Reprise du message précédent :

 
Fake, le tunnel du LHC sert avant tout a faire transiter l´argent sale vers les banques suisses a l´insu des douaniers. Vos banques ne laisseront pas faire

Houlaaa... A l'heure actuelle, non, c'est impossible, pour n'importe quel mammifère.

 
Pour le moment, le passage par la mere porteuse est oblige et je serais tres surpris que ca change dans les 50 prochaines annees.

En science, ça va parfois plus vite qu'on ne le pense.
Y'a 65 ans, on ne savait pas  comment était l'ADN....

 
Bragg avait montré des 1912 qu´il etait possible de determiner la structure d´une molecule par diffraction des rayons X, il a fallu encore 40 ans pour la structure de l´ADN qui n´est pourtant pas une molecule tres complexe d´un point de vue structural.  
 
Mais je suis d´accord que je m´avance peut-etre un peu en parlant de 50 ans  

Ou pas. On n'en sait strictement rien. Ca dépendra beaucoup de l'avance des biomatériaux et autres bioniques.

Une question pour ceux qui font de la structure:
 
Lorsque l'on fait des Xray ou NMR, on détermine une protéine, qui est une suite d'acide-aminés, avec parfois des ligands et de l'eau (HOH).  
Lorsque l'on fait des modélisations par homologie, on se base sur une structure Xray.  
Ces modèles vont ensuite servir à faire des test et des prédications, avec parfois de la dynamique moléculaire et/ou des réactions quantiques.  
Ma question est: quid des PTM (modifications post-traduction), comme la phosphorylation ou l'ajout de sucres divers et variés ?

 
Ca depend des modifications. En general, les phosphorylations sont tres visibles dans les cartes de densite et elles sont presentes la plupart du temps dans les fichiers pdb. Par contre, les chaines glycosylees sont tres flexibles et donc non visibles la plupart du temps, independament de la resolution. Le premier ose est visible dans un certain nombre de cas mais au-dela, c´est assez exceptionnel. De toute facon, comme les sucres n´ont pas de structure propre, ca n´a en general pas vraiment de sens de dire que la chaine glycosylee est sous telle ou telle conformation.
 
Pour les proteines membranaires, il me semble que les acylations se voient plutot bien.

 
 
ben ca depend de type de glycosylation, elles sont visibles avec d autres methodes que l xray ou nmr, si tu veus savoir precisement quel type de sucre est lie...
 
apres pour les modif post trad ca depend du traitement que tu fais sur la proteine, les ponts disulfure par exemple se cassent facilement...
 
le nmr donne plutot la sequence, avec les xray tu as aussi des infos sur les dispo 3d de la prot il me semble...

 
http://www.nature.com/news/2008/08 [...] .1117.html

Amis chimiste/structuraux, j'aurais besoin de vos lumières.
 
J'essaye de faire le tutorial ici présent, et j'y comprend que pouic.    
 
http://apbs.sourceforge.net/
 
Chapter 7. How do I calculate a pKa?
http://apbs.sourceforge.net/doc/tu [...] l#pka-sect
 
Y'a tous les fichiers d'exemples dans le 7.3.6, mais je ne sais pas quelles valeurs deltaG de sortie correspondent à quoi, et comment faire les calculs pour obtenir la valeur final de pKa pour GLU35.

 
Pouic aussi, désolé  

Si j'ai bien suivi le concept:
 
le pKa s'obtient par la formule ΔaG/2.303*R*T.
 
Question: ΔaG == ΔaGHA ?
 
 
On a la formule: ΔaGHA = ΔaGHA,model + ΔxferGA - ΔxferGHA
 
ΔxferGHA et ΔxferGA- s'obtiennent via les calculs par APBS.
 
Question: comment connait-on ΔaGHA,model ?
 
 
Le tutorial est loin d'être clair.

 
1. Ca c'est sur.
 
2. Je pense que le  ΔaGHA,model correspond au ΔaGHA en environnement aqueux en condition ideale, les ΔxferG correspondant à l'énergie théorique qui serait nécessaire pour déplacer l'acide aminé protonné ou déprotonné de son environnement réel à un environnement aqueux. Dans le cas de ton glutamate, ce sera donc ΔaGHA,model = 2,303 RT ln (pKa=4,4)

Ouais, ça a l'air de jouer.

Je trouve pKa = 1.48, alors que la vraie valeur serait de 1.4...

Merci !

