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Auteur Sujet :

[topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

n°13408584
Svenn
Posté le 30-11-2007 à 20:50:14  profilanswer
 

Reprise du message précédent :

greentea a écrit :

Question à 1 sou  :o :
 
Problème: le "matériel biologique" que j'étudie colle trop aux parois de verre.
Ca existe un matériau ou une substance à sprayer qui serait inerte comme le téflon (pour que ni les molécules hydrophobes, ni les molécules hydrophiles ne collent), mais qui serait transparent? Si c'est un revêtement à mettre, il faudrait qu'il reste de manière irréversible (ou presque).
En vous remerkiant quoiqu'il en soit.


 
La solution habituelle à ce genre de problème, c'est d'ajouter de la BSA  :o

mood
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Posté le 30-11-2007 à 20:50:14  profilanswer
 

n°13408650
greentea
Posté le 30-11-2007 à 20:56:28  profilanswer
 

Et puis ce serait davantage nourrissant et goûtu du coup.
 
Ouais mais non: la BSA, elle ne passera pas par moi. :o

n°13408979
Svenn
Posté le 30-11-2007 à 21:21:57  profilanswer
 

C'est très mal engagé alors, le verre fait partie des matériaux qui n'accrochent pas trop les protéines. Quand une protéine se colle au verre, c'est en général qu'elle est très mal en point (dénaturée, agrégée etc...)
 
Si ton labo a des sous à perdre, tu peux toujours tenter le quartz mais bien sur, le prix n'est pas le meme  :whistle:  

n°13451748
Rasthor
Posté le 06-12-2007 à 13:46:45  profilanswer
 

http://www.swissinfo.ch/fre/a_la_u [...] 7000&ty=st
 
Prochaine grande étape de la recherche biologique, la biologie systémique fait rêver la Suisse, qui vise le leadership mondial.
 
Dans le cadre de SystemsX.ch, les Ecoles polytechniques fédérales et six universités mettent en réseau leurs savoirs et leurs ressources. Quelque 400 millions ( :ouch: )devraient être investis ces prochaines années.  (la suite dans le lien.)
 
 
EDIT: 400 mio de francs suisse (donc 240 millions d'euros)


Message édité par Rasthor le 06-12-2007 à 13:48:48
n°13452107
hephaestos
Sanctis Recorda, Sanctis deus.
Posté le 06-12-2007 à 14:34:50  profilanswer
 

greentea a écrit :

Question à 1 sou  :o :

 

Problème: le "matériel biologique" que j'étudie colle trop aux parois de verre.
Ca existe un matériau ou une substance à sprayer qui serait inerte comme le téflon (pour que ni les molécules hydrophobes, ni les molécules hydrophiles ne collent), mais qui serait transparent? Si c'est un revêtement à mettre, il faudrait qu'il reste de manière irréversible (ou presque).
En vous remerkiant quoiqu'il en soit.

 

Le teflon en spray, ça existe, mais je sais pas si ça sèche bien (à la base, c'est pour lubrifier). http://www.autobarn.net/tespwax22ozb.html

 

Sinon, tu peux pas faire des traitement de surface standard, silanisation + accorchage de ce que tu veux qui est susceptible de repousser tes cochonneries ?

Message cité 2 fois
Message édité par hephaestos le 06-12-2007 à 14:35:00
n°13455148
greentea
Posté le 06-12-2007 à 20:27:33  profilanswer
 

Svenn a écrit :

Si ton labo a des sous à perdre, tu peux toujours tenter le quartz mais bien sur, le prix n'est pas le meme  :whistle:  

Ouais, je vais déjà tester avec une cuvette en quartz.  
 

hephaestos a écrit :

Le teflon en spray, ça existe, mais je sais pas si ça sèche bien (à la base, c'est pour lubrifier). http://www.autobarn.net/tespwax22ozb.html
 
Sinon, tu peux pas faire des traitement de surface standard, silanisation + accorchage de ce que tu veux qui est susceptible de repousser tes cochonneries ?


