Reprise du message précédent :

 
C'est comme ça qu'on fait la différence entre un biochimiste et un généticien. Le généticien part du mutant pour arriver à la mutation, le biochimiste part de la mutation pour arriver au mutant  

 
Pour l'instant oui.  
 
Vu l'importance therapeuthique c'est clair que certains vont se jeter dessus.
 
En gros tu peux completement contre-carrer l'action de certains oncogenes comme MDM2 qui diminue la duree de vie de p53 (la prot) si tu trouves une quelconque substance capable d'interferer avec cette inhibition traductionnelle, tu soignes pas mal de cas de cancer    
 

 
Clair    
 
Mais pour l'instant y a pas de mutagenese "dirigee" chez C.elegans, rien que le KO est un veritable cauchemard, donc le knock-in j'en parle meme pas.

 
Je connais des vers qui vont être nourris aux analogues d'ARNm trois fois par jour, j'espère qu'y z'aiment bien  

 
Si ça peut te consoler, la mutagenèse dirigée sur des virus à ARN, c'est assez cauchemardesque aussi. Chez les paramyxovirus, il y a par exemple une règle débile qui fait que si le nombre total de bases du génome n'est pas multiple de 6, le virus pousse pas. Ca remplace n'importe quelle calculatrice  

 
Pour l'instant c'est pas en projet, chez nous    
 
On a d'autres scoop a se mettre sous la dent    
 
Mais c'est clair que c'est une bonne idee de start-up.  
 
Svenn ==> tu fais quoi apres ta these ? On monte une petite boite de biotech ? Je m'occupe du screen chez C.elegans et tu nous fais de la synthese dirigee    
 
On va devenir millionnaire      
 
 
     

 
  vraiment bizarre les virus    
 
Ca explose le cadre de lecture ?

 
Ca c'est un gros probleme, beaucoup de composes se dissolvent dans le DMSO, je te raconte pas la gueule des vers    
 
analogues d'ARNm ? T'as des pistes (je suis une burne en chimie )

 
Ben après ma thèse, je sais déjà ce que je fais : j'ai enfin des cristaux de ma protéine qui marchent, ce qui veut dire (normalement) structure dans quelques mois. Donc, je finis le boulot, et ensuite je vais faire un post-doc quelque part entre Utrecht, Heidelberg, Londres, Zurich, Göttingen. Avec une petite préférence pour Zürich parce qu'il y a des montagnes à côté    
 
Après, pas de problème, on se monte notre start-up dans un paradis fiscal, et on est riche  

 
+1 pour Zurich   gros moyen, cadre de vie incomparable.
 
Heidelberg   si c'est l'EMBL spa mal non plus  

 
Non, le truc, c'est que le génome de ces virus s'accroche à des "nucléoprotéines" qui reconnaissent très exactement six bases. Cette protéine recouvre la totalité du génome et si il y a des bases qui "débordent", le virus plante

 
Cela dit, j'imagine asse bien à quoi ils doivent ressembler après . A C. elegans, dissous pour la science
 
Pour les analogues d'ARNm, c'est difficile parce que je ne connais pas le mécanisme et donc que je ne sais pas exactement ce qu'il faut faire (forcer une protéine à s'accrocher à un ARNm ou l'empecher de s'accrocher)

 
C'est un peu mon idée

 
L'empecher    
 
La proteine "sauvage" fixe la region 3' UTR et inhibe le traduction.  
 
La proteine mutee fixe normalement les autres ARNm mais pas celui de p53, ce qui engendre une plus grande sensibilite de la cellule aux signaux pro-apoptotiques (les lignees cancereuses y sont devenues insensibles) donc si on peut mimer cet effet (empecher la mechante proteine de fixer l'ARNm de p53) on devrait retablir l'elimination des cellules cancereuses par apoptoses.  
 
Ceci dit, pour l'instant on ne connait pas le mecanisme chez l'homme,  mais le gene est concerve, ca c'est sur  

 
L'EMBL c'est carremment le top du top.
 
2eme institut mondial en terme de publications  
 
 
edit: 1er Salk Institut
 
3eme : Scripps (ca j'en suis moins sur)  
 
CNRS ==> 17 eme  

 
A mon avis, la molécule miracle n'existe pas encore, mais je vois deux moyens pour la trouver.
 
Je vois deux façons de trouver la molécule miracle. La première, c'est de commencer par cocristaliser le complexe protéine X-ARNm de p53. A partir de cette structure, il devrait être relativement simple pour un spécialiste d'apporter des modifications chimiques mineures à cet ARNm pour augmenter son affinité pour la protéine X. Accessoirement, il faudrait utiliser des analogues non-hydrolysables d'ARN, pour éviter qu'ils soient dégradés trop rapidement par les RNases. Il existe surement des ARN où ils remplacent le phosphate par un sulfate ou des choses comme ça.  
Une telle molécule devrait inhiber efficacement la protéine X, ce qui permettrait à l'ARNm de p53 de faire son boulot.
 
