Reprise du message précédent :

 
Ca a l'air assez important ce Set9 . Il était déjà connu avant, ou tout le monde est en train de lui tomber dessus ?

 
Je sais pas trop    
 
Mais en tout cas j'ai commande la deletion chez C. elegans la semaine derniere  
 
Ce qui est sur, c'est que la methylation a le vent en poupe (ADN, histone et proteine).  
 
Ce qui fait flipper dans le Nature, c'est qu'ils purifient la prot' et essayent differents substrats et " Ah tiens, ca peut methyler p53 "
J'ose pas imaginer le nombre de proteines potentiellement methylables  
 

l'ADN et les histones, j'avais déjà entendu parler, mais je en savais pas que ça allait au-delà. Si j'ai bien compris, dans un certain nombre de cas, la méthylation des lysines jouerait un rôle de rétention nucléaire ? On peut imaginer qu'un paquet de protéines dont le rôle est exclusivement nucléaire possèdent ce genre de modifications

 
Clair, mais pour l'import/export activement regules on connait deja un paquet de mecanismes (14-3-3 par exemple) donc moi je verrais bien un truc  plus fancy  
 
Sinon je ne connais pas l'abondance des lysines dans les prot' mais j'imagine qu'il y en a partout, donc ca doit etre plus complique que ca en a l'air (comme d'hab'   )

 
C'est clair qu'il ya déjà beaucoup de mécanismes d'import/export connus, mais on n'a pas fait forcémentle tour. J'ai vu des protéines bourrées de séquences de séquences d'import et d'export, à se demander si elles servaient à quelque chose à part à boulétiser le pore nucléaire à force d'entrer et de sortir   .
 
Sinon, les lysines, c'est clairement pas ce qui manque dans les protéines et elles sont la plupart du temps exposées en surface, donc accesibles à beaucoup de méthyltransférases. J'imagine quand même qu'il doit y avoir des séquences consensus assez précises pour éviter de méthyler tout et n'importe quoi.

Tiens, aujourd'hui j'ai jeté un oeil sur le résultat des d-loop des bestioles... et bien : clairement pas significatif. Moralité : variabilité écophénotypique fortement supputée, avec possible publi à la clé.
 
(Ce qui, soit dit en passant, apporte un peu d'eau au moulin de ceux qui oeuvrent à la 'conservation des écosystèmes' plutôt que de congeler des 'banques de gènes' comme le préconiseraient trop facilement nos amis verrotiers apôtres du tout-génétique )

 
1er black: tu peux nous en dire plus ?    
C'est quoi la variabilite ecophenotypique ?  
 
2eme black : faut pas generaliser, c'est pas le cas de tous les geneticiens    
 
Faut juste trouver un juste milieu

Cas pratique :
 
1) tu vas traquer le rongeur dans les Alpes franco-italiennes. Quelques bébêtes vers Grenoble, d'autres au col du Lautaret, d'autres à la frontière italo-suisse, d'autres encore dans la plaine du Pô () etc.
 
2) tu leur prélèves (avec délicatesse) quelques cellules, et quelques molaires.
 
2bis) tu files les restes au chat
 
3a) tu analyses les différences entre les d-loops (mtDNA) de chaque population
3b) tu analyses les différences dans la forme des dents de chaque population
 
4) tu construis un arbre de parcimonie des pops sur la base du mtDNA
---> première observation : il y a très très peu de différences au niveau moléculaire (génétique)
---> deuxième observation : cet arbre est incompatible avec la biogéographie des bestioles - impossible d'identifier, via les mtDNA, la région d'origine d'une poignée de ces bestioles (en gros, l'ADN de toutes les bêtes d'une région est identique)
 
5) tu construis un (des) diagramme(s) 'forme des dents' vs. 'géographie' vs. 'biotope fréquenté'
---> troisième observation : toutes les morphologies dentaires existent dans tous les pays
---> quatrième observation : certaines morphologies dentaires, rares dans les plaines et vallées, sont très abondantes dans les alpages de Haute Provence, du Lautaret et de Suisse
 
Résultat : la morphologie dentaire serait sous le contrôle du milieu, indépendamment et de la génétique actuelle, et de l'histoire passée de ces adorables créatures. Notion de plasticité phénotypique : pour un même génome, on obtient des bêtes qui sont 'visuellement' différentes.
Extension : vérifier quel facteur écologique peut être prépondérant (nombre d'espèces concurrentes ? densité de végétation ? température/climat ?) -> Plasticité écophénotypique.
 