Ah ouais, le téflon en spray peut être pas mal...[:klemton] Mais il faut que le spray résiste à des liquides à 80°C [:tinostar] et du coup faut vraiment un spray costaud. Même problème de non-irréversibilité avec la silanisation + greffage de molécules ,j'imagine?
 
Mes cochonneries sont une mixture de différents types de molécules hydrophiles et hydrophobes, donc faut vraiment une surface inerte.

n°13456673
sir_lune
B3LYP/6-31++G** powered
Posté le 06-12-2007 à 22:55:22  profilanswer
 

même requête que sur le topic physique/chimie ...vu qu'ici c'est plus populaire
 
Si kk'un a accés à ces deux articles de Pnas :  
 
Antonio Trovato, Trinh Xuan Hoang, Jayanth R. Banavar, and Amos Maritan  
Symmetry, shape, and order  
PNAS 2007 104: 19187-19192; published online before print November 21 2007, 10.1073/pnas.0707523104 [Abstract] [Full Text] [Figures Only] [PDF] [Supporting Text]    
 
J. E. Hirsch  
Does the h index have predictive power?  
PNAS 2007 104: 19193-19198; published online before print November 26 2007, 10.1073/pnas.0707962104 [Abstract] [Full Text] [Figures Only] [PDF]    
 
merci de me faire signe en mp, surtout le premier en fait, il a l'air de pas mal donner ds le sujet passionant de l'Emergence  [:fing fang fung]

n°13456694
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 06-12-2007 à 22:57:06  profilanswer
 

Je suis plus au labo, la... honte a moi  :o  
 
Je te MP demain si personne ne me grille  [:dao]

n°13456722
sir_lune
B3LYP/6-31++G** powered
Posté le 06-12-2007 à 23:00:42  profilanswer
 

merci :o
 
tiens anecdote "marrante" :
j'ai découvert la semaine dernière que j'étais co-auteur sur un article  
-publié en 2005
-sur des travaux que j'ai fait en 2003
 
les labos francais, la science en mouvement [:tinostar]

n°13458134
hephaestos
Sanctis Recorda, Sanctis deus.
Posté le 07-12-2007 à 07:28:04  profilanswer
 

greentea a écrit :

Même problème de non-irréversibilité avec la silanisation + greffage de molécules ,j'imagine?


 
Je ne crois pas, non, du moins ça dépend de ce qui est greffé sur le silane.

mood
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Posté le 07-12-2007 à 07:28:04  profilanswer
 

n°13492022
mikdespe1
Posté le 11-12-2007 à 11:43:51  profilanswer
 

Une question à deux sous:  :o  
 
Lors d'un western blot, on utilise souvent des contrôles par exemple avec l'actine... quel est le véritable interêt de ce genre de contrôle ?  
Perso il me semble que c'est pour vérifier qu'il n'y est pas de différence de quantité en actine dans les différentes conditions testées, et donc ainsi pouvoir comparer de manière équivalente les autres bandes. Théoriquement on doit bien avoir la même quantité d'actine sur tout les puits ou à peu de chose près non ?

n°13492242
cloud1109
Posté le 11-12-2007 à 12:06:50  profilanswer
 

Bah oui, c'est exactement à ça que ça sert...  Comme l'actine est un gène "de ménage", il est exprimé de la même façon dans toutes tes cellules quelles que soit les conditions... donc dans tes extraits protéiques, si tu as lysé la même quantité de cellules, tu auras la même quantité d'actine.
 
