Reprise du message précédent :
 
 
C'est pas en CPGE que t'auras un manque d'encadrement hein

Ohlala les clichés.... Les prépas intégrées arrivent à pourrir la réputation des prépas normales !
C'est du grand n'importe quoi de croire que sous prétexte qu'au bout de 2 ans tu ne pars pas dans une autre école que l'encadrement est mieux...

En CPGE, crois moi, on est TRES (trop ? ) encadrés, voire même plus que dans certaines prépas intégrées où il n'y a ni colles, ni DS hebdomadaire. La prépa n'est pas une grosse machine comme la fac où ils sont 400 dans un amphi, les classes varient de 25 à 45 élèves, c'est comme la terminale, mais en plus dur.

Et puis, certes, la plupart des prépas intégrées ont un programme un peu + allégé que les CPGE, mais faut pas croire que c'est le club Med non plus, y'a énormément de boulot à fournir.

J'aurais tendance à prêcher pour ma paroisse et à te conseiller une CPGE, car elles t'ouvrent beaucoup plus de portes qu'une prépa intégrée, surtout que tu ne sais pas encore dans quel domaine tu veux te diriger.

 
Je crois en tout cas que les CPGE te fatiguent    
Tu devrais relire ma phrase
 
Il dit qu'il a peur de pas tenir en CPGE parce que c'est mal encadré, et je lui réponds que c'est justement en CPGE que les études supérieures sont le plus encadré.
 
edit: Et moi j'ai pas l'air con maintenant, mon post veut plus rien dire

Oui j'ai foiré la quote

Bonjour,

Petite question: y'en a parmis vous qui faites de la dynamique moléculaire et simulation de processus enzymatique (quantum mechanics / molecular mechanics QM/MM) ?

Le sujet m'intéresse beaucoup, mais je ne sais pas trop par où commencer, quels notions devrais-je acquérir pour comprendre ce que je fais. Si vous avez des suggestions (livres, sites), c'est les bienvenues.

Merci.

Pétrole et dérivés, polymères, production et exploitation, gaz industriels, santé, énergie, ... La liste est longue !

 
ça dépend de tes connaissance en méthodes de modélisation actuelles, de ce que tu veux déterminer exactement,  ainsi que de ta maitrise de la quantique/thermostat et méthodes de dynamique moléculaire (si tu compte l'utiliser)
 
Si tu veux te baser sur des logiciels "tout fait", et les publis/livres qui vont avec,y'a les notes techniques sur le site d'Accelrys qui sont un bon début et qui donnent pas mal de références.
T'as le logiciel COSMO(-RS) qui fait des calcul  en solvant continu de surface de charge et de constantes thermodynamique pour les interactions en milieu liquide/ionique entre plusieurs corps. Le concept de Klamt a été repris ds pas mal de logiciels, gratuits ou payant et il a écrit un livre assez bien fait avec les bases de sa théorie et les méthodes de calcul qu'il utilise, comment utiliser les données, et l'interprétation que l'on peut en faire.  
 
Si tu veux mélanger quantique et mécanique pour optimiser un système, Gaussian fait cela trés bien avec notamment le module ONIOM qui permet  de différencier le niveau de précision segment par segment ou atome par atome trés simplement (tu peux même par dessus rajouter des modéles de solvation continue pour simuler le milieu). De mémoire tu peux restreindre aussi ton ssytème en jouant sur les groupes de symétrie tout en jouant avec ONIOM, idem avec le niveau de précision pour les densités electroniques, charges, pptés thermo.
 
une (trés) rapide recherche sur google  donne pas mal de liens en références publis, je te conseillerai d'aller fouiller ds Reviews of Computational Chemistry ou Theochem qui font souvent des reviews et synthèses trés complétes. En livre il doit y avoir de quoi de pertinent ds le Jensen ou le trés bon livre d'introduction de Young http://www3.interscience.wiley.com [...] 73/SUMMARY
 
Je suis pas sur que je répond bien à ta question par contre

c'est une partie de ma these dont tu parles là.  
et effectivement le bouquin de klamt est tres bon. mais pour ça faut avant des connaissances en QM et en thermo, connaitre les solvents, quelques review sont à lire ( en biblio regardes du coté de Cramer et Truhlar). c'est un peu vaste comme sujet pour repondre comme ça. parce que tout depend de quel façon tu vas/veux aborder le probleme.
 
 
 tu bosses avec COSMO sir lune?
 
