Reprise du message précédent :
Microlax, arrête de faire chier ta soeur

Saccharose, arrête de bouffer des bonbons !  

Ah, le retour des vacances    
 
Faites pas dérailler le topik quand mm    
 

 
Mais non, on discutait que de biologie, des choses serieuses, quoi  

 
 
Ah ben voila, vous voyez que ca peut etre drole des fois la biologie structurale.
 
Ca me rappelle ya deux semaine, j'ai assisté à une conf au cours de laquelle l'orateur parlait de "la transformée de hough" (prononcer "transformée de ouf" ) et d'algorithme de oufs, eh bien figurez vous que j'aiété le seul à trouver ça drole et à me retrouver à ricaner bêtement dans la salle...

A Moi!
Ta petite Borrelia a beaucoup de tics.
 
A+,

Yersinia ! arrête de faire ta petite peste, ma puce !

Anthrax! Tu ne fais pas assez de sport...
 
A+,

Noxa, arrête d'embêter ta soeur Mitochondrie (faut connaître   )
 
Je sais, c'est nul    
 
Je sors sous les sifflets  

A part ça, y avais pas aussi Ars Magna qui était dans la biol? Je l'ai jamais vu sur ce topok... Je l'ai plus vu depuis un moment d'ailleurs.

 
Le type qui était super calé en évolution et dont l'humour rappelait un autre type qui était lui aussi super calé en évolution?

'tain on a des génies dans le coin

Ce qui était bizarre c'est qu'ils se succédaient tous, l'un apparaissait puis disparaissait pour être immédiatement remplacé par un autre...
 
Phénomène étrange

Tiens oui, j'ai jamais fais le rapprochement...
C'est bien possible...

 
 
Ars Magna, il avait posé sa tof dans le thrombi, une bonne 50 aine, à la cool, discussion super intéressante... mais il a disparu  

Pluriel de thrombus ?

Bon bah, ça y est, de retour au labo...  

A 2h du mat?  
 
Bon remarque moi je viens d'y arriver sans avoir touché mon lit de la nuit et avec une bonne alcoolémie rémanante... Je sens que je vais le payer à la fin de la journée.

"les scientifiques, ce sont d'abord des hommes et des femmes qui cherchent"
("Où est l'Alka Seltzer" etc.)
 
Formation de l'Ecole Doct ce matin : "comment faire une recherche bibliographique sur le net" Comme si on les avait attendus pour utiliser PubMed, Scirus et Google ...

Ah ouais ça fait peur...

 
Ben, si t'es en première année, il est encore temps d'apprendre des choses. Surtout en matière de biblio informatique, où tout marche plus ou moins bien, et où l'on se laisse facilement porter par nos habitudes, alors qu'il y a parfois des outils bien plus performants à portée de main.

J'ai découvert Google scholar grâce à HFR, ben maintenant je n'utilise quasiment plus que ca, même mes collègues s'y mettent! (Bon je leur ai pas dit que j'avais vu ca sur HFR ).
 
[HS] Bientôt la reprise des cours pour moi (et un putain de rapport de stage de mairde) [/HS]

Si t'as pas encore passé le bac, fais gaffe, l'orthographe peut te jouer de vilains tours

Bon recentrons un peu:
 
Mieux que les sudoku à la gomme: le biomoloku
 
Enoncé:
 
Vous décidez de faire du siRNA parce que c'est à la mode (quel autre raison y aurait-il ). Vous optez pour un système à base de shRNA (transcription du shRNA sous un promoteur U6 (p.ex.) (la maturation en siRNA se fait par la cellule (dicer blablabla))). Vous optez pour un système commercial de chez invitrogen: block-it U6 pour shRNA (heureux hasard).
 
C'est cher (normal) et ces gros bâtards vous simplifient (et vous ruinent) la vie en vous vendant le vecteur (dans lequel vous allez "liguer" votre shRNA (ds oligo dans la figure )) déjà linéarisé. Cool mais il y a juste assez de vecteur pour 20 réactions, ça fait cher le kit...
 
Or vous êtes un margoulin: vous décidez de refermer le vecteur, en faire des gigaprep et le distribuer sur tout le continent pour faire les pieds à ces horribles entreprises capitalistes
 
Quel est le protocole?
 

 
Attention, il faut pas faire n'importe quoi, une fois re-digéré, le vecteur doit avoir la même séquence qu'au début
(Non y a pas d'enzyme qui fasse (spécifiquement ) des overhangs CACC ou TTTT   )
(C'est très simple si on connaît un peu les différentes enzymes de restriction)
 
.
.
.
.
.
 