Lorsqu'on fait un SDS-PAGE on charge la même quantité de prots partout (e.g. 20µg).  Lorsqu'on fait un blot avec un anti-actine, on verifie qu'on à la même quantité d'actine partout, et donc qu'on a chargé la même quantité de prots dans tous les puits.  Ca permet de s'assurer que les différences d'intensité de bande que l'on voit pour son gène d'intérêt sont bien dues à une différence d'expression, et pas dues au fait qu'on n'a pas chargé la même quantité de prots partout.

n°13495872
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 11-12-2007 à 18:07:18  profilanswer
 

Il parrait que des Russe ont un semblant de vaccin contre le VIH... (la vieille rumeur [:ddr555] )
Est-ce qu'il y a des publis là-dessus?
(Genre le mec qui n'a plus accès à rien. :/ )


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°13495919
Svenn
Posté le 11-12-2007 à 18:13:44  profilanswer
 

NHam a écrit :

Il parrait que des Russe ont un semblant de vaccin contre le VIH... (la vieille rumeur [:ddr555] )
Est-ce qu'il y a des publis là-dessus?
(Genre le mec qui n'a plus accès à rien. :/ )


 
Je ne suis pas au courant de tous les essais en cours mais les russes ont surement eux aussi un vaccin candidat contre le HIV. Mais bon ce virus a des armes tres efficaces pour echapper au systeme immunitaire, je ne suis pas sur qu'on parviendra a court et meme a moyen terme a le pieger par la vaccination. Il va falloir trouver autre chose :/

n°13496246
the veggie​ boy
Mammy
Posté le 11-12-2007 à 18:46:59  profilanswer
 

des siRNA ? [:cupra]


---------------
blacklist
n°13496283
Svenn
Posté le 11-12-2007 à 18:50:39  profilanswer
 


 
Peut etre, mais il y en encore du boulot avant que cette approche soit reellement applicable en masse :/

n°13496431
mikdespe1
Posté le 11-12-2007 à 19:07:23  profilanswer
 

cloud1109 a écrit :

Bah oui, c'est exactement à ça que ça sert...  Comme l'actine est un gène "de ménage", il est exprimé de la même façon dans toutes tes cellules quelles que soit les conditions... donc dans tes extraits protéiques, si tu as lysé la même quantité de cellules, tu auras la même quantité d'actine.
 
Lorsqu'on fait un SDS-PAGE on charge la même quantité de prots partout (e.g. 20µg).  Lorsqu'on fait un blot avec un anti-actine, on verifie qu'on à la même quantité d'actine partout, et donc qu'on a chargé la même quantité de prots dans tous les puits.  Ca permet de s'assurer que les différences d'intensité de bande que l'on voit pour son gène d'intérêt sont bien dues à une différence d'expression, et pas dues au fait qu'on n'a pas chargé la même quantité de prots partout.


 
ok d'accord merci pour ta réponse  :jap:  
 
Et donc imaginons que le manipulateur a mal travaillé( :o ) et qu'il n'est donc pas la même quantité d'actine donc de prot partout, peut-on essayer de rattraper le coup en bidouillant et en connaissant précisemment le degré d'intensité de chaque bande ?  
 
j'm'explique:
 
Prenons exemple avec 3 bandes d'actine ayant une intensité égal à 15, 14 et 18 (totalement arbitraire):
     
    -Peut-on fixer arbitrairement un niveau d'actine idéal, par exemple 16, afin d'avoir virtuellement la même quantité d'actine partout, ce qui implique donc de calculer des facteurs qui permettent de passer de 15 à 16, de 14 à 16 et de 18 à 16,(ici respectivement 1.06, 1.14 et 0.88) et ensuite d'appliquer ces même facteurs aux bandes de notre gène d'intérêt pour en quelque sorte "normaliser" et connaître le degré d'expression véritable de notre protéine ?  :D

n°13496871
Svenn
Posté le 11-12-2007 à 20:05:12  profilanswer
 

mikdespe1 a écrit :


 
ok d'accord merci pour ta réponse  :jap:  
 
Et donc imaginons que le manipulateur a mal travaillé( :o ) et qu'il n'est donc pas la même quantité d'actine donc de prot partout, peut-on essayer de rattraper le coup en bidouillant et en connaissant précisemment le degré d'intensité de chaque bande ?  
 
j'm'explique:
 
Prenons exemple avec 3 bandes d'actine ayant une intensité égal à 15, 14 et 18 (totalement arbitraire):
     
    -Peut-on fixer arbitrairement un niveau d'actine idéal, par exemple 16, afin d'avoir virtuellement la même quantité d'actine partout, ce qui implique donc de calculer des facteurs qui permettent de passer de 15 à 16, de 14 à 16 et de 18 à 16,(ici respectivement 1.06, 1.14 et 0.88) et ensuite d'appliquer ces même facteurs aux bandes de notre gène d'intérêt pour en quelque sorte "normaliser" et connaître le degré d'expression véritable de notre protéine ?  :D


 
Si c'est 14, 15 et 18 et que tu veux seulement un résultat qualitatif, tu dois pouvoir t'en sortir comme ça.  
 
