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Auteur Sujet :

[topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

n°24455342
_tchip_
Posté le 02-11-2010 à 16:57:33  profilanswer
 

Reprise du message précédent :
Tu veux savoir si tes résidus sont proches pour dire si ils interagissent ou non c'est ça ?  
 
Parce que si tu as affaire à des interaction ionique, dipolaire, "hydrophobe" la proximité pour avoir une intéraction sera différente.


---------------
He likes the taste...
mood
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Posté le 02-11-2010 à 16:57:33  profilanswer
 

n°24455437
Rasthor
Posté le 02-11-2010 à 17:04:31  profilanswer
 

Oui. Mais je cherche tout type d'interaction. Meme lointaine.

n°24473716
lumi
Posté le 03-11-2010 à 23:07:17  profilanswer
 

je pense que jusqu'a 6A on peut avori des interactions oui !
 
 
sinon, pour l'instant, pas eu le courage de faire une these...
je boss dans une CRO


---------------

n°24473821
Rasthor
Posté le 03-11-2010 à 23:15:59  profilanswer
 

Une CRO ?  
http://www.austrianbeer.co.uk/images/kronenbourg.jpg
Santé ! :sol:

n°24474022
lumi
Posté le 03-11-2010 à 23:35:47  profilanswer
 

contract research organisation !


---------------

n°24475628
syr01
Hystérie connective
Posté le 04-11-2010 à 08:36:40  profilanswer
 

lumi a écrit :


sinon, pour l'instant, pas eu le courage de faire une these...


De même.. On me l'a proposé et heu... NOWAYNOWAYNOWAY [:ciler]


---------------
\o/ Haut-fait "Première Page" achevé le 28-05-2011 \o/
n°24476624
Rasthor
Posté le 04-11-2010 à 10:51:09  profilanswer
 

syr01 a écrit :


De même.. On me l'a proposé et heu... NOWAYNOWAYNOWAY [:ciler]


Raisons ? :o

n°24480257
Rasthor
Posté le 04-11-2010 à 16:07:55  profilanswer
 

Fin du debat !!! [:shimay:1]
 
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2003.08.061
 

Citation :

When looking at protein transition states, Dokholyan et al.16.  and Vendruscolo et al.15 set the Cα atoms to be the nodes, and established a link between two nodes, if the atoms were within 8.5 Å of each other. In chemical terms, however, this is a simplification of the interactions within a protein. Side-chains play the pivotal role in both forming and fixing a protein structure, and any information on their orientation is lost in an analysis based solely on Cα atoms. We, therefore, use native structures where we are able to consider each amino acid to be a node, and a link to be established between two nodes, for any two atoms from two amino acid residues that are within 5 Å of each other.


 
Donc une reponse objective a ma question de depart est 5 Å. [:dao]

n°24485207
syr01
Hystérie connective
Posté le 04-11-2010 à 22:18:53  profilanswer
 


Jouons là à l'envers. Donne moi des raisons de me lancer dans une thèse plutôt :o


---------------
\o/ Haut-fait "Première Page" achevé le 28-05-2011 \o/
n°24485306
Rasthor
Posté le 04-11-2010 à 22:22:46  profilanswer
 

syr01 a écrit :

Jouons là à l'envers. Donne moi des raisons de me lancer dans une thèse plutôt  
:o


 
Facile: le titre, le prestige, la gloire, les femmes et le champagne. [:hank hullet-derire]
 
Et en bonus, ça fait la fierté de tes parents qui viennent assister à ta soutenance après 3-4 ans de pseudo-dur labeur.
 
 
Ca me semble de bonnes raisons, non ? :o

mood
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Posté le 04-11-2010 à 22:22:46  profilanswer
 

n°24485395
syr01
Hystérie connective
Posté le 04-11-2010 à 22:27:15  profilanswer
 

Boire une coupe de mousseux entre deux PCR ('faut pas perdre de temps 'faut pas perdre de temps 'faut pas perdre de temps) dans des flûtes en plastique en compagnie de la stagiaire de BTS pour fêter la réduction budgétaire qui est plus faible que celle du labo voisin... Rashtor, tu me fais rêver [:mullet]


---------------
\o/ Haut-fait "Première Page" achevé le 28-05-2011 \o/
n°24485490
Rasthor
Posté le 04-11-2010 à 22:31:26  profilanswer
 

Plus sérieusement:  
c'est le titre universitaire le plus élevé possible. Comme le CMAS 4* en plongée. Après cela, c'est professeur/instructeur.
 
