Reprise du message précédent :
merci pour vos reponses ,de toute facon j'ai rendez vous demain a la fac avec un responsable de la licence pour lui poser des questions

 
Si tu veux vraiment faire de la recherche je te conseille quand même la fac' de Bio  

En fait tout dépend de ce que tu veux vraiment faire (recherche, prof de fac de lycée, la matière etc.)
En fonction de ça il faudra que tu choisises la bonne filière.

En fait j'ai bien envie d'etre prof, diffuser mes connaissances et tout , mais voila les places sont aussi cheres.
La fac de pharma m'interresse fortement aussi mais je me demande si je reussirais a surmonter le stress du concours parce que je serais obligé de l'avoir en 1 ans, en tout cas , ca cogite ,ca cogite, j'ai 5 mois  pour reflechir

 
C'est très ambitieux  

 
Un de mes profs de PCEM1 a raté sa PCEM1 justement comme quoi, on peut y arriver

Ben je sais, mais ça m'aurai intérêssé.
Après il faut être très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très bon.

La culture axénique c'est la culture stérile? Qu'est-ce que c'ets que ce terme à la con limite pédant?!

 
Les postes de Prof sont super durs à accrocher, c'est un fait, je pense pas qu'on puisse "planifier" de devenir prof' de fac' les aléas de la vie etc etc    
 
Mais bon, chercheur dans le public, c'est jouable  

Enfin je cherche du taf en somme...

Faudra que je me download le génome complet un de ces quatre.
 
Rasthor, qui n'a toujours pas dit son dernier mot sur ces protéines.  

Je dirais aussi oui, mais d'une façon détournée.
Il y a encore beaucoup de molècules intéressantes à découvrir dans la nature (canopée, océans, etc...), et si on continue comme cela à polluer la planète, on risque de les perdre à tout jamais. Si les grandes entreprises de pharma et les gouvernements arrivaient à voir le potentiel économique qu'il y a derrière, ils s'activeraient  vite à protéger la planète, donc favoriser la sauvegarde de l'environnement.

 
Les entreprises de pharma sont parfaitement au courant de l'intérêt à protéger l'environnement, ne serait-ce parce qu'une grande partie des molécules pharmaceutiques sont issues de l'étude de plantes et animaux exotiques.
Le seul problème, c'est qu'elles ne veulent pas payer pour l'environnement.  

Des nouvelles des essais cliniques de vaccins anti sida a partir de virus de rougeole ? (je crois que c'est la rougeole mais je suis fatigué alors l'erreur est humaine)

Aucune idee    
 
Pourquoi y'a un papier qui va sortir ?  

 
 
Calmons nous, j'ai peut etre trop parlé

Encore une victoire de canard

 
 
Traduction  

Titre du topic

 
J'ai entendu des choses similaires, mais c'est vrai que je ne trouve rien sur Medline en entrant comme mots clefs "measle + HIV + vaccine"
 
Cela dit, quelque soit le vaccin testé, je ne crois pas qu'ils ont permis la production massive d'anticorps anti-HIV, donc il y a encore beaucoup de boulot.

 
 
Ben faut suivre au lieu de poster dans des topiks à troll    
 
ça fait référence à un papier du mois dernier    
 
J'édite    

Svenn, c'en est où cette cristallo ?  

 
Pour l'instant, je rame pas mal, mais ça progresse. La protéine est têtue, mais moi aussi. On va bien voir qui aura le dessus  

 
 
Bonne chance (il en faut   ) moi je bataille pareil mais avec une mutation que j'essaye de mapper, un vrai casse-tête  

 
A priori, j'ai dépassé les étapes où le facteur chance est crucial. Maintenant, c'est plutôt une question de temps, mais le problème est particulièrement difficile, donc ce n'est pas encore gagné.

 
 
Quelques détails ?    
 
J'y connais pas grand chose en cristallo... ça m'intéresserait  

Sinon je pensais, un gars est venu nous faire un talk la semaine dernière sur les jonctions de Hollidays (mon avatar), bref structure ADN pendant la recombinaison. Il est tombé par hasard sur un biais provoqué par la séquence (ce qui est en contradiction avec les données génétiques/bio mol) donc il a généré toutes les combinaison possibles de séquences sur son bout d'ADN et cristallisé TOUTES les structures UNE PAR UNE    
 
Un travail de fou furieux  

 
Quel que soit la protéine, les étapes à franchir sont toujours les mêmes, mais d'une protine à l'autre, cela peut être plus ou moins délicat.
 
