Reprise du message précédent :
Wouawh    
 
 
Cell - 16 March 2012 (Vol. 148, Issue 6, pp. 1293-1307)
Personal Omics Profiling Reveals Dynamic Molecular and Medical Phenotypes  
 
Summary
 
Personalized medicine is expected to benefit from combining genomic information with regular monitoring of physiological states by multiple high-throughput methods. Here, we present an integrative personal omics profile (iPOP), an analysis that combines genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic, and autoantibody profiles from a single individual over a 14 month period. Our iPOP analysis revealed various medical risks, including type 2 diabetes. It also uncovered extensive, dynamic changes in diverse molecular components and biological pathways across healthy and diseased conditions. Extremely high-coverage genomic and transcriptomic data, which provide the basis of our iPOP, revealed extensive heteroallelic changes during healthy and diseased states and an unexpected RNA editing mechanism. This study demonstrates that longitudinal iPOP can be used to interpret healthy and diseased states by connecting genomic information with additional dynamic omics activity.

Putain l'article c'est "bienvenu a Gattaca" on y est  

Faudra s'y faire.  
Le prix du séquençage chute de façon vertigineuse.
La question n'est pas: "est-ce que l'on aura acces a son genome pour une medecine personnalisee", mais " Quand est-ce que ca arrivera sur le marche ?"
Et c'est pour plus vite qu'on le pense.

Y'a pas que ca, ils font de la proteomique, metabolomique pendant 2 infections virales.
Ils vont meme sequencer le genome de sa mere...
 
Hallucinant  

J'avais jamais remarque que "Gattaca" c'est aussi une sequence ADN  

Bonjour,  
 
Je viens de m'inscrire au forum car j'ai besoin d'aide en ce qui concerne la biologie moléculaire. Désolée si je "casse" un peu votre discussion.  
 
Voilà je suis étudiante en bio-ingénieur et je viens de commencer des labos en biologie moléculaire.  
Nous avons effectué une purification de TAQ-polymérase, puis nous avons effectué une PCR. Nous avons reçu les résultats. Il faut maintenant que je rédige un rapport.  
 
Malheureusement, le prof n'a pas vraiment expliqué comment analyser une PCR et comme c'est ma première j'aurais besoin de quelques explications.  
 
J'ai plus ou moins compris le principe du poids moléculaire, il permet de savoir plus ou moins quel poids ont les molécules qu'on a analysées dans la PCR. Mais ça nous avance à quoi de connaître le poids de la molécule ?  
De plus que puis-je dire si ma TAQ polymérase n'a pas l'air active (absence de "barre" au test d'activité) ? Que je l'ai mal purifiée, du coup on ne peut pas la détecter ? Ou bien si elle était mal purifiée on la verrait quand même ?  
 
Je crois qu'en fait à part nous dire ce qu'il fallait faire en labo, l'assistant nous a pas dit grand chose et quand on lui posait des questions, il nous disait qu'on avait pas à comprendre mais à agir. J'aimerais quand même bien comprendre...
 
 
Merci de votre aide.

Tu sembles confondre poids moleculaire de tes prot' que tu as purifiee (tu as fait un SDS-PAGE ?) et des produits de PCR (de l'ADN donc que tu as analyses en gel d'agarose).
Perso j'ai pas le temps de t'expliquer et on fait pas d'aides au devoir sur ce forum.
Desole.
 
Peut etre une ame charitable passera par ici...

Oui c'était un SDS-PAGE. Je demande pas qu'on fasse mes devoirs mais j'espérais qu'on pourrait m'expliquer des notions qui sont un peu obscures pour moi.  
 
Enfin merci quand même et désolée pour l'interruption mal placée.

 
de la part d'un bioleux

 
 
Comment as-tu purifie ta Taq ?
Qqchose me dit que tu as juste fait bouillir tes extraits, non ?
Mais d'abord, c'est une Taq recombinante ?
Sur ton SDS-PAGE, detectes-tu une bande qui correspond a ta prot' ?
 

 
c'est mon projet pédagogique de cette année pour mes étudiants...   médecine personnalisée et traitement adapté en fonction de ton génome...