Si tu veux un résultat quantitatif, il vaut mieux recommencer à zéro, tu ne peux appliquer une simple règle de trois. Les variations peuvent être dues à un pipetage pas très reproductible (auquel cas la règle de 3 s'applique), mais ça peut aussi être du par exemple à une dégradation partielle des échantillons et là tu ne peux plus rien faire de quantitatif.

n°13497943
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 11-12-2007 à 21:37:00  profilanswer
 

Svenn a écrit :


 
Je ne suis pas au courant de tous les essais en cours mais les russes ont surement eux aussi un vaccin candidat contre le HIV. Mais bon ce virus a des armes tres efficaces pour echapper au systeme immunitaire, je ne suis pas sur qu'on parviendra a court et meme a moyen terme a le pieger par la vaccination. Il va falloir trouver autre chose :/


Franchement, mon point de vu d'ancien immunologiste est proche du tien... ils vont en chier en effet.
Parce qu'ils peuvent pas erradiquer les cellules cibles du Virus (le système immunitaire le fait déjà [:pingouino] ) et qui plus est la réponse immunitaire même si elle est induite par le vaccin rique de ne pas être suffisemment puissante par manque de Th4. :/


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°13498372
Svenn
Posté le 11-12-2007 à 22:04:31  profilanswer
 

NHam a écrit :


Franchement, mon point de vu d'ancien immunologiste est proche du tien... ils vont en chier en effet.
Parce qu'ils peuvent pas erradiquer les cellules cibles du Virus (le système immunitaire le fait déjà [:pingouino] ) et qui plus est la réponse immunitaire même si elle est induite par le vaccin rique de ne pas être suffisemment puissante par manque de Th4. :/


 
Je ne pense pas que la destruction des LT4 soit le problème, cette destruction est très lente par rapport au temps de mise en place d'une réponse immunitaire (même une réponse primaire). Le problème du HIV, comme celui de l'hépatite C ou de l'herpès, c'est à mon avis surtout que ces virus sont adaptés pour vivre dans l'organisme pendant des années et qu'ils ont déjà tous les outils pour endormir la vigilance du système immunitaire. Donc vaccination ou pas, j'ai peur que ça ne change pas grand chose :/
 
Le problème est par exemple assez différent de celui de la grippe où le virus se multiplie aussi vite que possible sans se protéger et pour lequel la réponse immunitaire spécifique est efficace.
 
Si on fait le bilan des maladies pour lesquels on a des vaccins et pour lesquels on en a pas, ça corespond assez bien à cette dichotomie (agent pathogène rapide / agent pathogène lent et discret), à assez peu d'exceptions près.

n°13502210
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 12-12-2007 à 10:22:52  profilanswer
 

D'ailleurs, c'est bien le système immunitaire qui détruit les LT4, pas le virus? (ptin ça fait longtemps. :sweat: )


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°13502732
Svenn
Posté le 12-12-2007 à 11:32:05  profilanswer
 

NHam a écrit :

D'ailleurs, c'est bien le système immunitaire qui détruit les LT4, pas le virus? (ptin ça fait longtemps. :sweat: )


 
On ne connait toujours pas la raison precise pour laquelle le nombre de LT4 diminue  [:airforceone]

n°13505802
alcoolik_a​nonyme
Posté le 12-12-2007 à 17:23:25  profilanswer
 

Svenn a écrit :