Dans l'ordre, il faut :
- Produire en grande quantité la protéine d'intérêt. Dans la plupart des cas, la protéine d'intérêt est présente en faible quantité dans le type cellulaire qui t'intéresse. Il faut donc surproduire cette protéine, en général en la produisant en E Coli (le cas idéal), ou dans des systèmes plus complexe en cas de protéine récalcitrante (Facilement 50% des cas). Dans ce cas, on passe à des système levures, voire en cellules d'insecte, mais la production est plus faible qu'en bactérie. A cette étape, l'idéal est de disposer de plusieurs mg de protéines (dans le cas où les étapes suivantes se déroulent correctement, sinon tu peux facilement multiplier par 10). Une fois que cet objectif est atteint, tu passes à l'étape suivante
- Purifier la protéine sous une forme soluble. Ensuite, il faut purifier la protéine d'intérêt et éliminer toutes les autres. Dans la plupart des cas, c'est l'étape la plus simple, les techniques ont beaucoup progressé. Cependant, la solubilité de la protéine pose fréquemment problème. Sans parler du cas incroyablement difficile des protéines membranaires (bien entendu, elles sont totalement insolubles), beaucoup de protéines ont une forte tendance à s'agréger une fois sorties des bactéries. Il faut donc trouver le moyen de supprimer cette agrégation. Une fois que tu disposes de mg de ta protéine pure à >95% et que celle-ci est parfaitement soluble, tu peux passer à la suite.
- Cristallisation de la protéine d'intérêt. La protéine purifiée est concentrée (typiquement 10 mg/ml), puis mélangée à diverses solutions (des sels, des polymères, des petites molécules organiques, ...). En général, plusieurs centaines de mélanges différents sont effectués. Au bout de quelques jours, dans certaines conditions, des cristaux de protéines peuvent se former. Il reste alors à optimiser les conditions qui ont marché afin d'obtenir les plus gros cristaux possibles.
- Acquisition des données de diffraction Les cristaux obtenus sont congelés dans l'azote liquide, puis soumis à un rayonnement rayon X. Les cristaux vont diffracter les rayons X dans certaines directions. Un détecteur va alors capter les rayons X diffractés. L'ensemble des données de diffraction obtenues est caractérisé par sa résolution, le mot magique que l'on retrouve dans tous les papiers de structure. Un cristal de bonne qualité diffractera fortement les rayons X, ce qui donnera une bonne résolution et ce qui permettra in fine la résolution de la structure. En pratique, la résolution d'une structure est relativement simple si la résolution est inférieure à 3 Angström. Si elle est supérieure à 3,5 Angstrom, il n'y a en général rien à faire et il faut revenir aux étapes précédentes.
- Résolution de la structure Une fois que la résolution est suffisante, on peut attaquer la résolution de la structure. Il existe une relation mathématique entre les données de diffraction et les cartes 3D de densité électronique de la protéine (elles sont transformées de Fourier l'une par rapport à l'autre). Cependant, cete étape reste très complexe car les données de diffraction sont par essence incomplète et qu'il faut reconstituer l'information manquante. Une fois que les cartes ont été calculées, la protéine apparaît sous la forme de serpentins. Il ne reste plus qu'à tracer la chaîne protéique dans ce serpentin.
 
   

Merci    
 
 
Pourquoi faut-il à tout prix diffracter dans les X ?    
 
Qu'est-ce qui fait qu'une prot' diffracte plus qu'une autre à cette longueur d'onde ?

Des projets dits "de génomique structurale" ont démarré il y a quelques années (on prend un organisme et on cristallise toute ses protéines).
 
L'expérience de ce genre de projets montre qu'en sélectionnant les protéines "à priori faciles", le taux de succès est de l'ordre de 25% (franchissement de toutes les étapes que j'ai énuméré jusqu'à la structure).  
 
Pour des protéines plus délicates, des approches "sur mesure" sont quasiment toujours nécessaires pour espérer réussir.

