C'est l'aboutissement du Plan de Complémentarité de la Seele. Plan qui cherche a donner une nouvelle évolution au genre humain, en le rapprochant du statut divin. Pour cela, il faut annihiler les individualités, qui affaiblissent l'Homme, donc rassembler toutes les âmes humaines en un seul être. Et faire fusionner cet être unique avec les entités divines Lilith et Adam.
 
Concrètement, le film montre les évènements réels qui aboutissent au Plan de Complémentarité, tandis que la fin de la série représente les réflexions des âmes humaines entrain de fusionner. Donc série et film représentent la même conclusion, mais d'un point de vue différent.
 
Maintenant plus en détail: L'Ange Lilith est l'entité créatrice du genre humain. Son corps est resté crucifié au Terminal Dogma, mais son âme a été incarnée en Rei Ayanami. Gendo la garde auprès de lui pour l'influencer et faire en sorte que quand elle redeviendra Lilith, elle usera de son pouvoir comme lui l'entend. C'est ça, sa trahison envers la Seele. La Seele veut, à terme, déclencher l'évolution de l'humanité en utilisant la puissance des dieux (Adam et Lilith), mais Gendo veut réaliser sa propre version de la Complémentarité (peut être utiliser le pouvoir de Lilith et Adam pour ressuciter Yui, sa femme, fusionner avec elle et devenir le seul être Complémenté).
 
Donc, au début du film, la Seele lance son attaque sur la Nerv pour forcer la Complémentarité (probablement en s'emparant eux-même de Lilith). A l'aide des Eva Series, qui accomplissent un rituel sur l'Eva 01 (qui est une copie du corps de Lilith), la Seele fait réapparaître la Lune Noire, l'oeuf de Lilith, qui va aider Lilith à fusionner les âmes humaines. Mais Gendo est déjà avec Rei au Terminal Dogma. Il lui "donne" l'embryon d'Adam, unissant ainsi les 2 divinités. Sauf que Rei le trahit. Le plan de Gendo consistait à amadouer Rei, mais elle a finit par être attirée par Shinji. Elle renie donc le pouvoir à Gendo.
Et là, Rei (contenant l'âme de Lilith), part fusionner avec le corps de Lilith crucifié, et Lilith revit. Et elle offre à Shinji le choix de ce qu'il adviendra de l'humanité.
 
Shinji est désepéré, au fond du gouffre, n'arrive pas à s'ouvrir aux autres et à accepter la souffrance. Il fait le choix d'un monde sans les autres, sans les barrières qui séparent les coeurs et qui font mal. Il choisit donc de devenir l'Etre Unique, la fusion de toutes les âmes humaines en une seule entité: lui. Ce qui rejoint plus ou moins le plan de la Seele parce que l'Etre Unique divin, uni à Lilith et Adam, va bien naître.
 
Lilith, génitrice du genre humain et qui a tout pouvoir sur ses créations, commence donc à annuler toutes les individualités (c'est à dire faire disparaître les corps) et à rassembler toutes les âmes en elle en utilisant la Lune Noire comme aimant géant.
 
Là, les âmes s'unissent, et Shinji commence à réaliser que sans les autres, son monde sera vide, car la personnalité se forge au contact des autres, et que sans les autres pour lui renvoyer sa propre image, il n'est plus rien (et ce passage, assez raccourci dans le film, correspond aux 2 derniers épisodes de la série, qui montrent en fait tout le processus de réflexion de Shinji sur son nouveau monde vide d'altérité). Il change d'avis et rejette la Complémentarité. En conséquence de son souhait, la Lune Noire est détruite, relâchant ainsi toutes les âmes humaines, et Lilith meurt.  
 
A ce moment là, tous les humains dont le corps à disparu peuvent faire l'effort, s'ils le souhaitent, de retrouver leur forme humaine. Shinji est donc le seul sur Terre. Apparement, Asuka réussit à reformer son corps, mais rien n'est sûr pour le reste de l'humanité.
 
Cette histoire de devenir l'Etre Unique sans personne autour, est aussi une métaphore du comportement de l'otaku, qui rejette le monde extérieur pour rester enfermé dans sa chambre à mater des anime. Le fait que Shinji réalise que sans les autres il n'est plus rien et ne peut pas vivre, est une sorte de leçon donnée aux otaku afin de les inciter à sortir et à aller au contact des autres. Shinji rejettant la Complémentarité représente l'otaku qui commence à s'ouvrir au monde réel.

Putain, j'avais compris tout ça mais ta façon d'expliquer est magistrale !!!
J'avais quelques zones d'ombres et là tu viens de m'en éclairer une bonne partie

Je voyais effectivement la morale envers les otakus, mais je ne voyais pas ce que ça venait foutre dans le scénario...
D'après ton résumé, c'est donc juste un message de l'auteur... Finalement on pourrait dire qu'il a, avec ingéniosité, sa revanche envers tous les fans qui lui réclamaient de refaire la fin (Malin le gars)

Ce que je ne comprends pas, c'est que finalement, tout ça n'aura servi à rien à part peut être faire évoluer Shinji...
Je ne comprends pas non plus le rôle de sa mère (et de celle d'Asuka au passage), fusionnée avec l'EVA01 vis à vis du plan de complémentarité.

