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Auteur Sujet :

[topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

n°16494658
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 20-10-2008 à 10:38:36  profilanswer
 

Reprise du message précédent :

Rasthor a écrit :

Vous avez eu combien de papier (premier auteur  et collaborations) au moment de votre thèse ?


à ma soutenance, un papier publié (et même pas sur mon sujet  :D  )
Ensuite, avec les collaborations, 7. Et 2 articles dans des bouquins, notamment un "précis de bactério". Le terme "précis" m'a toujours fait marrer  :lol:


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
mood
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Posté le 20-10-2008 à 10:38:36  profilanswer
 

n°16504891
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 21-10-2008 à 12:02:26  profilanswer
 

Hello, derniere requete, apres j'arrete promis.
 
Je cherche le fameux papier de Muller sur les crossing over qui date de 1916.
 
Muller, H.J. (1916). The mechanism of
crossing over. Am. Nat. 50, 193-
221, 284-305, 350-366, 421-434.
(available in PDF format from
www.jstor.org)
 
D'avance merci. :)

n°16505140
Profil sup​primé
Posté le 21-10-2008 à 12:32:45  answer
 

Svenn a écrit :

C´est peut-etre deja passe mais Nature a fait tres fort avec la couverture et la 4eme de couverture de son numero du 25 septembre  [:tinostar]
 
Edit : pour ceux qui n´ont pas le journal sur leur table de chevet :
 
http://img152.imageshack.us/img152 [...] 5b2pf4.jpg


Oh putaing les gros cons  [:hotshot]

n°16505158
Profil sup​primé
Posté le 21-10-2008 à 12:35:47  answer
 

RykM a écrit :

Hello, derniere requete, apres j'arrete promis.
 
Je cherche le fameux papier de Muller sur les crossing over qui date de 1916.
 
Muller, H.J. (1916). The mechanism of
crossing over. Am. Nat. 50, 193-
221, 284-305, 350-366, 421-434.
(available in PDF format from
www.jstor.org)
 
D'avance merci. :)


Hop je l'ai.

n°16505903
bank
grin and bear
Posté le 21-10-2008 à 14:06:10  profilanswer
 

En parlant de miRNA, je conseille la lecture d'une review/commentaire d'Ambros (le chef du labo à l'origine du premier papier sur le sujet en '93).
Surtout la partie dans laquelle il raconte d'une manière assez truculente comment ils ont failli se faire scooper en 2001 par les pontes actuelles du sujet (Bartel/Tuschl). Notamment, comment ils ont écrit from scratch un manuscrit pour un science en 60h en faisant des dernières manips en parallèle :D
 
http://www.nature.com/nm/journal/v [...] -1036.html

n°16506113
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 21-10-2008 à 14:23:03  profilanswer
 

Pas accès depuis chez moi, mais rien que la notion de "récit truculant" dans un nature, ça intrigue ;)

n°16506634
bank
grin and bear
Posté le 21-10-2008 à 15:04:57  profilanswer
 

bon ok j'exagère un peu :o

n°16509777
lumi
Posté le 21-10-2008 à 20:09:28  profilanswer
 

salut les amis.

 

s'il y en a un ou une (voir plusieurs) parmis vous qui font de la cristallo,

 

pouvez vous me dire ce que sont les bornes d'un groupe d'espace : admettons P6_3

 


merci d'avance

Message cité 1 fois
Message édité par lumi le 21-10-2008 à 20:11:28

---------------

n°16510726
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 21-10-2008 à 21:37:32  profilanswer
 

Svenn, on t'appelle  [:dao]


Message édité par RykM le 21-10-2008 à 21:37:42
n°16511095
masklinn
í dag viðrar vel til loftárása
Posté le 21-10-2008 à 22:04:15  profilanswer
 

Vous êtes vraiment une bande de trafiquants, c'est horrible de voir ça, toutes ces publis qui ne vont pas recevoir le moindre sou :o


Message édité par masklinn le 21-10-2008 à 22:04:37

---------------
I mean, true, a cancer will probably destroy its host organism. But what about the cells whose mutations allow them to think outside the box by throwing away the limits imposed by overbearing genetic regulations? Isn't that a good thing?
mood
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Posté le 21-10-2008 à 22:04:15  profilanswer
 

n°16511354
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 21-10-2008 à 22:22:14  profilanswer
 


 
 
Au fait j'avais oublie de te remercier. :hello:  
 
