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Auteur Sujet :

[topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

n°21517863
Rasthor
Posté le 11-02-2010 à 15:07:29  profilanswer
 

Reprise du message précédent :

Svenn a écrit :

Quand j´ai commence la recherche,  j´ai visite un certain nombre de labos (comme tout le monde), puis j´ai reduit ma liste a deux qui me plaisaient particulierement et j´ai finalement choisi l´un des deux. Je crois que j´ai fait le bon choix, le chercheur qui m´avait recu dans l´autre labo et qui m´aurait ensuite encadre vient d´etre mis sous les verroux pour un meurtre presume [:petrus75]


Fait péter le nom en mp. :O

mood
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Posté le 11-02-2010 à 15:07:29  profilanswer
 

n°21518411
Profil sup​primé
Posté le 11-02-2010 à 15:41:01  answer
 

Rasthor a écrit :


Fait péter le nom en mp. :O


Svenn veut bien, mais après te l'avoir révélé il faudra qu'il te tue.
 
 [:oh shi-]

n°21518661
Svenn
Posté le 11-02-2010 à 15:53:44  profilanswer
 


 
On n´a rien sans rien [:cosmoschtroumpf]

n°21521017
_tchip_
Posté le 11-02-2010 à 18:40:50  profilanswer
 

Svenn a écrit :

Quand j´ai commence la recherche,  j´ai visite un certain nombre de labos (comme tout le monde), puis j´ai reduit ma liste a deux qui me plaisaient particulierement et j´ai finalement choisi l´un des deux. Je crois que j´ai fait le bon choix, le chercheur qui m´avait recu dans l´autre labo et qui m´aurait ensuite encadre vient d´etre mis sous les verroux pour un meurtre presume [:petrus75]


Nous on a une condamnation pour proxénétisme [:julm3] qui dit mieux ?

Message cité 1 fois
Message édité par _tchip_ le 11-02-2010 à 18:41:01

---------------
He likes the taste...
n°21521095
Profil sup​primé
Posté le 11-02-2010 à 18:45:45  answer
 

Putain moi qui pensais qu'on s'devait s'faire chier à mort dans un labo [:implosion du tibia]

n°21521431
Svenn
Posté le 11-02-2010 à 19:17:16  profilanswer
 

_tchip_ a écrit :


Nous on a une condamnation pour proxénétisme [:julm3] qui dit mieux ?


 
Au moins, ca permet des rentrees d'argent plus stables pour le labo que la dotation du gouvernement :o

n°21521946
Rasthor
Posté le 11-02-2010 à 20:09:57  profilanswer
 

Svenn a écrit :

 

Au moins, ca permet des rentrees d'argent plus stables pour le labo que la dotation du gouvernement :o


C'est pas comme chez nous où on a un qui a claqué tout son grant dans des livres rares.

 

Il a même droit à son wiki: http://fr.wikipedia.org/wiki/Julien_Bogousslavsky [:implosion du tibia]

 

Je vous dis pas le bordel que ça a foutu dans les institutions lausannoises. Tous les services de compta sont désormais contrôlés et recontrôlés. :O


Message édité par Rasthor le 11-02-2010 à 20:12:20
n°21523311
_tchip_
Posté le 11-02-2010 à 22:24:24  profilanswer
 

Pas mal, un candidat pour le thésard qui produit de la coke/hero à la paillasse ?


---------------
He likes the taste...
n°21524258
uriel
blood pt.2
Posté le 12-02-2010 à 00:15:14  profilanswer
 

plop :O
 
 
 je cherche un bon bouquin ou reference online sur tout ce qui est assay/screening et surtout les methodes d'analyse et stats par dessus: IC 50, IC50 etc...  
 
 merci [:romf]


---------------
IVG en france
n°21539275
Rasthor
Posté le 13-02-2010 à 11:10:01  profilanswer
 

La neurobiologie rend-t-elle fou ? Oui. :o

 