EDIT:
Energy
 
2ZT-GLH35.in    27978.77    proteins with charged GLH
2LZT-noGLH35.in     27720.56   protein with uncharged GLH
GLH35.in               268.93   charged GLH in solution
 
GLH transfert energy -10.72 ΔxferGHA
 
 
2ZT-GLU35.in   27961.39 proteins with charged GLU
2LZT-noGLU35.in   27720.51 protein with uncharged GLU
GLU35.in              252.92 charged GLU in solution
 
GLU transfert energy -12.04 ΔxferGA-
 
ΔxferGA-  -  ΔxferGHA  -1.33
ΔaGHA,model      8952.49   (=2,303 RT ln(4,4))
ΔaGHA              8951.16
 
pKa intrisinc 1.48
 
 
Constants  
R  8.8
T   298.15
pKa GLU 4.4
Constant 2.3

En fait, y'a pas de ln dans ton calcul normalement.

pKa = ΔaGHA/(2.303*R*T) <=> ΔaGHA = pKa*(2.303*R*T)

 
Oui, je me suis melange les pinceaux

Et j'ai pris la valeur 8.3 pour R, or ça devrait êre 0.0083 (car on est en Kilojoules et non en Joules).
 
Bref, j'ai refait les calculs et je propose de continuer la discussion ici:
http://forum.hardware.fr/forum2.ph [...] #t16213175

Vous ai-je dit que mon arrière grand mère par alliance fêtait ses 82 ans cette semaine?

Si vous voulez lui faire un chouette cadeau (à 100$) qui la ravira à n'en point douter, je vous propose de lui offrir cette nouvelle qui semble trépidante

Voir détails en MP, si intéressé(e)

Tiens on rentre en pleine saison des Nobel    
 
POur medecine/Physio je mets une piecette sur Ruvkun et Ambros pour les microRNA    
 
(et encore un Nobel pour C.elegans   )

tu connais les "nominés" ??

 
Bah je les ai vus dans des meeting "C.elegans" quoi    
 
Ils ont auront le Nobel un jour pour cette brillante decouverte, ca ne fait aucun doute  

Est ce que c'est possible d'avoir le détail de ce qu'ils ont fait en cherchant un peu sur le nain ternet ou alors tu peux nous expliquer en gros ?

 
Et l'IgNobdel 2008 de la paix va à la Suisse !
 
 
http://en.wikipedia.org/wiki/List_ [...] nners#2008
 
 2008
 
The "18th First Annual Ig Nobel Prize Ceremony" was held on 2 October 2008 at Harvard University's Sanders Theatre.[27]
 
    * Peace: The Swiss Federal Ethics Committee on Non-Human Biotechnology and the citizens of Switzerland, for adopting the legal principle that plants have dignity.[43]
 
 
 
 
Steu honteuh.

 
Oui mais non, on ne va pas donner tous les ans le prix Nobel aux RNAistes    
 
Je ne fais pas de pronostics vu que le principe meme du prix Nobel est de prendre tout le monde a contrepied.
 

 
Félicitations    
 
Et n'oublie pas de préparer ton discours pour le 10 décembre, il y aura du monde sur le topic pour t'écouter    
 
Sinon, je note que pour une fois, la France obtient une récompense internationale en biologie  

 
Le lien wiki:
 
http://fr.wikipedia.org/wiki/MicroARN
 

 
Bah un Nobel tous les 3 ans pour C.elegans, c'est le rythme de croisiere en ce moment  

Ça a l'air chouette cette histoire de micro RNA. Ils ont fait quoi exactement les gens ?
 
Ils ont mis en évidence la fonction de ces trucs dans un phénomène physiologique ? Développer une thérapie possible contre certains cancers ou autre ?

 
 
Pour l'instant y'a bcp d'impact sur le developement, c'est un peu le meme pbm que la matiere noire en physique. Genetiquement tous les mammiferes (par ex) sont quasi-identiques, pourtant il suffit de mettre une souris a cote d'un elephant pour se dire qu'il doit bien y avoir des differences pdt le developement: les microRNA sont pt etre la reponse.
 
Sinon evidemment multiples tentatives de therapies, au stade fondamental seulement, pas d'essai clinique en cours a ma connaissance (je parle du cancer).

Le quasi peut déjà simplement être des différences minimes au niveau de la protéine (changement d'un acidé aminé acide en un acidé aminé basique) ou au niveau de la séquence codantes (promoteur).

A la limite, pour partir sur cette piste, la même protéine, mais avec des glycosylations différentes hein...

Ouais, tout est possible parmis le million de protéines différentes dans notre corps.

Dites les jeunes, quelqu'un a accés à applied otpics please ? J'ai besoin d'un article pour pas trop faire charlot auprés de mon client demain : http://www.opticsinfobase.org/ao/v [...] 1-51&seq=0

Négatif pour moi.

Nop'    
 
Alors si je peux participer au fait que Haephi passe pour une burne, ca eclaircit ma journee  

Et hop, un Nobel pour le SIDA, un !

Ouais, bravo la mentalité, la meuf elle invente un virus qui tue des millions de personne, on lui donne le prix nobel...

La partie américaine n'est pas co-lauréate, ça va raviver les rancoeurs transatlantiques

 
Tu es simplement aigri parce que la biologie a été nettement plus efficace que la physique sur ce plan