[topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

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Auteur	Sujet : [topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

Black Messiah

La réponse est 42

Reprise du message précédent :
Quiagen a beau être super cher (et c'est vrai que leurs kits sont pas donnés), ils sont quand même moins cher que d'autres (Bio-Rad pour pas les citer, où comment vendre une cuve en plastique pour 600 ) et ils te gagnent un temps fou, non?

Message cité 1 fois

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Qui fait le malin tombe dans le ravin...

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Cardelitre

ಠ_ಠ ۞_۟۞ ┌( ಠ_ಠ)┘ סּ_סּ

Black Messiah a écrit :

Quiagen a beau être super cher (et c'est vrai que leurs kits sont pas donnés), ils sont quand même moins cher que d'autres (Bio-Rad pour pas les citer, où comment vendre une cuve en plastique pour 600 ) et ils te gagnent un temps fou, non?

Ah ouais c'est clair que te taper 40 minipreps à la main avec tes propres tampons sans kits ça devient vite super lourd, donc les kits ça simplifie quand même méchamment la vie. Mais ça la rend chère aussi.

Black Messiah

La réponse est 42

Bof, à moins que ton DR ne soit écossais, c'est pas sur ca qu'il va t'emmerder.
Je connais plein de chefs qui diront toujours oui pour racheter des kits de miniprep mais alors dés que tu as besoin de commander un oligo un peu spé ils te font toute une usine a gaz pour essayer de faire sans.

...Par contre, une fois arrivé en Novembre - Décembre, ils se retrouvent avec 30 000 à ecouler en 2 semaines donc tu te retrouve avec un nouveau spéctro ou un renouvellement du parc info. Ca c'est de la gestion efficace :jap:

Message cité 1 fois

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Qui fait le malin tombe dans le ravin...

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Black Messiah a écrit :

Bof, à moins que ton DR ne soit écossais, c'est pas sur ca qu'il va t'emmerder.
Je connais plein de chefs qui diront toujours oui pour racheter des kits de miniprep mais alors dés que tu as besoin de commander un oligo un peu spé ils te font toute une usine a gaz pour essayer de faire sans.

...Par contre, une fois arrivé en Novembre - Décembre, ils se retrouvent avec 30 000 à ecouler en 2 semaines donc tu te retrouve avec un nouveau spéctro ou un renouvellement du parc info. Ca c'est de la gestion efficace :jap:

Pas de bol, je vis en Ecosse [:dao]

Et les chefs ici, ont tellement de fric qu'ils ont rien a carre de ce que tu commandes, c'est open bar.

Pour revenir aux kits, en fait on etait bien plus rapide avant sans les colonnes (rappelez-vous la precipitation direct dans le tube, le petit trou au fond du tube et roulez [:nidnogar] ), mais les colonnes donnent un purif' bien meilleure.

Quand tu gagnes du temps, franchement ca le fait les kits... Tiens par exemple, auj on coule meme plus les gels d'acrylamide, pre-cast et gradient 4-12%, on prepare plus les buffers etc, tout est en kit

Message cité 1 fois

Rasthor

RykM a écrit :

Pas de bol, je vis en Ecosse [:dao]

Et les chefs ici, ont tellement de fric qu'ils ont rien a carre de ce que tu commandes, c'est open bar.

Pour revenir aux kits, en fait on etait bien plus rapide avant sans les colonnes (rappelez-vous la precipitation direct dans le tube, le petit trou au fond du tube et roulez [:nidnogar] ), mais les colonnes donnent un purif' bien meilleure.

Quand tu gagnes du temps, franchement ca le fait les kits... Tiens par exemple, auj on coule meme plus les gels d'acrylamide, pre-cast et gradient 4-12%, on prepare plus les buffers etc, tout est en kit

Vient en Suisse... [:cupra]

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Back to back chaud bouillant auj dans Nature

Oncogene-induced senescence is part of the tumorigenesis barrier imposed by DNA damage checkpoints

et

Oncogene-induced senescence is a DNA damage response triggered by DNA hyper-replication

[:dao]

Profil supprimé

C'est nul t'es même pas dans les auteurs

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RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Ca n'est qu'une question de temps

gilou

Modosaurus Rex

Il est dans les cobayes... [:chacal_one333]
A+,

---------------
There's more than what can be linked! -- Le capitaine qui ne veut pas obéir à la carte finira par obéir aux récifs. -- Les paroles s'envolent, les APIs REST -- Hacker vaillant rien d'impossible -- (╯°□°)╯︵ ┻━┻

Mako__O

Quelqu'un saurait-il m'expliquer (en détail si possible) cette histoire de perception amer du goût pour la phénylthiocarbamide avec les goûteurs et non goûteurs? (avec les allèles PAV et AVI)

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hephaestos

Sanctis Recorda, Sanctis deus.