Une prof de biologie ouvre le feu dans une université américaine: 3 morts

 

http://www.24heures.ch/actu/monde/ [...] 2010-02-13

Message cité 1 fois
Message édité par Rasthor le 13-02-2010 à 11:10:29
mood
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Posté le 13-02-2010 à 11:10:01  profilanswer
 

n°21539308
Svenn
Posté le 13-02-2010 à 11:20:05  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

La neurobiologie rend-t-elle fou ? Oui. :o
 
Une prof de biologie ouvre le feu dans une université américaine: 3 morts  
 
http://www.24heures.ch/actu/monde/ [...] 2010-02-13


 
Ca prouve au moins que l'anxiolytique sur lequel elle travaillait n'est pas au point [:spamafoote]

n°21540792
_tchip_
Posté le 13-02-2010 à 15:38:57  profilanswer
 

Pour une fois que c'est pas un élève :o


---------------
He likes the taste...
n°21540839
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 13-02-2010 à 15:48:19  profilanswer
 

J'aurais tendance à dire que c'est le facteur "Amérique" qui prévaut...  
Faudrais faire une ACP et voir les critères prédominants. :o

n°21625899
RykM
t'as de beaux gènes, tu sais..
Posté le 20-02-2010 à 13:41:38  profilanswer
 

Ces chercheurs qui refusent des primes de milliers d'euros
Par Augustin Scalbert | Rue89 | 20/02/2010 | 12H00
 
Un biologiste, un physicien et une chimiste ont refusé des milliers d'euros, ils demandent que tous les chercheurs en profitent.  
 
 
 
 
Ils sont déjà trois à avoir envoyé une lettre pour refuser plusieurs dizaines de milliers d'euros de « prime d'excellence scientifique ». Discrètement, d'autres préparent le même geste. Chercheurs médaillés du CNRS, travaillant dans des laboratoires d'universités, de Polytechnique, Normale Sup ou Sciences-Po, ils demandent que les fonds soient alloués au recrutement et à la revalorisation salariale dans tout le secteur.
 
La classe  :sol:

n°21626035
Profil sup​primé
Posté le 20-02-2010 à 14:05:29  answer
 

RykM a écrit :

Ces chercheurs qui refusent des primes de milliers d'euros
Par Augustin Scalbert | Rue89 | 20/02/2010 | 12H00
 
Un biologiste, un physicien et une chimiste ont refusé des milliers d'euros, ils demandent que tous les chercheurs en profitent.  
 
 
 
 
Ils sont déjà trois à avoir envoyé une lettre pour refuser plusieurs dizaines de milliers d'euros de « prime d'excellence scientifique ». Discrètement, d'autres préparent le même geste. Chercheurs médaillés du CNRS, travaillant dans des laboratoires d'universités, de Polytechnique, Normale Sup ou Sciences-Po, ils demandent que les fonds soient alloués au recrutement et à la revalorisation salariale dans tout le secteur.
 
La classe  :sol:


 
C'est peut-être le milieu de la Recherche qui est encore le plus imperméable à la mentalité sarkozyenne toutpourmoicasstoipovcon, et où le bling bling c'est quand t'as ta centrifugeuse qui broie de l'erlenmeyer:o


Message édité par Profil supprimé le 20-02-2010 à 14:05:56
n°21691465
kuwabara
Posté le 25-02-2010 à 22:00:19  profilanswer
 

Connaissez-vous de bons sites d'offres d'emploi en biologie pour les pays étrangers ?
 
Merci !

n°21714573
quakef
fraîcheur de vivre...
Posté le 28-02-2010 à 01:50:49  profilanswer
 

kuwabara a écrit :

Connaissez-vous de bons sites d'offres d'emploi en biologie pour les pays étrangers ?
 
Merci !


www.nature.com/naturejobs


---------------
Why are you wearing that stupid man suit?
n°21718256
kuwabara
Posté le 28-02-2010 à 18:36:04  profilanswer
 

Merci ! :jap:

n°21725217
Rasthor
Posté le 01-03-2010 à 12:11:52  profilanswer
 

http://www.phdcomics.com/comics/archive/phd030110s.gif

n°21738979
Citronnier
Posté le 02-03-2010 à 11:29:09  profilanswer
 

Quelqu'un travaille sur le rat/souris avec un FACS  [:rion]  ? Où est ce que vous prélevez?
 