( sinon Rasthor, pour les process enzymatique, en QM/MM des outils comme http://apbs.sourceforge.net/ fonctionne aussi bien et sont gratuits. (COSMO-RS est payant) apres c'est pas fondamentalement la même chose. )

APBS, je connais, c'est le truc que PyMOL utilise pour calculer le potentiel électrique des protéines.
Je ne savais pas qu'ABPS faisait aussi du QMMM. Intéressant.

sir_lune: merci des renseignements. Je ne connais pas trop ces notions, mais j'ai envie d'apprendre.
Et effectivement, on va éviter les logiciels payant pour le moment.
(y'a Gromacs qui a l'air bien pour ça).

 
Effectivement j'ai un peu oublié toute la partie solvant
 
Je bossais avec COSMO en conjonction avec Dmol3 ouai sur une partie de mon sujet de recherche de l'année derniere. Ca concernait principalement des travaux exploiratoires  
Sinon si j'indiquais les Reviews of Computational Chemistry, c'ets principalement car ils contiennent enormement de résumés assez bien foutus sur une masse de sujets, et y'a effectivement bcp à lire de toute façon avant de se lancer tête baissée ds ce type de calcul
 
Et depuis j'ai quitté la recherche vers des cieux financierement plus accueillant

je comprends (quoi que en suisse je me plains pas)
 sinon Rasthor, en terme de review,les livres rouges "Review in Computational Chemistry", le volume 6 a une partie consacrée au solvent. ta bibliotheque doit l'avoir (ethz l'a ) -> http://www.wiley-vch.de/publish/en [...] ries/?sID=

et sinon ma collegue me dit de conseiller: "Virtual Screening in Drug Discovery" de Juan Alvarez et Brian Shoichet

 
j'étais ds un lab riche et des fois le gratuit ne suffit pas malheureusement (notamment pour les méthode de solvation continue ou je ne trouvais pas ce que je cherchais ds le gratuit)
 
Gromacs est sympa en MM ou MD pure (et encore en MD pure, y'a du travail assez important à faire ds le code avant, et je parle pas des champs de force), mais pour le QM j'ai toujours hésité j'avoue... (question de motivation à me plonger ds du code lourd peut etre aussi)
 
En QM y'a Gamess qui est pas mal, c'est gratuit, si tu conjugues ça avec des logiciels comme Facio ou MacMolPro ou Ghemical pour la facilité d'utilisation et la visualisation et les fonctions étendues, ça peut faire une belle plateforme d'essai  
 
Sinon je vais jeter un oeil à APBS je connaissais pas merci

 
pour les méthodes de modélisation en QM et MM, le bouquin de Young est un trés bon point de départ, même si tu sembles déjà avoir un bagage technique. Le livre de Jensen est trés bon lui aussi, c'était un de nos livres de "référence" rapide au labo

L'argent n'est pas le problème, on est pété de thunes.
Mais j'ai pas envie de faire acheter des logiciels sans les utiliser.
On a aussi CHARMM qui doit trainer dans un coin.

Ah oui, j'ai aussi repéré Gamess.  
Et Molden je crois également.

j'ai edité pour donner le lien des "livres rouges" http://www.wiley-vch.de/publish/en [...] ries/?sID=

ds cette collection, y'a le volume 13 à lire aussi, pour le traitement des problèmes de recouvrement de sets de base ds les (gros) systèmes à plusieurs composants (encore plus necessaire si tu fais du QM/MM pour eviter de calculer dix fois les même termes), la problématique du pH, et le traitement des molécules d'eau
 
 y'a un logiciel gratuit qui me revient ne mémoire qu'on avait essayé justement poru calculer des binding energies en milieu solvaté avec solvant explicite, Q, développé par un lab d'un pays nordique, interface trés basique en mode DOS, ça convenait pas à nos besoins, mais trés efficace

Tiens, je viens justement d'assister à un talk de Wilfried van Gunsteren. (Monsieur Gromos)

Vous connaissez ce livre ? Il a l'air pas mal et couvrir la plupart des trucs dont j'aurais besoin.
 
Molecular Modeling and Simulation (Hardcover)
by Tamar Schlick
 
http://www.amazon.com/Molecular-Mo [...] 07-6169550

J'ai besoin d'aide sur la première question d'un exo, je comprends vraiment pas je dois passer à côté de quelquechose :
 
On a une tige horizontale sur laquelle est enfilée une perle de masse m1 qui peut se déplacer sans frottements.  
 
On attache à cette perle un fil et au bout de ce fil une autre perle de masse m2.
 
On écarte un peu la perle et on lâche.
 
Question 1 : déterminer la trajectoire du centre d'inertie G du système des deux perles.
 
