Reprise du message précédent :

 
Le problème c'est que ce sont des sujets compliqués, qui touchent à des sujets éthiques sur lesquels tout le monde a un avis mais Dame Nature se contrefiche du politiquement correct. Tu rajoutes à ça que la génétique est un domaine qui suscite de nombreux fantasmes et d'autant plus que ce n'est pas enseigné dans le secondaire. A l'arrivée, se lancer là-dedans ça mène quasiment toujours à des discussions qui dérapent.
 

 
Heureusement ça dérape rarement à ce point  

Quel topic ?    
 
Malheureusement, l'idéologie de certains combats prend parfois la part sur le reste. Pour prendre un autre exemple, il reste encore parfois compliqué de ne serait-ce qu'évoquer l'influence des hormones sur les différences H/F notamment au niveau variations d'humeurs sur le cycle, baby blues etc, dans certaines sphère féministe extrêmistes. Tiens, d'ailleurs, ça aurait pu être un exemple (les hormones, et niveau référence sur le sujet, il y a de quoi faire) pour lui.  
 
Après bon, +1 avec epsiloneridani c'est assez classique sur internet, si on ne s'en tient pas aux faits purement scientifiques. Finalement, c'est plutôt une perte de temps que de répondre à des gens que tu ne convaincras jamais (le topic 11 septembre en est un bel exemple aussi).

Ce n'est pas qu'internet... Sarkozy nous avait fait profiter de sa grande clairvoyance sur le sujet à l'époque.

Oui, ce que je voulais dire, c'est que ça va monter plus vite (voire menacer plus directement j'imagine).  
Mais clairement, il n'y a pas eu besoin d'internet, même si ça permet la diffusion à plus grande échelle des théories... alternatives.  

Surtout, je pense que tu accordes un peu trop d'importance à ce que pense (pour la science je veux dire) un random mec, qui a visiblement des problèmes par ailleurs. Le seul truc choquant, ce sont les menaces formulées pour te trouver en tant que personne et intervenir dans ta vie professionnelle (et je pense que tu peux alerter sans problème pour ce genre de chose, on doit tomber facilement dans du hors-charte).

Le reste tu sais, c'est valable pour les sciences en général, surtout en France où les chercheurs sont assez peu écoutés et respectés. On a une crise des experts qui s'ajoute à une méconnaissance totale du système académique (cela dit, ça peut être vrai dans l'autre sens aussi, certains académiques ont une méconnaissance totale du système privé).

Et puis au delà de ça, tu ne débats pas forcément sur le même plan. Je fais de l'evo-devo, le nombre d'imprécisions, de choses fausses, de prises de positions (notamment vis à vis des communautés religieuses) qu'on entend sur le sujet est récurrent. Maintenant, pour ça comme pour les fake med, comme pour ce mec, tu opposes la science i.e. des faits, à des croyances. Tu ne débats donc pas sur le même plan et malheureusement, tu ne convaincras pas ton interlocuteur à moins qu'il ne soit prêt à changer de positionnement/ai réellement envie de s'y intéresser et de séparer la science brute des débats éthiques/religieux/autre qui en découlent.

C'est bien l'aspect des menaces qui m'a le plus interpellée.

Sur HFR j'ai déjà eu de nombreux débats intéressants en tout genre avec des personnes plus d'un domaine et une autre non, dès lors qu'on s'intéresse au vrai sujet.  Qu'on soit dans une position ou l'autre. J'ai même des nombreux échanges de mp et irl qui ont débutés ainsi avec des personnes tout à fait stables et intéressantes. C'est mon côté naïve que de souvent penser que les personnes en face sur HFR puissent être à l'écoute, et prête à réellement s'interroger. Sur FB j'essaye même pas, qu'on soit bien d'accord

Concernant cette crise, je pense forcément à ce cher Aberkane qui est placé comme le prochain messie alors que tout n'est que poudre aux yeux. De nos jours on préfère croise ce genre d'énergumène.

Bonjour, il y a une question de génétique qui me titille, et j'ai beau changer la formulation, Google reste incapable d'y répondre.
   
 
Alors voilà il y a quelque temps déjà, pour le plot d'un truc de sf que j'écrivais, j'avais pensé à l'expérience suivante :
Imaginons qu'on ait un individu (de sexe féminin par exemple) qui ait la propriété d'être homozygote sur absolument tous ses gènes. Du coup, que les chromosomes de chaque paire soient absolument identiques deux à deux. Cet individu produirait donc des ovules tous identiques.  
Et puis si on fabriquait un clone de cette femme en remplaçant un de ses chromosomes sexuels par un Y, on aurait un homme presque identique bien à elle. (qui ne produirait donc que deux types de spermatozoïdes). L'intérêt était de les faire se reproduire, et donc leurs fils seraient des clones du père, les filles des clones de la mère. Qui pourraient à nouveau se reproduire, et ainsi de suite, pour créer des clones sur plusieurs générations sans avoir besoin de technologie, juste en baisant, ce qui servait bien le scénario.
 
