[topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

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Auteur	Sujet : [topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

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Reprise du message précédent :

Yvounet2 a écrit :

Sinon il ya d'excélent bouquins dans les BU pour les bases, ça m'a sauvé de nombreuses fois.

Ouais mais si à l'examen ça tombe sur les acides, tu l'as dans le Q

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bank

grin and bear

Yvounet2 a écrit :

Sinon il ya d'excélent bouquins dans les BU pour les bases, ça m'a sauvé de nombreuses fois.

Un bon bouquin (pour niveau DEUG) est :
-Gros
-Epais
-avec des figures
-Genre pavé
-En français
-avec pleins de pages ... et un index pour trouver son bonheur.

Après le deug (ouais ouais L2 maintenant) ils sont juste en anglais (et plus gros encore :-) )

Ca prend une demie heure la première fois pour feuilleter tous les bouquins du rayonnage. et après la réponse seras bien plus facile a trouver que sur le net.

Maintenant si tu piges toujours pas, dis nous ce que tu as compris qu'on voie ce que tu n'as pas compris en fait !

exac'

w-p: essaie de trouver ce bouquin p.ex.:

http://www.amazon.com/Genes-VIII-B [...] F8&s=books

wandering-phantom

Alors, j'ai essayé de lire ton truc en anglais bank, je suis toujours aussi paumé. J'ai ressorti ma partie de cours là dessus, et ça donne ça :

"Après le clonage d'un cDNA, on analyse s'il est complet. Si la reverse transcriptase ne va pas au bout, le cDNA n'est pas complet. Pour savoir s'il est complet, on fait une extension d'amorce à partir de notre ARNm. A partir du cDNA connu, on fait une amorce qu'on met au début de l'AUG initiateur. Puis, on hybride l'amorce et on refait un cDNA simple brin. Si le cDNA était complet, on obtiendrait le deuxième cDNA simple brin de la même taille. Mais, si leur taille est différente, le cDNA n'est pas complet."

Je bloque juste après l'amorce en AUG... J'arrive vraiment pas à comprendre ce qui se passe, même en retournant ça dans tous les sens et en essayant de faire des schémas, c'est du charabia...

Le bouquin, je crois qu'il y est à la fac. J'ai toujours l'habitude de refaire mes cours avec des bouquins de toute façon, j'avais trouvé un livre de Génie Génétique même, plutôt pas mal, mais aucune trace de l'extension d'amorce dedans malheureusement

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Message édité par wandering-phantom le 07-12-2006 à 16:27:28

Svenn

gilou a écrit :

:non: Ça sert a faire du Polonium, que l'actualite nous montre que c'est utile tout plein... [:chacal_one333]
A+,

:non:

On voit surtout qu´a cause d´un bete etudiant en physique* qui a égaré ses échantillons dans un restaurant londonien, on a maintenant une bonne crise diplomatique avec la Russie

* je sais, c´est un euphemisme :whistle:

Message cité 2 fois

Svenn

Au moins, tu as travaillé et au pire, ca t´aidera pour l´annee suivante si tu redoubles, c´est pas un coup dans l´O [:airforceone]

hephaestos

Sanctis Recorda, Sanctis deus.

Svenn a écrit :

* je sais, c´est un euphemisme :whistle:

C'est pas plutôt pléonasme, le mot que tu cherchais ?

Message cité 1 fois

thermocline

Geek intelligent

Etonamment, cela dependrait de l'age
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez [...] t=Abstract

NHam

Stop, look and listen.

clair, j'ai un copain qui fait une formation d'électricien...........avec un DEA de Modélisation moléculaire. :jap:

Message cité 1 fois

---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.

NHam

Stop, look and listen.

bank a écrit :

Dis-nous déjà ce que tu comprends ou comprends pas par rapport à ce que tu as vu dans les bouquins ou sur le net.

Extraction d'ARN total, amorce polyA, extension avec reverse transcriptase, etc.

Où est-ce que ça bloque?

Voilà un protocole dans un article (bon c'est 100x trop détaillé mais tu peux lire les lignes globales):

Citation :

First strand synthesis

The first step in the construction of a unidirectional library is
first strand cDNA synthesis using a restriction endonuclease
(REl)-adapted oligo(dT) primer, in the presence of reverse
transcriptase. An excess of the oligo(dT) primer should be
used, in order to saturate the mRNA poly(A) tails. Under such
conditions, only the primer annealed closest to the 3¢-untranslated
region (i.e. closest to the 5¢ end of the poly(A) tail) will
be extended by the reverse transcriptase, thus ensuring short
poly(A) tails in cDNA clones. To minimize non-specific annealing
and extension of excess primer, the first strand synthesis
mixture should be pre-warmed to 37°C (after the primer
annealing step) before adding reverse transcriptase.
Primer extension normally occurs at 37°C, although
slightly higher temperatures may be used for murine moloney
leukemia virus (MMLV)-type reverse transcriptases, to break
RNA secondary structures which may interfere with extension.

