Reprise du message précédent :
Tu peux passer par la fac de psycho (spécialité Neuropsycho, axée aussi sur le côté biologique de la neuro)

Niveau débouché ça marche bien?

Salut, je voudrais savoir si quelqu'un fait de la culture de lignées PC12... Parce-que bon je dois les transfecter et c'est super chaud   (une bonne quinzaines de protocoles existent mais ils sont tous pas top...).
 
Voila.

Pas top, c'est-à-dire?

Bombarde-les aux billes d'or  

 
A un congrès, j'avais entendu parler d'une "technique géniale de transfection". Tu prends tes cellules, tu les mets dans un tube, puis tu rajoutes au-dessus ton plasmide. Ensuite, tu tournes à 100000 g dans une ultra et le plasmide rentre dans les cellules.
 

Ou alors un bête mixer fera l'affaire

 
L'avantage avec un mixer, c'est que ce sera plus homogène  
 
J'envoie un mail à Nature, ça peut les intéresser cette technique  

 
On fait un SUPER-protocole, centri a 100 000g dans un champ electrique avec ADN fixee aux billes d'or dans un peu de PEG  

 
Faudrait aussi ajouter 10% de SDS pour déstabiliser légèrement les membranes et faciliter la transfection  

 
Sinon j'avais lu un papier dans lequel ils "transfectaient" des HeLa avec Agrobacterium  

Plus sérieusement, passons à la revue de presse hebdomadaire. Dans Nature d'aujourd'hui, je n'ai rien vu qui révolutionait la biologie à priori, mais je n'ai pas tout zyeuté  

 
Pourtant y'a un joli papier de bio structurale   Toll-like receptor 3, je pensais que tu serais interesse  
 
 
edit: dans Science
 
Nature c'est le jeudi  

 
 
Oki. Nature, je sais pas pourquoi, on a eu un jour de retard cette semaine, j'ai pas pu venir avant  

Merci les gens pour ces trolls intelligents. Bon on a testé electroporation , PEG, Calcium phosphate. La lipofectamine strocher. La seule qui ai a peu près marché est l'electroporation suivant un protocole trouvé dans un JBC... Mais bon je voulais juste savoir si par le plus grand des hasards quelqu'un sur hfr    avit eu ce problème.

Dans le Science, y a aussi un papier qui va faire des centaines voire des milliers de citation : ils ont réussi à mettre en culture le virus de l'hépatite C, un des 3 virus les plus étudiés dans le monde, mais il avait la très désagréable particularité de refuser de pousser quel que soit le système. La recherche sur ce virus devrait connaître un boom désormais  

 
Quel etait le probleme ?  

 
Ca dépend beaucoup des cellules, il n'y a pas vraiment de règle. Un système très efficace pour un type celulaire peut être absolument nul pour un autre type de cellules. Y a pas d'autres solutions que d'essayer jusqu'à trouver le système miraculeux  

 
Justement, on savait pas pourquoi ça marchait pas alors que ça marchait pour tous les autres virus.
 
J'ai lu l'article en diagonale, mais apparemment, ils sont tombés sur un mutant ultra-virulent solé chez un patient et ce mutant a bien voulu poussé. Mais ils ont pas vraiment compris pourquoi. Le principal, c'est que ça marche, on aura tout le temps de comprendre où était le problème  

Tiens, une question dont la réponse reste vague dans ma ptite tête :
 
l'«épidémie» de SIDA risque-t-elle (ou non) de favoriser le passage et l'établissement durable chez l'espèce humaine de tout un tas de saloperies auquel nous sommes habituellement peu soumis ? (immunité opportunistes tout ça )

 
J'aurais tendance à dire que oui, et pas seulement chez les sidéens. L'absence de système immunitaire en bon état favorise l'infection d'un sidéen par des maladies n'affectant pas l'homme normalement. Donc l'agent pathogène trouve un hôte qui lui convient, il s'y adapte. Et une fois que cet agent est adapté à un humain sidéen, il ne lui reste plus qu'à apprendre à gérer le système immunitaire pour infecter les personnes séronégatives. En gros, ça revient à transformer une barrière d'espèce en deux barrières plus petites.
 
Donc en théorie, oui, même si en pratique, je ne vois pas d'exemple.  

 
 
Je vois que vous avez parfois des difficultés expérimentales certaines...
 
Vous vous en sortez remaquablement bien compte tenu de la complexité des systèmes que vous étudiez.

