Reprise du message précédent :

'foiré !  
Ne me décourage pas déja, c'est pas gentil.  

 
 
Le sens de ma phrase était: dans deux ou trois ans tu vivras pour la Science  

Ah bien, j'aime mieux ça.  

 
Ca sera pas forcment une partie de plaisir  

 
A mon avis, c'est plus, on est quand même à 9 "lectures"/post. On doit avoir des lecteurs qui ne postent jamais  

ou les auteurs de ces magnifiques posts prennent plaisir à les lire et relire eux mêmes

Nan, c'est paske les modos doivent relire plusieurs fois pour comprendre, ils cherchent les significations cachées de biologistes  

Ce qui nous permet d'ailleurs de les traîter subrepticement de "bande de caenorhabditis" sans pour autant être TTifiés...  

Tiens petit papier de l'école polyetch de Lausanne :
 
http://www.pnas.org/cgi/content/short/102/41/14677
 
Finie la calvitie  

Nous autres suisses auront contribué à éradiquer une des plus grandes calamités s'étant abattue sur l'humanité: j'ai nommé, la calvitie.
 
C'est bô la science...

 
je dis ça parceque ça avait l'air interessant la discussion, alors quand c'est interessant je sors les pop corn (comme au ciné quoi )

Mais laul quoi!

Private joke de boyaulogiste, j'en suis assez fier...

Très bon titre dans science:
 

 

 
http://sciencenow.sciencemag.org/c [...] 005/1014/1

 
C'est ça un great tit:
 

 

Et hop tout un domaine d'étude qui s'ouvre pour les généticiens cliniciens: les miRNAs
 
Papier dans science qui semble lier le syndrome Gilles de la Tourette à une mutation en 3' UTR du gène SLITRK1, mutation qui se trouve être dans le binding site d'un miRNA (miR-189 pour être précis).
 
http://www.sciencemag.org/cgi/cont [...] 0/5746/317
 
edit: en fait la mutation rend SLITRK1 plus sensible au phénomène de répression médié par le miRNA en question. Le wt est G:U et le mutant A:U (target et miRNA respectivement)

Intéressant ça...
Y' aurait moyen de moyenner...

 
 
Joli    
 
Vu le nombre potentiels de miRNA, c'était prévisible que syndrome associé soit découvert un jour.  
 

Sinon dans les news de Nature, un article intéressant sur certaines alternatives permettant de peut-être débloquer le débat éthique sur les cellules souches. En résumé, sont sur la sellette deux nouvelles méthodes:
 
- Une technique permettant de faire un switch off d'un gène du noyau avant implantation dans l'ovule énucléé entraînant un incapacité du blastocyste au stade 8 cellules de se fixer à la paroi utérine, et donc l'embryon produit est de toute façon non viable. C'est l'équivalent de la mort cérébrale au niveau embryonnaire, comme le soutient un des plus ardent défenseur de l'ANT (Altered Nuclear Transfer).
 
- Une technique dérivée du diagnostique génétique préimplantatoire (PGD), qui consiste à prélever un blastomère au stade 8 cellules, qui permet à la fois d'éviter la destruction de l'embryon puisqu'il est implanté et mené à terme sans séquelles connues, ainsi que de dériver une lignée cellulaire d'ESC à partir du blastomère prélevé. Le problème étant ici qu'on perd tout l'intérêt des cellules souches qui est d'obtenir un tissus génétiquement compatible avec un quelconque donneur. Mais ça pourrait être une bonne solution intermédiaire pour permettre la recherche du moins...
 
'Ethical' routes to stem cells highlight political divide
Split opens over methods to create nonviable embryos.
http://www.nature.com/news/2005/05 [...] 1072b.html

 
ah ben merde alors je vais perdre mon fond de commerce  

bon je laisse tomber, je suis partie trop loin de votre domaine  

 
Pas fan de la première méthode, il y a déjà assez de problème pour obtenir des résultats comparables avec les lignées wt (un même protocole de différentiation ne donnera pas les mêmes résultats selon la lignée, ou bien encore des microarrays entre lignées différentes ne donnent pas des résultats comparables (même quand les cellules ne sont pas différenciées), ou encore plus drôle, la même lignée dans plusieurs labo différents ne donnent pas le même pattern par microarray), alors baser des travaux sur un ko dont on ne peut pas prévoir les phénotypes... Tous les papiers finiraient par "However, we cannot exclude that the phenotype observed is dependent on the Cdx2-deficiency"
 
edit: là en plus c'est juste un rnai par shrna pas un ko (encore plus de phénotypes divergents potentiels)

 
Cassebrik va avoir du mal à suivre    
 
==> RNAi par Short Hairping RNA pas un Knock Out    
 
Sinon bien d'accord avec toi, mais ça reste une proposition pragmatique intéressante, voyons ce que ça va donner  

