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Auteur Sujet :

[topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

n°12547294
Rasthor
Posté le 30-08-2007 à 09:48:49  profilanswer
 

Reprise du message précédent :
Un peu de lecture sur la relation structure <-> fonction:
http://www.pubmedcentral.nih.gov/a [...] d=11178260

mood
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Posté le 30-08-2007 à 09:48:49  profilanswer
 

n°12547336
lumi
Posté le 30-08-2007 à 09:55:15  profilanswer
 

merci c'est cool vos reponses


---------------

n°12547936
lumi
Posté le 30-08-2007 à 11:16:35  profilanswer
 

Citation :

a pH physiologique, les chaines laterales des aa peuvent faire des liaisons H, mais avec quel groupement ? NH ? OH ? d autres ?....


 
la question (revenue plusieurs fois) etais en fait :  à pH physio, la tyrosine (par exemple) peut faire une laison H, aucune laison H, plusieurs laisons H
 
idem pour l'arginine avec ces NH2+, NH et NH2 ? plus de 3 laison H ? moins de 3? exactement 3 ?

Message cité 1 fois
Message édité par lumi le 30-08-2007 à 11:24:11

---------------

n°12548014
lumi
Posté le 30-08-2007 à 11:24:26  profilanswer
 

pour les cycle aromatique, la proline n'en fait pas partie alors


---------------

n°12548026
Svenn
Posté le 30-08-2007 à 11:26:02  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

100% d'identité on dit. [:aloy]


 
C'etait une faute de frappe  :whistle:  
 

Rasthor a écrit :

Euh, pas d'accord sur l'aspect catégorique de sa réponse négative.
 
Par exemples, les domaines CARD, DEATH (DD), DEATH EFFECTOR DOMAIN (DED) et NALP sont tous composés de 6 hélices alph (5 dans le cas de NALP), et ces quatre domaines forment tous la Super Famille des Death Domain.  
Ces domaines ont la capacité de se lier entre eux.
Dans pour moi, ils ont d'une part un ancètre commun très lointain (leur identité tourne autour de 20% si je me souviens bien) et leur fonction bio est analogue (domaines d'interactions).
 
 
Mais de nouveau, c'est possible que deux domaines différents avec le même repliement aient eu une évolution convergentes.


 
Je me suis peut etre mal exprime. Deux domaines avec le meme repliement peuvent avoir la meme fonction, ils ont souvent un ancetre commun mais ce n'est pas toujours le cas. Tu prends le domaine Ig qui est un des plus frequents si ce n'est le plus frequent : on retrouve ce domaine chez tous les organismes et dans des proteines qui n'ont rien a voir entre elles, j'ai du mal a croire que le domaine Ig soit apparu une seule fois dans l'evoltion et qu'il ait ensuite ete copier-coller un peu partout.  
A contrario, les GPCR par exemple ont probablement tous un ancetre commun (peut etre meme la bacteriorhodopsine bien que sa fonction n'ait rien a voir ?)

n°12548068
Svenn
Posté le 30-08-2007 à 11:29:14  profilanswer
 

lumi a écrit :

Citation :

a pH physiologique, les chaines laterales des aa peuvent faire des liaisons H, mais avec quel groupement ? NH ? OH ? d autres ?....


 
la question (revenue plusieurs fois) etais en fait :  à pH physio, la tyrosine (par exemple) peut faire une laison H, aucune laison H, plusieurs laisons H
 
idem pour l'arginine avec ces NH2+, NH et NH2 ? plus de 3 laison H ? moins de 3? exactement 3 ?


 
La chaine laterale de la tyrosine peut former plusieurs liaisons H, en temps que donneur via le H du OH et en temps qu'accepteur avec l'oxygene. Idem pou l'arginine, les N peuvent former des liaisons H via les 3 azotes et via les hydrogenes portes par les azotes. Il faut voir steriquement si c'est possible mais on doit etre au moins a quatre ou cinq liaisons H formables simultanement dans l'arginine.
 