 
On ne connait toujours pas la raison precise pour laquelle le nombre de LT4 diminue  [:airforceone]


On n'a pas quelques pistes??  :??:  
genre apoptose, anergie, lyse directe...
Pourquoi est-ce que c'est si difficile à déterminer? [:airforceone]

n°13505924
Svenn
Posté le 12-12-2007 à 17:37:00  profilanswer
 

alcoolik_anonyme a écrit :


On n'a pas quelques pistes??  :??:  
genre apoptose, anergie, lyse directe...
Pourquoi est-ce que c'est si difficile à déterminer? [:airforceone]


 
On a surement des pistes, mais de la a savoir quelle est ou quelles sont les bonnes, c'est une autre histoire...

n°13506037
Louxxx
Posté le 12-12-2007 à 17:50:02  profilanswer
 

A tout hasard, comment vous traduisez "synteny" en français ?

n°13506096
thermoclin​e
Geek intelligent
Posté le 12-12-2007 à 17:58:34  profilanswer
 

ie


---------------
Les bureaucrates: "S'ils tombaient d'un immeuble, il leur faudrait une semaine pour s'ecraser." "All I ever wanted All I ever needed Is here in my arms Words are very unnecessary They can only do harm               Enjoy the silence"
n°13506555
eol melwas​ul
Sujet du Roi
Posté le 12-12-2007 à 18:56:23  profilanswer
 

Salut a tous, cela fait longtemps que je n'ai pas poste sur ce topic.
Et pour cause apres avoir bouffe d ela Biomol pendant 3 en licence, je fais un master d'ingénieri biomedicale avec beaucoup de physique: interaction rayonnement matière, spectroscopie, biomecanique etc..
Ce matin nous avons eu une journée de sensibilisation à la recherche. Bien sur les professeurs ont vanté les mérites du doctorat a l'interface entre la Physique et le biologie. Avec le coté R&D des petites boites ( qui dependent ds grandes) pour creer de nouvelles technologies médicale etc.
Donc, je voudrais savoir si certains d'entre vous ont une experience professionnelle et academique et s'il leur etait possible de me contacter ici ou en mp.
Merci.

n°13507056
greentea
Posté le 12-12-2007 à 19:46:29  profilanswer
 

Svenn a écrit :

Si ton labo a des sous à perdre, tu peux toujours tenter le quartz mais bien sur, le prix n'est pas le meme  :whistle:  

J'ai fait le test, ça colle aussi sur du quartz. :/

hephaestos a écrit :

Le teflon en spray, ça existe, mais je sais pas si ça sèche bien (à la base, c'est pour lubrifier). http://www.autobarn.net/tespwax22ozb.html
 
Sinon, tu peux pas faire des traitement de surface standard, silanisation + accorchage de ce que tu veux qui est susceptible de repousser tes cochonneries ?


J'ai contacté plusieurs entreprises de revêtement de surface (téflon ou autre), ils étudient la question mais ça n'a pas l'air gagné...Bon, je vais demander sur le topic Chimie-physique au cas où.
 
Merci en tout cas. ;)  

n°13507073
Svenn
Posté le 12-12-2007 à 19:49:00  profilanswer
 

greentea a écrit :

J'ai fait le test, ça colle aussi sur du quartz. :/


 
C'est quoi ton échantillon si c'est pas indiscret  :??:

n°13507499
greentea
Posté le 12-12-2007 à 20:45:06  profilanswer
 

Svenn a écrit :


 
C'est quoi ton échantillon si c'est pas indiscret  :??:

Un truc très commun en fait...Je te MP. :o  

n°13511328
Profil sup​primé
Posté le 13-12-2007 à 11:15:29  answer
 

Svenn a écrit :


 
Je ne suis pas au courant de tous les essais en cours mais les russes ont surement eux aussi un vaccin candidat contre le HIV. Mais bon ce virus a des armes tres efficaces pour echapper au systeme immunitaire, je ne suis pas sur qu'on parviendra a court et meme a moyen terme a le pieger par la vaccination. Il va falloir trouver autre chose :/