 
 
oui mais dans ce cas precis, ce n'est pas que le genome... et d'ailleurs y'a quelques surprises  

Mais enfin RykM, puis qu'on te dit que c'est une etudiantE!!
 
En gros, tu dois avoir plein de blancs en tout genre, pour vérifier que chaque parametre fonctionne bien. Donc un blanc où tu dois ne rien voir, parce que tu ne mets pas les substrats pour que ca marche, un où tu ne mets pas la Taq, pour vérifier que l'activité provient bien de ta Taq à toi, pas d'autre chose dans le mix, un blanc... et au final, le test en lui même, qui lui doit être positif. Si le résultat escompté n'est pas observé, tu dois pouvoir remonter à la source du problème en comparant donc tous les blancs. Donc en gros, tu dois pouvoir dire si tu as bien ta Taq fonctionnelle grâce à ta PCR.
 
Maintenant, pour la PCR, c'est des séquences de bases nucléotidiques que tu synthétises. Tu répliques un modèle, une séquence génétique, au moyen de ta Taq. Le poids de la molécule dépend des primers utilisés et du modèle que tu répliques. La Taq ne détermine pas le poids de ces molécules.
 
Avec le SDS-PAGE par contre, tu sépares des protéines, parmis lesquels ta Taq. Au cours de cette purification, tu as pu prendre "trop" de protéines, donc ne pas avoir une Taq pure, ou "rien" ou "pas la bonne protéine", donc soit tu ne récupères pas de protéines du tout, soit pas la bonne. À part refaire un gel avec ce que tu as purifié pour voir si tu as toujours une bande dedans, à la bonne masse, il n'y a pas trop moyen de savoir quel type d'erreur il s'agit.  
Encore une fois, si tout marche bien, tu peux réaliser une PCR avec ton extrait, donc c'est le test final: tout marche.

 
Prends un bouquin de biomol  

rabat-joie  

Oui c'est une Taq recombinante.  
On disposait d'un milieu de culture avec IPTG.  
On a fait une extraction protéique (utilisation de tampon A, solution de lysozyme, tampon B).  
Et là on a fait deux SDS-PAGE : l'un sur des extraits bruts (où on voit vraiment rien tellement y a de bandes, normal), et l'autre sur les extraits purifiés (où c'est beaucoup plus net). Sur celle-ci je vois bien ce qui devrait correspondre à la Taq y a une bande en plus dans le contrôle positif.  
Ensuite on a eu le test de l'activité de la Taq sur PCR.
 
 
Pour yamazaki :  
Merci pour tes explications, le hic c'est que dans notre PCR, on a qu'un seul résultat par groupe : ou il y a une bande ou il n'y en a tout simplement pas. Autant je comprends le SDS, autant la PCR me laisse perplexe. On a juste deux colonnes : une de PM et le résultat. Je comprends pas trop comment analyser du coup. Est-ce que ce serait correct de mettre en relation les deux analyses (SDS et PCR) ou pas ?  

 
OK ca sent bon tout ca.
 
Je suspecte que l'exercice tourne autour de tes Taq buffer.
Ils sont composes de quoi ? Y'a du magnesium ? Du DMSO ?
Tu as verifie les oligo j'imagine ?
Attention aux temperature d'annealing et d'elongation ainsi que les 10 min en fin de cycles.  

je vais faire mon vieux con, mais il faut que tu saches exactement à quoi servent les produits/composants dans tes réactifs. Car tampon A puis tampon B c'est pas très parlant  

Je pense pas que l'exercice a proprement parle soit de la purif'    
 
Moi je mise sur la reaction elle-meme, tampon, temperature etc.
 
 

 
En gros dans le A : Tris pH8 (tampon pH), du glucose et de l'EDTA.  
Dans le B : Tris pH 8, KCl, EDTA, tween 20, NP40.  
 
Pour tout ce qui est températures j'ai bien respecté le protocole.  
 

Je vois pas comment tu as purifie    
Tu as fait bouillir ? Normalement pour la Taq ca suffit car elle-seule est thermo-resistante.
Tu n'as pas dialyse a la fin ?
 
