Reprise du message précédent :

 
Le FRET ne donne pas accès aux mêmes infos que la cristallo ou la RMN. Le FRET permet de faire du temps réel, mais il permet uniquement de dire si deux points à la surface d'une (ou plusieurs) macromolécule bougent l'un par rapport à l'autre. C'est très pratique pour étudier des changements de conformation de protéines ou des liaisons à des ligands, mais ça ne permet pas d'avoir accès à une structure.
Quand c'est couplé à des données structurales rayon X, ça peut être une méthode très performante.

 
 
Ouep' la structure était déja connue (ARN, donc apparammant assez gentil), mais le FRET donnait des info en temps réel sur les transitions de structure au cours de la réaction...

c'est quoi le FRET ?
 
oui je sais bcp de questions à cette heure de la nuit

 
Difficile à dire, parce que les informations sont présentes à la fois dans l'amplitude et dans la phase. En pratique, les phases sont beaucoup plus importantes que les amplitudes pour des protéines. Des amplitudes (légèrement) fausses ne sont pas dramatiques, par contre, on ne peut pas faire grand chose sans phases correctes.
 

 
Qu'est ce que tu appelles la DrX théorique ? la combinaison amplitude + phase ?

 
 fluorescence resonance energy transfer
 
 
Tu attaches deux fluorochromes et étudies leur interférence. Par exemple à deux extrêmité d'une molécule (d'ADN) et tu obtiens EN TEMPS REEL des données sur la dynamique structurale.

 
Mais quelles informations sont sotckées ds la phase ?
 
sinon ce que j'entend par théorique, c'est plus calculs ab initio ou par dynamique de ta proteine pour obtenir une géométrie "théorique".
Aprés ça tu peux essayer de determiner sa structure cristalline "modélisée",etc..
Je demande hein c'est tout

 
merci

 
Une technique de fluorimétrie utilisée en bio. Tu utilises deux fluorophores :
 
Un "donneur : longueur d'onde d'excitation L1
              longueur d'onde d'émission L2
 
 
Un "accepteur : longueur d'onde d'excitation L2
                longueur d'onde d'émission L3
 
Tu attaches ensuite covalemment ces fluorophores a deux endroits différents, puis tu excites l'ensemble à L1. Si un accepteur est à proximité du donneur, on observe une émission à L3. Si aucun accepteur n'est à proximité, on observe une émission à L2. La disatnce caractéristique est assez précise, elle dépend du couple accepteur/donneur et est de l'ordre de 1 à 10 nm.  
 
En bio, ça permet de savoir par exemple si deux protéines s'accrochent l'une à l'autre : tu accroches un flurophore à chaune des protéines et tu t'attends à avoir une émission à L3 si elles s'accrochent et à L2 sinon. Il y a plein d'autres applications possibles, toutes basées sur le même principe

re-merci

 
En chimie, le nombre d'atomes est relativement faible et les logiciels sont capables de reconstituer la phase à partir des amplitudes et ensuite de calculer la structure. En bio, les calculs deviennent infaisable et les logiciels ne sont pas capables de faire cette reconstitution (sans un gros boulot de la part de celui qui résoud la structure).
 
Il n'y a pas d'information contenue plutôt dans la phase ou dans l'amplitude. C'est un peu comme si pour définir un point sur Terre, je te donne uniquement sa longitude ou sa latitude, tu n'es pas franchement avancé. La phase et l'amplitude forme un tout et c'est cetout qui contient l'information.
 
 

 
 
Ce genre de méthodes en est à ces balbutiements pour des protéines de 100 acides aminés maximum (donc des très petites protéines).  
 
En fait, on utilise d'autres apporches pour déterminer les phases. Il y en a deux principales. Si on connaît déjà la structure d'une protéine très voisine (par sa séquence), elles auront très probablement une structure très voisine. Donc on part de l'hypothèse que les phases sont les mêmes pour ces deux protéines, et en pratique, on arrive à s'en sortir.
Si on a pas d'informations particulières, on fait appel à des métaux lourds qu'on colle dans les cristaux. Ces métaux ont pour effet de modifier toutes les amplitudes mesurées. En comparant les amplitudes avec et sans métaux lourds, on peut reconstituer les phases et faire la transformée de Fourier.
 

