On peut, c'est justement le principe des shRNA
 
Tu construis un plasmide avec un promoteur et en-dessous de ce promoteur la séquence ADN de ton siRNA (=shRNA). Tu intègres d'une manière ou d'une autre (transfection ou transduction) ce plasmide au génome. Une fois intégré, le shRNA est transcrit: ça donne ton siRNA (après maturation par le complexe RISC pour être pointilleux).
 
Le small-hairpin RNA vient du fait que les séquences sense et anti-sense (du siRNA) sont séparées par une courte séquence qui va faire un hairpin justement -> le sense se retrouve en face de l'anti-sense après repliment du brin d'ARN -> formation de l'hairpin qui va ensuite être clivé -> ton siRNA est prêt.
 
Elégant n'est-ce pas?    
 
(bon c'est mal expliqué mais le dessin est clair )
 
http://www.panomics.com/images/siRNAflowchartnew.jpg

Pourquoi fait-on la différence entre les RNAi et les siRNA ? existe-t-il des RNAi longs ? (je n'en ai jamais entendu parlé)

Kewl, j'ai tout compris
 
En effet, c'est trés élégant, comme tout ce que vous pompez allegrement sur l'oeuvre de Notre Seigneur Créateur de Toutes Choses (j'ai appris récemment, à mon grand désarroi et ici même, que le principe du RNAi avait été copié sur le système de défense immunitaire des végétaux).
 
Sinon, il me reste une petite question :
 
Pourquoi fait-on la différence entre les RNAi et les siRNA ? existe-t-il des RNAi longs ? (je n'en ai jamais entendu parlé)

Y'a vraiment un principe de base que t'as pas saisi, on invente rien, on ne fait que bricoler ce qui existe déjà... bien sûr que le mécansime du RNAi était présent avant nous, sinon ça marcherait pas    

Sinon une petite animation vaut mieux que milles mots...
 
http://www.nature.com/focus/rnai/a [...] mation.htm

Le but de ma question, c'est de savoir s'il serait possible, en produisant en masse des RNAi bien conçus, d'attaquer spécifiquement certaines catégories de personnes, ou, mieux, de cibler une personne en particulier, afin d'être capable d'assassiner à distance, et trés discrètement, n'importe qui (je sais, spa trés discret les 200 chercheurs qui travaillent sur le projet pendant 25 ans pour le mettre au point, mais c'est pas le sujet).

Le but de ma question, c'est de savoir s'il serait possible, en produisant en masse des RNAi bien conçus, d'attaquer spécifiquement certaines catégories de personnes, ou, mieux, de cibler une personne en particulier, afin d'être capable d'assassiner à distance, et trés discrètement, n'importe qui (je sais, spa trés discret les 200 chercheurs qui travaillent sur le projet pendant 25 ans pour le mettre au point, mais c'est pas le sujet).

Personnellement, je n'y crois pas, l'ARN est une molecule beaucoup trop fragile et accessoirement, je ne vois pas trop comment ton ARNi va rentrer dans l'organisme de la cible.

Wow, ya rien à dire, ça roXXe.    
 
Ayé, j'ai tout compris des ARN interférentiels, il me reste une petite question, inspirée par ma nature de rôliste (gars qui fait des jeux de rôles) :
 
Les RNAi servent à silencer un gène particulier. Si on choisit bien ce gène, cela peut avoir des conséquences dramatiques sur son hote. Est-ce qu'il est possible, en plus d esélectionner le gène cible, de sélectionner une personne en particulier, dont la séquence dudit gène serait unique dans une population donnée. En fait,  ne sais pas quelle longueur de gènome on doit prendre pour avoir raisonablement une séquence unique.
 
Le but de ma question, c'est de savoir s'il serait possible, en produisant en masse des RNAi bien conçus, d'attaquer spécifiquement certaines catégories de personnes, ou, mieux, de cibler une personne en particulier, afin d'être capable d'assassiner à distance, et trés discrètement, n'importe qui (je sais, spa trés discret les 200 chercheurs qui travaillent sur le projet pendant 25 ans pour le mettre au point, mais c'est pas le sujet).

c'est cancérigène le bleu trypan ?

Bonjour,
 
J'ai une petite question: dans www.ensembl.org, y'a plein de genome, séquencé ou presque.  
http://www.ensembl.org/info/data/download.html
 
Y'a plusieurs base de donnée, dont ces trois :  
DNA  cDNA  Peptides
 
DNA, cela me semble clair, c'est tout l'ADN, introns, exons et bordel autour. Donc les chromosomes en entier.
 
Peptides, j'imagine que c'est des prédictions de peptides à partir des bases DNA ou cDNA.
 
Si je me rappelle, le cDNA est la réplique inverse de l'ARN.  Est-ce que cela voudrait dire que la base de donnée cDNA contient tous les ARN possibles produit par la cellule ? Et donc par extension que ça contiendrait toutes les protéines (ou quasiment) de l'organisme ?    
 
J'ai un trou de mémoire sur ce coup-là.  

Pour ce genre de question, il suffit de faire un google avec "trypan blue msds"
 
(Material Safety Data Sheet, il y en a une pour chaque molécule/produit)
 
Dans le cas précis:
 

Ouais, en gros les cDNA sont séquencés aléatoirement, donc ça revient à séquencer les ARN sans introns, encore faut-il que ton gène soit exprimé  

Ben un ARN, c'est en principe sans intron, non ?    