 
Edit : et la proline n'est pas aromatique, son cycle est constitue de liaisons simples


Message édité par Svenn le 30-08-2007 à 11:30:18
n°12548126
lumi
Posté le 30-08-2007 à 11:35:21  profilanswer
 

ok merci pour ces precisions !!
 
je verrifirai l'intitulé exact de la question sur les liaison H ce soir et je vous en dirai des news


---------------

n°12548638
Rasthor
Posté le 30-08-2007 à 12:28:22  profilanswer
 

Svenn a écrit :

C'etait une faute de frappe  :whistle:


J'accepte la réponse. [:dao]

Svenn a écrit :


Je me suis peut etre mal exprime. Deux domaines avec le meme repliement peuvent avoir la meme fonction, ils ont souvent un ancetre commun mais ce n'est pas toujours le cas. Tu prends le domaine Ig qui est un des plus frequents si ce n'est le plus frequent : on retrouve ce domaine chez tous les organismes et dans des proteines qui n'ont rien a voir entre elles, j'ai du mal a croire que le domaine Ig soit apparu une seule fois dans l'evoltion et qu'il ait ensuite ete copier-coller un peu partout.

Là, je ne peux donner de réponse précise.
Mais je ne vois pas d'impossibilié à ce que ce domain se soit dupliqué et répliqué à partir d'un ancetre commun il y a fort longtemps.

n°12549852
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 30-08-2007 à 14:52:40  profilanswer
 

Svenn a écrit :


 
Une autre echelle tres meconnue, dite "echelle de Svenn" donne plutot :
I, L, V > F > M,C > A,P,W > G,S,T,Y> Q,N > H > D,E,K,R


 
Elle mériterait de figurer dans le Voet.  :jap:


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°12564965
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 31-08-2007 à 21:33:17  profilanswer
 

P'tain les tag cleavable c'est un vrai bonheur  [:w3c compliant]  
Au moment ou ma prot' se libere du tag, elle se jete au fond du tube et forme ce petit agregat blanc caracteristique et me glisse a l'oreille "pas cette fois mon grand, tu n'as pas ete assez doux pour me voir soluble  :non: , tu repasseras "
 
Allez, une semaine de boulot a la poubelle  :fou:  
 
Bon week end. :fou:  

mood
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Posté le 31-08-2007 à 21:33:17  profilanswer
 

n°12592731
lumi
Posté le 04-09-2007 à 15:23:02  profilanswer
 

petit exo de biochimie, si certains sont calés :
 
preparez 1L de solution de polyacrylamide 40% (p/v) 29/1 (acrylamide/bisacrylamide) a partir de solution de polyacrylamide 40% 37.5/1 et 40% 19/1
 
j'ai le resultat mais pas les details de calcul, et quand moi je calcul je trouve des choses tout a fait differentes
 
j aurai calculé ca comme un system de moyenne avec coefficient (dans le sens contraire) a savoir que la moyenne est de 29, et qu'on a deux notes : 37.5 et 19 et on calcul le coeff (comme les deux solution sont a 40%) mais le resultat ert mauvais
 
 
merci d'avance


---------------

n°12592875
Svenn
Posté le 04-09-2007 à 15:37:03  profilanswer
 

lumi a écrit :

petit exo de biochimie, si certains sont calés :
 
preparez 1L de solution de polyacrylamide 40% (p/v) 29/1 (acrylamide/bisacrylamide) a partir de solution de polyacrylamide 40% 37.5/1 et 40% 19/1
 
j'ai le resultat mais pas les details de calcul, et quand moi je calcul je trouve des choses tout a fait differentes
 
j aurai calculé ca comme un system de moyenne avec coefficient (dans le sens contraire) a savoir que la moyenne est de 29, et qu'on a deux notes : 37.5 et 19 et on calcul le coeff (comme les deux solution sont a 40%) mais le resultat ert mauvais
merci d'avance