 
Ah, ouais, merci pour l'explication    

j'ai dit que j'en étais plus capable    
je suis dans l'agro alimentaire moi maintenant

 
RNAi: inhibition partielle de l'expression d'un gène.
2 méthodes:
a) transfection de siRNA, l'inhibition est temporaire
b) intégration d'un shRNA dans le génome, l'inhibition est constitutive (tant que la portion de génome où se trouve le shRNA a pas été silencée )
 
KO: inhibition totale vu que le gène est p'u' là (ou plus fréquemment ne peut plus être transcrit parce que certains exons ont été délétés)

 
Et tu fais des plasmides luminescents... Je veux pas de tomates lumineuses dans mon assiette, hein    
 

 
Et pourquoi on peut pas intégrer des siRNA dans le gènome ?
 
(ah oui, et merci pour l'explication )

non c'est fini les plasmides, maintenant je regarde comment la matière grasse pénètre dans les aliments pendant la friture    
 
mais à l'époque j'avais lu pas mal d'articles folklo avec la GFP à toutes les sauces, donc tout est possible  

 
On peut, c'est justement le principe des shRNA
 
Tu construis un plasmide avec un promoteur et en-dessous de ce promoteur la séquence ADN de ton siRNA (=shRNA). Tu intègres d'une manière ou d'une autre (transfection ou transduction) ce plasmide au génome. Une fois intégré, le shRNA est transcrit: ça donne ton siRNA (après maturation par le complexe RISC/Dicer pour être pointilleux).
 
Le small-hairpin RNA vient du fait que les séquences sense et anti-sense (du siRNA) sont séparées par une courte séquence qui va faire un hairpin justement -> le sense se retrouve en face de l'anti-sense après repliment du brin d'ARN -> formation de l'hairpin qui va ensuite être clivé -> ton siRNA est prêt.
 
Elégant n'est-ce pas?    
 
(bon c'est mal expliqué mais le dessin est clair )
 

 
La GFP dans l'assiette, c'est probablement pas pire qu'une bonne partie des colorants qu'on mange tous les jours. Par contre, les plans de maïs transgéniques exprimant la GFP, même si on ne révèle pas les emplacements, ils risquent de se faire vite repérer  

 
Par contre, ça a pas l'air réversible si je comprends bien, les shRNA  

 
Théoriquement non mais ça dépend de ce qu'on étudie.
 
Par exemple, dans un modèle de différenciation de cellules progénitrices, tu as moult remaniement épigénétique (hétéro<>euchromatine) pendant la différentiation. Du coup, certaines régions qui étaient actives au stade indifférencié (par ex. là où s'était intégré ton shRNA) ne le seront plus une fois la cellule différenciée -> ton shRNA peut ne plus être actif, ou alors plus que partiellement si tu as de multiples points d'intégration (ce qui est probable).
 
Du coup, le read-out est assez complexe: est-ce que le phénotype que j'observe à jour 8 est réelement dù à mon shRNA? Ou est-ce que c'est un phénotype intermédiaire (effet du shRNA pendant qq jours puis extinction). On a justement ce problème au labo maintenant, on a un phénotype qui apparaît normalement au jour 8 de la différenciation mais qui n'apparaît pas dans les cellules avec shRNA. Par contre, le phénotype revient au jour 10. Silencing? Autres gènes qui ont pris le relais? L'expression du gène a tellement été promue que tu dépasses ce que le shRNA peut faire?

 
Oki, merci pour l'explication    

 
Ben t'as qu'a detecter directement ton ARN au jour 10 avec une bonne vieille manip a la papa    
 
Anti-sens chaud et zou  

 
Très juste, un Northern réglerait déjà qq questions  

 
Bon, mon cher Bank, je t'ai pas dit mais celui qui se cache derrière le pseudo de RykM, c'est le Prof. tttûûûûttt
de l'Institut de ttttûûûûûttt, autrement dit ton chef, alors tu retournes à la paillasse et vite    

 
  nan j'veux pas faire de Northern  
 
 
Bon en même temps, j'm'en fous c'est pas mon papier

 
 
Un p'tit Northern pour être sur un Nature Genetics, ça vaut le coup  

 
Kewl, j'ai tout compris
 
En effet, c'est trés élégant, comme tout ce que vous pompez allegrement sur l'oeuvre de Notre Seigneur Créateur de Toutes Choses (j'ai appris récemment, à mon grand désarroi et ici même, que le principe du RNAi avait été copié sur le système de défense immunitaire des végétaux).
 
Sinon, il me reste une petite question :
 
Pourquoi fait-on la différence entre les RNAi et les siRNA ? existe-t-il des RNAi longs ? (je n'en ai jamais entendu parlé)