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Auteur Sujet :

[topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

n°25609621
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 22-02-2011 à 16:14:04  profilanswer
 

Reprise du message précédent :
C'est pour ca qu'on déforeste tout!!!! [:argv23] C'est un complot créationniste! [:tinostar]

mood
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Posté le 22-02-2011 à 16:14:04  profilanswer
 

n°25702670
Profil sup​primé
Posté le 03-03-2011 à 13:19:46  answer
 

Hey, y a du monde ici à qui vit à Genève ? J'aurais besoin d'un chtit service


Message édité par Profil supprimé le 03-03-2011 à 13:19:55
n°25711838
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 04-03-2011 à 08:00:08  profilanswer
 

Sur le Project Chaos, tu en trouveras 2-3, si tu arrives à passer leur cynisme-shield! :o

n°25713530
Rasthor
Posté le 04-03-2011 à 11:25:25  profilanswer
 

the veggie boy a écrit :

Quelqu'un aurait accès à ceci svp ?
 
http://www.nature.com/nbt/journal/ [...] .1739.html
 
merci ! :jap:


La loose, il n'a pas acces a Nature.  [:haha]

n°25713536
the veggie​ boy
Who's taking my Lorazepam?
Posté le 04-03-2011 à 11:25:49  profilanswer
 

(j'ai supprimé mon msg, parce que je viens de le trouver ici : http://thebigone.stanford.edu/pape [...] 202010.pdf :jap: )


Message édité par the veggie boy le 04-03-2011 à 11:26:04

---------------
blacklist
n°25722173
Rasthor
Posté le 05-03-2011 à 01:07:35  profilanswer
 
n°25795238
crepator4
Deus ex machina
Posté le 12-03-2011 à 01:36:01  profilanswer
 

Hello,j'ai un questionnement philosophique de la la plus haute importance...
 
...du peu de mes notions j'ai tendance a faire une fixette sur l'atp...(un peu comme une cure de jouvence)
 
...imaginons qu'il y ai moyen de recharger/charger son corps a bloc au niveau de l'atp ,24h sur 24 ,y'a t'il une notion de surcharge qui risque d'intervenir et par quel modele (meme theorique) ,par vécu(ou trop de film moraliste) je sais qu'il ya toujours un prix a payer a chaque chose,la je trouve pas ... :o

Message cité 1 fois
Message édité par crepator4 le 12-03-2011 à 01:36:35

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...survivre à ses Medecins...
n°25796798
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 12-03-2011 à 11:38:16  profilanswer
 

Le probème est pas tant au niveau philosophique que biologique et chimique à mon sens.
L'ATP est très instable. Le phosphate gamma subit tres facilement des attaques nucléophiles, se barrant pour redonner de l'ADP. Et la réaction ATP → ADP + Pi libére une énergie de 30.5kJ.mol-1, donc elle est tres favorable dans ce sens là. Du coup, le stock d'ATP est toujours très bas à un instant donné. Je m'auto-quote d'un TP "L’ATP n’est présent à tout moment qu’en très faibles quantités dans l’organisme, et présente un turn-over très important, étant donc régénéré en fonction des besoins énergétiques de cet organisme. Un corps humain utilise quotidiennement 86kg d’ATP, alors qu’il n’en contient à tout moment que 75g, soit de quoi vivre une petite minute." Les réserves énergétiques sont donc en amont, que ca soit sous forme de sucres, puis de lipides ou ensuite de protéines. Genre la fameuse créatine phosphate pour conserver de l'énergie. :whistle:  
 