Enfin, qu'espérait la Seele puisqu'une évolution de l'espèce humaine avec pour base la fusion de tous les humains ne risquait pas d'atteindre un stade "sur-humain" ?
Comment imaginer une couleur qui n'existe pas encore ?

Ou alors, ils ont vraiment mal choisit leur pilote

Autre chose, quel personnage est Adam finalement ? L'EVA01 ?
Pour finir (?), le père de Shinji était-il vraiment méprisant envers son fils, ou n'espérait-il pas le plan de complémentarité pour aussi lui offrir un monde meilleur ?

Le rôle de Yui est d'offir une âme à l'EVA 01 (dans la série Ritsuko clame haut et fort que le résultat du test était connu d'avance).
Le but de la Seele est de permettre à l'homme de faire table rase de ses pêchés.
Adam est le 1er ange responsable du 1er impact (extinction des dinosaures et du second impact, provoqué celui-là).
L'EVA 01 est juste une clone incomplet de Lilith comme toutes les EVA.

Ikari en a juste marre de son immature de fils qui le retarde dans son plan : rejoindre Yui.

Sinon j'ai maté la version 2.0, elle permet de dégager les grandes lignes du plan de complémentarité mais tranche dans le vif tout en partant dans une tout autre direction.

Faut pas oublier que la Gainax a été fondé par des otakus (Anno en tête) et pour des otakus... cf Otaku no video et More otalu no video...

Ah oui, je me souviens d'Adam, l'espèce de larve... Il joue quel rôle dans le manga déja ? (me souviens plus )

Et sinon, dans quel but Yui a-t-elle fusionnée avec l'EVA ?

je pense surtout que ce message était plutôt destiné aux hikikomori qu'aux otakus

Yui connaissait les plans de la Seele concernant la Complémentarité, et y était opposée. En se laissant absorber dans l'Eva 01 pour lui servir d'âme, elle a "désigné" Shinji comme futur pilote de l'Eva (puisque seuls les enfants des mères dont les âmes sont contenues dans les Eva peuvent piloter). Elle confie donc à son fils l'Eva la plus importante pour le Plan de Complémentarité (01 est un clone de Lilith) afin de pouvoir, quand le moment sera venu, protéger Shinji et l'aider à faire le choix de ne pas détruire l'humanité quand il sera inévitablement placé au centre du Plan.
 
Pour la mère d'Asuka, c'est la même chose, dans le sens ou c'est elle, l'âme de l'Eva 02 (et donc la pilote de 02 ne pouvait qu'être Asuka). Apparement, la mère d'Asuka avait choisi de tester 02 sans connaitre les conséquences.
 
Concernant le Plan de Complémentarité de la Seele, pour eux, c'est l'individualité, la division de l'humanité qui fait sa faiblesse. Chaque personne est incomplète. Pour la Seele, rassembler tous les humains entre eux permettrait que chacun complète la part de vide des autres, de manière à former une entité parfaite. Qui plus est, la Seele veut utiliser Lilith comme réceptacle de l'humain unique, afin qu'il acquiert les pouvoirs d'un dieu et puisse vivre éternellement.  
 
Quant à Adam, et bien c'est le géniteur des Anges, le premier Ange sur Terre. Quand les scientifiques de la Seele l'ont réveillé, ils ont fait en sorte de provoquer sa "folie" qui a causé l'explosion nommée Second Impact. Lors de cette explosion, le corps d'Adam a été détruit et réduit à une forme embryonnaire (la petite bébète dans la malette de Kaji au début, puis greffé sur la main de Gendo à la fin) que la Seele a récupéré. L'unique but du 2nd Imapct était de pouvoir récupérer Adam sous cette forme, afin de pouvoir mieux le contrôler et l'étudier sans soucis. Egalement, durant l'explosion du 2nd I, l'âme d'Adam a été séparée de son corps, et cette dernière a également été récupérée et placée dans le corps de Kaworu.  
Au final, toutes les Eva ont été créées à partir du corps d'Adam, sauf l'Eva 01 qui est le seul clone de Lilith. (et également, le First Impact, c'est Lilith, pas Adam).
 
Pour Gendo, il est difficile à cerner. A la base il était surement opposé à la Seele, comme Yui. Mais la mort de Yui a changé la donne, et il a choisi de suivre la Seele dans la voie de la Complémentarité, mais pour mieux la leur voler et réaliser son propre rève: faire renaître Yui. Dans un sens, c'est pas tellement qu'il détestait Shinji, c'est juste que se retirer du monde a été la réaction de Gendo face à la mort de sa femme, Shinji faisant partie du monde, il n'en avait plus besoin.

Ok ça me parait plausible.
Par contre, j'aimerais aborder le thème de la religion.
 
Outre Adam, Lilith et Eva (Eve), les anges, on retrouve des explosions en forme de croix, la lance de Longine, les manuscrits de la mer morte, j'en passe et des meilleures.
 
En tant que simple otaku non pratiquant, je souhaiterais savoir si les références faites dans le manga ont une relation avec la Bible et ses histoires (ce qui rendrait le manga réellement surpuissant) ou s'il s'agit juste de noms piochés ici et là...

Et surtout...

Pourquoi on parle en spoiler ?