Reprise du message précédent :

 
Il n'y a rien de plus traitre qu'un tampon phosphate ou un tampon magnesium, ça précipite au contact de plein d'autres ions

La prochaine fois c'est uree 9M    
Tu vas voir si elle precipite, celle-la  

On s'en doutait fortement, on en a aujourd'hui la preuve formelle : l'editorial board de Nature lurke ce topic. On parlait hier du lien entre cancer et vieillissement et aujourd'hui, Nature nous offre aujourd'hui une revue sur ... le vieillissement et le cancer    
 
 

Ben tiens, fallait que je m'en doute que ça arriverait un jour, à cause de ces conneries de citations à la noix, me voilà réduit à être confondu au sein d'un maigre et al. avec une bardée d'infâmes biologistes et autres biochimistes, sans compter les quelques charlots et charlatans notoires qui ont fréquenté ce topic en leur temps. Ma seule consolation étant de rester différencié de cette raclure d'helvète, et encore c'est pour le voir placé hiérarchiquement au dessus de moi, en tant que premier auteur. Monde de merde.

 
le pire c'est d'être en dessous d'un biochimiste helvete germanophone je pense

Et pourtant je suis quelqu'un de bien.

Hé les boyos :
sur l'île de Madère ( ) y a des souris à 2n=22 [plein de fusions robertsoniennes] qui s'hybrident avec des souris à 2n=40, normal quoi.
Comment ça peut se goupiller pendant la méïose, ce bordel ?

 
Elles sont fertiles ?

 
Je l'ignore (c'est du prélèvement de bêbêtes in the wild)... en tout cas les F1 ont pas de problème de fitness outre mesure, c'est déjà ça.
Mais même, comment c'est géré au cours du cycle mitose/méïose/fécondation, un bordel pareil ?

Bah la meiose se fait de chaque cote avec production d'haplotypes, tout ce qu'il y a de normal. Apres ca se complique, car y'a le double d'un cote.
Il existe des exemples (faut que je retrouve) dans lesquels un lot entier est perdu ou gagne au cours de la gametogenese et ca regle le probleme.
Me semble que c'est chez les plantes, les histoires de polyploidies sont tres courantes.
 
 

Salut à tous
est ce qu'ici des fous-dingues comme moi essaient de purifier des protéines membranaires ??

 
J'ai joue a ca a une periode. Mais si tu en es a purifier, c'est deja que tu as reussi a produire ta proteine membranaire. Rien que ca, c'est souvent un cauchemard  

 
enfin j'ai une "bande" mais après vas y pour purifier on essaie le système TAP (tandem affinity) sur le papier tu peux purifier sur plusieurs résines... dans la pratique, à part puirifier des prots de levures (je produits dans Scerevisiae)    
premier post doc = galère  

 
C'est passe de mode le TAP-tag, maintenant les gens font du SILAC  

 
La premiere chose a faire dans ton cas, c´est analyser par mass spec ta bande pour etre bien sur que c´est elle qui t´interesse, il n´y a rien de pire que de perdre plusieurs mois a purifier la ´mauvaise´ proteine.  
 
Ensuite, je ne suis pas sur que le systeme TAP soit tres adapte aux proteines membranaires. Je peux peut-etre te donner deux trois idees mais j´ai besoin d´un renseignement si ce n´est pas indiscret : tu peux me dire a peu pres combien ta proteine (ou ton complexe) a de residus dans la solution cote cytoplasme, dans la membrane, et dans la solution cote externe (ou cote lumiere d´un compartiment intra-cellulaire)
Derniere chose etant donne que c´est une source majeure de problemes pour les proteines membranaires : tu recuperes comment ta proteine a la sortie de la colonne IgG ? Tu digeres par la TEV ? Si non, tu peux me dire quelle protease tu utilises et surtout si il y a du DTT ou du beta-mercapto dans ton tampon de digestion ?

 
"on " pense que la bande est correcte, mais toujours pas assez de matos pour avoir une réponse en MS

 
le système a pas mal marché pour d'autres prot' du groupe. Pour les autres renseignement, j'ia besoin d'un peu de temps

pas de colonne IgG, pas encore de digestion tev, on a adapté le sys en mettant des affinités pour résine nickel/strepta/calmoduline
protéases, benzamidine et PMSF. pas de DTT ni beta mercapto quand je claque les cellules.

Si tu n'as pas assez de proteine pour la MS, il y a peut-etre un probleme d'expression.
 
