Reprise du message précédent :
C'etait ou ???

A Aussois, c'est à proximité de Modane dans la vallée de la Maurienne

Ah ces physiqueux...
 
( Crossposté sur le topic ad hoc   )

C'est clair que quand on y pense, la physique ça marche tout aussi pas que la biologie, mais en plus on n'a pas de jolies images à la fin...

 
En fait si, je me demandais bien si les spécialistes du "RNA world" n'exagerais pas un peu le capacité des ribozymes en terme de binding specifique. A écouter le messieur on aurait pu le croire en tout cas
 

 
arf. possible... ou alors c'etait le stress de l'exam ( vais-je raconter une grosse connerie sur un ton assuré dans ce topic de spécialiste...
 

Ca par contre je ne suis pas sûr que tout le monde soit d'accord. Et je veut bien croire qu'on puisse avoir des surprises dans ce domaine.  
 

Oui bien sûr mais on ne peut pas vraiment parler de specificité dans genre d'interaction (je suis + tu es - , alors aimons nous jusqu'à l'apopteose! --- ok je sors ---
 
a++
 
ps : c'est du joli. Mais pourquoi ces congrès ont-ils toujours l'air d'avoir un goût de vacances organisées pour scientifiques en guoguette? [mode étudiant envieux off]
 
 

 
Parce que les participants ne paient rien, et que les organisateurs font payer beaucoup par participants. Donc, pour avoir un congrés qui marche, il faut qu'il soit cher et dans un endroit agréable (les deux étant lié : le fait d'avoir un congré cher permet de l'organiser dans des endroits chouette et de payer de la bonne bouffe aux participants).

Ca me fait penser à un des derniers congrès que j'ai fait, à Interlaken en Suisse centrale, un coin plutôt joli...
 

 
Pareil j'en ai fait un a Interlaken    
 
La semaine dernière mon bosse était en Crête, sans moi  

 
Je suis très loin d'être un spécialiste des ARN, mais d'après ce que j'ai vu, cette molécule est très loin d'avoir les possibilités des protéines du point de vue catalyse. D'un autre coté, c'est encore relativement mal connu et on est probablement loin de tout connaitre de leurs possibilités.
 

 
Je pense aussi qu'on aura beaucoup de surprises du coté des ARN. Mais je pense aussi que les possibilités liées à cette molécule restent largement inférieures à celles des protéines
 

 
En pratique, c'était quand même conférence 10 heures par jour, donc ce ne sont pas de vraies vacances quand même. Sinon, pourquoi ces congrès sont quasi toujours organisés sur des lieux de vacances ? Parce que c'est là qu'on trouve le plus facilement des hotels, de surcroit pas chers du tout quand on est hors saison. A Paris, ça reviendrait probablement beaucoup plus cher in fine

Chienne de vie

 
Surtout qu'il a parlé de mes data    

Rusé Il t'a cité ? Il a récupéré tout le mérite ?

 
Juste mon nom dans le titre, c'est comme ça que ça marche    
 
Il a intérêt à m'envoyer à Keystone l'année prochaine  

Et après on nous fait croire que les labos n'ont pas de budget ?!

300 millions d'euros qui auraient pu servir pour la Science. Ca fait mal, non ?

 
Le boulot de chercheur, c'est pas seulement la paillasse, c'est aussi communiquer ses résultats, échanger des idées avec d'autres chercheurs, mettre en place des collaborations techniques et scientifiques, ... Et pour ça, rien ne remplace les congrès

ok

Merci pour les infos. En fait c'est un projet qui va concerner un Knock-in stable ds les cellule ES puis generation de souris transgenique, pour étudier la localisation d'une protéine...
 
Merci a vous....je vais un peu appronfondir tout ca

 
Il voulait sans doute s'acheter une Ariane V pour se mettre à l'abri des juges dès la fin de son mandat. Une fusée Ariane, ça doit pouvoir être mis dans un budget Science    

 
Bah t'es pas rendu    
 
C'est plusieurs années de boulot (et t'as intérêt à prier que ton Knock-in est viable   )

 
Une des limitations des IRES, c'est que le taux d'expression de ce qui est en aval du promoteur n'est pas en rapport 1:1 avec ce qui est en aval de l'IRES. Ce qui est assez logique, rien ne vaut un bon vrai promoteur. Tu te retrouves donc généralement avec un taux d'expression de ta GFP (dans ton cas) qui est en dessous de celui de ton gène sous promoteur -> tu risques donc de sous-estimer le nombre de cellules qui expriment effectivement ton gène. Encore plus délicat, c'est qu'il semblerait que selon le type cellulaire, l'IRES est plus ou moins efficace:
 

 
http://www.pubmedcentral.nih.gov/a [...] tid=102558
 
Vous ne pouvez pas faire un knock-in de la GFP dans un des allèles?
 