 
Methode de labo riche : jette tes solutions d´acrylamide et achete directement des gels precoulés, on gagnera du temps  :o

n°12592972
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 04-09-2007 à 15:47:18  profilanswer
 

Svenn a écrit :

 

Methode de labo riche : jette tes solutions d´acrylamide et achete directement des gels precoulés, on gagnera du temps  :o


methode de pauvre... tu achètes la solution acry/bisacry directement faite  :o


Message édité par merlin_67 le 04-09-2007 à 15:47:31

---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°12593175
lumi
Posté le 04-09-2007 à 16:09:11  profilanswer
 

non masi d'accord mais la c'est de la theorie [:hahaguy]


---------------

n°12593821
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 04-09-2007 à 17:25:34  profilanswer
 

lumi a écrit :

non masi d'accord mais la c'est de la theorie [:hahaguy]


heu je dirais pour un litre, 540mL de 37.5/1 et 460 mL de 19/1 ?


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°12593961
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 04-09-2007 à 17:41:17  profilanswer
 

autre question,
vous utilisez quoi comme dispositif pour concentrer les prots? Je viens d'apprendre que mes vieux centricons ne se faisaient plus  :cry:


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°12594070
Svenn
Posté le 04-09-2007 à 17:53:45  profilanswer
 

merlin_67 a écrit :

autre question,
vous utilisez quoi comme dispositif pour concentrer les prots? Je viens d'apprendre que mes vieux centricons ne se faisaient plus  :cry:


 
J'utilise les Vivaspin, je trouve que ca marche mieux

n°12594321
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-09-2007 à 18:19:34  profilanswer
 

merlin_67 a écrit :

autre question,
vous utilisez quoi comme dispositif pour concentrer les prots? Je viens d'apprendre que mes vieux centricons ne se faisaient plus  :cry:


 
Amicon Ultra  [:dao]  
 
Y'a toutes les tailles  [:cosmoschtroumpf]

n°12594487
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 04-09-2007 à 18:37:07  profilanswer
 

Svenn a écrit :


 
J'utilise les Vivaspin, je trouve que ca marche mieux


justement ici on en n'est pas très content.... Ah la bio !! que du bonheur et que des trucs reproductibles ! :lol:


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°12594492
lumi
Posté le 04-09-2007 à 18:37:56  profilanswer
 

merlin_67 a écrit :


heu je dirais pour un litre, 540mL de 37.5/1 et 460 mL de 19/1 ?


 
 
c'est ce que je trouvais, mais apparament ca serai 698 et 302  :sweat:


---------------

n°12594626
thermoclin​e
Geek intelligent
Posté le 04-09-2007 à 18:50:34  profilanswer
 

Y'aurait pas un petit piège dans l'histoire 40% de poly et le fait d'avoir des proportions de mono et bi?


---------------
Les bureaucrates: "S'ils tombaient d'un immeuble, il leur faudrait une semaine pour s'ecraser." "All I ever wanted All I ever needed Is here in my arms Words are very unnecessary They can only do harm               Enjoy the silence"
n°12594734
lumi
Posté le 04-09-2007 à 19:03:50  profilanswer
 

ben comme le mono et le bi sont eux aussi a 40% je pensais que non
 
mais y'a un souci qq part


---------------

n°12594844
spy62_59
Posté le 04-09-2007 à 19:15:37  profilanswer
 

excusez moi de vous déranger tout le monde, mais pourriez vous m'éclairer un peu???
concernant une question sur les rhésus sanguins...
est-il possible qu'un parent A/A et l'autre O, aient un enfant O?
voilà, merci!

n°12594870
Svenn
Posté le 04-09-2007 à 19:17:48  profilanswer
 

spy62_59 a écrit :

excusez moi de vous déranger tout le monde, mais pourriez vous m'éclairer un peu???
concernant une question sur les rhésus sanguins...
est-il possible qu'un parent A/A et l'autre O, aient un enfant O?
voilà, merci!


