Reprise du message précédent :
 
 
Loin de moi cette idee    
 
Mais c'est l'un des defis bouillants de la biologie moderne  

oui c'est de ca que je parlais
pas d'AA....
 
mais est ce que en connaissant la sequence de l'adn (acgttgtcagatcagcatc) on peut trouver les strctures helices feuillets etc ?

 
Oui mais uniquement pour ces domaines precis qui sont tres bien documentes  

Même si cela a déjà été dis, je veux réinsister sur le fait que seul les proteines ont de réelles "structures" en feuillet ou helice comme tu le dis. Les ARN aussi ont une structure mais c'est quelque chose de différent (forme en tete de marteau, en hairpin etc).
 
Si tu cherches des images de structure de l'ADN, tu verras que c'est plus un superenroulement (même si le terme en réalité s'applique en fait a une fraction de l'ADN, dsl pour les puristes) autour d'histones qui forment des colliers de perles, a leur tour enroulés comme les spires d'un ressort.
 
La seule structure d'acides nucléique fixe et connue dont je me rappelle est la structure de l'ADN dans un virus particulier (le virus de la langue bleue je pense mais a confirmer). Cela est due à la TRES forte concentration en ADN dans la capside virale.
 
Pour le reste, ce sont plus des degrés d'enroulement de l'ADN autour de lui-même, variations qui permettent de transcrire aisément certaines parties du génome (les moins compactées) et d'en interdire d'autres (les plus enroulées). A part ca, je ne pense pas qu'il y ai de notables structures de l'ADn ou alors uniquement dans des zones très spécifiques comme l'a dit RykM, nottament dans le cadre d'interactions protéine ADN (pas forcement qu'avec les histones).
 
Voila, j'espere que ca réponds a ta question sinon j'ai pas du la comprendre.

 
Pour l'instant,les logiciels de predicition de structure 3D ne tiennent pas du tout la route. Pour la structure secondaire, la prediction est souvent assez mauvaise et c'est largement pire pour la structure tertiaire. L'autre jour, je testais par curiosite plusieurs logiciels de ce type en leur fournissant des petits domaines (70-100 residus) se repliant de facon autonome et dont la structure etait connue. Dans tous les cas, le logiciel se plantait completement.    
 
 
De la a dire que les cristallographes ont de beaux jours devant eux, je serai egalement prudent. La cristallo a probablement une vingtaine de belles annees devant elle, mais pas plus a mon avis. La plupart des proteines 'faciles' ont deja ete faite et on se dirige de plus en plus vers des objets difficiles comme des complexes de proteines ou des proteines membranaires. Qui ne resisteront pas eternellement non plus, on maitrise de mieux en mieux ce type d'objets. Quand il ne restera plus a resoudre que des proteines homologues a d'autres de structures deja connues, la cristallo risque de connaitre des jours difficiles. Ce qui est normal : il n'y a pas si longtemps, on publiait quasiment dans Cell quand on sequencait un gene important, aujourd'hui on n'essaie meme plus de soumettre une sequence sans aucune autre donnee.

 
Si je me rappelle bien, le virus de la langue bleue est un virus a ADN simple brin, tres concentre, sans proteine du genre histone etc..., ca doi commencer a faie pas mal de bonnes raisons d'adopter des structures secondaires.
 

 
Il me semble que dans les telomeres, l'ADN adopte des structures secondaires particulieres (appariement a 4 brins notamment)

 
Ouais, à condition d'avoir déjà cristallisé la protéine et regardé ce que ça donne en diffraction X
 
C'est de la biologie...

 
Si tu veux juste savoir si ta proteine contient du alpha ou du beta, tu peux te contenter d'une manipe de dichroisme circulaire, c'est autrement  plus rapide comme methode  

 
Oui une T-loop, comme dit plus haut quand l'ADN se retrouve a l'etat simple brin de veritables structures secondaires apparaissent (quoique dans le cas des telomeres la presence de proteines est indispensable), on peut egalement citer les jonctions de Holidays, et certaines structures liees a la replication.

 
Oki, je pensais que les telomeres etaient vapables de se structurer par eux memes, sans l'aide de proteines  

C'est quoi?    

 
Mon avatar    
 
Une structure intermediaire apparaissant pendant la recombinaison  

Ca s'appelle "faire le pont"

Une petite au microscope electronique    
 

Il l'est pas toujours ?

EDIT : ah ué non les hybride ADN/ARN effectivement

 
 
t'utilise koi comme logiciels ? Reflex ? Insight ? ou de la MM toute bête ?

