Reprise du message précédent :

bien sur quand j'aurai récupérées les premières  

 
 
Comment vous avez vérifié ça ?  

aujourdhui c'était juste un test, rien n'a été vérifié complètement, et surtout pas les doses du produit fluorescent ajoutées dans l'huile par exemple  

y a quelqu'un ici qui taffe au P4 ?

 
 
Si c'était le cas, on le dirait pas  

Le P4 c'est bien ça accelere l'internet
 
Non je bosse pas au P4, par contre... j'en dirai pas plus

 
Pour les siRNA, on est dans la vingtaine de nucléotides. C'est assez pour être, dans la plupart des cas, séquence spécifique (i.e. la séquence de ton siRNA ne match parfaitement qu'une seule séquence dans tout le génome).
 
Par contre, nan, d'après les derniers papiers que j'ai lus, je crois pas que tu puisses discriminer entre 2 séquences avec un seul mismatch (en tout cas pas dans la plupart des cas).
Plus précisément, les nucléotides qui sont au centre de la séquence (là où la coupure se fera dans le mRNA correspondant) sont plus critiques que les nucléotides sur les côtés: si ton mismatch est au centre, peut-être que ça va le faire, si c'est à la périphérie, ça va probablement couper les 2 mRNA sans discernement. edit: (probablement en favorisant la dégradation du full-match quand même)
 
Alors pourquoi ne pas simplement designer un siRNA qui aura a son centre le mismatch qu'on veut targeter?
 
Parce que pas n'importe quel oligo double-brin de 20nt est fonctionnel. Des labos ont synthétisé des floppées de siRNA (en avancant simplement nt par nt) pour plusieurs gènes et ont déterminé leur efficacité respectives. Il en ressort certaines séquences consensus qui sont favorisées pour le phénomène de RNAi (p.ex. celle à laquelle je fais confiance préconise en nt1 G/C nt10 A/U nt19 A/U (une plus grande stabilité de binding du siRNA au mRNA en 5' (nt1) qu'en 3' (nt19)).
 
Mais c'est pas tout... Les logiciels de design de siRNA les plus récents proposent aussi de regarder les structures secondaires que forme le mRNA ciblé (enfin celles qui sont prédites in silico). Ainsi, certaines régions dans le mRNA seront clairement défavorisées pour l'attachement du siRNA.
 
Pas bien:
 

 
Bien:
 

tin j'dois taffer avec du benzo(a)pyrene j'espère que je vais pas mourir

 
Cool, merci pour les infos. Au passage, on voit l'intérêt d'imaginer des projets bidons : ça donne un support pour discuter, et apprendre plein de choses (enfin, pour moi j'entends bien ).
 
Sinon, je comprends que ça peut donc marcher si la personne ciblée possède un mismatch unique bien situé, dans une séquence codant pour une protéine clé.
 
Maintenant, la question qui m'interroge : est-ce qu'il y astatistiquement beaucoup de mismatchs uniques (qu'on ne trouve que dans un individu sur tout la planète) dans chacun de nos gênomes ?

En parlant virol, on va y rester avec ce virus aviaire qui arrive ou bien on va y échapper ?
 
J'arrive pas à prédire tout ça...
 
En fait, la transmission à l'homme a eu lieu, mais pas encore d'homme à homme, d'après ce que j'ai compris.

 
Chsaipas, j'm'y connais pas assez en génétique, polymorphismes etc. pour donner un avis pertinent  
 
Qqun?

 
Boah t'inquiète, au bout d'un moment, tu fais plus attention à ce genre de petit détail, genre tête de mort sur l'étiquette et autres

 
 
Ben le virus a déjà muté, donc on va tous y passer  

 
Ouais ça s'appelle un SNP

 
Les retros, c'est un peu les virus suisses : du travail de grande qualite, mais pas tres rapide    
 
Ensuite, pour ce qui est de la contagiosite, y a un petit probleme aussi. Tu vois le mode de transmission du HIV ? Si il faut attendre d'avoir cree une 'chaine de copulation' continue entre toi et la cible pour que celle-ci soit contaminee  

 
Tu as des tres bons fluorophores hydrophobes aujourd'hui, parfaitement adaptes aux lipides. Apres c'est comme tous les marquages, il faut toujours verifier que tu n'as pas modifie les proprietes de ta molecule d'etude    

 
C'est vrai que comme agent intercalant, c'est pas mal.
 
