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Auteur Sujet :

[topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

n°4329346
Rasthor
Posté le 03-12-2004 à 19:06:00  profilanswer
 

Reprise du message précédent :

RykM a écrit :

Dans les Universites francaises aussi  :p

Alors pourquoi t'es surpris qu'il fasse de l'info ? [:itm]

mood
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Posté le 03-12-2004 à 19:06:00  profilanswer
 

n°4329356
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 03-12-2004 à 19:06:56  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

Alors pourquoi t'es surpris qu'il fasse de l'info ? [:itm]


 
C'etait plutot le combo "info + cinema" qui m'a fait reagir  :jap:  
 
Bref, recentrons  :whistle:

n°4329358
Evolvox
Toujours y croire, toujours...
Posté le 03-12-2004 à 19:07:23  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

C'est quoi tes centres d'intérêt en biol ? Pourquoi as-tu choisi les sciences de la vie ?


 
Ben j'avoue que c'est un peu le saut dans l'inconnu là.
 
[3615Mylife]
 
A la base je voulais faire de l'informatique pure, mais à un moment je me suis demandé si je voulais vraiment faire ça jusqu'à 65 ans... et là j'ai réalisé que la Vie (comment ça marche toute cette fantastique machinerie?) est quelque chose qui m'a toujours beaucoup intéressé... Donc qu'est-ce qui m'intéresse en bio ? A priori, je dirais "un peu tout", étant donné que je ne connais pas encore vraiment tout ce qu'on peut y faire !  
 
Maintenant, la formation que l'EPFL propose m'a grandement séduite, car elle débouche sur un tas des thèmes (études sur le fonctionnement du cerveau, bio-ingéniérerie, etc) qui semblent vraiment tous plus captivants les uns que les autres ! (En tous cas d'après ce que j'ai pu voir dans les différents labos qu'on nous fait visiter). Donc on va dire que j'attends un peu de voir ce qui m'intéresse le plus  ;)  
 
[/3615Mylife]
 


---------------
gaymer's est la personne la plus formidable jamais rencontrée dans toute ma vie, je lui achèterais un makato et au moins les 4 news pourries quotidiennes qui vont avec
n°4329404
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 03-12-2004 à 19:12:48  profilanswer
 

Je dis juste bonsoir...en coup de vent. [:zytra]
enfin si c'est un coup de vent de deux heures comme hier soir [:cupra]


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4329411
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 03-12-2004 à 19:13:56  profilanswer
 

NHam a écrit :

Je dis juste bonsoir...en coup de vent. [:zytra]
enfin si c'est un coup de vent de deux heures comme hier soir [:cupra]


 
En plus c'est vendredi, donc [:buvons]

n°4329427
Rasthor
Posté le 03-12-2004 à 19:16:01  profilanswer
 

Et moi je pars.... peut-être à plus tard. :hello:

n°4329455
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 03-12-2004 à 19:20:20  profilanswer
 

RykM a écrit :

En plus c'est vendredi, donc [:buvons]


[:joce]
C'est ce que je pensais... [:noxauror2]


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4331391
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 03-12-2004 à 23:14:42  profilanswer
 

Bon aller au lit! [:warpcoil]
A demaing!


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4335363
Cardelitre
ಠ_ಠ ۞_۟۞ ┌( ಠ_ಠ)┘ סּ_סּ
Posté le 04-12-2004 à 17:48:03  profilanswer
 

bank a écrit :


Par contre, t'es au courant qu'il vient par chez vous? Il va devenir chef d'institut (ou un titre dans le genre) du pole science de la vie de l'EPFL...


Yep, j'ai entendu dire ça aussi, pas de bol pour les genevois et tant mieux pour nous :D

n°4336451
glorb
Posté le 04-12-2004 à 19:57:39  profilanswer
 

Bonjour la dérive du topic. Je propose de le renommer en "chat entre étudiants en bio".

mood
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Posté le 04-12-2004 à 19:57:39  profilanswer
 

n°4336537
Profil sup​primé
Posté le 04-12-2004 à 20:11:06  answer
 

glorb a écrit :

Bonjour la dérive du topic. Je propose de le renommer en "chat entre étudiants en bio".