(...)

Completion of the first strand synthesis yields a RNA:DNA
hybrid. As a final note, some reverse transcriptases (e.g. AMVRT)
have high intrinsic RNAse H activity, which tends to digest
RNA in RNA:DNA hybrids, and which is therefore
unfavorable for full-length extension of first strand cDNA.
Hence, most current protocols make use either of MMLV-RT,
which has a lower RNAse H activity, or of a RNAse H reverse
transcriptase (e.g. Superscript RT, Life Technologies) in order
to increase the percentage of full-length clones in the library.
Second strand synthesis and adaptor ligation
Following completion of first strand synthesis, the RNA:DNA
duplex is partially digested by addition of RNAse H, to generate
RNA primers for second strand cDNA synthesis. These
RNA primers are extended by E. coli DNA polymerase I, in
the presence of E. coli DNA ligase, which seals gaps between
newly-formed DNA strands. After blunting the ds cDNA
ends with T4 DNA polymerase, the cDNA is extracted with
phenol-chloroform and precipitated with ethanol. While
many protocols use yeast tRNA as a carrier in precipitation
steps, in our hands, use of a carrier is not necessary and may
actually serve as a source of contaminating yeast sequences.
Restriction enzyme (RE2) adaptors (e.g. EcoRI) are then
ligated onto the cDNA using T4 DNA ligase. To prevent
formation of chimeric clones by non-specific ligation of two
or more independent cDNA species, adaptors should be in
excess of ds-cDNA.
Restriction digest and size selection
Following adaptor ligation, cDNA is digested with RE1,
generating a RE1 site at the 3¢-end and a RE2 site at the 5¢-
end of the cDNA clone, thus permitting unidirectional cloning.
To increase the fraction of full-length cDNA clones and
to remove excess adaptors, the cDNA should then be size
fractionated, either by gel filtration chromatography or by
agarose gel electrophoresis. The cutoff size used in our laboratory
is usually 400500 bp, although in some applications,
it may be advantageous to increase the cutoff size further (e.g.
to exclude common transcripts which may be of smaller size,
such as insulin in pancreas, or globins in erythroid libraries),
assuming the gene(s) of interest are larger than the cutoff size.

http://www.springerlink.com/content/u506735074662670/

puis ligation dans un vecteur (plasmides p.ex.) et séquencage p.ex.
Tu peux aussi comparer des librairies de cDNA générées à partir de deux conditions différentes et voir ainsi quels gènes sont différentiellement exprimés. C'est un peu l'ancêtre des cDNA microarrays.

J'adore l'incrut' automatique des smileys. [:ddr555]

---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.

NHam

Stop, look and listen.

Svenn a écrit :

:non:

On voit surtout qu´a cause d´un bete etudiant en physique* qui a égaré ses échantillons dans un restaurant londonien, on a maintenant une bonne crise diplomatique avec la Russie

* je sais, c´est un ~~euphemisme~~ Pléonasme [:aloy] :whistle:

EDIT:

hephaestos a écrit :

C'est pas plutôt pléonasme, le mot que tu cherchais ?

Je suis surgrillé là... [:benou_grilled]

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Message édité par NHam le 07-12-2006 à 21:01:18

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NHam

Stop, look and listen.

wandering-phantom a écrit :

Enfin bref... Tu as un cDNA, issu de la transcription inverse d'un RNAm.

Pour vérifier la longeur de ton fragment cDNa je suppose qu'il y a une migration sur gel?
Pour ça il faut amplifier ton fragment pour avoir une quantité suffisante de matériel pour pouvoir détecter tout ça dans ton gel.
La DNA polymérase a besoin d'une amorce RNA pour synthétiser un brin.
Elle ne peut pas partir de rien.
Donc on s'arrange pour coller un fragment RNA complémentaire pour qu'elle puisse allonger la chaîne et former de multiples brins complémentaire.
Comme on connait la longueur du brin cDNA, lors de la migration sur le gel, on peut vérifier que la transcription inverse ne s'est pas arrèté prématurément.