 
C'est rare mais ca arrive, meme si le groupe ABO est surtout determine par un gene, il y en a d'autres qui interviennent et qui peuvent faire ce genre de choses.

n°12594984
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-09-2007 à 19:30:28  profilanswer
 

spy62_59 a écrit :

excusez moi de vous déranger tout le monde, mais pourriez vous m'éclairer un peu???
concernant une question sur les rhésus sanguins...
est-il possible qu'un parent A/A et l'autre O, aient un enfant O?
voilà, merci!


 
Cherche dans le topik, on a deja repondu et poste des liens...  :hello:

n°12597385
ThinSwing
Posté le 04-09-2007 à 22:19:16  profilanswer
 

merlin_67 a écrit :


justement ici on en n'est pas très content.... Ah la bio !! que du bonheur et que des trucs reproductibles ! :lol:


 
 
quelqu'un pourrait préciser de quels protocoles il s'agit car je dispose de solutions "maison" pour concentrer les protéines mais qui ne marchent pas...

Message cité 1 fois
Message édité par ThinSwing le 04-09-2007 à 22:22:25
n°12597974
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-09-2007 à 22:48:14  profilanswer
 

ThinSwing a écrit :


 
 
quelqu'un pourrait préciser de quels protocoles il s'agit car je dispose de solutions "maison" pour concentrer les protéines mais qui ne marchent pas...


Si tu t'en fous qu'elles soient natives, tu les precipites au TCA, lave a l'acetone -20 et reprend dans le volume voulu.
Si tu les veux natives, perso j'utilise les Amicon ultra, y'a tous les volumes et toutes les tailles.
http://www.drugplusinternational.com/prodimg/3014.jpg
 [:dao]


Message édité par RykM le 04-09-2007 à 22:49:13
n°12598621
ThinSwing
Posté le 04-09-2007 à 23:20:50  profilanswer
 

Amicon Ultra quel fournisseur?

n°12598826
ThinSwing
Posté le 04-09-2007 à 23:31:41  profilanswer
 

en tt cas merci pou rles info

n°12598836
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-09-2007 à 23:32:26  profilanswer
 

ThinSwing a écrit :

Amicon Ultra quel fournisseur?


 
Millipore  :hello:

n°12598919
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-09-2007 à 23:37:17  profilanswer
 

Svenn a écrit :


 
C'est rare mais ca arrive, meme si le groupe ABO est surtout determine par un gene, il y en a d'autres qui interviennent et qui peuvent faire ce genre de choses.


 
Oui, le locus H. [:dao]  
 
Parent A/A h/H et O/O h/h
 
1 enfant sur 2  avec h/h donc O bien qu'il possede un allele A.

n°12605434
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 05-09-2007 à 17:33:12  profilanswer
 

RykM a écrit :


 
Oui, le locus H. [:dao]  
 
Parent A/A h/H et O/O h/h
 
1 enfant sur 2  avec h/h donc O bien qu'il possede un allele A.


Ou un gène A inactif... certes ça ne court pas les rue.  [:noxauror2]


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°12611481
lumi
Posté le 06-09-2007 à 10:43:18  profilanswer
 

petite question d'un exam passé : (formation pratique en biochimie)
 
 
a quoi sert la fusion a la GST ?


---------------

n°12611620
Cardelitre
ಠ_ಠ ۞_۟۞ ┌( ಠ_ಠ)┘ סּ_סּ
Posté le 06-09-2007 à 11:00:34  profilanswer
 

lumi a écrit :

petite question d'un exam passé : (formation pratique en biochimie)
 
 
a quoi sert la fusion a la GST ?


Ben ça dépend de ce que tu veux en faire... :D
Mais générallement c'est un tag utilisé pour la purification de protéines en vue tests d'interaction protéine-protéine.