 
Tu espérais quoi, un cours magistral ? un copier-coller de Yahoo! News ?

n°4336604
Rasthor
Posté le 04-12-2004 à 20:21:03  profilanswer
 

glorb a écrit :

Bonjour la dérive du topic. Je propose de le renommer en "chat entre étudiants en bio".


Je ne sais pas quoi te répondre. [:spamafote]

n°4336615
glorb
Posté le 04-12-2004 à 20:22:53  profilanswer
 

Nan, mais continuez à discuter. Mais bon, faudrait renommer le topic quoi. :D

n°4336654
Rasthor
Posté le 04-12-2004 à 20:28:05  profilanswer
 

glorb a écrit :

Nan, mais continuez à discuter. Mais bon, faudrait renommer le topic quoi. :D

Tu veux qu'on parle de quelque chose de précis ?  :whistle:

n°4336710
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 04-12-2004 à 20:35:51  profilanswer
 

glorb a écrit :

Nan, mais continuez à discuter. Mais bon, faudrait renommer le topic quoi. :D

Je ne pense pas.
On est un peu parti en torche c'est vrai, mais là on va se reprendre. [:moard]


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4336720
Rasthor
Posté le 04-12-2004 à 20:37:24  profilanswer
 

NHam a écrit :

J'ai pas fais de Thèse pour tout un tas de raisons.
On débattra de ça une autre fois mais ça m'intéresserais d'avoir votre avis de l'intérieur.

:D

n°4336722
Rasthor
Posté le 04-12-2004 à 20:37:33  profilanswer
 

NHam a écrit :

Je te racontrais une anecdote croustillante de radioactivité alors. [:zytrafumay]

:D
 
 
I'm waiting....  :sol:

n°4336726
Rasthor
Posté le 04-12-2004 à 20:38:16  profilanswer
 

J'ai un peu relancé la discussion... :whistle:

n°4336729
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 04-12-2004 à 20:38:26  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

:D
 
 
I'm waiting....  :sol:


OK je fais mijoter...


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4336736
Rasthor
Posté le 04-12-2004 à 20:39:19  profilanswer
 

NHam a écrit :

OK je fais mijoter...

Dans 20 minutes chrono, je suis loin....  :hello:

n°4336878
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 04-12-2004 à 20:57:45  profilanswer
 

Alors la super histoire de labo sur la radioactivité:
 
Je faisais des tests de prolifération sur des cellules humaines.
Pour quantifier la division, je mesurais l'incorporation de 3H-Thymidine, que j'ajoutais 18h avant la mesure.
Toute la partie ou je manipulais la Thymidine se faisait dans la salle de radioactivité bien entendu. [:dawa]
 
Présentation de la salle de radioactivité:
Une porte, simple poignée que tout le monde utilisait avec ses gants contaminés bien entendu. (tu viens de la salle de culture avec tes gants  contaminés, et tu ressors sans enlever les gants que tu as utilisé dans la salle de radioactivité bien entendu... [:mlc])  
Le meilleur est à venir...les outils de travail des agents d'entretien se trouve dans le sas d'entrée. Par conséquent, à chaque fois qu'ils viennent prendre le matériel, ils se contaminent, mais ça ne choque personne. [:itm]
 
Alors j'en reviens à ma manip:
(Le même épisode c'est produit plusieur fois.)
Je vais pour ajouter la Thymidine dans le milieu.
Je prépare la hotte et les ustensiles, je commence le travail.
Au bout de quelques minutes, des cosmonautes arrivent:
"il faut pas rester là on va faire injecter de 131I à des rats..."
Moi: [:dawa]
"J'en ai pas pour longtemps, 2 minutes et j'ai terminé."
Ben nan, ils pouvaient pas attendre! Et vas-y que je te ramène l'iode etc.  :sweat:  
Moi je me magne de finir.
Ouf, je sors peu après qu'ils aient commencé.
ça c'est pas trop grave encore...  :sarcastic:  
 
quelques heures plus tard, une nana vient avec son directeur de recherche:
"C'est irradié jusque là!!!!" s'exclame-t-elle!
"Mais nan! Là c'est limite tu peux quand même utiliser la hotte (celle où je manipulais)"
Mon oeil...la salle était complètement irradiée, faut pas se foutre de la gueule du monde! (J'ai vérifié...)
 