Ce titre confirme aussi que tu as les capacités de faire de la recherche, car tu es jugé par un comité scientifique.
 
En plus, il est indispensable pour continuer en recherche académique.
 
Même dans le privé, certains jobs sont valables uniquement avec une thèse. En dessous, ils n'entrent même pas en matière.
 
Bien sur, tout ça reste dans une optique de recherche scientifique. J'ai plein d'amis qui n'ont pas de thèse et qui travaillent dans le privé sur des domaines très intéressants. (mais ils n'ont le droit ni au champagne ni aux filles. :O ).

n°24485569
Rasthor
Posté le 04-11-2010 à 22:34:23  profilanswer
 

syr01 a écrit :

Boire une coupe de mousseux entre deux PCR ('faut pas perdre de temps 'faut pas perdre de temps 'faut pas perdre de temps) dans des flûtes en plastique en compagnie de la stagiaire de BTS pour fêter la réduction budgétaire qui est plus faible que celle du labo voisin... Rashtor, tu me fais rêver [:mullet]


Évidement, mon exemple n'est peut-être pas transférable à la France. [:obsydiankenobi:3]
Mais en Suisse, ça marche très bien. Entre fêter la nomination d'untel ou l'enveloppe budgétaire d'1 million de francs de tel autre, y'a de honte à fêter ça après le travail.  [:cosmoschtroumpf]

n°24485816
Rasthor
Posté le 04-11-2010 à 22:45:45  profilanswer
 

C'est la différence entre des nations traditionnelles comme la France et des nations dite technologique, comme la Californie ou la Suisse.

 

En France, le PS a a tendance à monter (ou ne pas baisser) le budget des uni et de la recherche publique, la droite va le baisser au profit du privé:
http://www.sauvonslarecherche.fr/spip.php?article1878

 


A l'inverse, tant la droite que la gauche en Californie ou en Suisse va augmenter (ou ne pas baisser) le budget de la recherche fondamentale. Car il est reconnu qu'une forte concentration de labos et de chercheur attirent les entreprises et les financements. Il y a une sorte d'émulation.

 

Exemple:

 

http://www.news.admin.ch/message/i [...] g-id=10359

 

21,2 milliards pour la formation, la recherche et l’innovation

Citation :

Berne, 24.01.2007 - Le Conseil fédéral a transmis au Parlement son message relatif à l’encouragement de la formation, de la recherche et de l’innovation (FRI) pendant les années 2008 à 2011. Il y propose onze arrêtés fédéraux ouvrant des crédits d’engagement d’un montant total de 20,001 milliards de francs. Compte tenu des crédits déjà votés par le Parlement pour la participation aux programmes de recherche de l’UE, les dépenses fédérales dans le domaine FRI se monteraient ainsi à 21,204 milliards de francs pour la période 2008-2011. Le 25 octobre 2006, le Conseil fédéral avait décidé que l’augmentation annuelle moyenne serait de 6 % à partir de 2008, répondant à la volonté du Parlement d’augmenter sensiblement le budget d’encouragement du domaine FRI. Les politiques proposées par le Conseil fédéral visent à poursuivre le développement du système suisse de formation et de recherche et à renforcer sa compétitivité internationale. Une coopération plus étroite avec les cantons et l’augmentation des fonds de recherche alloués par compétition serviront à accroître l’efficacité des financements.



Message édité par Rasthor le 04-11-2010 à 23:26:18
n°24486222
the veggie​ boy
Who's taking my Lorazepam?
Posté le 04-11-2010 à 23:13:31  profilanswer
 

émulation, pas émulsion
 
émulsion c'est quand tu montes des oeufs en neige.
 
Bon si tout se passe bien, je devrais bientôt être engagé comme bioinformaticien (dans le privé, pas de phd et tout le tralala, mais je serai mieux payé...) ;)


---------------
blacklist
n°24486271
uriel
blood pt.2
Posté le 04-11-2010 à 23:16:16  profilanswer
 

Rasthor a écrit :


Même dans le privé, certains jobs sont valables uniquement avec une thèse. En dessous, ils n'entrent même pas en matière.\


meme si il est (selon moi) pas necessaire, j'ai ete embauché grace a mon titre par exemple [:petrus75]


---------------
IVG en france
n°24486392
Rasthor
Posté le 04-11-2010 à 23:23:43  profilanswer
 

the veggie boy a écrit :

émulation, pas émulsion
émulsion c'est quand tu montes des oeufs en neige.


