Reprise du message précédent :

ça y est, on est parti dans la guéguerre entre bioinformaticiens  

Pour le visa, ça devrait le faire. Par contre pour la bourse, c'est moins certain. Et 4 mois en Australie sans aucun financement, ça fait mal.    
 
Sinon ouais, je vais bouffer du R je sens.    Enfin, si je peux faire du Biopython ou Pandas, j'hésiterai pas.
(Dans tous les cas, les stats c'est pas sexy mais c'est utile et recherché ).

R, c'est un des trucs les moins intuitifs au monde. Je dois tout le temps aller sur le net pour me souvenir des commandes et de leur parametres. Apres oui, c'est tres utile pour les stats et les graphiques.
 
Python, il suffit de deviner comment une fonction pourrait marcher, et ca marche direct (ou presque) !

bah, c'est comme tout
une fois que t'en fais de manière régulière, la syntaxe vient un peu intuitivement
 
même si c'est fortement typé comme language, ce qui est peut être assez déroutant...
du coup faut faire tout le reste en Perl pour compenser

 
D'où l'intérêt d'annoter un minimum ses scripts et de bien les conserver.
 

Regarde du côté des bourses de région. La plupart des régions tu en as pour des semestres d'études ou stages à l'étranger. Ce n'est pas une grande somme mais ça aide toujours.
 
Vu le sujet, ça serait étonnant que tu échappe à R. Sinon c'est qu'ils ont un autre logiciel de stats qu'ils ont l'habitude d'utiliser.

Oui, c'est que je fais.
 
Mais des que c'est un truc nouveau, je dois tout le temps aller sur le net.
 
Alors qu'en python, non, c'est plus intuitif.

T'as peur pour ton avenir ?
Plus les années passent, plus c'est la dèche au niveau académique

Ah non, pas d'académique pour moi, donc je suis confiant.
Enfin, thèse + postdoc à l'étranger, en bioinfo, je suis quand même étonné qu'il galère autant. Juste en regardant les offres de la Sfbi qui passent, il y a un paquet de positions qui s'ouvrent tout le temps.

(En parlant de ça, y a Oystir, un job board ciblant spécifiquement les postes en bioinformatique/comp bio/data sciences qui est en train d'être lancé et qui pourrait être un bon lieu pour trouver un poste (c'est encore tôt par contre, la startup démarre seulement )).

 
Facile a expliquer:
 
- Au niveau académique, j'ai appliqué a des postes de chef de labo/prof/lecturer/chercheur indépendant. J'ai quand même été interviewe deux fois (une fois grant, une fois position). J'ai trois points noirs dans mon dossiers: pas de papiers dans Cell/Nature/Science, pas de grants obtenue (mais j'ai eu des fellowships pour postdoc) et ma thematique de recherche n'est pas trop sexy. Et quand il y a entre 50 et 250 candidates, il y a naturellement un effet stochastique aussi.
 
- Au niveau industriel, j'ai appliqué a deux positions: pour une je n'ai jamais eu de réponse et pour l'autre j'ai eu droit a un entretien téléphonique, mais le poste n’était pas si intéressant et les perspectives de carrières au sein de la boite très faible. Enfin, depuis j'ai appliqué a plusieurs autres, j’attends les réponses. Un autre probleme que j'ai pour l'industrie que mon experience en NGS est tres maigre. Hors ils veulent tous ca.
 
Mais bon, on verra ca en 2016.  

Un truc intéressant:
 
The Job Search Paradox - January 2, 2014
https://thoughtsforbreakfast.wordpr [...] h-paradox/
 
The Academic Job Search Epic- August 27, 2015
https://thoughtsforbreakfast.wordpr [...] arch-epic/
 
2013: 20 application, 1 interview, 0 succes.
 
2014: 29 applications, 11 interview, 3 succes.
 
 
Question: que s'est-il passe entre deux ?    
 
Reponse dans les liens.

Ah bah t'es tranquille alors

Plus de mystères, il y a encore quelques années, on avait pas besoin de publier dans Cell/Science/Nature pour avoir ces postes. Maintenant, c'est une condition sine qua non.

 
Dans les postes académiques, tu as postulé dans quel pays ?

Angleterre, USA, France, Suisse.

 
Dans ce cas à quels postes académiques as-tu postulé en France si tu n'es pas sur une liste de qualification MCU/MCM ?