Mais visiblement ça choque toujours personne...
 
Précisions:
1/ Ils ne préviennent pas quand ils font des manips dangereuses
2/ Ils commencent que tu sois là ou pas
3/ Ils te laissent manipuler dans des salles contaminées
4/ C'est franchement honteux de laisser les techniciens venir se faire pourrir la tronche par la radioactivité etc
Là je dis bravo! [:nham]


Message édité par NHam le 04-12-2004 à 20:59:51

---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4336908
Rasthor
Posté le 04-12-2004 à 21:02:13  profilanswer
 

Sympa. :sweat:

n°4336941
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 04-12-2004 à 21:04:47  profilanswer
 


Et ça c'est une anecdote...j'ai le même genre de truc avec le BET.
A la fin je devenais parano.
Les mecs qui cultivent sans gants,ceux qui touchent tout avec leurs gants contaminés... [:ienchangel]


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4337004
Cardelitre
ಠ_ಠ ۞_۟۞ ┌( ಠ_ಠ)┘ סּ_סּ
Posté le 04-12-2004 à 21:09:48  profilanswer
 

On vit pas longtemps dans ce métier :D
C'est beau la science...

n°4337211
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-12-2004 à 21:27:05  profilanswer
 

recentrons, recentrons. :jap:  
 
Je vous rappelle la thematique actuelle: virologie. :)

n°4337243
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-12-2004 à 21:30:06  profilanswer
 

NHam a écrit :

Et ça c'est une anecdote...j'ai le même genre de truc avec le BET.
A la fin je devenais parano.
Les mecs qui cultivent sans gants,ceux qui touchent tout avec leurs gants contaminés... [:ienchangel]


 
C'est un grand classique. :jap:  
 
Moi j'aime bien les gens qui font bouillir leur agarose avec le BET qu'est deja dedans [:huit]  
 
plein de vapeur partout  [:w3c compliant]

n°4337296
Profil sup​primé
Posté le 04-12-2004 à 21:34:30  answer
 

Histoire d'être didactiques (sans quoi ce sera effectivement une discussion de bistro labo), c'est quoi BET ? à part une variété de CON ?

n°4337302
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-12-2004 à 21:35:32  profilanswer
 

Paul Benjamin a écrit :

Histoire d'être didactiques (sans quoi ce sera effectivement une discussion de bistro labo), c'est quoi BET ? à part une variété de CON ?


 
Bromure d'Ethidium  :jap:  
 
C'est un inter-calant de l'ADN qui reagit aux UV.
 
Donc tu visualises l'ADN dans tes gels d'agarose. ;)
 
 
edit: accessoirement c'est evidemment un mutagene tres puissant  [:huit]


Message édité par RykM le 04-12-2004 à 21:36:13
n°4337323
Cardelitre
ಠ_ಠ ۞_۟۞ ┌( ಠ_ಠ)┘ סּ_סּ
Posté le 04-12-2004 à 21:38:08  profilanswer
 

Et c'est accessoirement un agent mutagène, donc c'est assez désagréable quand un type fait joujou avec en n'en foutant partout :/
 
Edit: boourdel! grillaid par l'edit... :fou:


Message édité par Cardelitre le 04-12-2004 à 21:39:14
n°4337404
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 04-12-2004 à 21:46:36  profilanswer
 

z'ètes pas bavards sur la viro là...[:mlc]
EDIT: Est-ce qu'il existe une intégrase/transposase spécifique de site chez l'homme?


Message édité par NHam le 04-12-2004 à 21:48:13

---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4337459
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-12-2004 à 21:51:14  profilanswer
 

NHam a écrit :

z'ètes pas bavards sur la viro là...[:mlc]
EDIT: Est-ce qu'il existe une intégrase/transposase spécifique de site chez l'homme?