Bah, c'est un peu la même choix. :o
 

Citation :

Bon si tout se passe bien, je devrais bientôt être engagé comme bioinformaticien (dans le privé, pas de phd et tout le tralala, mais je serai mieux payé...) ;)


Joli. :jap:
 
Tu fais de la bioinfo toi maintenant ? Quel domaine ?
Et ca serait dans quelle boite ? (mp si tu préfères).

n°24486402
Rasthor
Posté le 04-11-2010 à 23:24:19  profilanswer
 

uriel a écrit :


meme si il est (selon moi) pas necessaire, j'ai ete embauché grace a mon titre par exemple [:petrus75]


Ouaip. :o

n°24486407
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 04-11-2010 à 23:24:24  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

Plus sérieusement:  
c'est le titre universitaire le plus élevé possible. Comme le CMAS 4* en plongée. Après cela, c'est professeur/instructeur.
 


 
 :non: le titre universitaire le plus élevé, c'est l'HDR.


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°24486425
Rasthor
Posté le 04-11-2010 à 23:25:02  profilanswer
 

C'est comme moi. Pour mon job actuel, obligé d'avoir fait une thèse.
Bon, forcément, c'est un post-doc. [:tinostar]

n°24486441
Rasthor
Posté le 04-11-2010 à 23:25:44  profilanswer
 

merlin_67 a écrit :


 
 :non: le titre universitaire le plus élevé, c'est l'HDR.


Je parle au niveau international. [:spamafote]

n°24486484
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 04-11-2010 à 23:27:55  profilanswer
 

Rasthor a écrit :


Je parle au niveau international. [:spamafote]


 ;)


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°24488086
the veggie​ boy
Who's taking my Lorazepam?
Posté le 05-11-2010 à 08:59:00  profilanswer
 

Rasthor a écrit :


Bah, c'est un peu la même choix. :o
 

Citation :

Bon si tout se passe bien, je devrais bientôt être engagé comme bioinformaticien (dans le privé, pas de phd et tout le tralala, mais je serai mieux payé...) ;)


Joli. :jap:
 
Tu fais de la bioinfo toi maintenant ? Quel domaine ?
Et ca serait dans quelle boite ? (mp si tu préfères).


En fait j'ai fait des études dans ce domaine (je suis diplômé ingénieur civil biomédical de l'ULg, je me suis spécialisé en bioinfo, j'ai fait un tfe sur le réseau OMIM et l'apprentissage automatique).
Mais là je bossais dans l'informatique bancaire faute de mieux :vomi:
Je pensais avoir définitivement tiré un trait sur le côté scientifique et tout ça, et faire de l'IT toute ma vie... puis j'ai vu cette offre d'emploi, et j'ai directement sauté dessus.
Je dois avoir des nouvelles d'ici très peu de temps... dès que j'ai signé je te dis où c'est ;)


---------------
blacklist
n°24492669
Rasthor
Posté le 05-11-2010 à 15:38:08  profilanswer
 

http://www.nature.com/naturejobs/2 [...] -126a.html
 
Switzerland's universities and biotech and pharma prowess make it an attractive destination for researcher talent.
 
[:spamafoote]

n°24496335
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 05-11-2010 à 21:12:12  profilanswer
 

[quotemsg=24492669,9346,64975]http://www.nature.com/naturejobs/2010/101104/full/nj7320-126a.html
 
Switzerland's universities and biotech and pharma prowess make it an attractive destination for researcher talent.
 
[:spamafoote][/quotemsg
 
si tu aimes travailleux pour un gueux, pour exciter des sots...


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°24497702
syr01
Hystérie connective
Posté le 05-11-2010 à 22:34:25  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

Plus sérieusement:  
c'est le titre universitaire le plus élevé possible. Comme le CMAS 4* en plongée. Après cela, c'est professeur/instructeur.
 
Ce titre confirme aussi que tu as les capacités de faire de la recherche, car tu es jugé par un comité scientifique.
 
En plus, il est indispensable pour continuer en recherche académique.
 
Même dans le privé, certains jobs sont valables uniquement avec une thèse. En dessous, ils n'entrent même pas en matière.
 
Bien sur, tout ça reste dans une optique de recherche scientifique. J'ai plein d'amis qui n'ont pas de thèse et qui travaillent dans le privé sur des domaines très intéressants. (mais ils n'ont le droit ni au champagne ni aux filles. :O ).


Il se trouve que l'académique ne m'attire pas. Que "le plus haut niveau" c'est pas ce qui met Marcel (c'est son petit nom) en émoi. Qu'une thèse c'est 3 voire 4 ans de no-life pour publier publier publier et qu'écrire des papiers à tout prix est loin de mes ambitions. Et puis, une thèse aujourd'hui c'est quoi... l'assurance de faire deux post docs derrière ?  
 
