur d'onde que tu vois ça ?

 
si si y a, mais par contre c'est pas enregistré et je peux pas avoir de graph lors du run. Mais à l'oeil la pression à l'air normale. Stable à composition fixe, naturellement durant le gradient elle varie du au changement de viscosité.
 

 
Faudrait que je jette un oeil à l'interieur pour le compensateur. La chambre de mélange je crois pas que le volume est variable.
 
Le chromato ci-dessus c'est à 254nm, j'ai fait exprès de prendre un exemple en dessus du cut-off mais ça le fait aussi plus bas...
 
J'ai pas pu m'en occuper aujourd'hui je vais essayer un bon rinçage demain!

si c'est 254nm, alors ça m'étonnerait que ça vienne du même problème que moi (nous c'était à 190nm, donc on voit l'ACN) mais tu peux toujours vérifier.

C'est ptetre le détecteur aussi
(chez nous quand on sait pas on appel le constructeur )

Amis chimiste/structuraux, j'aurais besoin de vos lumières, concernant un calcul de pKa.

J'essaye de faire le tutorial ici présent, et je ne suis pas sur que j'ai bien tout compris.  

http://apbs.sourceforge.net/

Chapter 7. How do I calculate a pKa?
http://apbs.sourceforge.net/doc/tu [...] l#pka-sect

Y'a tous les fichiers d'exemples dans le 7.3.6, mais je ne sais pas trop quelles valeurs deltaG de sortie correspondent à quoi, et comment faire les calculs pour obtenir la valeur final de pKa pour GLU35.

Si j'ai bien suivi, "HA" est la valeur protonée (donc GLH) et "A-" est la valeur déprotonée (donc GLU).

J'ai trouvé les valeurs suivantes par calcul avec APBS (sh ./run-abps.sh et ça lance tous les scripts):

GLH transfert energy => ΔxferGHA = 2ZT-GLH35.in - 2LZT-noGLH35.in - GLH35.in
ΔxferGHA = -10.72 kJ/mol
 

 
GLU transfert energy => ΔxferGA- = 2ZT-GLU35.in - 2LZT-noGLU35.in - GLU35.in
ΔxferGA- = -12.04 kJ/mol

Soit les constantes physiques suivantes:
pKa GLU dans un milieu aqueux = 4.4
R = 8.31E-03 (on est en kilojoules)
T = 298 K
Log(10) = 2.303

On en déduit le ΔaGHA,model = (pKa GLU) / 2,303*R*T = +25.102

On peut calculer le ΔaGHA:
ΔaGHA = ΔaGHA,model + ΔxferGA- - ΔxferGHA = (+25.102) - (-12.04) - (-10.72) = +23.782

Et finalement le pKa:
pKa intrinsic = ΔaGHA / 2,303*R*T = 23.782 / 2,303*R*T = 4.17

Ca vous semble plausible comme j'ai procédé ?

Et si je lance la structure dans H++, il me sort une valeur de 4.6 pour GLU. Cela ne semble pas corréler.
(PDB: 2LZT, Salinity: 015, Internal Dielectric: 8, External Dielectric: 78.5, pH : 6.5, method PoissonBolzmann)

une erreur de 0.5 en mixant termes calculés et pka aqueux réél, je trouve ça pas mal    
 
Plus sérieusement là je vois rien d'étrange, je procédais de la même maniere il me semble quand je faisais du calcul de pka avec cosmo-rs
 
En jouant avec les valeurs diélectriques de ton modèle aqueux ça donne quoi ?
 
t'as testé la méthode pour autre chose que des proteines, genre une série de bêtes molécules d'acides simple histoire de voir l'incertitude liée au modèle ?

le modèle de cosmo-rs pour les pka est plus implifié vu que klamt utilise uniquement l'energie de dissociation ∆G(AH_A-). beaucoup plus 'simple' une fois que la correlation ∆G/pKa est faite

par contre, APBS utilise le cercle thermodynamique complet, j'ai pas travaillé avec (d'autres du groupe l'ont fait, je pourrais demander lundi si tu veux rasthor parce que ta methode semble ok)