Pour les rédactions de TIPE par des pairs, c'est dans la cat Etudes.

Cardelitre

ಠ_ಠ ۞_۟۞ ┌( ಠ_ಠ)┘ סּ_סּ

Y a rien à faire, je suis fan...

---------------
Intra-Science - To thine own self be true

mikdespe1

Salut à tous :hello:

Dites moi j'aimerai savoir si vous connaissiez la technique dite de "l'extension d'amorce" ... en l'occurence dans mon expérience, le promoteur d'un gène à été identifié avec cette technique... J'ai d'abord penser à la PCR mais j'en suis pas sûr et je n'ai rien trouvé dans la littérature ou autre qui le confirmerai... z'avez des pistes ?

:jap:

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Ouais ca sert a cloner un bout d'ADN a cote d'un morceau que tu connais deja...

Cherche dans google avec "primer extension", tu trouveras ton bonheur [:dao]

edit: en fait ca sert a plein d'autres choses

Message cité 1 fois
Message édité par RykM le 04-12-2006 à 21:25:58

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Putain mon portable qui vient de me lacher :fou:

Je suis en train de faire tourner le recovery CD, et je me rends compte que toutes mes donnees de Vector NTI sont perdues :fou:

PUTAIN DE BORDEL DE MERDE !!! :fou:

Message cité 1 fois

greentea

Respire fort...Y'a pas un autre moyen de récupérer les données?

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Je verrai ca avec le service info demain :fou:

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Putain, le recovery marche meme pas :fou:

FAIS CHIER :fou:

Profil supprimé

RykM a écrit :

Dans ce cas c pas un problème de portable mais de disque dur, non ?

NHam

Stop, look and listen.

ça sent la boîte de jeu...

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Bon, bonne nouvelle, la plupart de mes datas ont des back-up, et pour vector NTI,c est just une dizaine de plasmide de perdus [:cosmoschtroumpf]

Par contre le PC, pendant la restauration il me sort un message style "access denied, can not access FAT32 bla-bla", ca sent pas bon je crois

Ca fait 2 ans que je l ai... :sweat:

Message cité 1 fois

bank

grin and bear

RykM a écrit :

T'as encore du bol: une doc de chez nous a eu le DD de son portable qui a planté (une jolie combinaison de TOC-TOC-TOC-TOC et de sifflements) alors qu'elle avait finit d'écrire sa thèse à 90% [:ula]
Elle avait un DD externe mais, évidemment, elle backupait pas souvent.
Bon heureusement le techos a pu sauver en partie son DD, dont la thèse, mais elle a été blanche pendant qq jours... [:ula]

NHam

Stop, look and listen.

Nan mais les gars... :pfff:
Trois sauvegardes sur trois supports différents. [:aloy]

Personne vous a appris ça pendant voslongues études? [:opus dei]

Message cité 2 fois

Profil supprimé

NHam a écrit :

Nan mais les gars... :pfff:
Trois sauvegardes sur trois supports différents. [:aloy]

Personne vous a appris ça pendant voslongues études? [:opus dei]

Une sur DVD+R, une sur DVD-R, une sur DVD-RAM. Et le jour où ton lecteur rend l'âme un dimanche veille de remise du bordel, tu pleures.

gilou

Modosaurus Rex

NHam a écrit :

Nan mais les gars... :pfff:
Trois sauvegardes sur trois supports différents. [:aloy]

Personne vous a appris ça pendant voslongues études? [:opus dei]

Tout était pourtant dit ici:

A+,

wandering-phantom

Hello tout le monde,

Je viens encore vous posez quelques questions. Je suis en train de refaire des exercices de TD de Biologie Moléculaire avec des amies et on s'est cassé la tête sur une petite question. En gros, on nous demande d'expliquer la technique de l'extension d'amorce dans le cadre d'une construction et d'une analyse d'une banque d'ADNc. Le truc nous a été trèèès mal expliqué en cours par un prof méga brouillon, et la prof de TD... Bref ! Please, HELP !

Thanks

Message cité 1 fois

mikdespe1

RykM a écrit :

Ouais ca sert a cloner un bout d'ADN a cote d'un morceau que tu connais deja...