Est ce que vous savez si on a suffisamment de cellules avec un prélèvement sur la veine saphène pour faire un FACS (voire WBlot) ?

Message cité 2 fois
Message édité par Citronnier le 02-03-2010 à 11:29:59
n°21739013
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 02-03-2010 à 11:32:17  profilanswer
 

Citronnier a écrit :

Quelqu'un travaille sur le rat/souris avec un FACS  [:rion]  ? Où est ce que vous prélevez?
 
Est ce que vous savez si on a suffisamment de cellules avec un prélèvement sur la veine saphène pour faire un FACS (voire WBlot) ?


je dirais de prime abord oui et largement pour un WB. Pour le facs, le tout est de pouvoir récupérer suffisamment de cellules en suspension, c'est peut être plus chaud; je n'ai pas travaillé sur tissu dur en FACS.


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°21739109
Citronnier
Posté le 02-03-2010 à 11:40:08  profilanswer
 

Merci pour ta réponse  :jap:  
Tu preleves sur la veine saphène ou ailleurs ?

n°21739432
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 02-03-2010 à 11:57:39  profilanswer
 

Citronnier a écrit :

Merci pour ta réponse  :jap:  
Tu preleves sur la veine saphène ou ailleurs ?


je n'ai pas travaillé spécifiquement sur ce tissu, je vois juste la taille que cela peut faire  ;) . Le mieux est de regarder dans la biblio, et éventuellement de contacter les personnes spécialistes. En facs il faut quand même pas mal de matos, donc si tu veux multiplier les conditions en plus... mais si tu as l'outil sous la main, tu as des résultats plus facilement analysables que par western (anticorps dépendant tout de même).


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°21739550
Citronnier
Posté le 02-03-2010 à 12:04:01  profilanswer
 

non non je veux pas le tissu veineux.. Juste le sang issu de la veine. Si tu travaillais sur le sang, où prélevais tu en fait?

n°21739711
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 02-03-2010 à 12:16:14  profilanswer
 

Citronnier a écrit :

non non je veux pas le tissu veineux.. Juste le sang issu de la veine. Si tu travaillais sur le sang, où prélevais tu en fait?


ah OK après le tout est de savoir si tu saignes à blanc ou non.
Et sur quelles cellules sanguines tu bosses.
De mémoire, c'est confort de bosser à une concentration de 100 à 500 000 cellules/ mL


---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°21739928
Citronnier
Posté le 02-03-2010 à 12:42:55  profilanswer
 

Sur les leucocytes. Saigner à blanc ou pas, ça dépend si le sang de la veine saphène sera suffisant (peut-être pas).
 
EDIT : Humm, chez le rat: 20 000 GB/mL. Donc il faudrait prélever au mieux 25mL de sang   [:tibo2002]

Message cité 1 fois
Message édité par Citronnier le 02-03-2010 à 13:08:24
n°21740667
merlin_67
Arrangeur d'angles farfelus
Posté le 02-03-2010 à 13:40:46  profilanswer
 

Citronnier a écrit :

Sur les leucocytes. Saigner à blanc ou pas, ça dépend si le sang de la veine saphène sera suffisant (peut-être pas).

 

EDIT : Humm, chez le rat: 20 000 GB/mL. Donc il faudrait prélever au mieux 25mL de sang   [:tibo2002]


oui mais tu concentres sur ton gradient de ficoll. Ensuite tu peux utiliser moins de cellules, j'ai dit "dans l'idéal".
Ensuite je en comprends pas ton soucis de saphène. Si tu sacrifies l'animal, tu piques direct en intracardiaque. Si tu veux qu'il survive, c'est plus tendu saphène ou extrémité caudale, et après tu t'adapte en fonction de ta qté de matos épicétout  [:cloud_]


Message édité par merlin_67 le 02-03-2010 à 13:41:13

---------------
Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.
n°21758498
quakef
fraîcheur de vivre...
Posté le 03-03-2010 à 19:54:32  profilanswer
 

Citronnier a écrit :

Quelqu'un travaille sur le rat/souris avec un FACS  [:rion]  ? Où est ce que vous prélevez?