Dans les problemes possibles, il y a les cysteines : elles doivent etre dissociees dans le domaine cytoplasmique et appariees (correctement de surcroit) dans les domaines externes (ou dans les compartiments cellulaires), le pire etant le cas ou il y a des cysteines des deux cotes de la membrane.  
Si tu as un probleme de ce type, ta proteine devrait avoir une forte tendance a s'agreger. Tu as regarde comment elle se comportait en gel-filtration ? Meme si tu as tres peu de materiel, tu verras peut-etre quelque chose en precipitant les proteines dans les differentes fractions puis en revelant a l'argent ?
 
Sinon, l'experience montre que le meilleur systeme pour les proteines membranaires est de loin le baculovirus (sauf pour les proteines bacteriennes bien sur !). Il  y a quelques succes pour des proteines pas trop grosses en utilisant une methode moins subtile : sur-expression en bacterie, la proteine part en corps d'inclusion tres faciles a purifier (on centrifuge et puis voila   ), puis la proteine est denaturee/renaturee en presence de detergents. Quand ca marche, c'est vraiment pratique.
Autre chose : un des adages avec la purification des proteines membranaires, c'est "celui qui a la plus grande armoire a detergents publiera en premier". Une proteine aura toujours ses detergents preferes dans lesquels elle ne s'agregera pas trop etc... Il faut souvent en tester cinq a dix pour avoir un bon apercu du comportement de la proteine. Suivant ce que tu veux faire de ta proteine, tu pourras tester le triton, le chaps (ces deux premiers sont bien pour la biochimie et pas trop chers par rapport au reste), le dodecylmaltoside, l'octylglucoside, le LDAO, le DDAO (pour la cristallo, le dodecylmaloside etant clairement "le" detergent miracle. Ils sont tous tres chers). Bien sur, il faut maitriser la concentration en detergent a toutes les etapes (toujours au-dessus de la CMC mais jamais trop haut)

 
j'utilise le dodécyl maltoside et d'autre détergents "perso" développés par des chimistes. mais pour l'instant, "ma" bande de MS est contaminée par une prot de levure  

Quelqu'un a accès à ça ?
 
https://commerce.metapress.com/cont [...] apress.com

que signifie 13 dans la nomenclature de l'helice alpha d'ADN ?
 
3,6 : indice 13

 
Si tu n'as qu'un seul contaminant problematique, j'essaierais echangeuse d'anion et echangeuse de cation. Il faudrait vraiment que tu sois malchanceux pour qu'aucune des deux ne marche
 

 
Dans une helice alpha, tu as formation de liaisons H entre le CO du residu n et le NH du residu n+4. Si tu comptes le nombre de liaisons covalentes sur la chaine principale, tu arriveras a 13 liaisons entre le C du CO et le N du NH. De la meme facon, l'helice 3:10 correspond a des liaisons H entre le CO du residu n et le NH du residu n+3, ces deux groupes etant separes par 10 liaisons.

 
 
merci bcp !!

Question à 1 franc suisse:
 
Y'en a parmi vous qui font des dosages de certains acides aminés?

bonjour a tous,
 
quelques questions en vrac, aux quelles j'espere, vous serez ravis de repondre :
 
je dois trouver le quel de deux AA est le plus hydrophobe, mais ils sont tous les deux classés dans la categories des hydrophobes jsutmeent
 
quelle est la definition exacte d'un groupement aromatique ? et est ce que la tyrosine ( Y ) en a un ?
le diagrame de ramachandran est calculé, a partir de la structure 3D ou a partir de la sequence de la proteine ?
 
les liaisons peptidiques en cis sont uniquement presente pour la proline ? ou pour tous les autres AA, dans les prteines naturelles ? (a savoir que pour la proline il s'agit de 6% des cas contre 0,3% pour les autres AA).... que repondre dans un partiels
 
qu'est ce qu'un repliement : un arrangmeent de strucures secondaires ?
une structure Tertiaire pour un domaine connu ? la structure quaternaire d'une proteine ? ou un domaine avec une fonction connu ?
 
selon la pdb, combien d'aa contient la majorité des domaines ? reponse de tete : moin de 50, moins de 100, moins de 200 ou entre 200 et 400.
 
 
une sequence repetée : PGNPGNPGN se retrouve dans quelle strucutre de facon plausible ? helice alpha (reponse fausse a coup sur...)
brin Beta, tournant Beta ou coin Beta....
 
a pH physiologique, les chaines laterales des aa peuvent faire des liaisons H, mais avec quel groupement ? NH ? OH ? d autres ?....
 
 
je precise que ce sont des questions aux quelles je n'ai pas trouver de reponses completes et precises dans les cours et que le recherche sur google est relativement longue et inneficace je trouve
 
merci d'avance de votre aide...