Cherche dans google avec "primer extension", tu trouveras ton bonheur [:dao]

edit: en fait ca sert a plein d'autres choses

Ok vais voir merci :jap:

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

wandering-phantom a écrit :

Qu'est-ce que tu ne comprends pas ?

wandering-phantom

Je ne comprend pas le principe de l'extension d'amorce en fait. C'est surement un truc tout con, mais on nous explique toujours tout mal dans cette fac de ****

Message cité 1 fois

hephaestos

Sanctis Recorda, Sanctis deus.

Inscris-toi en BEP de couture si t'aimes pas ta fac.

Message cité 1 fois

gilou

Modosaurus Rex

hephaestos a écrit :

Inscris-toi en BEP de couture si t'aimes pas ta fac.

Voudrais tu donc ainsi suggérer que les conditions de travail dans les sweatshops sont meilleures que celles des post-doc dans les labos de bioch? [:ddr555]
A+,

hephaestos

Sanctis Recorda, Sanctis deus.

Rien d'aussi subtil. Les étudiants aigris qui passent leur temps à critiquer la qualité des cours que la société leur paye quasi-gratuitement, ça me gave. Quand en plus ils viennent sur des forums pour demander à des gens de faire leurs devoirs à leur place, ça me donne envie de les insulter. A défaut d'insulte, je me dis qu'il pourrait faire un bon étudiant en BEP couture. Ou maçon, c'est bien aussi maçon.

Message cité 3 fois

Profil supprimé

hephaestos a écrit :

Et puis ça paye mieux que la physique nucléaire, en fait.

Message cité 1 fois

wandering-phantom

hephaestos a écrit :

C'est plutôt toi qui a l'air bien aigri... Je pense que tu n'es pas là à mes cours pour bien comprendre ce qu'il s'y passe. Quand un prof explique un truc, regarde ce qu'il vient d'écrire au tableau et d'un coup dit "ah non, attendez, c'est pas ça, je me suis trompé" trois à quatre fois par cours, je pense que j'ai bien le droit de critiquer ces cours "quasi gratuit" comme tu dis. Et justement, heureusement que des cours pourris comme ça sont quasi gratuit !
Ensuite, je demande pas de faire un devoir, je suis en pleine révision et j'aimerais COMPRENDRE, pas qu'on me mache le travail. A ce que je sache, je vous ai pas recopié l'énoncé de l'exercice que je taffais, j'ai juste demander une petite explication d'une technique. Et j'ai fais ça en dernier recours, vu que j'ai quand même essayé de trouver ce qu'il faut dans les bouquins que j'avais à disposition à la bibliothèque et également regardé les cours des deux amies qui faisaient l'exercice avec moi pour essayer de comprendre. Donc merci de garder tes remarques d'ignares pour toi ! Quand on sait pas, on se tait, merci.

fabcool

serieux ? naaaan...

hephaestos a écrit :

L'aigri c toi quand meme là :sarcastic:

"quasi-gratuitement" je suis pas d'accord ils sont payés par des impots (que ses parent paient), les droits d'entrés (t'as du 400 qd même), + les bouquins à acheter, donc je pense que tu n'as pas suivi le programme bio, donc t'es pas le mieux placé pour parler de qualité de cours en bio, surtout pour un physicien.. :lol:

d'autres part demander d'expliquer une technique ça n'as rien à voir à faire les devoir de l'autre, puisque comme elle a dit, elle n'a même pas donné l'enoncé...

bref sans vouloir t'insulter tu es un [:teamroulaiz]

Profil supprimé

Physicien = bon à rien [:spamafote]
(Et puis merde pour une fois qu'y a une nana ici, faut la ménager )

Message cité 1 fois

gilou

Modosaurus Rex

:non: Ça sert a faire du Polonium, que l'actualite nous montre que c'est utile tout plein... [:chacal_one333]
A+,

Message cité 1 fois

thermocline

Geek intelligent

Et on laisse ca a des BEP couture qui en laissent trainer partout :pfff:
Je suis sur qu'il aurait tout plein de biologistes sans le sou heureux de s'en servir dans des petites experiences bien sympa (je l'ai deja fait pour etudier l'induction du P450 de petites souris qui faisaient pas pouic)

bank

grin and bear

wandering-phantom a écrit :

Je ne comprend pas le principe de l'extension d'amorce en fait. C'est surement un truc tout con, mais on nous explique toujours tout mal dans cette fac de ****

Dis-nous déjà ce que tu comprends ou comprends pas par rapport à ce que tu as vu dans les bouquins ou sur le net.

Extraction d'ARN total, amorce polyA, extension avec reverse transcriptase, etc.

Où est-ce que ça bloque?