Bref, une thèse bien menée c'est pour moi un boulot de titan, et même si j'aime mon boulot, je ne me sens pas de me lancer dans de tels travaux. Surtout si proche de la trentaine :D
 
D'ailleurs Rashtor, fais nous rêver un peu plus... C'est quoi une grille de salaire "classique" pour technicien / cadre / ingé / chercheur en Suisse ?


---------------
\o/ Haut-fait "Première Page" achevé le 28-05-2011 \o/
n°24498735
Rasthor
Posté le 05-11-2010 à 23:07:19  profilanswer
 

syr01 a écrit :


Il se trouve que l'académique ne m'attire pas. Que "le plus haut niveau" c'est pas ce qui met Marcel (c'est son petit nom) en émoi. Qu'une thèse c'est 3 voire 4 ans de no-life pour publier publier publier et qu'écrire des papiers à tout prix est loin de mes ambitions. Et puis, une thèse aujourd'hui c'est quoi... l'assurance de faire deux post docs derrière ?  
 
Bref, une thèse bien menée c'est pour moi un boulot de titan, et même si j'aime mon boulot, je ne me sens pas de me lancer dans de tels travaux. Surtout si proche de la trentaine :D


Bah, pendant ma thèse, je suis quand même sorti, rencontré une femme, me suis marié avec, fait la fête, parti en vacances, etc...  
Mais bon, c'est la bioinfo, c'est un peu différent de la biol mol classique. [:dao]
 

Citation :

D'ailleurs Rashtor, fais nous rêver un peu plus... C'est quoi une grille de salaire "classique" pour technicien / cadre / ingé / chercheur en Suisse ?


 
Y'a le site du salarium. Vous pouvez aller y faire un tour:
http://www.lohnrechner.bfs.admin.c [...] px?lang=fr
 
Par exemple, un biologiste de 30 ans en pharma à Bale gagne en moyenne 8578 par mois en brut. Soit 6360 euros brut par mois.
 
 
 
 Sélectionné  Ajouté par défaut*
Branche économique :  73 .........Recherche et développement  
Région :  Suisse du Nord-Ouest (BS, BL, AG)  
Activité :  Recherche et développement  
Niveau de qualification :  Connaissances professionnelles spécialisées  
Position professionnelle:  Cadre supérieur et moyen  
Temps de travail (heures):  41.50  
Formation :  Haute école universitaire (UNI, EPF)  
Age :  30  
Années de service :  1  
Sexe :   Homme
Statut de séjour :  Suisse  
Taille de l’entreprise :  50 employés et plus  
Versement :  12 salaires mensuels  
Bonis :  Non  
Salaire horaire / salaire mensuel :   Salaire mensuel


Message édité par Rasthor le 05-11-2010 à 23:08:03
n°24498901
syr01
Hystérie connective
Posté le 05-11-2010 à 23:13:31  profilanswer
 

3.5 [:ciler] un facteur 3.5 sur mon salaire [:ciler]²²²


---------------
\o/ Haut-fait "Première Page" achevé le 28-05-2011 \o/
n°24499025
Rasthor
Posté le 05-11-2010 à 23:17:31  profilanswer
 

Faut enlever 15% pour avoir le salaire net.
Puis garder 1 à 2 salaire pour les impôts.
 
Pis y'aussi les assurances maladies qui sont assez chères. Et le loyer. Et la bouffe. Et le reste.
 
Mais mis l'un dans l'autre, ça reste quand même bien avantageux par rapport aux autres pays. :D

n°24499081
syr01
Hystérie connective
Posté le 05-11-2010 à 23:19:25  profilanswer
 

Rasthor a écrit :


Puis garder 1 à 2 salaire pour les impôts.
 
Pis y'aussi les assurances maladies qui sont assez chères. Et le loyer. Et la bouffe. Et le reste.


Tout dépend de quel côté de la frontière tu as décidé de faire construire ton château fort [:petrus75]


---------------
\o/ Haut-fait "Première Page" achevé le 28-05-2011 \o/
n°24499150
babysnoopy
Posté le 05-11-2010 à 23:21:07  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

En structure des proteines, c'est deja quoi la distance maximale admise entre deux residus
pour considerer qu'ils aient une interaction/effet l'un sur l'autre ? 6 Angstroms ?


 
en modélisation moléculaire, la liste des paires d'atomes pour le calcul des interactions non-liantes (electrostat. et VDW) sont calculés dans un rayon de 12 ang. (valeur assez courante)

n°24499167
Rasthor
Posté le 05-11-2010 à 23:21:35  profilanswer
 

Les profs de Fac sont par contre pas très bien payé.
 