La gueule des remerciements de ma these, ca va etre qqchose  :o

n°16511491
Svenn
Posté le 21-10-2008 à 22:31:05  profilanswer
 

lumi a écrit :

salut les amis.
 
s'il y en a un ou une (voir plusieurs) parmis vous qui font de la cristallo,
 
pouvez vous me dire ce que sont les bornes d'un groupe d'espace : admettons P6_3
 
 
merci d'avance


 
Je fais de la cristallo mais je n'ai jamais entendu parler de "bornes" d'un groupe d'espace. Ca correspondrait pas à la maille primitive ou un truc du genre ?

n°16511508
Svenn
Posté le 21-10-2008 à 22:32:11  profilanswer
 

RykM a écrit :

La gueule des remerciements de ma these, ca va etre qqchose  :o


 
Demande a Marc la liste de tous les membres de hfr  :o

n°16514912
lumi
Posté le 22-10-2008 à 08:42:14  profilanswer
 

Svenn a écrit :


 
Je fais de la cristallo mais je n'ai jamais entendu parler de "bornes" d'un groupe d'espace. Ca correspondrait pas à la maille primitive ou un truc du genre ?


 
 
ben justement j'ai pas vraiment cerné la question


---------------

n°16515088
Rasthor
Posté le 22-10-2008 à 09:32:41  profilanswer
 

RykM a écrit :


 
 
Au fait j'avais oublie de te remercier. :hello:  
 
La gueule des remerciements de ma these, ca va etre qqchose  :o


Et moi ? POur la partie bioinfo avortée ? :O

n°16516099
lumi
Posté le 22-10-2008 à 11:18:34  profilanswer
 

bon, petit rectificatif, il s'agit de chercher les bornes des unités asymetriques, des groupes d'espace, et la ca devient plus clair.
 
 
edit : http://img.chem.ucl.ac.uk/sgp/large/078az1.htm
pour ce groupe d 'espace : ca serait quoi ?
 
parcontre j'ai un autre souci : soit une structure qui cristalise dans un groupe d'espace P4_1
 
si on applique une symetrie par un centre a l'origine de la maille, quel sera le groupe d'espace de la nouvelle structure ?
 
moi j'aurai tendance a dire qu'on garde le meme ?

Message cité 1 fois
Message édité par lumi le 22-10-2008 à 11:25:56

---------------

n°16518466
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 22-10-2008 à 14:58:07  profilanswer
 

La cristallo, c'est le mal. Vive la RMN :o

n°16520769
Svenn
Posté le 22-10-2008 à 18:44:21  profilanswer
 

lumi a écrit :

bon, petit rectificatif, il s'agit de chercher les bornes des unités asymetriques, des groupes d'espace, et la ca devient plus clair.
 
 
edit : http://img.chem.ucl.ac.uk/sgp/large/078az1.htm
pour ce groupe d 'espace : ca serait quoi ?


 
Dans un P4(qqch), tu as 4 unités asymétriques par maille. Il faut chercher le plus petit parallélépipède pouvant générer l'ensemble de la maille par application des symétries cristallographiques (ici, 4(3) seulement étant donné que les axes 2(1) sont automatiquement induits par la présence des axes 4(3)).  
 

Citation :

parcontre j'ai un autre souci : soit une structure qui cristalise dans un groupe d'espace P4_1
 
si on applique une symetrie par un centre a l'origine de la maille, quel sera le groupe d'espace de la nouvelle structure ?
 
moi j'aurai tendance a dire qu'on garde le meme ?


 
Si tu regardes le schéma représentant le P4(3) (qui est éniantomorphe de P4(1)), tu vois la position de tous les axes cristallographiques. La symétrie 4(3) génère une autre symétrie 4(3) passant par le centre du carré et des symétries 2(1) passant par les milieux des côtés.

n°16520796
Svenn
Posté le 22-10-2008 à 18:47:20  profilanswer
 

yamazaki a écrit :

La cristallo, c'est le mal. Vive la RMN :o


 
Alors, ça avance la structure du ribosome par RMN ? Il va falloir se bouger un peu plus parce que les EM-istes, eux, ils progressent  :o

n°16520853
lumi
Posté le 22-10-2008 à 18:54:31  profilanswer
 

merci mais eniantomorphe ca signifie quoi ?