Ce genre de postes:
http://www.pasteur.fr/en/annual-ca [...] ut-pasteur

Nan mais Pasteur tout de suite là....et puis ça compte pas    
 

Je me demandais, pour ceux dans le publique, qu'est-ce qui a motivé votre choix plutôt que le privé ? La liberté d'organiser ses recherches comme on le souhaite ? La sécurité du poste ? Pouvoir faire de la recherche fondamentale ?

Je suis pas convaincu que l'axiome soit vrai

Certes. Plus de libertés que dans l'industrie j'entends.

- Les opportunités qui se sont présentées.
- Le fait de pouvoir faire ce a que je suis formé, et donc que je maîtrise.
- Le fait est aussi que je connais cet environnement, mieux que celui de l'industrie.
- Le plan de carrière clair (PhD => 1er postdoc => 2eme postdoc => Lecturer/Chef/Prof). Mais ca, c'etait avant que je voie les difficultes.

et les gars faut pas rêver... pour ma part je voulais trouver dans le "privé". J'ai postulé pour des postes dans mon profil chez novartis and co. Et même pas un entretien alors que sur les profils recherchés on devait être 10-15 en France max. Jusqu'à ce qu'on m'explique que de toute façon, les meilleurs partaient dans le privé, c'est à dire, on allait les chercher, et que les annonces étaient là pour donner le change (j'exagère à peine). Pour ma part donc les postes dans le public ne m'attiraient pas, car je savais à l'avance qu'il fallait un immense coup de bol pour en avoir un. Après une centaine de candidatures, une dizaine d'entretiens, et 2-3 postes en finale, dont un où j'étais pris, et qu'au final "bah non, désolé", je me suis dit qu'au moins dans le public les règles étaient claires dès le départ. C'est trop lng à expliquer ici, mais vache, j'en ai bavé dans les deux cas, mais au moins, dans un poste de MCf quand on prend le candidat local, même s'il est mauvais, au moins tu piges la démarche, mais pour danone par ex, on m'a demandé successivement 2 projets, avec 2 jours de délai, des "super, on se recontacte", rien pdt un mois, puis un dernier entretien tél où la fille au tél me sors d'entrée "bon je vous téléphone car on m'a donné votre fiche, mais de toute façon votre profil ne m'intéresse pas". Voyant la basse démarche RH à "se vendre" j'ai sorti les tripes, mais à mesure que j'expliquais ma manière de voir le poste, je sentais qu'à l'autre bout du fil elle faisait autre chose, super quoi...
Le pire dans tout ça est que là où je suis allé le plus loin dans les entretiens étaient pour les postes, où franchement je ne profilais pas le mieux...
Et puis de post doc en post doc, et le niveau de publie augmentant, j'ai fini part trouver un poste universitaire, alors qu'à la base, c'était pas mon but premier, mais il est un temps où t'as envie de te poser.

 
Liberté de carrière, tu choisis tes sujets, tu organises ton labo et bien entendu le plus important c'est la recherche fondamentale.
Devoir se justifier sur un "défi" sociétal en permanence, c'est insupportable.
 
Pour moi y'a pas photo, mais je comprends ceux qui pensent autrement.

 
Bioinfo à Pasteur, tu planes un peu là...  
 
Faut garder espoir et continuer à appliquer. Le problème des postes académiques c'est que la demande est aléatoire, faut tomber au bon moment avec le bon CV.  
 
Ne le prends pas personnellement Rastor, tu peux ne pas être pris à une interview un jour et tout défoncer le lendemain.  
 
Tu vas y arriver  

 
C'est la methode du carpet-bombing: j'applique a tout ce qui peut me correspondre, meme si c'est trop haut pour moi. Sur un malentendu...    

Oui, c'est l'effet stochastique que je disais.  

Tu n'as qu'à appliquer un filtre de Kalman  

On peut dire ce qu'on veut mais R est tres largement utilise et de plus en plus
 cf. http://blog.revolutionanalytics.co [...] rflow.html

Voila, un site de questions et reponses.
Celles et ceux qui programment en python n'ont pas besoin de poser des questions.

http://www.sciencesetavenir.fr/san [...] 5-est.html

Cas9/Crispr découvert en 2015 ?

Lire l'article:

Y'en a qui travaille avec ca ? C'est facile ? Ca coute combien pour un labo ?

Ah ouais
 
Je fais pas de bio mol donc non, mais ça c'est largement démocratisé dans les catalogues fournisseurs. En prix et en temps les TALENs ne font pas du tout le poids.

Yep. C'est vraiment une révolution je mettrai ça au même niveau que la PCR.