Intérêt de tout ce foutoir :
(en dehors du fait que les rongeurs sont très mignons )
 
1/ pouvoir utiliser les dents de certains rongeurs pour déterminer ou les paléotempératures (glaciations etc.), ou l'évolution plus actuelle des températures (du Moyen-Âge à nos jours p.ex.). Ou encore, les modifications passées du couvert végétal, l'impact de l'introduction ou extermination de prédateurs (chien... loup) et/ou de concurrents (rat noir...) etc.
 
2/ pouvoir dépoussiérer un bon coup la classification de ces bestioles, et du coup gérer au mieux leur protection (en fait, celle de leurs écosystèmes) : mieux vaut se fier à de réelles différences génétiques, qu'à de simples variations 'locales' de la gueule des bestioles.
 
3/ bien sûr il y a divers travaux complémentaires en cours, vérifications menées en parallèle (endémisme/insularité) et un peu partout (Normandie, Alsace, Îles vendéennes). Ca, c'est déjà plus dans mes cordes : quantifier+qualifier la variabilité écophénotypique, voire chercher à l'appliquer à d'autres espèces (auquel cas tel assemblage d'espèces, actuel ou fossile, traduirait finement tel ou tel climat). Exit la génétique, quasiment.
 
--
 
Je ne suis pas rentré dans les subtilités, bien sûr... Tout ça devrait commencer à être publié dans les quelques années à venir.
 
Tiens, un exemple d'actualité : l'Ours des Pyrénées est-il vraiment une 'souche' à part ? Je n'ai pas connaissance de travaux d'analyse approfondie de leur génétique (hormis de très superficiels : distinction de grands foyers de peuplement à l'échelle du continent, p.ex. 'méditerranéen', 'est-européen'... et reconstituer leur trajet passé en Europe).
Si rien de concret ne distingue un ours ariégeois d'un ours castillan, hormis l'existence d'écophénotypes locaux, ce n'est peut-être pas la peine de crier à la fin du monde pour la mort de Cannelle : il suffit d'introduire des ourses espagnoles, qui d'ici deux ou trois générations ressembleront trait pour trait à nos pyrénéens (offrez-les flingués). Le baron Cuvier avait déjà eu le coup avec ses cerfs endémiques de Corse, qui deviennent de bêtes cerfs sitôt qu'on les relache sur le continent. On a la même chose pour les mulots des îles anglo-normandes.

[nom]Paul Benjamin a écrit[/nom]Cas pratique :

 
C'est si etonnant que ca ?    
 
Il me semble qu'on a deja des exemples bien fragrants, style les chiens (je sais l'homme y est pour quelque chose et le biais est enorme dans la reproduction. )
 

 
Ca va etre chaud a verifier ca . Vous allez lancer des satellites ?    
 
 

T'aimes vraiment pas les geneticiens on dirait    
Ils t'ont rien fait    
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J'espere que tu nous tiendras au courant.  
 
 

 
C'est les ecolos qui vont etre content      
 
 
 
 

D'ailleurs, ca me fait penser, vous n'avez rien regarde d'autre que le cytochrome c ?
 
C'est bizarre  

 
Si tu élèves des chiots de teckel dans les Alpes, ils ressembleront à des Saint-Bernard à l'âge adulte ?
L'intérêt des dents, c'est qu'elles subissent des modifications tout au long de l'ontogenèse. En somme, cela reviendrait, pour un chercheur se préoccupant des fluctuations du rayonnement solaire mais ne pouvant le mesurer finement/directement, à s'intéresser au niveau de bronzage des Norvégiens sur 20 générations. A cette différence que le bronzage disparait après la mort (et s'estompe durant la vie), tandis que les dents durent longtemps, et une fois lancées sur une voie morphologique, elles continuent dans la même direction toute la vie durant.
 

Non, mesurer des dents.  
 

Ah non, je n'ai rien contre eux, il faut bien que des gens se préoccupent du sort des myopathes. (Le 3 et 4 décembre, faites un don aux généticiens, appelez le 36 37)
 

Oui, mais je risque d'être hors-sujet.
 

Suis écolo. Mais ça n'empêche pas (tout le monde) de réfléchir.

[nom]Paul Benjamin a écrit[/nom]
 

Non, mesurer des dents.  
 
 
ouais mais pour correler ca avec des variations ecologiques style densite vegetale, va falloir autre chose que des photos de montagne prise avec ton APN, non ?  
 