 

Est ce que vous savez si on a suffisamment de cellules avec un prélèvement sur la veine saphène pour faire un FACS (voire WBlot) ?


je bosse sur la souris, en FACS et WB. je preleve principalement les ganglions lymphatiques, je n utilise le sang que pour mes genotypages.
en ce qui concerne le nombre de cellules il t en faudra nettement plus pour faire un WB qu un FACS. donc je pense qu avec un prelevement tu devrais avoir suffisamment pour ton FACS (ca depend un peu du type de cellules que tu vexu analyser evidemment).

 

EDIT: avec les lymphocytes tu peux utiliser 100 a 500000 cellules comme suggere...


Message édité par quakef le 03-03-2010 à 19:56:36

---------------
Why are you wearing that stupid man suit?
n°21759795
Profil sup​primé
Posté le 03-03-2010 à 21:48:15  answer
 

Problème de fax ou de souris, c'est sur la cat 'Hardware - Périphériques', merci.

n°21803582
Rasthor
Posté le 08-03-2010 à 09:36:37  profilanswer
 

Une question pour les cristallo. :O
 
J'ai une structure avec des cations dedans (K+, Na+, Rb+, Mg++).
Y'a des moyens de calculs qui permettraient de savoir ces ion se sentent bien dans leur coin ? Je voudrais voir ce que ça change si je mute une Asparagine- par une Lysine+. Il devrait y avoir une hausse de l'énergie deltaG, donc déstabilisation. Mais y'a des outils qui prennent en compte les ions dans le calculs ?

n°21803878
Svenn
Posté le 08-03-2010 à 10:20:59  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

Une question pour les cristallo. :O
 
J'ai une structure avec des cations dedans (K+, Na+, Rb+, Mg++).
Y'a des moyens de calculs qui permettraient de savoir ces ion se sentent bien dans leur coin ? Je voudrais voir ce que ça change si je mute une Asparagine- par une Lysine+. Il devrait y avoir une hausse de l'énergie deltaG, donc déstabilisation. Mais y'a des outils qui prennent en compte les ions dans le calculs ?


 
Ca existe surement mais je ne connais pas les programmes correspondants. Si j´avais ce genre de probleme a resoudre en temps que cristallographe, je ferais un scan de fluorescence dans les rayons X sur la proteine en solution. Ca permettrait de detecter K+ et Rb+, par contre Na+ et Mg2+ sont trop petits pour cette technique. Pour Mg2+, il y a toujours moyen de se baser sur les coordinations, par contre Na+ a quasiment les memes coordinations que l´eau et il n´y a pas grand chose a faire. Dans >90% des cas, les ions Na+ sont probablement interpretes a tort comme des molecules d´eau dans la PDB.

n°21811335
yamazaki
Still just a rat in a cage?
Posté le 08-03-2010 à 20:23:08  profilanswer
 

Est-ce qu'il existe une base de données des spectres UV-Vis, ou est-ce qu'on est obligé pour chaque composé, soit de l'avoir en rayon et de le faire soi-même, soit de se taper des heures à la recherche d'une publi qui ait l'obligence de présenter un truc pas trop pourri?

n°21876760
lumi
Posté le 14-03-2010 à 19:30:17  profilanswer
 

Rasthor a écrit :

Une question pour les cristallo. :O
 
J'ai une structure avec des cations dedans (K+, Na+, Rb+, Mg++).
Y'a des moyens de calculs qui permettraient de savoir ces ion se sentent bien dans leur coin ? Je voudrais voir ce que ça change si je mute une Asparagine- par une Lysine+. Il devrait y avoir une hausse de l'énergie deltaG, donc déstabilisation. Mais y'a des outils qui prennent en compte les ions dans le calculs ?