 
C'est ça qui est difficile en biologie, c'est qu'on ne travaille pas sur des systèmes parfaitement définis comme en physique ou en chimie. On travaile en permanence sur des systèmes incomplètement décris et on essaie d'en comprendre précisément des sous-systèmes. Etant donné la complexité de la moindre cellule vivante, nous n'avons pas les moyens de comprendre intégralement une cellule et il faut donc faire le tri entre ce qu'on étudie et ce qu'on laisse tomber pour le moment. En l'occurence, le plus important, c'est d'avoir un moyen de cultiver le virus (et donc de pouvoir étudier le cycle du virus, de construire des virus déficients pour l'une ou l'autre fonction, de comprendre son interaction avec le système immunitaire, etc...), pas de savoir pourquoi ce moyen marche (ce qui sera surement intéressant, mais probablement beaucoup moins).  

 
Tu as quoté 2 trucs dont tu ne comprends visiblement pas les tenants et aboutissants (tu sais ce qu'est une transfection déjà? Et surtout tu sais ce qu'on peut apprendre d'une transfection?) et tu en extrais ce qui te conforte dans l'image que tu as de la biologie...
 
Tu ne penses pas que tu devrais te construire un semblant de culture des sciences de la vie (je veux dire un peu plus poussé que la bio du lycée) avant de te permettre ce genre de remarque

 
Non seulement je sais ce que c'est, mais en plus j'en ai déja fait    
 
Sinon, c'était vaguement ironique, faut pas s'emballer comme ça j'aime bien chambrer les bioleux, chimistes et autres cuisiniers quand j'en rencontre...

 
Pas de troll ici, ce genre d'interventions tu les gardes, merci.

 
Ok.

(C'est malin, t'as vexé les boyologistes )

 
Nan même pas    
 
Dans le fond, discuter de l'imprécision inhérente de certaines approches en biologie peut être intéressant, mais Svenn et Bank prennent le temps de répondre et visiblement Haepatos s'en fout royalement, je trouve pas ça correcte    
 
On est là pour discuter Bio mol, génétique etc, si ca part en troll, ça close  

 
Mettre au même niveau la réponse de Bank et de Svenn ce n'est pas trés pertinent...

Roooh l'edit de fouine d'hephaestos

 
   
 
J'ai donné une réponse à la hauteur de ton assertion.

 
Si tu en as fait (et que tu as compris le but ), c'est dommage que tu t'arrêtes à des détails techniques. (Pas inintéressants en soit, mais certainement pas centraux dans l'information que tu recherches).
 
Donne-nous plutôt ton point de vue, je trouverais ça autrement plus intéressant qu'un troll vaseux d'une ligne que tu rétractes ensuite insidieusement

 
 
Oui oui, je ne t'en veux pas particulièrement, je comprends que l'ironie ou la drolitude n'est pas forcément évidente par forum interposé (d'autant qu'en ce qui me concerne, même en vrai, hum...   ), ta réponse n'avait rien d'étonnant. Mais il s'avère qu'elle était à coté de la plaque, il est normal que je me sois défendu...

 
 
Rien d'insidieux, on m'a fait remarqué que c'était un troll et que cela n'avait rien à faire ici...
 
Concernant mon point de vue, il est trés proche de ce qui est venu remplacé mon troll : compte tenu de la complexité effarante des systèmes biologique, je suis sur le cul à longueur de temps en lisant ce sujet ainsi que les revues scientifiques, de voir ce qu'il est possible de faire. Parallèlement, c'est assez déprimant pour un physicien de travailler avec des choses vaguement en rapport avec de la biologie, puisqu'on se rend rapidement compte que, pour faire ce que l'on aime faire (modéliser => numériser et/ou expérimenter => valider ou corriger le modèle), la partie 'numériser' est à oublier si l'on veut faire quelque chose qui ressemble vaguement à la réalité, et la partie 'expérimenter' prend 99% du temps (par opposition aux 80% réglementaires dans les domaines 'morts').

Tu peux détailler (ou donner un exemple) stp ?

 
Oulah, je sais pas moi, imaginons que l'on souhaite comprendre les mécanismes d'adhésion de cellules PC12, et que l'on ait identifié une protéine (la protéine UHU-1) avec une fonction qui pourrait servir à l'adhésion (c'est une longue protéine avec une point de colle au bout). Pour vérifier notre théorie, on a besoin de transfecter ces cellules avec un mutant de UHU-1 auquel on a amputé le bout de colle (non, on ne peut pas faire autrement, ne me demandez pas pourquoi...). Eh ben figurez vous qu'il existe 15 protocoles de transfection de PC12, mais aucun ne fonctionne correctement! Les 6 mois qui vont suivre serons consacrés à la mise au point d'un protocole qui fonctionne...    
 
 
voila, si mon exemple est stupide, chu désolé...