 
On utilisera un repère O,x,y classique avec O tel que G soit sur l'axe des y à t=0 et on note alpha l'angle que fait le fil avec l'axe des y.
 
Merci d'avance

 
L'énoncé n'est pas super clair. En gros, c'est un pendule avec point d'attache mobile ?

 
Exactement, bah j'ai essayé de faire simple, mais c'est bien un pendule avec un point d'attache mobile sans frottements sur une tige horizontale.
 
Je fais un bilan des forces extérieures et je trouve une résultante égale à  
-(m2)*g*sin²(alpha) ey

Ca semble faux. Tu devrais trouver une équation faisant intervenir m1+m2.

A vu de nez, considérent la liason pivot entre la tige et la bille 1 parfaite, la résultante est verticale : on trouve comme bilan R + P1 + P1 = (m1 + m2) OG.

Puis en appliquant le théorème du moment cinétique, ...

Je considère ce repère :
  ez
   |
   |
   |______ ey
   
O ex

La tige est parallèle à l'axe (O,vecteur(ey)).
Tu es sûr que tu as mis une résultante entre la tige et l'anneau enfilé selon ez ET ex ?
Genre vecteur(R) = Rx*vecteur(ex) + Ry*vecteur(ey) ?

C'est source de pas mal de problèmes en général ça.

Non je n'en ai pas mis, la résultante doit compenser le poids et la tension du fil, donc est selon ez.

Mais tu fais bouger le fil selon l'axe (O,vecteur(ex)) ?

Je comprends rien à ce que tu racontes, on a un oscillateur à point d'attache mobile, et donc un mouvement plan, donc y'a pas d'histoire de troisième vecteur.

Je viens de penser à un truc. Y a une méthode plus simple : pense à l'énergie. Ecrit que l'énergie totale du système est conservée, exprime Ep en fonction de alpha et Ec en foinction de alpha et de x (pour cela, trouver une relation géometrique simple entre alpha et x, la position de m1 sur la tige)

Ben désolé c'est pas du tout clair ton énoncé !
 
C'est ça ?
 
 
              bille m1
__________o____________ <- tige horizontale
                |
                |
                |
                |
                o   m2
 
et à t > 0 :
 
 
              bille m1 (peut se déplacer le long de la tige)
__________o____________ <- tige horizontale
               /
              /  
             /    
            /    
           o   m2
 
Explique un peu mieux ton problème, car "on écarte un peu la perle et on lâche" ne nous renseigne que dalle sur le mouvement...

 
Euh tu veux pas me détailler un peu là ? Pourquoi l'énergie est conservée ? Et après je vois pas de relation entre alpha et x, vu que pour un angle donné la bille du haut peut être n'importe où sur la tige
 
 
Docteur G -> oui c'est exactement ça. A t=0  l'angle vaut (alpha_0) et on demande la trajectoire du centre de masse.

 
 
L'énergie est conservée car les seules forces qui travaillent dérivent d'un potentiel.
 
La résultante des forces projetée sur l'axe horizontale est nulle donc l'abcisse de G est constante : x_G = 0
 
A partir de là, en exprimant la position de G en fonction de m1 et m2 et de la distance L séparant m1 et m2 (tu dis que G est le barycentre), un sinus alpha quelque part, tu devrais voir des choses...
 
C'est plus clair ?

qqu aurait une idée ? ^^
 
http://forum.hardware.fr/hfr/Discu [...] 1713_1.htm
 
devrais je poser ma question directement dans ce thread ?

les deux tensions se compensent si tu considère le système total.
par contre si tu découple les deux, effectivement la seule force travaillant s'exerçant sur la bille sur la tige c'est la tension. Tension que tu calcule avec les equations du mouvement de la première bille, étant donné la forme du mouvement.

parce que tu n'as aucun phénomène dissipatif.
ton énergie totale (énergie cinétique des deux billes et énergie potentielle de la bille 1) va être constante avec le temps.

cela dit c'est l'archétype du problème qui est chiant en mécanique newtonnienne et qui devient très simple en mécanique analytique.

Comme le dit Joran : la tension du fil est une force intérieur. Elle n'a donc pas d'effet sur le système.

Bon et ben le sujet de Bac de Physique-chimie c'était sans calculette cette année

C'est un peu débile, non ?

bah pas forcément

y'en a à qui ça a du faire tout drôle de plus avoir toutes ses formules de disponibles

ça dépend, le premier exo, c'était un grand classique, il tombe super souvent (du moins de mon temps), mais avec un enrobage différent à chaque fois.