What about la bonne vieille massue ? [:rhetorie du chaos]

n°13511337
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 13-12-2007 à 11:16:11  profilanswer
 

Un papier qui va plaire a Svenn auj dans Nature  :o  
 
http://www.nature.com/nature/journ [...] 06419.html

n°13511378
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 13-12-2007 à 11:20:50  profilanswer
 

Putain les memes auteurs  [:wam]  
 
http://www.nature.com/nature/journ [...] 06417.html
 
 
Le back to back qui tue  :ouch:

n°13511420
Svenn
Posté le 13-12-2007 à 11:25:53  profilanswer
 

Il y en a meme un troisieme cache un peu plus loin  :D  
 
Trois articles avec le meme dernier auteur dans un meme numero de Nature, ca doit pas arriver souvent  :o  
 
 

Spoiler :

Mais il y a quelques annees, un auteur avait fait beaucoup mieux en publiant 15 papiers en une semaine rien que dans Nature et Science : "Retraction 1 : ....", "Retraction 2 : ....", ....  :whistle:

n°13511479
_tchip_
Posté le 13-12-2007 à 11:31:49  profilanswer
 

Eux ils doivent pas squatter HFR a longueur de journée :o

n°13511489
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 13-12-2007 à 11:32:41  profilanswer
 

greentea a écrit :

J'ai fait le test, ça colle aussi sur du quartz. :/


 

greentea a écrit :


J'ai contacté plusieurs entreprises de revêtement de surface (téflon ou autre), ils étudient la question mais ça n'a pas l'air gagné...Bon, je vais demander sur le topic Chimie-physique au cas où.
 
Merci en tout cas. ;)  


Je crois que Nunc fait des plastiques low-adsoption... faudrait vérifier.


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°13511549
Profil sup​primé
Posté le 13-12-2007 à 11:39:40  answer
 

Svenn a écrit :

Il y en a meme un troisieme cache un peu plus loin  :D  
 
Trois articles avec le meme dernier auteur dans un meme numero de Nature, ca doit pas arriver souvent  :o  
 
 

Spoiler :

Mais il y a quelques annees, un auteur avait fait beaucoup mieux en publiant 15 papiers en une semaine rien que dans Nature et Science : "Retraction 1 : ....", "Retraction 2 : ....", ....  :whistle:



 
On veut des noms §§§

n°13511793
bank
grin and bear
Posté le 13-12-2007 à 12:08:01  profilanswer
 

NHam a écrit :


Je crois que Nunc fait des plastiques low-adsoption... faudrait vérifier.


 
ouaip,
 
http://www.nuncbrand.com/page.aspx?ID=1275
 
en fait, différentes surfaces selon l'application

n°13511874
Rasthor
Posté le 13-12-2007 à 12:20:57  profilanswer
 


C'était un algorythme sur des structures je crois.

n°13512334
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 13-12-2007 à 13:27:01  profilanswer
 

bank a écrit :


 
ouaip,
 
http://www.nuncbrand.com/page.aspx?ID=1275
 
en fait, différentes surfaces selon l'application


Je bossais avec des maxisorp, y avais pas de raison que l'inverse n'existe pas. [:ddr555]


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°13512491
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 13-12-2007 à 13:57:46  profilanswer
 

greentea a écrit :

Question à 1 sou  :o :
 
Problème: le "matériel biologique" que j'étudie colle trop aux parois de verre.
Ca existe un matériau ou une substance à sprayer qui serait inerte comme le téflon (pour que ni les molécules hydrophobes, ni les molécules hydrophiles ne collent), mais qui serait transparent? Si c'est un revêtement à mettre, il faudrait qu'il reste de manière irréversible (ou presque).
En vous remerkiant quoiqu'il en soit.


Réflexion faite, il y a des flacons transparents en PTFE, mais c'est super cher je pense...
EDIT: Il te faut des tubes des flacons autre rayé la mention inutile.

Message cité 1 fois
Message édité par NHam le 13-12-2007 à 13:58:18

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La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
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