Citation :

Detection of protein-protein interactions using the GST fusion protein pull-down technique
Glutathione-S-transferase (GST) fusion proteins have had a range of applications since their introduction as tools for synthesis of recombinant proteins in bacteria1. Typically, GST pull-down experiments are used to identify interactions between a probe protein and unknown targets and to confirm suspected interactions between a probe protein and a known protein2, 3. The probe protein is a GST fusion, whose coding sequence is cloned into an isopropyl-beta-D-thiogalactoside (IPTG)-inducible expression vector. This fusion protein is expressed in bacteria and purified by affinity chromatography on glutathione-agarose beads. Target proteins are usually lysates of cells, either labeled with [35S]methionine or unlabeled, depending on the method used to assay the interaction between the target and the probe. The cell lysate and the GST fusion protein are incubated together with glutathione-agarose beads. Complexes recovered from the beads are resolved by SDS-PAGE and analyzed by western blotting, autoradiography or staining.


http://www.nature.com/nmeth/journa [...] 4-275.html
 

Citation :

A GST-tag is often used to separate and purify proteins that contain the GST-fusion. GST-fusion proteins can be produced in Escherichia coli, as recombinant proteins. The GST part binds its substrate, glutathione. Agarose beads can be coated with glutathione, and such glutathione-Agarose beads bind GST-proteins. These beads are then washed, to remove contaminating bacterial proteins. Adding free glutathione to beads that bind purified GST-proteins will release the GST-protein in solution.


http://en.wikipedia.org/wiki/Gluta [...] se#GST-tag


Message édité par Cardelitre le 06-09-2007 à 11:01:14

---------------
Intra-Science  -  To thine own self be true
n°12613083
Svenn
Posté le 06-09-2007 à 13:54:13  profilanswer
 

lumi a écrit :

petite question d'un exam passé : (formation pratique en biochimie)
 
a quoi sert la fusion a la GST ?


 
La GST a une tres forte affinite pour le glutathion, ce qui permet de la purifier tres efficacement sur une colonne d'affinite. La fusion d'une proteine avec la GST permet donc de la purifier tres simplement. La fusion avec la GST peut egalement etre utilisee pour etudier des interactions entre differentes proteines voire pour determiner des compostions de complexes de proteine. Il suffit de fusionner l'un des composants avec la GST, d'accrocher l'ensemble a une colonne de glutathion puis d'analyser ce qui est associe a la proteine fusionnee (par WB, MassSpec ou autres).

n°12613136
lumi
Posté le 06-09-2007 à 14:00:11  profilanswer
 

merci bien pour les reponses
 
 
une autre : quel type de colonne utiliser pour eluder purifier une proteine en UNE etape ?


---------------

n°12617052
Profil sup​primé
Posté le 06-09-2007 à 19:50:44  answer
 

Ouverture de polémique en forme de question :
 
pourquoi est-ce que tous les boyoleux ici présents écrivent sans utiliser aucun accent grave ou aigu ? :whistle:

n°12618180
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 06-09-2007 à 21:36:05  profilanswer
 


 
Paske pas un seul ne vit en France ?  [:cosmoschtroumpf]

n°12618219
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 06-09-2007 à 21:38:57  profilanswer
 

La GST n'a pas la reputation d'etre tres propre, j'ai essaye 2-3 trucs (His, GST, MBP) le plus clean, c'est sans conteste un TAG his sur colonne de Cobalt. [:huit]  
 
Notons egalement que pour de la mass-spec on a tendance a utiliser un double tag cleavable (TAP) voire encore mieux le SILAC. [:dao]

n°12618446
Svenn
Posté le 06-09-2007 à 21:51:42  profilanswer
 


 
Parce qu'il n'y a pas d'accents dans les contrees reculees ou on vit. Pär cöntre, j'ai töüt ce qu'il fäüt cömme tremäs  :o

n°12620719
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 07-09-2007 à 08:51:51  profilanswer
 

Svenn a écrit :


 
Parce qu'il n'y a pas d'accents dans les contrees reculees ou on vit. Pär cöntre, j'ai töüt ce qu'il fäüt cömme tremäs  :o


 
Umlaut  [:jibidi]


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
mood
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