Là je ne sais plus.

Une série de carbone formant un cycle:
http://fr.wikipedia.org/wiki/Mol%C3%A9cule_aromatique

Oui: http://fr.wikipedia.org/wiki/Tyrosine

Structure 3D uniquement. C'est l'angle de torsion de la chaine principale.
http://fr.wikipedia.org/wiki/Struc [...] %C3%A9ines

Y'a aussi la glycine je crois.

Je dirais: "structure Tertiaire pour un domaine connu"

Je ne sais pas.

un coin ou un tournant je dirais.
La proline casse la structure de l'hélice alpha. Elle se retrouve souvent dans des boucles.

OH je dirais.

Je précise à mon tour que ce sont des réponses de tête, à confirmer par de plus grands spécialistes.

 
Il y a beaucoup d'echelles et elles ne sont pad toutes exactement identiques. La plus courante est sans doute celle de Kyte et Doolittle qui donne par hydrophilie croissante :
 
   Ile 4,5     Val  4,2    Leu 3,8
   Phe 2,8     Cys  2,5    Met 1,9
    Ala 1,8     Gly -0,4    Thr -0,7
    Ser -0,8    Trp -0,9    Tyr -1,3
    Pro -1,6    His -3,2    Asx -3,5
    Glx -3,5    Lys -3,9    Arg -4,5
 
Personnellement, je ne la trouve pas parfaite, je trouve la serine et la threonine trop vers les hydrophobes et la proline trop vers les hydrophiles. Mais ca donne une bonne idee.
 

 
C'est complique a definir ! Sinon, il y a quatre residus contenant des groupes aromatiques : W, Y, F, H
Le Ramachandran est calcule a partir de la structure 3D a laquelle il est quasiment equivalente : si on a le ramachandran de tous les residus, on a le trace de la chaine principale ainsi que tous les carbones alpha.
 

 
Seule la proline forme relativement frequemment des liaisons cis. Les autres residus peuvent ausssi mais c'est exceptionnel. Il ne me semble pas que les cas intermediaires soient stables energetiquement masi c'est a verifier. Dans beaucoup de cas, il doit s'agir de structures mal definies.
 

 
Je dirais 100 a 250 pour la majorite. Au-dela, ca devient souvent multi-domaine.
 

 
Probablement rien de tout ca, ca doit faire partie des rares helices exotiques qu'on retrouve dans certaines proteines. en l'occurence, tu as tres probablement une "polyproline", une forme d'helice tres atypique.
 

 
Pour schematiser, en bio quasiment tout ce qui contient un oxygene ou un azote peut faire une liaison H.

 
sérine et thréonine moins hydrophile que proline ?    
 
 

histidine n'est pas dans les aromatiques   c'est un imidazole
 

 
Une autre echelle tres meconnue, dite "echelle de Svenn" donne plutot :
I, L, V > F > M,C > A,P,W > G,S,T,Y> Q,N > H > D,E,K,R
 

 
L'imidazole est aromatique bien que ce soit un cycle a cinq atomes. Ce qui compte, c'est le nombre d'atomes engages dans le cycle et en l'occurence, un des azotes fournit 2 e- soit 6 au total. L'histidine est donc bien aromatique.

mouais je suis d'accord avec toi, mais je ne jouerais pas à ça devant un examinateur. Tu sais que 98% des enseignants en bio sont des buses en chimie. Et dans tous les bouquins, l'histidine n'est pas classé dans les aromatiques. A moins d'être super béton, parfois il ne vaut mieux pas jouer avec le feu...
J'aime bien l'échelle de Svenn   , tu devrait la mettre sur wikipedia  

http://fr.wikipedia.org/wiki/Imidazole

merci bcp pour toutes vos responses
 
j'analyserai a tete reposée, parceque la, les revisions depuis 9H du mat ca commence a faire long

 
 
ordre du plus hydrophobe au plus hydrophil je suppose
 
 
pourtant dans mon "classement" A est regroupé avec I L et V
 
 
 
 
 

 
 
donc quelle reponse ?

 
 
bon avant de partir de la biblio j'ai quelques autres questions aux quelle je n'ai pas reussi a repondre (eh oui ca en fait du boulot des annales depuis presque 10ans et sur deux sessions pas ans.....
 