Après, sur les conséquences d'une prise volontaire d'ATP, j'ai jamais trop entendu parler du probleme, mais supposons. :)  
Comme on vient de dire, la réaction vers la formation d'ADP et la libération d'énergie est tres favorable. Si l'ATP est dispo en des concentratoins bien suppérieures, la balance entropique va en plus favoriser, du moins dans un premier temps, la conversion vers de l'ADP. Avec une énorme quantité d'énergie libérée donc. Sans besoin de cette énergie, sans utilité pour toute cette énergie, elle va forcemment causer des dégats. Une explosion dans un cylindre va activer un piston, donc transformer ton énergie en un travail, et faire marcher un moteur. Une explosion dans la rue, ca fait juste des morts. (ok, on est pas à la même échelle, j'ai juste pas mieux comme image à l'instant :pt1cable: )
Sur les plantes, qui ne peuvent pas aller se planquer à l'ombre, il existe des phénoménes d'absorption et de dissipation de l'énergie, pour éviter que les chlorophylles ne soient détruites par un trop-plein d'énergie. Il y a un systeme d'époxydation de caroténoides (chercher zéaxanthine, violanxanthine...), faute de quoi l'énergie, qui d'un coté est nécessaire, devient trop importante et commence à détruire des systemes.
Chez les animaux aussi, il doit y avoir des régulations de ce type, pour tamponner un peu. Mais si tu balances artificiellement trop de source d'énergie, ca doit plus suffire et donc causer des dégats. L'énergie rejetée est utilisée pour rendre possible des réactions qui ne le sont pas normalement, genre faire tourner le cycle de Krebs à l'envers par exemple (ou n'importe quelle réaction enzymatique). La balance ADP/ATP régule aussi des étapes du cycle de Krebs (au niveau du citrate, donc de l'entrée de l'acétate si ma mémoire est bonne), ou dans la glycolyse... Tu vas me dire: c'est pas encore trop grave, parce que ces pathway (dsl, retrouve pas le terme Fr :sweat:) métaboliques ont pour finalité de fournir de l'énergie. Mais je connais pas l'ensemble des voies métaboliques par coeur (voilà, ai retrouvé le mot :D), et à certains endroit, ca doit faire des dégats.
 
Encore plus hypothétiques, et là je m'aventure totallement: la génération d'un niveau anormal d'ADP va peut-être forcer toute la machine de la phosphorylation oxidative (en supposant que les Cu et Fe et cofacteurs ne manquent pas), jusqu'à épuisdement des stocks de protons utilisés par l'ATPase, provoquant une alcalose...  Sans oublier que toute cette chaine de phosphorylation est génératrice de radicaux oxygénés, qui sont eux-même très néfastes...
 
Enfin voilà un pavé pour des bases de réflection. :hello:

n°25797615
Profil sup​primé
Posté le 12-03-2011 à 13:34:20  answer
 

Tiens, question aux bioleux qui pourrait me servir :
est-ce qu'on a une idée du stock de phosphore que représente la biomasse actuelle ?
(sachant que c'est un élément clé pour la vie, et facteur limitant de son développement dans la plupart des milieux actuels, on peut estimer que tout le phosphore 'libre' est dans de la matière vivante)

n°25797920
_tchip_
Posté le 12-03-2011 à 14:05:25  profilanswer
 

crepator4 a écrit :

Hello,j'ai un questionnement philosophique de la la plus haute importance...


vu qu'on trouve une donnée de DL/50 sur le rat (2g/kg) il faut peut être mieux définir le concept d'être à bloc d'ATP. T'en a déja marre de tes 3 cuillères à soupe de vitamines C tous les matins :o ?


Message édité par _tchip_ le 12-03-2011 à 14:06:41

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Posté le 12-03-2011 à 14:05:25  profilanswer
 

n°25799611
crepator4
Deus ex machina
Posté le 12-03-2011 à 17:13:46  profilanswer
 

Yamazaky >>>, merci  :jap:  ,j'ai pas tout saisi dans les détails mais ça me permet d'approfondir la reflexion ...
 
du coup je verrai bien une "charge" par libération sucessive genre je charge 30mn ,repos 30mn une sorte de moyen d'aplanir les choses...(enfin une sorte de cycle en 2 temps quoi)
A ce propos il existe un temps moyen de (sur)vie de l'atp ?
 