PS : d'ailleurs, on parlait il y a quelques pages des produits qui devenaient plus toxiques dans l'organisme, le benzopyrene en fait partie :
 
benzopyrene ---epoxydation par le P450--> ((+)-7R,8S-dihydroxy-9S,10R-epoxy-7,8,9,10-tetrahydrobenzo[a]pyrene), l'agent intercalant (vous avez vu la memoire    )

 
Il y a eu quelques cas apparemment de transmissions inter-humaines, mais le virus n'est pas encore reellement adapte a ce type de transmission.
Sinon, ce virus aviaire, c'est un peu la surprise, on ne sait pas prevoir quel sera sa virulence avant que la recombinaison n'ait lieu. Ca sera probablement une grosse epidemie de grippe, comme a chaque  fois qu'un nouveau virus grippal s'impose (actuellement, il me semble qu'on a plus ou moins le meme depuis vingt ans) parce que les gens n'ont pas encore d'anticorps.
Mais si des mesures serieuses sont prises, il ne devrait pas trop falloir s'inquieter  

Bon ben j'ai commandé qq masques par le labo, juste au cas où  

Le monde: " Le groupe pharmaceutique suisse Roche a accepté d'accorder des licences secondaires pour la production du Tamiflu, médicament antiviral tenu pour efficace contre la grippe aviaire, a annoncé jeudi le sénateur américain Charles Schumer."
 
T'ain pour que Roche lache l'affaire, ça doit flipper sérieusement  

En même temps, ils ont augmenté leur chiffre d'affaire de 16% grâce à ça...

http://www.neuf.fr/info/eco/051019112201.w86bi95v.htm
 
Et il me semble qu'ils ont atteint leur limite de production, donc vu que de toute manière ils ne peuvent pas faire plus de fric, autant être un peu "altruiste"...
Et qui dit qu'ils vont faire simplement cadeau de la licence?

 
Personne

C'est vendredi, grand concours à la con du jour:
 
Qui trouve mieux que:
 

 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez [...] uery_hl=12
 
 

Allez je joue...
 

 
Je prends la main...  

Damned! Rascal!
 
Je contre-attaque avec:
 

 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez [...] uery_hl=19
 
et pour les amateurs (attention lien avec imagerie troublante ):
 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez [...] uery_hl=21

 
Rho putain, superbe! Je la garde pour la raconter à l'apéro celle là...  

Malheureusement pas d'abstract, dommage...
 

 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez [...] uery_hl=13

 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez [...] uery_hl=17

une photo de mardi:
 

c'est un concours pour taffer à l'inrs ?

Mmmmh, les bonnes frites verts fluo qu'on peut faire avec ça...

 
 
Et la légende    
 
C'est des cellules végétales ?  

structure cellulosique de la pomme de terre, avec pénétration de l'huile dans les espaces intracellulaires...

 
 
Manque un petit marquage au DAPI  

Si tu disposes du code génétique du mec, je dirais qu'il faut cibler son CMH.
C'est quasiment exclusif de la personne en question et s'il ne l'exprime plus, ses cellules immunitaires vont le détruire.
Oui je sais le message date du 18 octobre, mais j'avais pas trop le temps avant.  

ça irait bien avec de la souris verte fluo à la Svenn.

 
Tu as oublié de signer "Nham, consulting en assassinats high tech et autres coups tordus". Je suis sur que tu as inspiré la moitié des méchants dans James Bond  

Non pas du tout. Je voulais juste aider.
Et je connais deux ou trois personnes qui mériteraient bien une petite grippe aviaire.
Au fait, tu penses quoi de la désinformation des média à ce sujet?
 
EDIT: Celà dit, je veux bien qu'on monte une boîte de consulting.
On se fera peut-être enfin de la thune sans prendre trop de risque!

 
Le probleme, ce sont ces lois liberticides qui frustrent notre droit légitime à faire commmerce de nos compétences
 

 
Le problème, c'est que même pour les spécialistes, la situation est pour le moment très floue et beaucoup de scénarios sont envisageables. Pour essayer de comprendre le probleme actuel, rien de tel qu'un petit historique du virus inflenza A, le virus de la grippe le plus répandu et responsable des principales épidémies, y compris celle qui pourrait nous tomber dessus prochainement :
 

 
Ce tableau représente les grandes épidémies de grippe des 100 dernières années, et la souche virale correspondante. Les trois principales épidémies sont bien sur celle de 1918 (la grippe espagnole), puis les épidémies de 1957 et 1968, bien moins connues, mais qui ont causé plusieurs millions de décès de victimes chacune.  
Ce qui apparait sur ce tableau, c'est que les grandes épidémies sont liées à un changement de la souche dominante (H1N1 en 1918, H2N2 en 1957 et H3N2 en 1968). La raison en est que personne n'a alors d'anticorps contre ces virus et que ceux-ci peuvent se propager très efficacement dans la population. Puis, au bout de quelques mois, les anticorps se répandent dans la population et l'épidémie s'arrête et passe en régime classique, avec l'épidémie de grippe tous les hivers. Aujourd'hui, nous sommes toujours sous le régime essentiellement de la grippe H3N2 de 1968.
Aujourd'hui, un nouveau type, H5N1 menace d'apparaitre chez l'homme, nous plaçant de ce point de vue dans une situation similaire à 1957 et 1968. On sait de plus que le type H5 est du genre plutôt virulent naturellement, donc théoriquement, tous les ingrédients sont réunis pour une belle épidémie. Mais ça peut tout aussi bien être un "flop", étant donné que le virus perdra probablement une bonne part de sa virulence en passant chez l'homme (les cas humains actuels ne comptent pas, ce n'est pas un virus humain capable de se propager efficacement). Il est même possible que l'épidémie n'ait pas lieu du tout si la virulence baisse suffisamment.
 