Y a pas de mal  

En tout cas, y a que sur ce topic qu'on parle de spectroscopie de fluorescence et de transformée de Fourier à 3h du matin

 
 
C'est clair    
 
 
Seul topik d'Hfr immunisé contre toute forme d'attaque trollesque  

Les transformées de Fourier ça roxxe, c'est génial pour les rongeurs

 
 
Ce qui devait arriver, arriva  

 
en même tps c'est logique que ça attire pas les foules

 
Mais, si, ça intéresse plein de monde ! Regarde, on est quatre sur ce topic malgré l'heure avancée, soit largement plus que les moards et les footeux réunis. C'est bien la preuve que nos sujets sont passionants.  

Ca se dégrade à quelle température une protéine, habituellement ?

 
Ca ne se dégrade pas    
 
Ca se dénature  A 95 degrés normalement ya plus grand monde  

 
Ca varie d'une protéine à l'autre. En général, c'est entre 50 et 70°, mais certaines ont des difficultés dès 40° tandis que des protéines très résistantes tiennent le choc à 100°, comme la protéine prion.
 
Si c'est pour faire des oeufs à la coque, je crois que l'ovalbumine se dénature à 55° pour se solidifier, donc la température idéale doit être vers 60°  

Nan passque y a un copain là, à 130°C ses protéines se portent comme des charmes, et ça le stresse méchamment

C'ets du quenching de flourescence en somme...

Ben c'est le même principe que la modélisation moléculaire...
Et ça se fait sur des molécule de bien plus de 100 AA.
Enfin moi je sais que l'IL-15 faisait qu'un peu plus, mais le récepteur était beaucoup plus gros.
 

Han...mais je me souviens d'avoir vu ça en maîtrise.
Pour ceux qui y comprenne quelque chose: http://www.aei.ca/~sylvain/sylvain [...] chap2.html

Tu l'as cherché aussi...

130 °c...
C'est des protéines d'hyperthermophile ou quoi?
Autrement:
- Dénaturation => ça dépend de la protéine
- hydrolyse => 100°C dans l'acide chloridrique concentré 24H (c'est résistant ces bêtes là!)

Vous dormez jamais dans ce topic

Si entre 4h et 9h.

Ouais donc peu
Comment vous faites
Au labo vous devez etre amorphe

Facile! Je ne suis pas dans un labo.

 
et Rykm ?

 
J'ai une heure de décalage avec toi (UK powa!!) et j'ai tendance à bosser tard (en moyenne jusqu'à 23h) donc je me lève tard aussi  

 
 
Certaines kinases se dénaturent même à 4 degrés en moins d'une nuit    
 
(ça m'est arrivé en voulant faire une IP kinase over night, j'm'en mords encore les doigts   )

C'est ce que je disais.
ça dépend de la protéine.

J'ai même entendu dire que la RNA pol II perd de son activité même à -20   Tu dois la conserver à -80 en aliquots sinon tu perds 10% d'activité à chaque fois.
 
Remarque, je fais mes clonages avec une enzyme de restriction assz rare (c'est bcp plus facile y'a pas de sites multiples) et ben pareil, à -20 elle se dénature quand même    
 
==> donc -80  

10% à chaque fois que quoi?
Que tu la décongèle?
C'est en fonction du temps... Alors si c'est -10% au bout de 20 ans à -20°C, ça vaut pas le coup d'encombrer le -80.

 
Nan nan, tu la laisses une semaine à -20 t'as déjà perdu la moitié de ton ativité  
 
La décongeler, j'en parle même pas  

C'est gènant.  
Peut-être que ça dépend du conditionnement.
Genre je conserve mes protéines dans l'eau distillée comme un porc?

 
 
Tu nous prend vraiment pour des blaireaux    
 
Il serait temps que tu remettes les pieds dans un labo  

Ben je parlais en général...    
J'en ai vu des neuneux qui congelaient des cellules dans l'eau ou qui
tamponnaient pas leur solution etc.

 
 
En TP peut être mais dans un labo ça me paraît vraiment bizarre  

Si si des stagiaires.
Je repense à ça, dans quelle solution tu conserves tes enzymes?

Vive les stagiaires et les intérimaires (pour ces derniers, spéciale dédicasse à la clef à molette tombé dans un bassin d'une centrale nucléaire )