C'est pas cher, base sur de l'appariement base base, ça fonctionne sur quasiment tout. Le dernier congrès d'évo devo ou je suis allée c'était la fête du crispr sur tous les organismes possibles. On n'est plus limités à la  transgenese classique et comme dit plus haut les coûts sont sans commune mesure avec les talen ou autres systèmes qui nécessitent souvent une prot (ou la synthèse est plus compliquee).

On va lancer ça sur nos opossums et si on arrive à avoir notre facility, nos chauves souris.

D'apres ce que j'ai compris:
 
Tu generes plein d'enzymes bactériennes Cas9, puis tu choisis un morceau spécifique d'ARN (le CRISPR) qui correspond au morceau d'ADN que tu veux exciser.
Puis tu injectes des morceaux d'ADN contenant la mutation qui sera intergre lors de la reparation la ou cela a ete excise. C'est juste ?
 
Par contre sur tes opossums, tu vas faire ca comment ? A quel stade de développement ?
 
Si on applique sur un embryon, toutes les cellules seront modifiees, ou seulement un pourcentage ? Si oui, de quel ordre ?
 
 
(desole, je fais tres peu de mol biol, donc pas 100% au clair avec les techniques).

Alors en fait c'est un peu modifié par rapport au système bactérien de base (d'ailleurs, quand je me suis penchée sur la question j'ai grave kiffé l'aspect évolutif, il commence à y avoir des revues sur le sujet, je pense que ça te plairait aussi ).

Dans le système de base tu as :
-le crRNA qui a une séquence spécifique complémentaire de ce que tu veux modifier et une séquence repeat
-un transcrRNA complémentaire de la séquence repeat
-la Cas9 qui reconnait le complexe crRNA/transcrRNA flanqué d'une séquence PAM et qui clive là où le complexe va s'hybrider (au niveau de la séquence spécifique du crRNA donc).

Comment ça marche ? Ton crRNA et le transcrRNA vont s'hybrider, la partie spécifique du crRNA va s'hybrider à la région spécifique à cliver, la Cas9 les reconnait et va former un complexe pour cliver la région d'intérêt.

En ingénierie, le système a été simplifié en synthétisant ensemble le crRNA et transcrRNA (schéma de droite). Quand tu injectes, tu mets donc la Cas9 et le crRNA/transcrRNA (appelé gRNA). Ensuite, pour la réparation de l'ADN, les mécanismes de réparation endogènes sont utilisés, les NHEJ ou HDR si tu donnes en plus une séquence homologue.

Pour injecter, tu as plusieurs choix : injection de DNA de Cas9 et de DNA de CrRNA/transcrRNA=gRNA, injection d'ARN de Cas9 et gRNA ou de protéine Cas9 plus DNA ou RNA de gRNA. Il y a tout un tas d'outil pour le design des gRNA, ça marche plutôt bien. Plusieurs Cas9 avec différentes modalités de clivage seront aussi dispo (certaines le sont déjà, on n'utilise que le système de type II en biotech mais il en existe d'autres). Nous on injecte en ADN.

Et oui, on injecte les embryons ce qui fait que la première génération est mosaïque (le pourcentage, il me semble que c'est variable selon les espèces et la Cas9, j'ai vu des variations de 90 à 20% de la descendance). Pour obtenir des lignées transgéniques, on fait ensuite des croisements classiques (du coup, on a toujours un temps de génération assez long suivant les espèces mais la transgénèse devient possible partout et surtout exactement là où on veut facilement).

Par rapport aux méganucl/TALEN etc, c'est beaucoup moins cher à produire parce que tu utilises des méthodes classiques. Surtout, le multiplexage est facile (il suffit d'injecter plusieurs gRNA).

Après, en jouant avec les Cas9 et tout les autres outils, plein d'autres applications seront disponibles : des équipes inactivent les Cas9 et les couplent à des marqueurs fluo pour suivre des régions génomiques spécifiques au cours du cycle cellulaire, par exemple les télomères, ou sans marqueur pour silencer des gènes (CRISPRi). Certains font des animaux transgéniques avec la Cas9 dans le génome (sur des droso) pour faciliter l'obtention d'animaux modifiés. Bref, c'est vraiment excellent et pratique Les questions éthiques viennent de la facilité de la technique justement, qui ouvre le champ des possibles.

Merci beaucoup.

Merci pour les explications ! Pour l'image en plus grand :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ar [...] figure/F2/

Il est dans ma reading-list.

Si je retrouve le papier sur l'origine évolutive des CRISPR, je ferai tourner, c'est assez cool en soi comme système de défense et évolutivement.  

Ca ?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20109154