La deuxième méthode est utilisable surtout si tu es actionnaire majoritaire de Merck ou de Glaxo. Dans ce cas, tu prends toutes les molécules que tu as dans tes placards et tu regardes lesquelles s'accrochent à la protéine X. Avec un peu de chance, la molécule miracle fera partie de cette liste.
 
Elle agit où dans la cascade apoptique, p53 ?

 
Surtout que l'EMBL n'est pas si grand que ça en terme de nombre de chercheurs. Ce que j'aime bien aussi à l'EMBL, c'est qu'il y a beaucoup de jeunes équipes, c'est très dynamique    
 
Pour le CNRS, c'est pas vraiment une surprise malheureusement, même si je ne sais pas combien d'organismes ont été classés, 17ème sur 17 ou sur 250, c'est pas la même chose  

On peut le trouver où le classement ?

 
Article de Nature Mai / Juin 2004
 
D'ailleurs dans le meme article, ils classaient les pays em ponderant le nombre de publication avec le PIB et la population ou un truc du genre.
 
==> 1er Israel  
 
==> 2eme LA SUISSE !!!!  

 
 
c'est 17 eme sur plus d'une centaine.  
 
Mais rapporte au nombre de chercheurs, c'est pas la joie  

Switzerland RULEZ!!!    
Je le savais qu'on était des bons!  

 
Vraiment upstream    
 
p53 est stabilisee en reponse au DNA-damage (voie ATR, hRad17 etc)
 
p53 est un transactivateur    et la plupart des mutations affectant son activite tombent dans le domnaine de fixation a l'ADN.
 
P53 activent la transcription de PUMA et NOXA qui sont des BH-3 domaines proteines. Ensuite Bcl-2 et Co.
 
Depuis qq mois 2 labo affirment que p53 peut directement activer l'apoptose en allant interferer avec un effecteur present sur la membrane des mitochondrie (relargage du cytochrome C) mais dans le milieu, personne ne croit a ces manip (faites en sur-expression   )

Salut!
 
Je recherche des arbres phylogenetiques de mtDNA de canis rufus (loup rouge americain).
 
Est-ce que vous savez ou je pourrais trouver ca sur le net? Je ne trouve ca nulle-part (ni sur google, ni sur ncbi)  
 
Merci!

 
Faut demander a Cardelitre, il bosse precisemment la-dessus.

Ah non c'est pas moi...  
Suis dans la virologie plutôt.
Sinon j'ai trouvé ces références, mais je sais pas si ça te conviendra...
 

• Avise, J.C. and Ball, R.M. (l990) in Oxford Surveys in Evolutionary Biology (Vol. 7) (Futuyma, D. and  

Antonovics, J., eds), pp. 45-67, Oxford University Press 32 Avise, J.C. et al. (1987) Annu. Rev. Ecol. Syst. 18, 489-522  

• Thurber, J.M. and Peterson, R.O. (1991) J. Mammal.72, 750 -- 755

Sur ce site: http://www.idir.net/~wolf2dog/wayne2.htm

 
Pardon, c'est Paul Benjamin  

 
Merci    
 
La partie droite de cette figure est justement ce que je cherchais (analyse d'une partie de sequence du cytochrome b)
http://www.idir.net/~wolf2dog/images/W2FIG4.gif
 
A cote de ca j'ai aussi trouve un arbre base sur des alleles du MHC
 
Il est efficace ce petit topic  

http://science-research-canid.itgo.com/redwolf.htm <-- également plein de refs. Dont les articles de Wayne & Jenks.

Un léger caveat à l'utilisation des siRNA:
 
Super lien
 
Par ex. plusieurs siRNA sont designés pour un seul et même target.
On fait ensuite un cDNA microarray: résultat, d'autres transcrits que le target sont down-regulés avec la même cinétique (ce ne sont pas des gènes downstream du target) (et je suppose que tous les siRNA avaient été blastés avant quand même). Après alignement, on remarque que ces transcrits "off-target" ont un certain taux d'homologie avec le target initial, que ça n'est pas un effet dose-dépendant, et que de plus la signature transcriptomique des cellules varie selon le siRNA injecté.
 
Ils parlent aussi de l'effet (aussi parfois non-spécifique) des siRNA sur la régulation au niveau de la traduction.
 
Encore pas mal de zone d'ombre donc, combien de labo ont les moyens pour designer/commander plusieurs siRNA et ensuite faire des microarrays pour tous? Bref, de faire de vrais contrôles  
 
PS c'est surprenant que le papier vienne d'une filiale de Merck, on pourrait supposer les industries moins précautionneuses...