En tout cas, ça sera important de faire une hybridation in situ (j'imagine que vous avez pas l'anticorps si vous faites une souris pour localiser la protéine ) pour corréler ce que vous obtenez avec votre souris. Peut-être même la faire auparavant, ça vous donnera déjà une bonne idée d'où c'est exprimé.

Y a des américains qui ont fait la structure de l'hémagglutinine H5 du H5N1 actuellement en circulation. C'est sous presse à Science, il faut aller sur leur site pour la voir. Bon, la structure d'une dizaine d'hémagglutinines de grippe étaient déjà connues, notamment celle d'un homologue à 98%, mais c'est toujours intéressant pour ceux qui connaissent pas le sujet. Ils parlent notamment pas mal de ces histoires de récepteurs aviaires ou humains.

Alors comme ça Svenn, tu postes sur un autre forum scientifique  

 
C'était tellement proche de mon sujet que je ne pouvais pas laisser le post sans réponse. D'ailleurs, je vois que je ne suis pas le seul à poster "ailleurs"    
 

Pour poursuivre sur les siRNA. En plus de l'administration, il faudra aussi régler le problème, fondamental, de l'off-targeting des siRNA (i.e. la down-régulation non-spécifique de gènes autres que celui qui est ciblé à la base). (on ne prend pas en compte évidemment les gènes qui sont modulés du fait même de l'extinction du gène ciblé)
 
Papier dans nature methods de mars 2006:
 

 
1 gène (PPIB (cyclophilin B)), 4 siRNA différents (C1, C2, C3 et C4) contre ce gène, 1 duplicat pour chaque expérience et voila les microarrays que ça donne.
Les duplicats sont plus ou moins bien conservés entre eux par contre la signature du transcriptome est complétement différente selon le siRNA utilisé...
 
Pour limiter l'off-targeting, on se basait, jusqu'à présent, sur le degré de complémentarité entre le siRNA et les transcrits potentiellement off-targetés (en gros, plus y a de mismatch, moins y a de risque d'off-targeting).
 
On dirait que c'est pas vraiment la bonne approche:
 

 
A gauche, les 347 transcrits correspondent à des off-targets effectivement établis expérimentalement.
A droite, les off-targets prédits in silico avec l'algorithme se basant sur le degré de complémentarité (3 cutoff différents)).
 
En gros, on connait assez bien les paramètres pour faire un bon siRNA qui éteint le gène qu'on veut, par contre on ne sait pas comment éviter que ce siRNA éteigne d'autres gènes. D'un point de vue recherche fondamentale ou thérapeutique, spakool
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez [...] med_docsum
 
edit: ah ouais quand même, le message du papier, c'est que c'est, en partie, du côté de la complémentarité avec les 3' UTR qu'il faut regarder les off-targets potentiels (mais ça n'est qu'un des paramètres qui rentrent en compte)

 
C'est vrai que, au moins pour ce gène là, il y a un gros problème de spécificité. Ca veut probablement dire que pour une utilisation thérapeutique des siRNA, il vaut mieux oublier tous les gènes qui ont été dupliqué de nombreuses fois au cours de l'évolution récente, comme des kinases. Ca laisse largement assez de gènes utilisables, mais ça implique une réflexion un peu plus poussée.
 
Sinon, une question sur ce papier : la cyclophiline A, c'est un gène particulièrement problématique (par ex., les auteurs ont voulu montrer que la méthode RNAi avait des limites et ils ont pris le gène qui avait le plus de chance de rater), ou alors c'est un gène relativement "dans la moyenne" ?  

 
a) bon point, tout ce qui a été dupliqué et qui maintient une forte homologie de séquence va logiquement être plus dur à être ciblé spécifiquement.  
 