Explique-nous ta purif'  

 
 
Après l'ajout du B on a incubé à 75°C. Désolée de pas l'avoir précisé plutôt, ca explique la disparition de tout un tas de choses entre les extraits bruts et les extraits purifiés.
 
Edit : la bibliothèque va bientôt fermer, je dois y aller. Vous m'avez déjà beaucoup aidée pour un forum qui ne donne pas d'aide d'habitude. J'ai remarqué que j'avais pas fait attention à certains détails qui vous ont paru important, je vais creuser de ce côté. Merci beaucoup. Et vraiment désolée d'avoir cassé votre discussion. Comme j'avais lu "topic unique" je croyais que j'allais me faire tirer les oreilles de poster en dehors de ce topic, mais je me suis trompée.

Bordel, et le contrôle positif alors ? Vous n'avez pas mis une Taq connue pour être fonctionnelle dans votre test ?
 
L'intérêt du marqueur de taille est de déterminer si le fragment ADN possède bien la taille attendue. Parce que quand tu mets au point une PCR, tu peux tâtonner un peu avant de trouver les bonnes conditions de températures et de concentrations. Si les conditions sont mauvaises, tu n'as soit pas de bande du tout (ce qui est ton cas, et comme vous n'avez pas de contrôle positif tu ne peux pas exclure un plantage dans un pipetage / réglage) soit des bandes à des tailles non attendues témoignant d'une aspécificité d'hybridation.
 
Voilà, on t'aide et on a quoi en retour ? Hotshot a très soif tu sais ?

 
Date de naissance 91

Allons allons, à son âge tu brillais par ton breakdance en écoutant Kriss Kross. Tu en as toujours une cassette dans ton auto d'ailleurs, tu vois que tu as encore un lien avec son âge

A son âge, j'avais déjà deux papelards à mon actif et en plein dans ma période Jordi Savall
 
Putain les jeunes de nos jours ...  

Allez, te fais pas prier une montre nous une démo de ton breakdance sur Folias de Espana

Tiens pour les soiffards, sur Current Biology
 
Alcohol Consumption as Self-Medication against Blood-Borne Parasites in the Fruit Fly
 
 
 Although the high resistance of D. melanogaster may make it uniquely suited to exploit curative properties of alcohol, it is possible that alcohol consumption may have similar protective effects in other organisms.

Je fais les castagnettes avec mes roubignolles  

En fait l'animalerie de l'équipe était infestée de parasites, du coup ils ont stoppé les reproductions tout en laissant négligemment une pissette d'alcool 100 dans la boîte des mâles. Une semaine arpès, plus d'alcool, plus de parasite, boum gg 2 publis. C'est beau la Science

C'est comme ça que tu as obtenu ton poste ?

Chuis au chômage    

Chez les teutons ?

Ouais
Enfin, au "chômage" mais sans indemnités. Avec un peu de bol, j'aurai une réponse la semaine prochaine, savoir si j'ai droit à l'infâmeux Hartz IV (280€/mois whééé)

C'est mieux que les 96 au début puis 128 maintenant qu'on touche ici!
 
Puis vu ce qu'on gagne en tant que Thésards, le chômdu ou une paie, vive la différence! (vu qu'ils prennent en charge ton loyer, ton élec, tes putes, il te reste juste à payer les saucisses que tu mets sur le grill! )

heureusement, quand tu as un poste tu te rattrapes question niveau de vie  

Encore, ici, on vit pour pas cher

(280 est une estimation)
Je dois - en théorie - me démerder pour payer le loyer avec ces 280€, au cours des 3 prochains mois

Ya déjà une machine qui produit des séquencages humains complets pour 1000euros.
Comme ça on aura bientôt des backups de nos génomes sur DVD  

 
Utile en cas d'attaque de virus (ou de problème avec le RAID) : hop, restore.

 
Ouais c'est l'idée, après ya plus qu'à inventer le procédé de restauration et hop plus de cancer ni de vieillissement du noyau.
Donc faut vous mettre au boulot plutôt que de glander sur HFR !!!