85kg c'est monstrueux :D ,je voyais pas un besoin aussi vital...

Tchip
>>>
"vu qu'on trouve une donnée de DL/50 sur le rat (2g/kg)"
Gnein ? dose létal ?
 
La vitamine c'etait en pour recharger momentanement l'ossature je suis assez pas riche :o ,plutot les proteines qui me faudrait maintenant en fait ,j'arrive pas a reprendre du muscle ,mais les digeres/assimile pas ... :/ (intestin de merde,qui vont par ailleurs se prendre un porte avion sur la gueule d'ici peu...je suis en train de me Dexteriser :o )  
 
disons que j'ai une machinerie a relancer de A à Z j'avais laissé un peu courir ,mai faut que sois totalement fonctionnel d'ici 2 mois (a moins de me complaire de 300h de boulot par an :D )

Message cité 1 fois
Message édité par crepator4 le 12-03-2011 à 17:15:23

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n°25799714
syr01
Hystérie connective
Posté le 12-03-2011 à 17:21:40  profilanswer
 

Yep, merci Yamazaky, ton post est bien instructif [:bien]

crepator4 a écrit :

(...)
disons que j'ai une machinerie a relancer de A à Z j'avais laissé un peu courir ,mai faut que sois totalement fonctionnel d'ici 2 mois (a moins de me complaire de 300h de boulot par an :D )


Et donc la première idée qui t'es passée par la tête, c'est l'injection d'ATP ? [:tinostar]


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\o/ Haut-fait "Première Page" achevé le 28-05-2011 \o/
n°25800119
crepator4
Deus ex machina
Posté le 12-03-2011 à 17:59:55  profilanswer
 

non la premiere c'est rétablir une bonne fois pour toute ce putain de bide... :D
 
 ...y'a un certain épuisement général,je pense que l'atp est une donnée interressante a gerer...
 
mais comment dire (en plus j'ai la tete dans le ...) ,la je suis sur un modele theorique sur ce qui me reste de mémoire et j'ai peur de dire des conneries ...en gros : y'a moyen de stimuler le corps afin qu'il y'ai remontage des niveaux d'Atp... mais par contre c'est pas typiquement usuel comme utilisation... (avec de l'electronique de "défense",optique ou champ electrique faible...Mr n'est point habituel... :o )  

Message cité 1 fois
Message édité par crepator4 le 12-03-2011 à 18:06:21

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n°25800180
Profil sup​primé
Posté le 12-03-2011 à 18:06:53  answer
 

Qqn a une idée pour ma question du phosphore ? j'ai aucun début de piste de où trouver ce genre d'infos [:benou]

n°25800242
Oceanborn
Posté le 12-03-2011 à 18:12:39  profilanswer
 

Le phosphore minéral représente 1% de la teneur totale de la biosphère, en corps simples.

 

Après, j'ai cherché à en savoir plus sur le net, effectivement, c'est assez dur de trouver quelque chose de potable. [:tinostar]


Message édité par Oceanborn le 12-03-2011 à 18:13:23
n°25800311
Profil sup​primé
Posté le 12-03-2011 à 18:19:11  answer
 

teneur en moles ? en poids ?
mmmm... poids de la biosphère ?

n°25800350
_tchip_
Posté le 12-03-2011 à 18:24:01  profilanswer
 


http://books.google.fr/books?id=lK [...] &q&f=false

 

autant de phosphore dans l'atmosphère que dans la biomasse moi ça me trouble [:tinostar] (on dirait que l'atmosphère c'est tout ce qui n'est pas enfoui (link [:nowa])


Message édité par _tchip_ le 12-03-2011 à 18:26:52

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n°25800383
Profil sup​primé
Posté le 12-03-2011 à 18:28:25  answer
 