 
   
 
 
Quel organisme ? La levure ?  
Ils expriment chaque prot' chez Coli ? T'ain le boulot    
 
J'imagine la souris    
 
 
 
 
 
 

 
si ça marche comme en chimie, en gros :
c'est pas une question d'intensité, c'est une question de pics de diffractions.
en chimie c'et sutilisé poru caractériser le reseau cristallin des structures cristallines solides.
Selon les angles de diffraction tu peux remonter à tes longueurs caractéristiques de maille cristalline par une relation mathematique, mais ds le cas des proteines doit y avoir une etape en plus du fait de la complexité des molécules ( enfin je suppose)
sinon y,a aussi une question de resolution je pense, la DrX permet d,aller ds des structures atomiques et de resoudre des ditances de l'ordre d'une liaison alors que la diffraction de neutrons ets limités à des echelles de l'ordre de kkes nm donc tros gros poru resoudre une proteine. (deja été dit par svenn plus haut il me semble)

 
 
 
On utilise des rayons X dont la longueur d'onde est voisine de 1 Angström. En utilisant ce type de longueur d'ondes, on peut donc sonder la matière à cette échelle, qui correspond à la longueur d'une liaison covalente en chimie. Ce type de longueur d'onde permet donc d'obtenir des informations à l'échelle atomique sur la protéine.
 
 

 
Un cristal n'est pas parfaitement ordonné, il a toujours des défauts. Plus ces défauts sont nombreux et importants, plus la diffraction est mauvaise.
D'une protéine à une autre, il n'y a pas vraiment moyen de savoir avant d'avoir testé le cristal. Cependant, par exemple, une protéine qui aura des régions mobiles aura tendance à se positionner de différentes façons dans le cristal, ce qui formera des défauts.

 
C'est le début, les projets les plus avancés sont à 500 succès sur 2000 tentatives (bactérie ?). Pour l'insatnt, les projets se concentrent sur des micro-organismes dont les protéinessont faciles à obtenir : E. Coli. ou levure parce que le système d'expression existe déjà. Je crois qu'il y a aussi des essais sur les hyperthermophiles dont on exprime les bactéries en E. Coli. Ces protéines sont inactives à 37°, ce qui permet d'éviter le cas très classique de la protéine toxique pour le système d'expression.
 
La souris et l'homme, je crois pas que ce soit encore en projet, mais des sous-projets sont peut-être à l'étude, par exemple les protéines impliquées dans la transduction du signal.

 
 
Merci    
 
 
Ca me fait penser qu'un labo voisin (qq metres du mien   ) bosse en molécule unique, c'est le Professeur Lilley, apparamment il arrive à une résolution proche de la cristallo mais en solution en utilisant le FRET. Sur les structures ADN/ARN ça fait un malheur.
Ils ont même réussi à visualiser en live les transition structurelles au cours d'une réaction enzymatique avec un ribozyme  

 
 
Ouais, un autre groupe dans mon institut cristallise de cette manière les protéines impliquées dans la recombinaison...

 
On utilise la même méthode que les chimistes, mais en raison de la taille des objets cristallisés, il ya un problème supplémentaire qui apparaît : la transformée de Fourier tranforme une fonction complexe en une fonction complexe, or les données enregistrées correspondent à l'amplitude de cette fonction complexe et on perd donc la phase de cette fonction. Pour les protéines, on a absolument besoin de cette phase, et il faut faire appel à diverses méthodes pour retrouver cette information.  

 
dans la phase sont contenues quelles informations ?
l'ordre des liaisons ? interactions à plus longue portée ?
Sinon vous utilisez  les outils de modélisation moleculaire pour vos proteines et avoir la DrX "théorique" ?

 
Le FRET ne donne pas accès aux mêmes infos que la cristallo ou la RMN. Le FRET permet de faire du temps réel, mais il permet uniquement de dire si deux points à la surface d'une (ou plusieurs) macromolécule bougent l'un par rapport à l'autre. C'est très pratique pour étudier des changements de conformation de protéines ou des liaisons à des ligands, mais ça ne permet pas d'avoir accès à une structure.
Quand c'est couplé à des données structurales rayon X, ça peut être une méthode très performante.