Je sens un bide anthologique

Ben le jour où tu comptes publier avec ça, faudra t'expliquer    
 
Après dans ton labo tu fais ce que tu veux    
 
Je connais des gars qui blot avec des mono-clonaux anti-HA sortis de chez ******* par un  russe qu'y était tombé sur le clone...    
 
Mais quand faut publier, c'est une autre histoire  

 
Ah j'veux pas publier ça, c'est juste une petite énigme à la gomme  

Si c'est pas malheureux ce Rykm... pense même plus au plaisir de réfléchir, tout ce qu'il veut c'est publier pour avoir des sous

 
Ben je vois pas où est le problème  

 
Nan, je disais que c'est monnaie courante ce genre d'astuce, mais quand faut publier c'est plus la même histoire  

tiens, c'est marrant, je me disais la même chose pas plus tard que ce matin    
 
Mais si tu veux du pas cher et surtout pas (trop) d'arnaque, fais un tour sur le site de oligoengine http://www.oligoengine.com/index.html
 
Eux aussi sont très forts. Déjà, ils te vendent le plasmide non linéarisé, bon point. C'est le pSUPER tel que publié. Ils le vendent 250$. Après, t'as les versions avec options supplémentaires pour des prix astronomiques (400, 500$). Mais le plus fort, c'est qu'ils te vendent aussi le pSUPER-p53 (aussi publié) à.............. 50$!
 
 Alors, si tu arrives à reconstruire ton vecteur tel quel, c'est tout benef'  
 

 
Cool un nouveau bioleux  
 
En fait, j'utilise le vecteur d'invitrogen parce que je compte faire de la transduction (lenti).

Ouais, j'avais été voir chez eux quand je bossais avec des pSuper. C'est correct leur tarifs et ce qu'ils proposent, un bon plan quand tu tente de faire du siRNA...

Avec du Trono inside?
Tu nous raconteras? Je rêve d'utiliser ce truc, mais je sais pas encore pour quoi...

 
Nan, je fais en parallèle avec leur système mais là ça urge un peu (révision de papier) alors on a préféré switcher (pour l'instant) sur un truc qu'on connaît plus ou moins bien
 
(J'ai qq problème de ligation avec le système de Trono, un vecteur de 11kbp avec un insert de 60bp, c'est pas aisé mais c'est possible mais là j'ai pas le temps )

J'ai pas trop compris ce qui s'est passé. La technique et le vecteur ont été publiés (avril 2002) et paf, quatre mois plus tard, une société a l'exclusivité de la distribution (et se graisse bien dessus même si d'autres font pire   ).
 
 Vous croyez que le labo avait déjà un brevet dessus et qu'ils en ont revendu les droits en si peu de temps?
 J'avais tenté le coup de demander à Agami (le type qui a mis ça au point) mais c'est resté lettre morte... Va falloir sortir le portefeuille    
 
 

Il me semblait effectivement qu'ils avaient vendu les droits...
Moi j'avais contourné le truc en chopant les pSuper upgradés d'un autre groupe. Ils avaient rajouté 1-2 fonctionnalités, donc c'est plus vraiment pSuper, donc gratos...  

 
Sinon, tu en étais content? Ca marchait bien?  
Le coup des labos qui te filent le plasmide modifié, c'est le bon plan. Mais nous, on est un peu en retard, et ceux qu'on connait aussi   . Alors  

Ouais c'était pas mal... En plus les modifications apportées permettaient d'exprimer 2 types de siRNA simultanément dans une même cellules (bon, via d'autres vecteurs, mais avec un passage préliminaire dans les pSuper+).

Oh mais ça parle très sérieux par ici    
 
Salut Koyolute    
 
Pour les dépôts de brevets, ça prends plusieurs mois, c'est pas étonnant qu'un papier soit sorti entre temps, ça arrive souvent    

 
A ce propos, on a eu un séminaire sur les siRNA donné par un type d'ambion. Un des points intéressants était qu'il fallait faire gaffe avec les shRNA parce que vu que la transcription est constitutive, tu peux finir par avoir une concentration assez élevée de si dans ta cellule. Le risque c'est de surcharger le RISC alors que (bizarrement ) celui-ci n'est pas là que pour faire plaisir au chercheur -> risque d'avoir des phénotypes parasites. Bon faut relativiser un peu parce que je suppose qu'ambion préfère que les gens fassent de la transfection d'oligo plutôt que de vecteur-shRNA, mais c'est à garder en tête

C'est vrai qu'on a tendance à l'oublier...    
Ca serait quand même tellement plus sympa notre métier si nos cellules nous facilitaient la vie de temps en temps...    

C'est bon à noter, je garde en tête comme excuse pour le jour où je devrais expliquer pourquoi rien ne fonctionne comme ça devrait...