OK thx, ça me fait déjà une réf à creuser :jap:
 
atmosphère pourquoi pas, y a pas mal de composés phosphorés volatils...
par contre océan, ça me semble énorme car je vois pas trop où ce phosphore en solution peut se trouver :D

n°25800782
crepator4
Deus ex machina
Posté le 12-03-2011 à 19:04:11  profilanswer
 

j'ai un "L'abondance de phosphore dans la croûte terrestre est estimée à 0,12 pour cent"
 
planqué la dedans:
http://translate.google.fr/transla [...] rmd%3Divns
 
 
mais je crois que je suis mediocre la... :o


Message édité par crepator4 le 12-03-2011 à 19:06:26

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...survivre à ses Medecins...
n°25800795
Profil sup​primé
Posté le 12-03-2011 à 19:05:20  answer
 

Ouais mais ça me dit pas quelle est la quantité totale dans la matière vivante :o

n°25800796
Oceanborn
Posté le 12-03-2011 à 19:05:23  profilanswer
 


Peut être que dans "océanique", il inclut aussi le phosphore sédimenté dans les zones abyssales océaniques, qui constitue le stock principal de P vu que c'est l'étape finale du trajet continents > océans.


Message édité par Oceanborn le 12-03-2011 à 19:05:54
n°25801051
_tchip_
Posté le 12-03-2011 à 19:26:30  profilanswer
 

crepator4 a écrit :

...y'a un certain épuisement général,je pense que l'atp est une donnée interressante a gerer...

lance toi alors.
 
 [:kukron:1]  


Message édité par _tchip_ le 12-03-2011 à 19:26:55

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n°25801101
crepator4
Deus ex machina
Posté le 12-03-2011 à 19:31:27  profilanswer
 

doit recevoir le materiel dans 1 semaine ...j'ai juste un grosse synthese a effectuer au niveau du "protocole"
 
voila un peu une dess données en question...
http://www.clinic-master.com/image [...] ey_atp.pdf


Message édité par crepator4 le 12-03-2011 à 20:15:26

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...survivre à ses Medecins...
n°25801338
crepator4
Deus ex machina
Posté le 12-03-2011 à 19:52:35  profilanswer
 


 
Désoled,je prenais ça pour un jeux,mais jamais vu une donnée aussi merdique a trouver... :D
 (en incluant biomasse dans la question cette fois :o )  


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...survivre à ses Medecins...
n°25801829
crepator4
Deus ex machina
Posté le 12-03-2011 à 20:46:48  profilanswer
 

Néanmoins je crois que je vais terminer le squattage de ce topic en beauté :
http://creation.mobi/atp-synthase  (surtout la video du bas)


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...survivre à ses Medecins...
n°25931163
crepator4
Deus ex machina
Posté le 23-03-2011 à 06:07:16  profilanswer
 

Quelqu'un ayant un acces au texte complet pourrait t'il me le copier coller :
Edit:n'as pu merci Hfr... :)
 
je le thanks d'avance :o


Message édité par crepator4 le 23-03-2011 à 08:43:05

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...survivre à ses Medecins...
n°25931176
Profil sup​primé
Posté le 23-03-2011 à 06:43:04  answer
 

de rien :o

n°25931229
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 23-03-2011 à 07:23:00  profilanswer
 

crepator4 a écrit :

Néanmoins je crois que je vais terminer le squattage de ce topic en beauté :
http://creation.mobi/atp-synthase  (surtout la video du bas)


Tu t'es surtout trompé de topic... :pfff:

n°25931406
crepator4
Deus ex machina
Posté le 23-03-2011 à 08:42:05  profilanswer
 

Hotshot>>> Merki ;)
 
Yamazaki>>> Boah l'animation est vraiment sympa... et enervante... (nota je suis athé(p) ) ...  


---------------
...survivre à ses Medecins...
n°25931484
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 23-03-2011 à 09:02:02  profilanswer
 

L'animation existe en 200 versions, dont celle de The Cell, et je sais pas combien de dispo sur Youtube. Il était donc en effet indispensable de choisir celle là... :sarcastic:

n°25932888
crepator4
Deus ex machina
Posté le 23-03-2011 à 11:07:43  profilanswer
 

oui...