En gros, ta question c'est "pourquoi on est obligés d'expérimenter de façon pratique, avec toutes les emmerdes techniques que ça comporte, plutôt que modéliser ça en se basant sur la théorie" ? Non ?
(Ou alors j'ai toujours pas vu où ça coince )

 
J'ai pas de question, on me force à donner mon avis sérieusement, alors je le fais
 
Je vais essayer une autre approche :
 
La science c'est essentiellement deux choses : décrire, et prédire. Ces deux aspects sont intimement liés, absolument indissociables. L'aspect descriptif est le même dans toutes les sciences, les outils d'observations sont connus, on a des paramètres objectifs auxquels on se tient. En ce qui concerne la prédiction, c'est moins évident. En physique dure, la seule prédiction qui ait un intérêt est le modèle (c'est à dire une prédiction ayant un domaine d'application continu), qui sera d'autant plus intéressant que son champ d'application sera grand. Il en découle une approche classique de type observations => modélisation => observations pour vérifier le modèle. Depuis quelques années, on peut même dans certaines conditions remplacer les observations par des expériences numériques, puisque les lois élémentaires de la matière sont connues aujourd'hui de manière à peu prés certaine.
 
 
Historiquement, cette démarche n'avait pas lieu d'être dans d'autres domaines pseudo-scientifiques : l'(al)chimie, la zoologie, la médecine. Les experts dans ces domaines avaient pour objectif de décrire au mieux leur objet d'études, mais il n'y avait pas lieu à faire des prédictions, compte tenu de la méconnaissance d'alors des mécanismes qui sous-tendaient les observations. Il y a sans doute quelques contre-exemples à cela. Pasteur (qui était docteur es mathématiques) a découvert le vaccin par hasard en injectant un microbe vieilli de la rage à des poules. Darwin a couché sur le papier une théorie qui ressemble trés fort à une tautologie, son génie résidant essentiellement dans l'efficacité à rassembler un grand nombre de preuves, et dans la pugnacité dont il a fait preuve en insistant pour faire admettre sa théorie à un auditoire extrêmement hostile. Là, je digresse, mais je tiens à m'assurer que mes propos soient bien interprétés : Je suis un admirateur sans faille de Darwin, ses découvertes sont exceptionnelles et l'interprétation qu'il en a faites étaient remarquablement exactes, d'autant qu'il n'avait aucun moyen de soupçonner la présence de mécanismes de transmission héréditaires. Mais ce n'était pas un génie scientifique : son approche était empirique, et il n'a fait qu'affirmer ce qui lui semblait être évident.
 
Historiquement donc, la biologie se bornait pour l'essentiel à décrire le vivant, et éventuellement à essayer de le modifier empiriquement (j'imagine qu'il y a toujours eu des généticiens dont l'objectif était d'avoir de plus gros épis de blés et de de plus belles tomates...). Pour étayer mes propos, il est intéressant de jeter un coup d'oeil à la rubrique "50 and 100 years ago" dans Nature.
 
Heureusement (à mon gout ), les choses ont changé depuis 100 ans. Les outils d'observations nous ont permis d'approcher le vivant de bien plus prés, et de le décrire jusque dans ses constituants que ces chers physiciens comprennent. Le lien a été fait entre la matière et la vie, et depuis quelques dizaines d'années, via la biologie moléculaire (on y vient ), le pouvoir prédictif de la biologie est devenu potentiellement infini.
Cependant, par rapport à ce qui se fait en physique dure (mécanique structurale, mécanique des fluide, physique statistiques...), la complexité des objets étudiés est restée abyssale, et elle est trés péniblement réductible (les expériences in vitro sont toujours l'exception il me semble). Il est toujours hors de question d'avoir un 'modèle de la vie', les prédictions sont pour la plupart ponctuelles, fonction par fonction et protéine par protéine, on essaie de comprendre comment ça marche. Ajoutez à ceci les difficultés expérimentales incessantes et inévitables compte tenu de l'impossibilité de faire des expériences numériques (Ce n'est pas Paul Benjamin qui me contredira, je sais ce qu'il pense de l'assimilation des relations sociale à une vulgaire partie de dilemne de prisonnier réitéré... difficile de ne pas être d'accord...), et ce que l'on obtient c'est une science où :
 
-Les expériences sont inévitables et trés souvent problématiques.
-Leur pouvoir prédictif est généralement trés faible au regard de l'étendu du domaine étudié (à l'image du traitement des cancers, qui se dirige à ce que j'ai compris vers une solution au cas par cas, les cancers prenant en réalité tout un tas de formes bien différentes).
 
Comparez cela à une physique où les propriétés de la matière tiennent généralement en une poignée de graphes à une dimension, et où deux expériences nous sont parfois suffisantes pour caractériser un dispositif entre 0 et l'infini, et vous comprendrez que le mépris affiché ne peut être que moqueur, ou provenant de personnes ne connaissant que trés mal le domaine.
 