A Lausanne par exemple, le minimum est 115'385.00 CHF, soit 9615 brut. Soit 7,129.29 euros brut/mois.
Mais bon, tu deviens prof entre 35 et 40 ans.

n°24499237
Rasthor
Posté le 05-11-2010 à 23:23:34  profilanswer
 

babysnoopy a écrit :

en modélisation moléculaire, la liste des paires d'atomes pour le calcul des interactions non-liantes (electrostat. et VDW) sont calculés dans un rayon de 12 ang. (valeur assez courante)

Ah ouais, ça double la valeur de mon rayon d'action. Faudra que je teste.
Tu as une référence là-dessus ?  

n°24499919
babysnoopy
Posté le 05-11-2010 à 23:49:03  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

Ah ouais, ça double la valeur de mon rayon d'action. Faudra que je teste.
Tu as une référence là-dessus ?  


 
ben moi je travail avec cette valeur, c'est la valeur que je retrouve communément dans les articles.
Précision sur mes calculs : je travail sur une enzyme en "tout-atome", degrés de théorie de la "mécanique moléculaire"
12 ang. c'est aussi la valeur que l'on trouve dans le manuel de CHARMM.
 
"non-bonded list interaction" dans google devrait donner pas mal d'informations.
 
maintenant, il faut faire attention de ne passe se fier à des calculs trop anciens où les modélisateurs auraient été un peu chiche sur la liste des paires, pour accélérer les temps de calculs de leurs petits CPUs.

n°24519109
Hephaestos
Sanctis Recorda, Sanctis deus.
Posté le 08-11-2010 à 11:24:26  profilanswer
 

merlin_67 a écrit :


 
 :non: le titre universitaire le plus élevé, c'est l'HDR.


Non. Le HDR c'est le diplôme le plus élevé, il n'y a pas de titre correspondant. Le titre le plus élevé, c'est professeur, il n'y a pas de diplôme correspondant.

n°24519162
Rasthor
Posté le 08-11-2010 à 11:27:20  profilanswer
 

C'est que je disais.
En plongee, tu as les niveaux de 1 a 4. Le PhD correspond au niveau 4.
Apres, tu passes en mode instructeur. Ce qui correspond au statut de professeur.

n°24519228
Hephaestos
Sanctis Recorda, Sanctis deus.
Posté le 08-11-2010 à 11:32:22  profilanswer
 

Bah tu peux retourner le truc dans le sens que tu veux, la thèse n'est ni le diplôme le plus élevé, ni le titre le plus élevé [:dks:1] C'est le titre le plus élevé qu'on peut obtenir par un diplôme, éventuellement [:transparency]

n°24519293
Rasthor
Posté le 08-11-2010 à 11:37:06  profilanswer
 

Hephaestos a écrit :

Bah tu peux retourner le truc dans le sens que tu veux, la thèse n'est ni le diplôme le plus élevé, ni le titre le plus élevé [:dks:1] C'est le titre le plus élevé qu'on peut obtenir par un diplôme, éventuellement [:transparency]


En Suisse, c'est le diplome le plus eleve. [:cosmoschtroumpf]

n°24521845
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 08-11-2010 à 14:59:04  profilanswer
 

Hephaestos a écrit :


Non. Le HDR c'est le diplôme le plus élevé, il n'y a pas de titre correspondant. Le titre le plus élevé, c'est professeur, il n'y a pas de diplôme correspondant.


bah pour être prof, l'HDR est obligatoire, ou son ancêtre, la thèse d'état.
[troll]  
Ensuite, Docteur, c'est aussi un grade.
[/troll]


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°24524597
The_crying​_freeman
Posté le 08-11-2010 à 18:12:47  profilanswer
 

J'aimerai recup un bon paquet de PDF de 3 magazines sur science direct via ma Fac, tous les numéros en fait :D
Mais je dois les recup un par un , c'est fastidieux ... Il n'y a pas une option pour tout telecharger d'un coup , j'ai chercher mais je n'ai pas trouver , mais je n'ai jamais visiter le site auparavant , donc j'ai ptet rater quelque chose ... Quelqu'un connait ?

n°24524664
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 08-11-2010 à 18:18:54  profilanswer
 

Envoie l'article et je te dis ca dans la seconde. Enfin c'est pas compliqué un flavo.

mood
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