---------------
...survivre à ses Medecins...
n°25964643
The_crying​_freeman
Posté le 26-03-2011 à 13:09:48  profilanswer
 

Bonjour , après une petite recherche , j'ai vu que 2 personnes semblent s'y connaitre en liposomes : svenn , merlin_67 , l'un d'eux fréquente encore le forum ? ou quelqu'un d'autre s'y connait-il aussi ?

n°25964696
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 26-03-2011 à 13:14:52  profilanswer
 

On les a pas vu depuis un moment, mais au moins Merlin est encore vivant.
Ca veut dire quoi "s'y connaître"? Savoir ce que c'est? Connaître par coeur tous les mécanismes de régulation, les propriétés physiques des membranes, et l'étendu des contenus, organisme par organisme?
Au lieu de poser une question pour savoir si tu peux poser la question, pourquoi tu ne la poses pas directement. Au pire, pas de réponse. [:spamafote]

n°25964732
The_crying​_freeman
Posté le 26-03-2011 à 13:20:15  profilanswer
 

Ben je voulais pas commencer a pondre je sais pas trop combien de lignes pour rien .
Savoir pour telle type de molécules , tel type de liposomes , le ciblage et la complexité d'une éventuelle "production"

n°25965302
syr01
Hystérie connective
Posté le 26-03-2011 à 15:07:33  profilanswer
 

C'est pour un devoir ? [:petrus75]


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\o/ Haut-fait "Première Page" achevé le 28-05-2011 \o/
n°25976522
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 28-03-2011 à 09:16:50  profilanswer
 

The_crying_freeman a écrit :

Ben je voulais pas commencer a pondre je sais pas trop combien de lignes pour rien .
Savoir pour telle type de molécules , tel type de liposomes , le ciblage et la complexité d'une éventuelle "production"


 :hello: je suis là. Peux tu être plus précis dans ta question ? liposomes c'est vaste ...


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Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°25980807
_tchip_
Posté le 28-03-2011 à 15:52:14  profilanswer
 

cachez ce lien que je ne saurais voir :o


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n°26010835
lunard2
Alien prank
Posté le 31-03-2011 à 01:40:25  profilanswer
 

Hello les pros du gène  :o  
J'aurais une petite (bon, plusieurs en fait) question...
 
Donc pour situer le problème, je dois cloner un gène, plus particulièrement celui là : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/947363.
Une fois la séquence récupérée, y'a plus qu'à. 2 solutions me viennent en premier :  
 
- Chercher la séquence complète, pour voir un peu ce qu'il y'a un peu en amont et aval du gène, histoire de voir quelle(s) enzyme(s) de restriction utiliser
- Créer des amorces correspondant aux deux extrémités, amorces auxquelles j'aurais ajouté quelques nucléotides reconnus par une enzyme de restriction, en aval.
 
(Jusque là, j'ai bon ?)
 
Et c'est là que les problèmes commencent...
 
- Pour la première solution : une fois le génome complet trouvé (/!\ Plus de 7 Mo, au cas où vous êtes sur un ordinateur un peu lent...labo inside :D /!\ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/U00096.2), je me mets à chercher la dite séquence cible (de grosso modo 700nt)...sans succès !! Mon gène est aux abonnés absents...Et pourtant, même organisme, même souche...d'où celà vient-il ?
- Pour la deuxième solution : par curiosité, j'ai copié ma séquence dans l'outil blast de la NCBI, histoire de voir ce qu'elle me donnerait, en fixant le début de l'amorce en 1, vu que c'est là que la veux. Et bien non, que nenni, il me sort que la première amorce possible se trouve en position 29... Là encore, c'est pas un gros problème (même si ça m'intrigue, je ne vois pas en quoi je ne pourrais pas synthétiser une amorce correspondant aux nt 1 à 20), vu qu'il me suffirait d'avoir le génome complet pour créer des amorces un peu en amont et aval, mais retour à la question précédente...
EDIT : En "jouant" un peu avec les primers parameters, j'ai réussi à obtenir ce que je voulais. Mais avec une différence de Tm de 5°C entre les deux...ça passe (pour les amorces non modifés, i.e sans l'ajout de la séquence cible de l'enzyme...) ? En passant, j'ai l'impression que plus ça va, plus je m'embrouille...
 