 
Pour finir, je voudrais quand même pointer un élément qui n'a rien d'objectif et qui peut donc difficilement être utilisé comme un argument, mais qui a son importance à mon avis : la biologie est une science où finissent nombre d'étudiants qui ne sont pas doués en mathématiques. A ce sujet, je ne ferai aucun concession : les mathématiques ne servent à rien, soit, mais elles sont le seul langage qu'un scientifique soit dans l'obligation de comprendre. Et la situation passe de problématique à catastrophique lorsque l'on parle de laboratoires hospitaliers, et je vous parle en connaissance de cause pour avoir parlé avec un 'chercheur' du CHU de Grenoble : sa méconnaissance des lois mathématiques qu'il utilise à longueur de journée l'empêche d'avoir le moindre recul vis à vis de ses expériences. Ces gens là sont trés probablement utiles à la science, mais ce n'est pas eux qui la construisent.
 
Je vous cite pour conclure mon biologiste préféré :

Il est évident que la biologie ne peut pas avoir (du moins à l'heure actuelle et pour au moins quelques décennies) la prétention de totalement expliquer le vivant, même un organisme simple comme une bactérie. Le puzzle est extrêmement complexe et le moindre élément de ce puzzle peut avoir une complexité redoutable. Si on prend un organisme comme un mammifère : on a plusieurs centaines de types cellulaires et de l'ordre de 30000 gènes. Contrairement à l'ancien dogme, on n'a pas "1 gène = 1 protéine", mais "1 gène = parfois beaucoup de protéines". Le récent papier que mentionnait RyKM montre que même sur une protéine ultra-étudiée comme p53, on peut trouver des isoformes que personne n'attendait. Ensuite, les deux autre dogme qui ont volé en éclats, c'est "1 protéine = 1 structure" et "1 structure = 1 fonction". Beaucoup de protéines admettent plusieurs structures. Par exemple, une polymérase aura diverses structures (1 au repos, 1 associé à une amorce, 1 complexe d'initiation, etc... En ce qui concerne les fonctions, c'est encore plus net. Sans aller jusqu'à des protéines comme Ras ou les dynéine/kinésine qui sont impliquées dans des dizaines voire des centaines de processus biologiques distincts, chaque protéine interagit avec de nombreuses autres et chaque complexe protéique peut être à l'origine d'une fonction.
 
Sachant que la moindre structure demande souvent des années de travail, que l'étude d'une interaction entre deux protéines demande plusieurs années (1 à 2 ans pour caractériser l'interaction, au grand minimum autant pour comprendre la fonction de cette interaction), on mesure bien l'ampleur de la tâche, malgré le nombre de biologistes dans le monde. Même sur un malheureux virus à une dizaine de gènes (le HIV), des milliers (des dizaines de milliers ?) de chercheurs sont nécessaires et tout le monde sait que la partie est loin d'être gagnée après plus de 20 ans d'efforts.
 
Et encore, jusque là, nous parlons d'échelles inférieures au micron, où les systèmes sont les mieux maitrisés. Quand on passe à un organisme entier, ça devient encore plus dur et ce, pour plusieurs raisons. D'une part, contrairement à la physique, il est très difficile de réaliser deux expériences identiques, étant donné que nous n'aurons jamais deux organismes identiques. Le clonage n'est pas une réponse à ce problème, étant donné que les animaux clonés ont un vieillisement anormal. Même des animaux vrais jumeaux ne sont pas une solution, ils n'ont pasvécu exacteemnt la même chose, etc... Je ne parle même pas de l'homme où pour des raisons évidentes d'éthique, on ne peut pas faire n'importe quoi comme expérience.
 
Et pourtant, on arrive parfois à faire des choses, une molécule sort des méandres de la recherche bio-médicale pour faire des miracles, c'est la pénicilline, le cisplatine, la bléomycine, etc... Ce qui montre bien que malgré la connaissance très incomplète des systèmes biologiques, il est possible d'agir efficacement sur le vivant. Cependant, contrairement à la physique et probablement la chimie, on ne peut pas raisonner avec des certitudes (ou quasi-certitudes si on veut pinailler), mais uniquement avec des probabilités. Et c'est d'ailleurs un grand problème en biologie, parce qu'il y en a pas beaucoup qui comprennent ce que veulent dire les probas. Va expliquer à un chercheur de 50 ans que si une molécule marche une fois sur un essai, elle n'a pas forcément une efficacité de 100%  

Bon, j'ai toujours pas réussi à avoir quelque chose de correct. J'ai une autre question. Pensez vous que une culture post electroporation sans antibios (j'utilise peni/strepto) peut influencer?? Style les pc12 avec des trous dans la membrane n'aiment pas les antibios  (notemment la streptomycine).