Voilà un protocole dans un article (bon c'est 100x trop détaillé mais tu peux lire les lignes globales):

Citation :

First strand synthesis

The first step in the construction of a unidirectional library is
first strand cDNA synthesis using a restriction endonuclease
(REl)-adapted oligo(dT) primer, in the presence of reverse
transcriptase. An excess of the oligo(dT) primer should be
used, in order to saturate the mRNA poly(A) tails. Under such
conditions, only the primer annealed closest to the 3¢-untranslated
region (i.e. closest to the 5¢ end of the poly(A) tail) will
be extended by the reverse transcriptase, thus ensuring short
poly(A) tails in cDNA clones. To minimize non-specific annealing
and extension of excess primer, the first strand synthesis
mixture should be pre-warmed to 37°C (after the primer
annealing step) before adding reverse transcriptase.
Primer extension normally occurs at 37°C, although
slightly higher temperatures may be used for murine moloney
leukemia virus (MMLV)-type reverse transcriptases, to break
RNA secondary structures which may interfere with extension.

(...)

Completion of the first strand synthesis yields a RNA:DNA
hybrid. As a final note, some reverse transcriptases (e.g. AMVRT)
have high intrinsic RNAse H activity, which tends to digest
RNA in RNA:DNA hybrids, and which is therefore
unfavorable for full-length extension of first strand cDNA.
Hence, most current protocols make use either of MMLV-RT,
which has a lower RNAse H activity, or of a RNAse H– reverse
transcriptase (e.g. Superscript RT, Life Technologies) in order
to increase the percentage of full-length clones in the library.
Second strand synthesis and adaptor ligation
Following completion of first strand synthesis, the RNA:DNA
duplex is partially digested by addition of RNAse H, to generate
RNA primers for second strand cDNA synthesis. These
RNA primers are extended by E. coli DNA polymerase I, in
the presence of E. coli DNA ligase, which seals gaps between
newly-formed DNA strands. After blunting the ds cDNA
ends with T4 DNA polymerase, the cDNA is extracted with
phenol-chloroform and precipitated with ethanol. While
many protocols use yeast tRNA as a carrier in precipitation
steps, in our hands, use of a carrier is not necessary and may
actually serve as a source of contaminating yeast sequences.
Restriction enzyme (RE2) adaptors (e.g. EcoRI) are then
ligated onto the cDNA using T4 DNA ligase. To prevent
formation of chimeric clones by non-specific ligation of two
or more independent cDNA species, adaptors should be in
excess of ds-cDNA.
Restriction digest and size selection
Following adaptor ligation, cDNA is digested with RE1,
generating a RE1 site at the 3¢-end and a RE2 site at the 5¢-
end of the cDNA clone, thus permitting unidirectional cloning.
To increase the fraction of full-length cDNA clones and
to remove excess adaptors, the cDNA should then be size
fractionated, either by gel filtration chromatography or by
agarose gel electrophoresis. The cutoff size used in our laboratory
is usually 400–500 bp, although in some applications,
it may be advantageous to increase the cutoff size further (e.g.
to exclude common transcripts which may be of smaller size,
such as insulin in pancreas, or globins in erythroid libraries),
assuming the gene(s) of interest are larger than the cutoff size.

http://www.springerlink.com/content/u506735074662670/

puis ligation dans un vecteur (plasmides p.ex.) et séquencage p.ex.
Tu peux aussi comparer des librairies de cDNA générées à partir de deux conditions différentes et voir ainsi quels gènes sont différentiellement exprimés. C'est un peu l'ancêtre des cDNA microarrays.

Message cité 1 fois

Yvounet2

Sinon il ya d'excélent bouquins dans les BU pour les bases, ça m'a sauvé de nombreuses fois.

Un bon bouquin (pour niveau DEUG) est :
-Gros
-Epais
-avec des figures
-Genre pavé
-En français
-avec pleins de pages ... et un index pour trouver son bonheur.

Après le deug (ouais ouais L2 maintenant) ils sont juste en anglais (et plus gros encore :-) )

Ca prend une demie heure la première fois pour feuilleter tous les bouquins du rayonnage. et après la réponse seras bien plus facile a trouver que sur le net.

Maintenant si tu piges toujours pas, dis nous ce que tu as compris qu'on voie ce que tu n'as pas compris en fait !

Message cité 2 fois
Message édité par Yvounet2 le 07-12-2006 à 16:00:44

Profil supprimé

Yvounet2 a écrit :

Sinon il ya d'excélent bouquins dans les BU pour les bases, ça m'a sauvé de nombreuses fois.

Ouais mais si à l'examen ça tombe sur les acides, tu l'as dans le Q

Message cité 2 fois

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