Dites moi si je me trompe... [:mrbrelle]

Message cité 1 fois

---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.

sir_lune

B3LYP/6-31++G** powered

NHam a écrit :

clair, j'ai un copain qui fait une formation d'électricien...........avec un DEA de Modélisation moléculaire. :jap:

en même tps s'il a fait que du ab initio en code maison et du fortran pdt son DEA je le comprends

---------------
ahah ! sale parasite communiste, étudiant oisif, elle est belle la france qui s'exporte

bank

grin and bear

NHam a écrit :

Je pense que c'est:

RT avec un primer polyA sur mRNA total -> cDNA -> vecteur -> séquencage des clones
puis on recommence avec
RT sur mRNA total avec un primer plus proche du 5' (designé grâce au séquencage et évidemment pour seul un des mRNA de la population totale) -> migration sur gel et comparaison par rapport à la taille obtenue par séquencage dans le vecteur en amont du primer interne -> si c'est plus long, c'est qu'il manque un bout en 5' dans le vecteur.

Message édité par bank le 07-12-2006 à 22:26:07

NHam

Stop, look and listen.

Clair, mais je voulais faire un truc simple pour que ça soit accèssible pour des gens
qui ont des cours pourris! [:aloy]

EDIT: Peut-être trop simple d'ailleurs...

Message édité par NHam le 08-12-2006 à 07:48:44

Svenn

hephaestos a écrit :

C'est pas plutôt pléonasme, le mot que tu cherchais ?

NHam a écrit :

EDIT:

Je suis surgrillé là... [:benou_grilled]

C est exactement ce que j ai voulu dire, mais je ne suis pas encore bien habitue au clavier allemand et ca m arrive encore souvent de faire des fautes de frappe. Ce n est tout de meme pas ma faute si j en ai fait douze sur le meme mot et que ca a perverti le sens de ma phrase

Sinon, pour revenir a la bio, il y avait une controverse dans le Nature d hier, a savoir "faut-il publier le charabia pipologique des creationnistes (juste en courier des lecteurs, y a des limites quand meme) ? ". En l occurence, ca faisait reference a un courier (publie la semaine derniere) d un creationniste expliquant que les dinosaures etaient contemporains d Adam et Eve.
Les arguments des pour etant que meme si c est completement n importe quoi, il faut accepter de publier les "theories alternatives" pour ~~rigoler un bon coup~~ montrer l ouverture d esprit des scientifiques.
Argument qui ne m a franchement pas convaincu. Que Science ou Nature publient du courier faisant reference a des theories "exotiques" quand ca s appuie sur des raisonnements scientifiques solides et sur des donnees experimentales l etant tout autant, d accord. Mais quand aucune de ces deux conditions sont remplies, je trouve que c est du foutage de gueule. Dans ce cas, autant publier les aventures d Harry Potter, au moins c est interessant, bien ecrit et surtout ca ne se prend pas pour de la science quand ca n en est pas.
J espere un geste fort de Nature, ca donnerait des arguments a Gilou pour pouvoir balayer la sous-cat science, "Je ne fais que suivre les plus hautes autorites scientifiques mondiales, elles considerent que la Terre creuse et le mouvement perpetuel ne sont pas de la science et n ont rien a faire dans quelque chose de scientifique, je suis oblige de vous mettre un ban a mon grand regret "

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wandering-phantom

bank et NHam, je vous remercie ! J'ai enfin compris ! En reprenant tout ça calmement plus vos explications, je me suis rendu compte que j'avais pas pris le bon brin pour l'amorce ^^ (enfin, je sais pas si c'est très clair ce que je raconte, mais enfin, je me comprend !) Bref, en fait, c'est vraiment un truc tout con comme je le pensais !
Encore merci

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Profil supprimé

Svenn a écrit :

Sinon, pour revenir a la bio, il y avait une controverse dans le Nature d hier, a savoir "faut-il publier le charabia pipologique des creationnistes (juste en courier des lecteurs, y a des limites quand meme) ? ".

Le principal "danger" si une unique phrase créationniste à la con devait être imprimée dans la rubrique "blague du mois" de Science ou Nature, c'est qu'aussitôt, sur tous les forums du monde, une floppée de petits neuneus se gargariserait de voir leur "théorie" "publiée dans un grand journal scientifique peer-reviewed"

Message cité 1 fois

NHam

Stop, look and listen.

wandering-phantom a écrit :

De rien.
ça me semblais pas compliqué non plus c'est pour ça que je voyais pas trop ce que tu
comprenais pas. [:mrbrelle]
Le plus simple c'est de faie un dessin pour tout ce qui est biomol... garanti sur facture!