 
Dans les virus a ARN negatif aussi. Le genome viral y est maintenu en position etendue et non apparie par des proteines specialisees  

 
J'ai essaye Rosetta et un autre dont je ne me rappelle plus le nom

voila j'ai trouver la question que je cherchais :  
 
pour construire (calculer) le diagramme de ramachandran d'une proteine, est-il necessaire de connaitre la structure 3d, ou suffit-il de connaitre la sequence ?

 
La structure 3D est indispensable. Ce n'est pas surprenant, etant donne que l'information contenue dans le ramachadran est quasiment identique a l'information contenue dans la structure 3d (a l'exception des extremites des chaines laterales).
 
Je rajouterai d'ailleurs que certaines proteines ont plusieurs structures 3D. Et en consequence, pour une meme sequence on peut avoir des ramachandrans qui different assez senssiblement (disons 5 a 15% des residus qui changent de region dans le ramachandran)

Quelqu'un pourrait me filer l'article pointé par Svenn dans je sais plus quel sujet ?
 
Il est téléchargeable par les ayant-droits ici :
http://www.journals.royalsoc.ac.uk [...] 1:102024,1

 
http://www.tiem.utk.edu/~gavrila/PAPS/h.pdf
 
google avec recherche restreinte aux .pdf
l'arme du chercheur hacker  

Joli

 
Pauvre  

 
 
L'article est cite dans les News de Nature d'hier...
 
Alors Heaphi on commence a douter de son orientation ?  

C'est surtout qu'il cherche une excuse pour expliquer a sa femme pourquoi il la trompe avec un homme. "C'est pas de ma faute, c'est genetique"  

Vous avez quelque chose contre les pédés ?

T'as qqch contre les TJ ?

 
Nan, de toute facon l'article prouve de maniere irrefutable que l'Humanite toute entiere finira bisexuelle. Arretons de nous voiler la face, supprimons tous les tabous et comprenons enfin ce que le Christ a voulu dire par "aimez vous les uns les autres"  

Tu as mal lu, l'article prouve de manière irréfutable que l'humanité toute entière est bisexuelle, compte tenu du fait que l'évolution a déjà fait son oeuvre...

Vendredi hmmm ?

 
 
ok merci bcp

Ah d'accord.    
Ca a de la gueule cette structure!    

On se reveille la-dedans  

Les Suisses du tomik, une petite question... que pensez-vous de Bale ?  

Si vous devriez choisir entre Bale et les bords du Leman (Lausanne ou Geneve)... quels seraient vos arguments ?  

 
Et les "pas hybrides" ARN/ARN (double brin quoi), j'ai même vu cet été à une conf un gars qui a joué avec des quadruple brins, le 1 apparié avec 2 apparié avec 3 et apparié avec 4 lui même apparié avec 1, je sais plus par contre si c'était :
- pour le fun de la structure,
- un truc qui existe temporairement à un moment,
- utile pour quelque chose.

 
C'est un trou paumé.
 

 
Pour parler Français => Genève,  pour l'aspect strictement pécunier Bâle.
 
Pour la réput' c'est du public où du privé ? Parce que pour du privé c'est pas super trop important.

Yvounet, futur travailleur frontalier

Basel au niveau place scientifique c'est très bon, un gros cluster de compétences aussi bien au niveau de l'académique que du privé regroupées sur une petite zone. La Silicon valley des biotechs suisses en gros. Problèmes: Bâle c'est moche et déprimant. En plus ça parle suisse-allemand, faut vraiment aimer...
 
Sur l'arc lémanique, y a rien à dire c'est beau, l'ambiance est chouette et ça cause plus ou moins français. Y a une moins grande concentration de grosses multinationnales pharmaceutiques qui alimentent en pognon les labos, mais les nouvelles boîtes de biotech poussent comme des champignons. 2e grosse place forte académique niveau biol au niveau Suisse avec l'uni de Lausanne, de Genève, le CHUV et tous les instituts rattachés, sans compter l'EPFL, l'institut Ludwig et l'ISREC... En tant que généticien et vu ton domaine, l'ISREC ça peut être assez recommandé.

Je louche sur l'ISREC et le FMI de Bale    
 
Lausanne c'est a combien de temps en voiture de la station de ski la plus proche ?

C'est pour du public  
J'ai pas vraiment envie de faire mon post-doc en France; et UK je trouve la qualite de vie tres moyenne  

 
Bon alors oui "a ce qu'il se dit", c'est mieux que le sud de la Suisse, mais effectivement, faut supporter le dialecte, et le centre ville est minuscule car c'est surtout une ville hyper industrielle.  
 
Tu pourra toujours visiter l'Alsace   mais bon ça fera pas 2ans non plus    
 
Maintenant pour le ski, je dirais 1h/1h30 pour la première   , mais faut me confirmer, par contre moins le choix que vers Geneve.  
Comme c'est un de mes facteurs de choix également, je privilégie Genève/Lausanne pour la montagne.