Ben un ARN, c'est en principe sans intron, non ?    
 
Donc si je recherche une protéine précise dans mes cDNA de C.elegans, je risque de ne pas la trouver si elle n'a pas été exprimée ?

Ben un ARN, c'est en principe sans intron, non ?    
 
Donc si je recherche une protéine précise dans mes cDNA de C.elegans, je risque de ne pas la trouver si elle n'a pas été exprimée ?

Ben un ARN, c'est en principe sans intron, non ?    
 
Donc si je recherche une protéine précise dans mes cDNA de C.elegans, je risque de ne pas la trouver si elle n'a pas été exprimée ?

J'suis l'seul à pas comprendre  
Tu peux donner un exemple?

Je dirais meme plus, si elle n'a pas ete exprimee, tu risques de ne pas la trouver.

En fait, je cherche la protéine Rasthor-1 chez C. elegans.
Je connais la séquence protéique Rasthor-1 de l'homme. (logique, puisque c'est ma découverte )
J'aimerais donc la retrouver avec un BLAST chez C Elegans.
Comme j'ai des séquences en acides nucléique, il me faudra donc traduire l'ADN dans les six cadres de lecture possible, et ensuite blaster sur ces séquences pour retrouver Rasthor-1
 
Certes.
Donc dans le mauvais casil faudra que je tape sur l'ADN chromosomique....
Chiotte, c'est plus chiant avec ces introns....

Le cDNA devrait suffire chez C elegans  

En fait, je cherche la protéine Rasthor-1 chez C. elegans.
Je connais la séquence protéique Rasthor-1 de l'homme. (logique, puisque c'est ma découverte )
J'aimerais donc la retrouver avec un BLAST chez C Elegans.
Comme j'ai des séquences en acides nucléique, il me faudra donc traduire l'ADN dans les six cadres de lecture possible, et ensuite blaster sur ces séquences pour retrouver Rasthor-1
 
Certes.
Donc dans le mauvais casil faudra que je tape sur l'ADN chromosomique....
Chiotte, c'est plus chiant avec ces introns....

aujourd'hui j'ai fait de la microscopie confocale UV  visible, avec des agents fluorescents tout ce qu'on fait de mutagène  

Photos
 
Ou mieux: reconstruction 3D avec tes Z-stacks  

aujourd'hui j'ai fait de la microscopie confocale UV  visible, avec des agents fluorescents tout ce qu'on fait de mutagène  

Mutagène pour qui ?  

ben potentiellement pour l'homme  

Ouais enfin c'est pas un confocal qui va te faire du mal  

Marrante l'idée...
Dans l'abolu, en considérant que tel bonhomme possède un bout de séquence unique sur un gène capital à la survie, ou mieux encore dont l'inhibition provoquerait un cancer à court terme, soyons fous , on pourrait imaginer le truc possible. Le seul problème (de taille) étant de trouver le moyen de faire entrer ces RNAi dans les gens en doses suffisemment grandes pour qu'ils aient un effet. Par la voie orale en tout cas c'est pas possible, la voie aérienne me semble difficilement réalisable, reste la voie sanguine, mais tant qu'à faire une injection autant y aller direct au KCl, c'est plus rapide...
 
Donc non, je ne pense pas que ça soit possible (Quoi qu'avec des retrovirus trafiqués, appliqués sous forme d'aérosols... ), mais ça ferait un bon élément de scénario de SF en tout cas...

Personnellement, je n'y crois pas, l'ARN est une molecule beaucoup trop fragile et accessoirement, je ne vois pas trop comment ton ARNi va rentrer dans l'organisme de la cible.

Arrête de lire de la SF, toi    
 
Bien sûr que c'est possible, avec des nanorobots et tout  

mais l'huile de friture fluorescente à haute température elle peut    
en fait on doit choisir du très hydrophobe, mais bon on choisit des moindres risques  

Oui, je pensais bien à un rétrovirus, j'aime bien l'idée de concevoir en laboratoire un rétrovirus ultime qui soit capable d'infester en quelques semaines la planète entière, et qui tuerait une seule personne.
 
Bon, on est donc d'accord alors, spa possible, mais c'est de la SF du genre 'crédible', donc parfaitement intégrable dans une partie de jeu de rôle, stou ce que je voulais savoir

Attends, tu regardes quoi avec un confocal ?    
 
Ne me dits pas que vous regardez comment l'huile de friture pénètre les aliments avec un microscope à plus d'1 millions de francs  

Comment tu crois qu'Arafat a été tué ?  

et pourquoi pas?    
putain c'est tellement beau de voir les structures des cellules, l'huile qui s'insère autour....    

Lol, c'est vrai ça, c'est l'autre défaut de ma méthode : vu qu'il faut 50 ans pour mettre au point l'arme en question, quand on y est parvenu la cible est devenue sénile...

Et l'huile est linké à un chromophore ?
 
Ca risque pas de changer ses propriétés chimiques ça ?    
 
 
En passant, je risque de passer le plus clair de mon temps derrière un confocal durant les 2 prochaines années  

Cassebrik ==> tu pourrais nous poster une photo un de ces 4 (pas de toi hein, je te rassure   )