 
Moi je suis pas virologue  [:airforceone]  Faut appeler Svenn  :o  
 
Sinon 2eme question, je pense pas, faudrait un retrotransposon, mais peut etre  [:airforceone]

n°4337526
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 04-12-2004 à 21:55:04  profilanswer
 

RykM a écrit :

Moi je suis pas virologue  [:airforceone]  Faut appeler Svenn  :o  
 
Sinon 2eme question, je pense pas, faudrait un retrotransposon, mais peut etre  [:airforceone]


Parce qu'en définitive, le problème de la thérapie gènique utilisant les vecteurs viraux, c'est l'insertion.
Si on pouvait utiliser une intégrases spécifique ça devrais marcher.
Il me semble que certains phages s'intègrent en lysogènie de façon spécifique dans une séquence donnée. [:noxauror]
Serait-il possible d'utiliser ce genre d'enzyme chez nous?
Que de question auxquelles je ne peux pas (encore) répondre...


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4337558
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-12-2004 à 21:57:18  profilanswer
 

NHam a écrit :

Parce qu'en définitive, le problème de la thérapie gènique utilisant les vecteurs viraux, c'est l'insertion.
Si on pouvait utiliser une intégrases spécifique ça devrais marcher.
Il me semble que certains phages s'intègrent en lysogènie de façon spécifique dans une séquence donnée. [:noxauror]
Serait-il possible d'utiliser ce genre d'enzyme chez nous?
Que de question auxquelles je ne peux pas (encore) répondre...


 
Si on ne se limite pas a l'homme y a plein d'integrases site-specifique.
 
Le pbm reste pourtant le meme : avec ton phage comment tu integres d'abord la sequence reconnue dans le genome humain [:tinostar]
 
C'est le pbm de l'oeuf et de la poule [:rykm]

n°4337606
Plam
Bear Metal
Posté le 04-12-2004 à 21:59:47  profilanswer
 

RykM a écrit :

Si on ne se limite pas a l'homme y a plein d'integrases site-specifique.
 
Le pbm reste pourtant le meme : avec ton phage comment tu integres d'abord la sequence reconnue dans le genome humain [:tinostar]
 
C'est le pbm de l'oeuf et de la poule [:rykm]


 
du serpent qui se mort la queue :o


---------------
Spécialiste du bear metal
n°4337630
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 04-12-2004 à 22:01:10  profilanswer
 

RykM a écrit :

Si on ne se limite pas a l'homme y a plein d'integrases site-specifique.
 
Le pbm reste pourtant le meme : avec ton phage comment tu integres d'abord la sequence reconnue dans le genome humain [:tinostar]
 
C'est le pbm de l'oeuf et de la poule [:rykm]


Je comprends pas ce que tu veux dire...[:opus dei]


---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4337663
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 04-12-2004 à 22:03:21  profilanswer
 

Ma question formulée différement:
L'intégration du gène d'intérêt ne peut-elle pas être réalisé avec d'autres enzymes que celles du virus?
Du genre tu modifies ton vecteur pour y intègrer un autre gène d'enzyme.


Message édité par NHam le 04-12-2004 à 22:04:20

---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4337668
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-12-2004 à 22:03:39  profilanswer
 

NHam a écrit :

Je comprends pas ce que tu veux dire...[:opus dei]


 
Le mecanisme quel qu'il soit reconnait une sequence specifique et fait son travail,  :jap:  
 
Cette sequence n'est pas presente dans ton ADN, tu dois donc d'abord l'integrer, et comment ?  [:figti]

n°4337722
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 04-12-2004 à 22:07:14  profilanswer
 

RykM a écrit :

Le mecanisme quel qu'il soit reconnait une sequence specifique et fait son travail,  :jap:  
 
Cette sequence n'est pas presente dans ton ADN, tu dois donc d'abord l'integrer, et comment ?  [:figti]


Oui d'accord, mais vu la taille de notre gènome, on devrait bien trouver une séquence qui colle...(ou une enzyme qui colle avec une séquence présente chez nous)
Sans parler des séquences qui seront très proches, et qui pourraient éventuellement être utilisées dans une très faible proportion.
 