 
 

Ah non, je n'ai rien contre eux, il faut bien que des gens se préoccupent du sort des myopathes. (Le 3 et 4 décembre, faites un don aux généticiens, appelez le 36 37)
 
tout a fait, egalement penser a donner a la Ligue contre le cancer  
 
 
 

Oui, mais je risque d'être hors-sujet.
 
on fera une exception  
 
 

Suis écolo. Mais ça n'empêche pas (tout le monde) de réfléchir.
 
 
vaste debat  

 
Ah, certes, il faut déjà classer les types de milieux etc. Et ensuite, analyses multivariées, factorielles et tout le toutim.

 
J'ai mal au crane
 
M'enfin, chacun sa specialite    
 
 
     

 
C'est l'excuse la plus mauvaise que j'ai jamais entendu pour se faire offrir des vacances au ski à Serre-Chevalier   .

 
Et c'est le contribuable qui paye  

Rykm>
 
Lorsque tout ce dont on est capable est triturer de la verrerie Pyrex®, je comprends que cela puisse sembler rebutant.
 
(Les biostats c'est très simple... Tout l'art est de savoir quels ordres on va donner à son logiciel )

 
il y a justement une pop de Microtus qui vient de Serre-Chevalier dans les Hautes-Alpes !

 
Spam    
 
C'est bien ce que je pensais, c'est le logiciel qui fait tout le boulot  
 
edit:
 
tu veux qu'on discute screen genetique ?

 
A mon avis, le gène que tu choisis doit dépendre de l'échelle du temps sur laquelle tu veux travailler, vu que toutes les horloges évolutives vont pas à la même vitesse.
 
Pour comparer un primate avec une bactérie, tu choisiras de travailler sur le ribosome, qui bouge quasiment pas; si tu compares des vertébrés, tu prendras le cytochrome C, qui bouge un peu plus; pour des mammifères, l'hémoglobine doit pas être mal; et si tu veux comparer des populations humaines, l'ADN mitochondrial.

 
Ce qui me derange c'est qu'il y a des biais a l'interieur meme du gene.
 
L'evolution de la sequence ne depend pas uniquement de la distance genetique  

 
Non mais c'est un peu plus compliqué que de juste mettre des séquences face à face, et relier les points...

 
On n'utilise pas du pyrex, on utilise du plastique jetable pas réutilisable, mais rachetable. Faut faire tourner l'industrie, hein  

 
Je suis bien au courant  
 
Aussi elabore soit ton logiciel d'alignement, tu fais abstraction de facteurs carremment importants a mes yeux  

 
Oui, il faut aussi démonter la souris avant, c'est pas toujours facile. Déjà que quand elles sont élevées au labo avec la clim', bouffe et boisson à volonté, elles perdent pas une occasion de te gniaker, je préfères pas imaginer les souris wt.

 
Je fais confiance aux boyaulogistes du groupe pour savoir faire des stats...

 
A part chez les virus où les alignements de séquence sont asssez acrobatiques, ça reste quand même un outil assez simple d'utilisation et assez puissant. Bien sûr, il ne faut pas surinterpréter les résultats, mais je dirai la même chose pour toutes les techniques scientifiques en général  

Ouais cool, des collegues biologistes
J'avais jamais vu ce topik
Drapal, que dis je, Favori !

Bienvenue Plam    
C'est cool, encore un bioleux. On va bientôt pouvoir créer le lobbie des bioleux d'HFR

 
Welcome    
 
C'est cool, ca fait remonter le topik en plus  

ouais enfin bioleu, on vire dire bioleu/informaticien quoi
Biomol mais pas mal de biocell en fait

 
Pas grave    
 
Personne n'est parfait  

Tention toi, ou tu passes dans la machine à PCR

 
RyKMRyKMRyKMRyKMRyKMRyKMRyKMRyKMRyKMRyKMRyKMRyKMRyKMRyKMRyKM

 
       
 
 
comme le mechant dans Matrix

Relançage de topik à coup de photo :
 

 
Chicorée de neurones sur son tapis astrocytaire, le tout produit avec amour à partir de cellules souches adultes de souris

 
l'addition siouplé

 
Vous prendrez bien un petit oligodendrocyte en dessert
 

 
Ouaww !!    
 
Confocal ?  
 
J'imagine que oui      
 
Combo confocal + deconvolution, ca pete y a pas a dire  
 
 
C'est quoi les marquages ?
 
Rouge j'imagine que c'est la tubuline mais en vert c'est quoi ?