---------------

n°16520873
lumi
Posté le 22-10-2008 à 18:57:28  profilanswer
 

Svenn a écrit :


 
Dans un P4(qqch), tu as 4 unités asymétriques par maille. Il faut chercher le plus petit parallélépipède pouvant générer l'ensemble de la maille par application des symétries cristallographiques (ici, 4(3) seulement étant donné que les axes 2(1) sont automatiquement induits par la présence des axes 4(3)).  
 

Citation :

parcontre j'ai un autre souci : soit une structure qui cristalise dans un groupe d'espace P4_1
 
si on applique une symetrie par un centre a l'origine de la maille, quel sera le groupe d'espace de la nouvelle structure ?
 
moi j'aurai tendance a dire qu'on garde le meme ?


 
Si tu regardes le schéma représentant le P4(3) (qui est éniantomorphe de P4(1)), tu vois la position de tous les axes cristallographiques. La symétrie 4(3) génère une autre symétrie 4(3) passant par le centre du carré et des symétries 2(1) passant par les milieux des côtés.


 
pour le P4(3) ca serait donc 0<x<1/2, 0<y<1/2 et 0<Z<1 , a moins que ca soit 1/4 pour Z vu qu'il y a une translation sur Z de 1/4 pour chaque position equivalente


---------------

n°16520936
Svenn
Posté le 22-10-2008 à 19:04:35  profilanswer
 

lumi a écrit :

merci mais eniantomorphe ca signifie quoi ?


 
Ca signifie que les symétries de P4(1) et de P4(3) sont images l'une de l'autre à travers un miroir (comme eniantomere pour les molécules). P4(1), c'est un vissage le long d'une hélice gauche (ou droite, je ne sais plus), P4(3) est un vissage de mêmes paramètres mais suivant une hélice droite.  
 
Bien sur, comme pour les molécules éniantomères, ça ne s'applique qu'aux groupes d'espace chiraux : si tu appliques deux fois de suite les symétries du cristal, tu ne dois pas revenir au point de départ. P6 et P6(3) sont non chiraux (je te laisse faire le dessin pour vérifier), P6(1, 2, 4 ou 5) sont chiraux avec P6(1) éniantomorphe de P6(5) et P6(2) de P6(4).

n°16521039
Svenn
Posté le 22-10-2008 à 19:15:05  profilanswer
 

lumi a écrit :


 
pour le P4(3) ca serait donc 0<x<1/2, 0<y<1/2 et 0<Z<1 , a moins que ca soit 1/4 pour Z vu qu'il y a une translation sur Z de 1/4 pour chaque position equivalente


 
C'est bien ce que j'ai surligné en gras. La translation de 1/4 suivant z est couplée à une rotation suivant le même axe, donc elle ne te permets pas de réduire la maille suivant l'axe z. Pour réduire la maille en Z, il faudrait rajouter une symétrie cristallographique. Par exemple, avec un P4(1)22, tu pourrais réduire la maille à 0<z<0,5
 
C'est assez lourdingue à visualiser au début ces histoires de groupe d'espace, j'avoue que j'avais ressorti pour l'occasion une vieille boite de légo pour retrouver les unités asymétriques (heureusement, le premier groupe d'espace était une symétrie légocompatible, j'y serais encore si j'avais commencé par un P6522 ou un truc du genre).

n°16521118
lumi
Posté le 22-10-2008 à 19:27:49  profilanswer
 

en tout cas merci beaucoup !!
 
donc on obtient un P4(3) en faisant un centre de symetrie a un P4(1)


---------------

n°16526880
Profil sup​primé
Posté le 23-10-2008 à 12:46:04  answer
 

Svenn: on écrit énantiomère, comme dans "hé nan §§§"

n°16526917
Svenn
Posté le 23-10-2008 à 12:50:58  profilanswer
 

 
 
Ils avaient qu´a choisir un mot plus simple, je ne me serais pas trompe. [:thalis]

Message cité 1 fois
Message édité par Svenn le 23-10-2008 à 12:51:15
n°16526946
Profil sup​primé
Posté le 23-10-2008 à 12:53:22  answer
 

Svenn a écrit :


 
Ils avaient qu´a choisir un mot plus simple, je ne me serais pas trompe. [:thalis]


Nan mais c'est marrant, le nioube à qui tu réponds fait la faute, toi aussi tu la fais, du coup j'ai eu un vilain doute "et si pendant toutes ces années de cours de bioch à la con je m'avais toujours gouré ? [:klemton]"
 