Pour qu'il y ait épidémie, il faut d'abord que le virus s'adapte à l'homme, ce qui se fait en général par recombinaison (la recombinaison étant au virus de la grippe ce que la sexualité est à l'homo sapiens, un moyen de réassocier des gènes). Pour cela, il faut que 2 virus se rencontrent dans une même cellule hôte, donc chez un même animal. En règle général, c'est le cochon qui sert de point de rencontre, cet animal étant infectable à la fois par les virus humains et aviaires. Mais H5N1 est particulier, étant donné qu'il semble pouvoir directement passer de l'oiseau à l'homme. D'où la politique actuelle qui consiste à contenir le moindre cas humain détecté, pour empecher la recombinaison et gagner ainsi du temps.
 
Gagner du temps pour quoi ? Contrairement aux dernières épidémies, on a désormais des stratégies pour répondre à cette menace. La première, c'est la vaccination, étant donné qu'il est très facile (et rapide) de préparer un vaccin contre un nouveau virus de la grippe. Il faut quelques mois pour constituer des stocks suffisants.
Ensuite, il y a des médicaments, dont le désormais célèbre tamiflu, mais il faut constituer des stocks. Et surtout, empecher que H5N1 ne devienne résistant, donc il faut limiter au maximum l'utilisation du médicament avant le début de l'épidémie.
 
Donc, de mon point de vue,  
- je ne sais pas si l'épidémie aura lieu, ni quelle sera son intensité. Je ne crois pas vraiment au scénario de 1918 (H1N1-1918 a l'air vraiment pire que H5N1), mais un scénario comme 1957 ou 1968 me semble très envisageable.
- même dans le cas le plus défavorable, je suis convaincu qu'on a désormais des moyens de répondre efficacement à l'épidémie si elle apparait.  
- la constitution de stocks de vaccins et d'antiviraux est indispensable, même si elle peut s'avérer in fine inutile si l'épidémie n'a pas lieu.
- Je pense également indispensable d'instaurer des barrières physiques entre la volaille et les oiseaux migrateurs (ce sont eux qui amèneront l'épidémie si elle arrive). Ca n'empechera bien sur pas la recombinaison de se produire à Shangai. Mais si la recombinaison a lieu a Shangai, on aura le temps de vacciner tout le monde et de mettre en place les plans d'urgence, ce qui sera plus difficile si l'épidémie démarre dans le Limousin.
 
Par contre :
- je ne crois pas un instant qu'il y a un risque d'attrapper le virus en mangeant de la volaille contaminée (pH de l'estomac = 2, le virus meurt en quelques secondes en dessous de pH 5). Donc je mange du poulet.
- il n'y a rien a faire pour le moment au niveau des particuliers, a part eventuellement se vacciner contre la grippe classique, ce qui ne servira pas à grand chose (je ne suis pas vacciné)
- je trouve débile (et même dangereuse, en terme d'apparition de résistances) la course actuelle au tamiflu et j'approuve la décision d'avoir serré la vis en ce qui concerne la prescription de ce médicament.

T'as signé quelque chose toi?

Oui, c'est bien ça le problème.
Ce que je reproche aux média c'est leur manque de bon sens. Ils te font desgorges chaudes de ce virus alors que personne ne sait...
 

Question con: H et N représentent quoi exactement?
 

Est-ce que ça vient de la désinformation des média ou tu le pense vraiment?
Qui a constaté le passage direct à l'homme?
Est-ce que le souche a été varifiée?
Ce sont les questions que je me pose...mais bien sûr elle ne sont pas présentées dans les journaux, puisqu'ils ne font pas de l'information mais du factuel.
Vraiment ma dégoutation augmente de jour en jour...
 

Certes, par précaution il vaut mieux disposer de quoi ralentir la progresion d'un éventuel virus mortel. Mais y a de l'abus dans l'excés comme dirait un de mes anciens profs alcoolique.
Faut pas déconner...
 

Là je ne sais pas.

Si tu le dis.

Mieux vaut être prudent, mais bon les antiviraux, je suis pas convaincu de l'efficacité...
 

C'est sûr. Mais tout ça c'est le principe de précaution...
 

Moi aussi. Une fois que ton poulet est mort, cuit et que tu le digères, je pense que le virus s'il pouvais passer de l'oiseau à l'homme aurait déjà eut son compte.

Moi non plus, il faut vacciner les personnes à risque. (Les très jeunes et les vieux.)
 

Clairement on est face au même problème que les antibiotiques, mais en accéléré.
ça fait peur.