Bon, je débute, désolé par avance si les questions sont un peu bêtes :D


Message édité par lunard2 le 31-03-2011 à 03:18:48
n°26012541
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 31-03-2011 à 10:54:05  profilanswer
 

Bon, déjà, pourquoi tu veux créer tes amorces? Tu as regardé avant ce qui était dispo dans la littérature? Parce que sur E. coli... C'est pas utile de réinventer la roue à chaque manip. Donc en premier, littérature. Tu trouveras les séquences des amorces, les sites de restriction intégrés, les longueur de fragment, température d'hybridisation...
Ensuite, oui, selon les parametres que tu définis, les sondes ne peuvent pas être définies par le programme. 5°C, ca fait beaucoup. 2-3 serait bien mieux. Les paramètres qui entrent en compte en premier lieux sont la température d'hybridisation avec la séquence, la complémentarité entre les amorces et l'auto-complémentarité. Si tu veux faire une sonde ATAAAAATTAAAATTAAA, je te raconte pas le bordel. Donc non, il est pas toujours possible de poser une séquence pile poil là oú on veut, ou bien faut finauder, faire des concessions, trouver des solutions alternatives...
Mais encore une fois, commence plutôt par regarder dans la littérature. En bossant sur des organismes modeles comme E. coli, A. thaliana, C. elegans, tu dois forcemment trouver ton bonheur. Donc gagner du temps, il se sont déjà cassé le fion à tester plusieurs sets d'amorce, en plusieurs endroits, pour voir ce qui marche, insérer les bons sites...
Et si tu trouves un set de sondes, fonce pas direct sur ton clonage. Commence par amplifier juste la séquence, envoie la au séquencage, histoire de voir si c'est bien ce que tu veux. (oui, je touche une comm' de GATC)

n°26016854
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 31-03-2011 à 16:52:18  profilanswer
 

Pour 700 bp j'en connais qui se cassent meme plus le cul a cloner, mais ils synthetisent directement le gene, ca coute 30 cts la base.
 
Bon sinon, je vois pas trop ou est le probleme, la. Tu rajoutes tes sites de clonages sur tes oligo (sans oublier d'ajouter quelques bases de chaque cote, sinon tes enzymes ne couperont pas), tu fais ta PCR et roulez.
 
Si tu trouves pas ton gene, y'a un probleme de ton cote, on peut pas t'aider la.
 
5C de differences j'aime pas trop, perso c'est toujours 1C max de delta, par contre avec les Taq d'aujourd'hui ca passe sans probleme les 5C j'ai deja fait 10  (style Phusion de NEB).
De toutes facons tu verras sur gel si ta PCR est propre.
 
Mais quelque chose me dit que tu ne vas pas vraiment faire ce clonage et qu'en realite c'est un appel pour t'aider a faire tes devoirs, j'ai bon ?  :o  
 
 
 

n°26017247
lunard2
Alien prank
Posté le 31-03-2011 à 17:20:21  profilanswer
 

Exact, c'est juste de la théorie (éventuellement applicable en travaux pratiques par la suite, là c'est autre chose) :o
 
J'ai un peu peu modifié tout ça, et ramené la différence de Tm à 3°C.
 
En tout cas, merci de vos réponses ! J'arrête de vous importuner, le grand manitou devant être de retour dans son labo d'ici peu :o


Message édité par lunard2 le 31-03-2011 à 17:21:14
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