 
Refais ton lien c'est hors-cadre  
 
 
edit: de plus c'est pas vraiment etonnant. Je me souviens du premier Chip qui avait ete fait chez la levure.
Le controle etait une deletion communement consideree comme un marqueur (genre tryptophane ou leucine) et les differences d'expressions etaient ahurissantes.
 
Bref, je ne pense pas que ca soit inherent a la technique de siRNA.  
 
Je dis ca, mais j'ai pas encore lu l'article  
 
J'aime bien a la fin:  i) pooling of siRNAs for the same
gene, which can help maintain target gene silencing
while reducing the contribution of off-target effects
(A.L. Jackson, unpublished)
 
Le unpublished data.

 
Hm, je comprends pas, tu mets en doute les résultats des microarrays? (de ce que j'ai pu voir, les résultats en microarray et qPCR corrèlent assez bien généralement)
 
C'est quand même légérement suspect que les off-target down-régulés ont des séquences partiellement homologues avec le siRNA
 
La proposition unpublished m'avait aussi fait

 
C'est vrai qu'il y a ces temps-ci une vilaine tendance à mettre des "données non publiées", donc non vérifiables. Certains journaux ont heureusement trouvé la parade avec les "données supplémentaires", qui ne font pas partie de l'article proprement dit, mais qui sont accessibles online à tout le monde

 
Non non, je dis que lorsque tu shut-down un gene (par RNAi ou par une bonne vieille deletion) tu as un effet sur des centaines d'autres genes.
 
C'est ce que montrait la comparaison entre deux souches de levures qui ne differaient que d'un gene.
 
Donc je ne suis pas trop etonne que l'introduction d'un siRNA puisse avoir un effet sur d'autres genes "non-cible".
 
 
edit: et je parle evidemment de genes qui sont, a la lumiere de ce que l'on sait auj, dans des voies signaletiques completement distinctes.
 
Comme quoi, tout est un, tout est lie avec tout

 
La différence c'est qu'en plus de moduler ton gène, le siRNA modulerait aussi d'autres gènes. Comme savoir dès lors si le phénotype que tu observes est dù au silencing de ton gène ou à celui des autres? Dans le cas d'une mutation, tu es au moins sûr que d'une manière ou d'une autre, le phénotype est lié à celle-là.

 
Clair, c'est un gros probleme    
 
Mais dans le cas de la deletion, c'etait un peu pareil (moins direct, certes) mais ca laisse a reflechir.
En qualite de geneticien   quand je considere une souche qui est deletee  pour un gene X je me dis que la seule difference avec la souche sauvage est ce gene X. Or c'est evidemment faux  
 
Quant au siRNA je pense qu'il y a encore qq espoirs dans la modification chimique de l'ARN lui-meme pour augmenter la specificite et la stabilite.

 
Ouaip, pour sûr

 
D'ailleurs ca me fait penser (ca arrive de temps en temps )
que si on regarde le fonctionnement des microARN on ne peut que constater qu'ils n'offrent qu'une homologie partielle avec leur cible, pourtant ca marche   donc...

Histoire de reveiller le topik et de le recentrer, je poste un petit schema recapitulant le fonctionnement du RNAi    
 
 

 
 
edit: en vert tout en bas, c'est l'ARNm "endogene" c'est-a-dire normal. L'apport de siRNA (petit morceau d'ARN double brin tout en haut) conduit a  la degradation de l'ARNm avec lequel il partage une certaine homologie.
 
Donc le gene correspondant est "silencieux" car la traduction de l'ARNm en proteine ne peut plus avoir lieu.
 
Dans le papier cite en 1er post, ils injectent directement les siRNA (a droite dans le schema) dans le sang    et ca marche

Dans la série "les 666 modes de régulation de p53", il y a un full article dans le dernier Nature. Un papier très intéressant et riche en informations : ils montrent une méthylation de p53 par une méthyltransférase, ce qui stabilise p53 et le bloque dans le noyau. Avec une jolie petite structure du complexe ternaire entre la méthyltransférase, un morceau de p53 et un cofacteur    
 
 
Nature \ 432, 353 - 360 (18 November 2004);  
 "Regulation of p53 activity through lysine methylation"

 
Ouep' j'en avais parle dans mon post sur l'apoptose    
tres rapidement, je sais
 
Le plus drole c'est qu'il y a un "early publication" dans Cell depuis 10 jours sur le meme gene (Set9) qui semble methyler l'histone H3 ou 4 (je sais plus) en reponse a une cassure double brin.

 
Ca a l'air assez important ce Set9 . Il était déjà connu avant, ou tout le monde est en train de lui tomber dessus ?