Et en fait non, merci Google  [:xauhaus]

n°16527045
Svenn
Posté le 23-10-2008 à 13:03:36  profilanswer
 


 
C´est vrai qu´apres coup, l´orthographe que j´ai utilise me parait curieuse [:aelenia]


Message édité par Svenn le 23-10-2008 à 13:03:58
n°16527348
lumi
Posté le 23-10-2008 à 13:31:46  profilanswer
 

 
 
je n'ai fait que recopier mon maitre !![:fading]


---------------

n°16527456
lumi
Posté le 23-10-2008 à 13:40:12  profilanswer
 

pour un p2(1) tu pourrait me confirmer que ?
 
x<1/2,  y<1/2,  z<1
 
 
parceque j'ai de gros doute quand meme

Message cité 1 fois
Message édité par lumi le 23-10-2008 à 13:41:02

---------------

n°16527633
Svenn
Posté le 23-10-2008 à 13:53:20  profilanswer
 

lumi a écrit :

pour un p2(1) tu pourrait me confirmer que ?
 
x<1/2,  y<1/2,  z<1
 
 
parceque j'ai de gros doute quand meme


 
C´est un groupe d´espace primitif et tu as une seule symetrie 2(1) pour generer la maille entiere, donc tu as forcement la moitie de ta maille dans l´unite asymetrique (et non 1/4 comme dans le domaine que tu proposes).

n°16532715
lumi
Posté le 23-10-2008 à 22:23:46  profilanswer
 

ok donc une des deux autres (X ou Y) est aussi sur [0-1]


---------------

n°16532893
Svenn
Posté le 23-10-2008 à 22:48:47  profilanswer
 

lumi a écrit :

ok donc une des deux autres (X ou Y) est aussi sur [0-1]


 
 :jap:

n°16534886
Profil sup​primé
Posté le 24-10-2008 à 10:54:39  answer
 

Merde j'ai cru un instant être sur le topic Maths :sweat:

n°16536089
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 24-10-2008 à 13:24:16  profilanswer
 

Non, pas contre, tu peux aller sur le topic honte! :o
IWH 200  
 
Sinon, j'avais demandé, il me semblait qu'il y avait un topic des utilisateurs de R, mais que je ne retrouve pas. Je l'ai révé? Si une bonne âme pouvait me détromper ou me filer une URL... [:easyupper]

n°16536301
Svenn
Posté le 24-10-2008 à 13:51:25  profilanswer
 


 
Il y a un peu de ca. Quand tu sors tes premieres cartes de densite sur un nouveau projet, tu es certes content de  voir a quoi ressemble ta proteine mais tu es surtout content d´etre enfin debarasse de toute cette partie mathematico-informatique bien lourdingue :whistle:

n°16540621
Hephaestos
Sanctis Recorda, Sanctis deus.
Posté le 24-10-2008 à 21:43:57  profilanswer
 

Ouais enfin vous dites "maths", j'appelle ça compter quoi... :/

n°16541327
Svenn
Posté le 24-10-2008 à 22:37:52  profilanswer
 

Hephaestos a écrit :

Ouais enfin vous dites "maths", j'appelle ça compter quoi... :/


 
Les mathématiques derrière la résolution de structures biologiques vont légèrement au-delà des groupes de symétrie. Il y a un certain nombre de mathématiciens qui travaillent sur ces questions et je peux t'assurer qu'ils ne s'ennuient pas  :o

n°16545289
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 25-10-2008 à 18:35:47  profilanswer
 

Sarah Palin, une immense star  :lol:  :lol:  
 
http://fr.youtube.com/watch?v=HCXqKEs68Xk
 
Les 5 dernieres secondes.

n°16545977
Svenn
Posté le 25-10-2008 à 20:30:58  profilanswer
 

RykM a écrit :

Sarah Palin, une immense star  :lol:  :lol:  
 
http://fr.youtube.com/watch?v=HCXqKEs68Xk
 
Les 5 dernieres secondes.


 
Je vais lui envoyer un mail, il parait qu'il y a des chercheurs qui travaillent sur un "C. Elegans", c'est un ver de terre ou un truc du genre  :pfff:  
 

Spoiler :

Bon, dès qu'elle se sera rétamée aux présidentielles je vais voir si on pourrait pas l'avoir pour un séminaire à l'institut  [:huit]


Message édité par Svenn le 25-10-2008 à 20:31:47
n°16546428
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 25-10-2008 à 21:14:42  profilanswer
 

Je comprends pq 53 Nobel US soutiennent officiellement Obama  :D

mood
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