 
 
les interactions hydrophobes ont une origine enthalpique ? enthropique ? aucune reponse ?
 
histoire de domaine et de repliement :
deux domaines avec le meme repliement : meme ancetre ? meme fonction bio ? aucun ?
 
deux protein à  seul domaine ont la meme fonction : elles adoptent le meme repliement ? ou peuvent adopter un repliement different ?
 
pour un repliement donné, ont a toujours la meme fonction ? ou plusieurs fonctions differentes possibles ?
et inversement ?
 
1 repliement donné et une fonction donnée : 1 seule sequence compatible ou plusieurs ?
 
 
merci d'avance

 
Surement pas les deux premiers, les domaines de moins de 100 residus sont rares. C'est reparti entre 100/200 et 200/400, je pense que je choisirais plutot 100/200

 
 
ok....
 
y'a souvent des question comme ca :
 
comme pour les residu pour les brin beta : dans le cours c'est entre 5 et 10
 
mais les propal sont : 4 à 7
9 à 12.....
 
que repondre ? les deux ?

 
Ca a l'air complexe...Et tout dépend si ton prof est un spécialiste ou non...
 

J'avais pas vu qu'il y avait encore une liste de questions    
 

 
Une region hydrophobe exposée dans l'eau se recouvre localement de couches de molecules d'eau organisée comme dans la glace. Pour former une liaison hydrophobe, il faut donc briser le réseau de liaison H entourant les domaines hydrophobes, puis les deux domaines hydrophobes se collent. Plus c'est le bordel, plus les couches de glace sont faciles a briser et plus la liaison est facile à former ---> C'est entropique.
 

 
En général, non à tout. Il peut y avoir des phénomènes d'évolution convergente. De plus pour un petit domaine à 4 hélices par exemple, il n'y a pas dix mille façons de les associer. Pour de gros domaines ou mieux quand plusieurs domaines sont homologues, il y a par contre une plus grosse probabilité qu'il y ait un ancetre commun meme si il n'y a aucune identité de séquence détectable.
Pour ce qui est de la fonction bio, c'est encore moins vrai. Par exemple, un des domaines de repliement le plus fréquent, le PH-domain a des fonctions extrêmement variées et aucun n'est franchement prédominante.
 

 
Elles peuvent très bien avoir des repliements différents.
 

 
Non, c'est le principe des protéines homologues dont la fonction est conservée. Si tu prends toutes les chaines d'hémoglobine des vertébrés, elles ont toutes la même fonction et pourtant les séquences varient largement.
 
Ce que tu peux considérer par contre :
- Séquence homologue à plus de 25% --> quasiment toujours le même repliement. Mais il y a des exceptions. Meme 100% d'homologie ne suffisent pas toujours : la protéine prion a deux repliements stables et complètements différents.
- Repliement similaire --> souvent une fonction similaire (transport de lipides/metabolisme des lipides, ou canal K+ / canal Na+ etc....)
- Et la regle n°1 de la biologie : toute règle a beaucoup d'exceptions

100% d'identité on dit.
L''homologie n'est quantifiable. Deux protéines sont homologues (orthologues, paralogues, ohnologues, xenologues, etc...) ou ne le sont pas.
Et d'accord avec toi pour le 100% d'identité qui ne donne pas forcément la même structure.
Un autre exemple est le MDR1 (Multidrug Resistance 1) qui en fonction de sa composition en mutation silencieux (SNP) ne va pas replier de la vitesse, donc de la même manière et induire une fonction différente.

Ouais, enfin faut encore définir la notion de fonction exact. Il suffit de changer quelques aminoacides dans une enzymes pour qu'elle change complétement de substrats.

Bref, comme tu le disais, en biologie, l'exception est la rège.

Euh, pas d'accord sur l'aspect catégorique de sa réponse négative.

Par exemples, les domaines CARD, DEATH (DD), DEATH EFFECTOR DOMAIN (DED) et NALP sont tous composés de 6 hélices alph (5 dans le cas de NALP), et ces quatre domaines forment tous la Super Famille des Death Domain.
Ces domaines ont la capacité de se lier entre eux.
Dans pour moi, ils ont d'une part un ancètre commun très lointain (leur identité tourne autour de 20% si je me souviens bien) et leur fonction bio est analogue (domaines d'interactions).

Mais de nouveau, c'est possible que deux domaines différents avec le même repliement aient eu une évolution convergentes.

Un peu de lecture sur la relation structure <-> fonction:
http://www.pubmedcentral.nih.gov/a [...] d=11178260