[:benou_+1] Clair

Message cité 2 fois

---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.

wandering-phantom

NHam a écrit :

Lol ouais, j'avais fait des schémas et tout, mais comme je partais pas du bon brin, je risquais pas d'y arriver ^^ Je m'étais bêtement emmelé les pinceaux, et le pire c'est qu'on était trois à réfléchir dessus et personne n'avait vu la faute.

Yvounet2

NHam a écrit :

Le plus simple c'est de faie un dessin pour tout ce qui est biomol... garanti sur facture!

Entierement d'accord. L'an passé, 1200 diapos powerpoint résumé en une 30 aines de schémas bilans, bien plus facile à apprendre ...

Spoiler :

:cry: Pff tout ça pour 3 crédits :cry:

Message cité 1 fois

NHam

Stop, look and listen.

Yvounet2 a écrit :

Entierement d'accord. L'an passé, 1200 diapos powerpoint résumé en une 30 aines de schémas bilans, bien plus facile à apprendre ...

Spoiler :

:cry: Pff tout ça pour 3 crédits :cry:

J'avais un pavé d'immuno incompréhensible et inapprenable.
15 Schémas bilan et hop! LE tour était joué.
J'ai eu une bonne note et j'ai retenu plein de trucs. [:mrbrelle]

Profil supprimé

Bonjour a tous

J'ai fini mon chapitre sur la méiose (je suis en TS) et j'ai controle demain. Je voudrais poser quelques questions pour etre sur de moi.

1) Le test-cross sert-il a determiner seuleument si les genes sont liés ou non ?

2) Si en F2 apres test-cross, on obtient 50% de gametes parentals et autant de recombinés, c'est que les genes sont indépendants. Donc peut-on en conclure que il y a eu uniquement un brassage interchromosomique et pas de Crossing-over ?

3) Inversement, si on obtient en F2 plus de gametes parentals et moins de recombinés, peut-on en conclure que les genes sont liés et qu'il y eu que C-O et pas de brassage inter ?

Il me semble que ca on peut le tirer que si on considere un seul gene ... Si on en considere plusieurs, comment a partir des pourcentages en F2 on peut déduire si les genes sont liés/indépendants (puisqu'il peut y avoir les 2 brassages) ?

Voila, c'est tout pour le moment .

Merci d'avance :jap:

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Message édité par Profil supprimé le 10-12-2006 à 14:23:06

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

1. Un test cross ne veut rien dire en soi, tout depend de ce que tu veux tester. Mais dans ton cas precis, oui.

2. Si on considere 2 loci, oui. Mais il y a TJS crossing-over a la meiose, mais dans ton cas precis, pas entre les 2 loci que tu "testes".

3. Absolument :jap:

Bon courage pour demain

Profil supprimé

Merci, mais j'suis plus a l'aise en géologie

Pour la 2 , le fait d'obtenir 50-50, c'est juste qu'il n'y a pas eu de C-O pour les genes qu'on considere, si j'ai bien compris

Et une qui me viens a l'esprit (que j'ai posé apres avoir édité) c'est est-ce que ces pourcentages dépendent du nombres de genes considérés (si on obtient les memes résultats si on "teste" 1 gène ou si on en "teste" 2) ?

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Message édité par Profil supprimé le 10-12-2006 à 14:35:21

Profil supprimé

Keuping [:uriel]

Message cité 1 fois

Profil supprimé

Oui mais attention, ca reste que de la géologie de TS

Tu te sens moins seul sur ce topic maintenant ?

Profil supprimé

Ouais mais même... suffisamment rare pour être relevé [:quardelitre]

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Entre les 2 loci, oui. :jap:

Si tu testes 1 gene, rien ne se passe

Pour 2 et 3, tu les consideres 2 par 2 (tu testes 1 avec 2, 2 avec 3 et 1 avec 3), le raisonnement est le meme, les pourcentages sont les memes. :jap:

Profil supprimé

Pourtant, sur mon 1er TP, on teste "La transmission d'un couple d'allèles (1gène) au cours de la méiose chez SORDARIA" :??:

Merci beaucoup RykM, je vous laisse discuter de sujets trop compliqués pour moi apres :jap:

EDIT: Dans la fiche méthode qu'on nous a distribué, on nous dit:
1) Identifier le nb de gènes impliqués pour un caractere donné. Si en F2, il a 50-50, c'est que il n'y a qu'un seul gene impliqué pour le caractere donné