Et puis on arrive bien à améliorer des enzymes telles que la Taq etc.
Pourquoi on n'essairait pas de faire la même chose avec des intégrases spécifiques, pour modifier légèrement leur site de reconnaissance?


Message édité par NHam le 04-12-2004 à 22:07:47

---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4337817
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-12-2004 à 22:15:19  profilanswer
 

NHam a écrit :

Oui d'accord, mais vu la taille de notre gènome, on devrait bien trouver une séquence qui colle...(ou une enzyme qui colle avec une séquence présente chez nous)
Sans parler des séquences qui seront très proches, et qui pourraient éventuellement être utilisées dans une très faible proportion.
 
Et puis on arrive bien à améliorer des enzymes telles que la Taq etc.
Pourquoi on n'essairait pas de faire la même chose avec des intégrases spécifiques, pour modifier légèrement leur site de reconnaissance?


 
Ca c'est tres tres chaud  [:airforceone] je me souviens avoir pose la meme question a un Prof quand j'etais a la fac. :jap:  
 
En gros etre capable de prevoir la structure  3D de la prot' pour qu'elle reconnaisse AATTGGCCGT (par ex) et ensuite calculer quels acides amines il faut mettre cote-a-cote pour que le repliment global fasse que tel ou tel residu se retrouvera pile poil ou il faut, c'est de la SF pour l'instant.
 
Mais je sais que des super-calculateur (aux US) tente le coup. :jap:

n°4337881
NHam
Stop, look and listen.
Posté le 04-12-2004 à 22:21:51  profilanswer
 

RykM a écrit :

Ca c'est tres tres chaud  [:airforceone] je me souviens avoir pose la meme question a un Prof quand j'etais a la fac. :jap:  
 
En gros etre capable de prevoir la structure  3D de la prot' pour qu'elle reconnaisse AATTGGCCGT (par ex) et ensuite calculer quels acides amines il faut mettre cote-a-cote pour que le repliment global fasse que tel ou tel residu se retrouvera pile poil ou il faut, c'est de la SF pour l'instant.
 
Mais je sais que des super-calculateur (aux US) tente le coup. :jap:


A la limite, il faudrait remplacer par des acides aminés proches, pour pas trop perturber le structure 3D.
En revanche je vois pas l'intérêt d'essayer de calculer quelque chose qu'il est extrêmement difficile de prévoir...du simple fait de la production d'un élément phagique chez l'homme.
Le plus astucieux ne serait-il pas de tenter des mutations ponctuelles d'AA et de tester les enzymes obtenues?
[:_edit] On est bien re-dans le sujet là?


Message édité par NHam le 04-12-2004 à 22:22:23

---------------
La différence entre la sensualité et la perversion: La sensualité c'est avec la plume, la perversion avec le poulet entier.
n°4337950
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 04-12-2004 à 22:27:52  profilanswer
 

NHam a écrit :

A la limite, il faudrait remplacer par des acides aminés proches, pour pas trop perturber le structure 3D.
En revanche je vois pas l'intérêt d'essayer de calculer quelque chose qu'il est extrêmement difficile de prévoir...du simple fait de la production d'un élément phagique chez l'homme.
Le plus astucieux ne serait-il pas de tenter des mutations ponctuelles d'AA et de tester les enzymes obtenues?
[:_edit] On est bien re-dans le sujet là?


 
Ouep' on est dans le sujet (Biologie structurale  :jap: )  
 
C'est un travail de fou  :jap: en revanche il existe deja une sorte de banque de donnees que sont les enzymes de restrictions ==> si tu ouvres le catalogues "England New Lab" tu pleures  [:xx_xx]  
Des centaines de sequnces differentes sont reconnues et on connait la structure 3D de certaines de ces enzymes. :jap:  
 
DOnc je pense que certains labo doivent bosser la-dessus.
 
Par contre faire le meme raisonnement mais avec des composes plus simples, ca existe deja (l'anti-protease contre le HIV a ete produit de cette maniere) tu cristallise ta cible puis tu elabores quelle structure 3D pourrait interagir, ensuite tu synthetises le bazar  :jap:


Message édité par RykM le 04-12-2004 à 22:28:28
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