 

Svenn a écrit :


 
Ca existe surement mais je ne connais pas les programmes correspondants. Si j´avais ce genre de probleme a resoudre en temps que cristallographe, je ferais un scan de fluorescence dans les rayons X sur la proteine en solution. Ca permettrait de detecter K+ et Rb+, par contre Na+ et Mg2+ sont trop petits pour cette technique. Pour Mg2+, il y a toujours moyen de se baser sur les coordinations, par contre Na+ a quasiment les memes coordinations que l´eau et il n´y a pas grand chose a faire. Dans >90% des cas, les ions Na+ sont probablement interpretes a tort comme des molecules d´eau dans la PDB.


 
 
oulaaaa, je suis en stage en cristallo, fin de master, mais j'ai encore plein de choses a apprendre apparemment


---------------

n°21900083
hephaestos
Sanctis Recorda, Sanctis deus.
Posté le 16-03-2010 à 17:02:47  profilanswer
 

Du monde pour discuter en privé de cette publi (mon email est dans mon profil) ?

 

http://www.opticsinfobase.org/view [...] 6513&seq=0

Message cité 1 fois
Message édité par hephaestos le 16-03-2010 à 17:03:02
n°21903683
Profil sup​primé
Posté le 16-03-2010 à 21:38:38  answer
 

hephaestos a écrit :

Du monde pour discuter en privé de cette publi (mon email est dans mon profil) ?
 
http://www.opticsinfobase.org/view [...] 6513&seq=0


Hé bien je l'ai trouvée... très fascinante :o

n°21907322
Rasthor
Posté le 17-03-2010 à 09:32:41  profilanswer
 

http://www.phdcomics.com/comics/archive/phd031510s.gif
 
 
 [:xp1700]

n°21907398
Profil sup​primé
Posté le 17-03-2010 à 09:42:38  answer
 

Génial :love:

n°21910015
sir_lune
B3LYP/6-31++G** powered
Posté le 17-03-2010 à 13:05:03  profilanswer
 

c'est une assez bonne description je trouve [:petrus75]

n°21921188
lumi
Posté le 18-03-2010 à 11:23:06  profilanswer
 

ahah super !! :)
 
 
sinon, est ce que vous auriez une publi sur le "dehumidifier" en cristallo ?
merci d'avance


---------------

n°21921301
Svenn
Posté le 18-03-2010 à 11:32:02  profilanswer
 

lumi a écrit :

ahah super !! :)
 
 
sinon, est ce que vous auriez une publi sur le "dehumidifier" en cristallo ?
merci d'avance


 

Citation :

Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004 Aug;60(Pt 8):1413-6. Epub 2004 Jul 21.
Spectacular improvement of X-ray diffraction through fast desiccation of protein crystals.
Abergel C.
Information Génomique et Structurale, UPR2589 CNRS, IBSM, 31 Chemin Joseph Aiguier, 13402 Marseille, CEDEX 20, France. chantal@igs.cnrs-mrs.fr
Succeeding in getting a protein to crystallize is not always the final hurdle in the determination of its three-dimensional structure. A relatively frequent and particularly vexing situation is the production of macroscopically well formed crystals that exhibit no suitable diffraction pattern. In this paper, three independent cases (i.e. proteins and crystallization conditions) are reported of spectacular diffraction-pattern improvement through a simple crystal-handling procedure that was discovered serendipitously. The procedure basically consists of removing a non-diffracting frozen crystal from the X-ray beam, plunging it into a soaking solution made of the original crystallization solution supplemented with a traditional cryoprotectant and then letting it dry in the evaporating sitting drop for some time (15 min to several hours). The treated crystals are then remounted and exhibit a huge improvement in their diffraction intensity and resolution. In all three cases presented here, the crystal quality shifted from unusable to perfectly suitable for structure determination. In addition to being a 'last resort' procedure for experimentalists struggling with non-diffracting crystals, this puzzling effect constitutes one more challenging problem for theoretical protein crystallographers.

n°21922366
lumi
Posté le 18-03-2010 à 13:00:01  profilanswer
 

merci,
mais je n'arrive pas a avoir le text complet


---------------

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