3) Lorsque 2 genes sont impliqués:
- Si en F2, 4 phénotypes a 25 % (50 parentals, 50 recombinés) --> gènes indépendants (dc pas de C-O aux loci considérés)
- Si en F2, 4 phénotypes non-équiprobables --> genes liés (donc C-O aux loci considérés)

Donc si pour 1 caractère étudié, en F2 on a
-50-50 --> un seul gène impliqué
-25-25-25-25 / % inégal --> 2 genes ou plus impliqués

Et si on étudie par exemple le caractere "longueurs des ailes" et le caractere "couleur du corps" chez la drosophile, obtiendra-t-on les memes pourcentages ? Si oui, on peut en conclure la meme chose ... :??:

Désolé de vous déranger avec toutes mes questions...

Message édité par Profil supprimé le 10-12-2006 à 15:10:09

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Si tu veux calculer la distance genetique entre 2 marqueurs, tu en testes forcement plus d'un

Dans ton exemple, on teste d'abord si les caracteres (phenotypes) segregent selon un ou plusieurs loci.

Attention a ne pas confondre 1 locus multiallelique avec plusieurs loci monoallelique. [:dao]

eol melwasul

Sujet du Roi

Salut

je suis en L3 de biologie et voudrais avoir des conseils quand a la redaction des analyse d'articles. En TD et en Exams, nous etudions des publications en regulation genique, biochimie et genetique.
Apres les devoirs surveillés de mi parcours je me suis aperçu que bien que comprenant les resulstats j'ai du mal a rediger cela de maniere scientifique. Alors je voudrais savoir si vous pouviez m'indiquer comment vous procedez pour rediger. Il y at-il une methodologie internationnale a respecter?

wandering-phantom

Je suis aussi en L3. On ne nous donne pas d'analyses d'articles, mais par contre, nous avons des comptes rendus de TP à rédiger. En général, ça s'articule comme ça :
Intro
Matériel et méthodes
Résultats
Interprétation
Conclusion.
De plus, on nous a dit de ne surtout pas utiliser de phrases en mettant "on a fait" ou "j'ai fais", mais plutôt "les bactéries ont été transformées" etc...
Je sais pas si ça pourra beaucoup t'aider maid bon ^^

Message cité 2 fois

NHam

Stop, look and listen.

"Les protéines ont été migrées..." [:gilbert gosseyn]
C'était le meilleur que j'ai vu celui-là. :jap:

Profil supprimé

Bah la migration des protéines c'est de saison

NHam

Stop, look and listen.

Clair!
Elles reviennent qu'au primptemps... [:aloy]

Message édité par NHam le 11-12-2006 à 19:43:15

Cardelitre

ಠ_ಠ ۞_۟۞ ┌( ಠ_ಠ)┘ סּ_סּ

wandering-phantom a écrit :

De plus, on nous a dit de ne surtout pas utiliser de phrases en mettant "on a fait" ou "j'ai fais", mais plutôt "les bactéries ont été transformées" etc...

Ah oui ça c'est important, toujours écrire au passif. La Science est impersonnelle, Elle se fait toute seule et les chercheurs ne sont là que pour constater Ses Immaculés Résultats d'Expérience qu'Elle daigne bien nous dévoiler... [:z800]

Message cité 2 fois

wandering-phantom

Cardelitre a écrit :

Comme c'est bien dit :lol:

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

wandering-phantom a écrit :

C'est different en anglais, c'est bcp moins lourd.
Attention a la concordance des temps, il existe certaines regles

edit: la meilleur facon d'apprendre est de lire des articles

Message édité par RykM le 11-12-2006 à 20:35:13

greentea

Cardelitre a écrit :

...à condition de Lui faire régulièrement des offrandes (matériel de labo cassé, sueurs froides, tubes d'aspirine, ...) [:dao]

Message cité 2 fois
Message édité par greentea le 12-12-2006 à 13:09:14

Cardelitre

ಠ_ಠ ۞_۟۞ ┌( ಠ_ಠ)┘ סּ_סּ

greentea a écrit :

...à condition de Lui faire régulièrement des offrandes (matériel de labo cassé, sueurs froides, tubes d'aspirine, ...) [:dao]

...Les meilleures années de notre tendre jeunesse... [:osweat]

RykM

t'as de beaux gènes, tu sais..

Bon, bah l'est pas soluble ma proteine [:cosmoschtroumpf]
Temps pis je vais injecter qq lapins qd mm

Message cité 2 fois

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