Bon ça tombe bien, le même groupe, privé (heureux hasard), vient de publier ceci:
 
Position-specific chemical modification of siRNAs reduces "off-target" transcript silencing.
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez [...] med_DocSum
 
b) en fait, ils testent aussi sur une kinase, MAP2K1 (MEK1) et GAPDH avec les mêmes résultats. D'ailleurs, ils ne sont pas les premiers à montrer ce phénomène:
 
sur la kinase p38 et IGF-R
 
http://www.nature.com/nbt/journal/ [...] bt831.html
 
ou sur la kinase PLK
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez [...] med_docsum
 
encore mieux, dans un screen de 507 siRNA (un siRNA par kinase) afin de trouver des kinases qui régulent le pathway de HIF-1 (un facteur de transcription), 2 des 3 meilleurs siRNA trouvés dégradent directement HIF-1 en fait!
 
http://nar.oxfordjournals.org/cgi/ [...] 33/14/4527

C'est marrant je me souviens de l'enthousiasme général qu'ont suscité les siRNA quand ça a été découvert au début, tout le monde ne jurait que par ça, mais maintenant j'ai un peu l'impression que beaucoups déchantent méchamment...
En tout cas moi j'y réfléchirait à 2 fois si je devais réutiliser cette technique, c'est un truc à avoir pleins d'emmerdes absolument pas prévisibles...  

 
En fait, c'est pas mal parce que ça te garantit d'avoir un phénotype (quel qu'il soit) vu le nombre de gènes off-targetés
 
Bon généralement les journaux demandent au minimum 2 voire 3 siRNA différents pour une expérience. Tu diminues quand même un peu le risque d'un phénotype strictement spécifique au siRNA utilisé. Tu es aussi censé utiliser un siRNA contrôle qui ne vise aucun gène en particulier, c'est pas un super contrôle négatif mais y a pas mieux pour l'instant.
 
Je pense que c'est clair que dans qq années, quand on connaîtra mieux les mécanismes du RNAi, certains papiers qui ont pas fait un minimum de contrôles vont être suspectés...

Clair. Je dois dire que je suis assez impressionné par le nombre de gènes downrégulés sur le microarray que t'as posté plus haut, sans compter les différences flagrantes entre différents siRNAs targetés sur le même gène... Comment veux-tu pouvoir faire décemment confiance à tes résultats dans ces conditions?  

Bonjour    
 
J'avais fait il y a une semaine un exo sur le diabète. J'ai lu dans mon bouquin (qui doit dater des 2-3 ans) que les facteurs génétiques d'un diabétique type 2 n'avaient pas été encore trouvés, malgré la certitude de leur implication.
 
Alors par curiosité je voudrais savoir si ils avaient été identifiés.
 
Merci

 
Pas de manière définitive car il s'agit d'un phénotype multi-loci; dans ce papier, un joli screen de "forward genetic" démontre l'implication de Sorcs1
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez [...] med_docsum

 
Vous faites les chocohottes je trouve    
 
Réalisez un peu la toxicité des chimio actuelles, ou encore des anti-protéases pour le VIH, c'est un autre niveau d'inconfort pour les patients que le off-targeting.
 
De plus, souvenez-vous cette expérience de microarray avec 2 souches de levures, une WT et l'autre déletée pour LEU2 (un marqueur classique d'auxotrophie), résultat des dizaines de gènes régulés de manière différente.
 
C'est pas seulement une question de off-target, c'est aussi l'adaptation de la cellule, on peut pas tout contrôler.

 
a) Même si ça off-target un/des tumour suppressor?    
 
b) On est d'accord que si tu éteins PPIB (ou quoique ce soit d'autre), ça va moduler le transcriptome en cascade.
Mais bon là, même gène, différents siRNA, microarrays radicalement différents, c'est quand même plus dur de parler de phénotype qui soit strictement gène-dépendant et pas aussi siRNA-dépendant, nan?

 
Si les siRNA sont différents, ça m'étonne pas trop en fait; à partir du moment que le off-target est présent, ça paraît même normal.
 
Il doit manquer qqchose d'important dans les modèles actuels, je vois pas la cellule s'autoriser une telle "flexibilité"  

En même temps on a quand même 347 gènes downrégulés dans l'article de nature là, c'est pas léger comme effets indésirables...

T'façon, on utilise 10% de notre cerveau et 1% de notre génome alors c'est pas pour 347 gènes éteints qu'on va faire les pédales à pas vouloir prendre notre ptite pilule, hein.

 
C'est vrai j'avais oublie  

 
D'un autre coté, si on regardait le nombre de gènes up- ou down-régulés par une molécule aussi anodine que l'aspirine, je pense qu'on aurait des surprises    
 
Cela montre juste que, comme pour toutes les autres techniques, tous les siRNA ne sont pas spécifiques et surtout qu'il faut soigneusement choisir les gènes à cibler    

On est bien d'accord

Mais il est bon de la rappeler.