Voilà. Bon outre la difficulté de créer les deux premiers individus, ma question concerne leur viabilité. Est-ce possible, si on pouvait choisir chaque allèle, et construire des chromosomes aux petits oignons, d'avoir des individus comme ça homozygotes sur tous leurs gènes, ou y a-t-il un processus biologique humain tel qu'il est obligatoire d'être hétérozygote sur au moins un gène, pour pouvoir vivre ?
 
Voilà, pardonnez mon ignorance

La comme, je ne vois pas le probleme d'etre strictement homozygote.
 
Par contre il y a un truc que tu oublies, c'est que les mécanismes de réplication de l'ADN ne sont pas parfait et commettent des erreurs, des mutations. Ces mutations, si elles apparaissent dans la lignée germinale, se transmettent ensuite dans la descendance.

En tant que concept de pensee, ca peut etre viable.
 
Dans la realite, c'est pas vraiment faisable. En outre que ce qu'a deja dit Rasthor, t'as des mutations pleiotropiques (une mutation affecte plusieurs traits), donc il faudrait trouver les meilleurs combinaisons de mutations pour tous les traits.
T'aurais aussi de l'inbreeding depression a gogo. Au final t'aurais une population peut etre ideale pour vivre dans une cuve aseptisee dans le noir, mais ce sont les mutations qui vont etre modelee par une pression de selection (negative ou positive) qui rendent les humains capables d'etre adaptes a leurs environnements.

Je tente de compléter un peu plus tout en essayant de faire simple. Pendant la formation des gamètes (ovules et spermatozoïdes) tu as des recombinaisons génétiques plus ou moins importantes et l'ajout de mutations diverses (insertions, délétions...). C'est ce qu'on appelle notamment les mutations de novo : https://fr.wikipedia.org/wiki/Mutation_de_novo ; et elles sont au nombre de plusieurs dizaines par individu. Certaines peuvent être silencieuses et n'auront donc pas d'impact "visible". Dans d'autres cas les mutations auront un impact plus ou moins importants.
Les allèles qui nous sont transmis par nos parents ne sont donc pas des parfaites copies conformes des leurs. C'est le moteur d'évolution chez les organismes sexués comme l'être humain.

Merci beaucoup, ma curiosité est satisfaite

Euh.... https://www.urmc.rochester.edu/ency [...] tID=P02159

Ici en l’occurrence une portion du chromosome 15 est soumise à empreinte parentale. En très simplifié ce n'est pas une simple question d'être identique ou non mais de qui est hérité cette portion pour déterminer par la suite s'il y aura activation ou inactivation. Dans un cadre "normal" une copie sera activée et l'autre inactivée. Si tu sors de ce cadre pour différentes raisons, alors l'expression est altérée et tu as un des syndromes mentionnés. Il peut s'agir d'un défaut d'empreinte parental ou même une absence complète de la région du chromosome (s'il n'est pas là, il ne peut pas y avoir empreinte). Inactivée ou non la copie se doit d'être présente.

Il n'est pas si rare que des copies de gènes ou chromosomes soient inactivés dans notre génome. Je pense alors bien sûr au phénomène de l'inactivation de l'X chez les femmes

J'ai regardé ce talk et j'en suis ressorti bluffé: What Bodies Think About: Bioelectric Computation Outside the Nervous System - NeurIPS 2018
 
Si quelqu'un s'y connait dans ce domaine j'ai quelques questions:
 
1) Concrètement comment font ils pour stimuler la repousse ? Il parle d'activer une "channel" je sais pas quoi mais c'est flou pour moi. Ils injectent un médicament ? Ils stimulent le truc électriquement ?
2) Ils ont coupé la tête d'un ver contenant son cerveau et ont constaté qu'après la repousse de la tête et du cerveau le ver se souvenait de ce qu'il avait appris avant qu'on lui coupe la tête. J'ai l'impression que c'est de la magie. La mémoire du ver est "encodée" partout dans son corps ? C'est applicable aux humains ?
3) Ça me paraît tellement fou que je doute un peu du truc. C'est quelque chose de connu depuis longtemps ou bien c'est aussi révolutionnaire que sa présentation le laisse penser ?

Mieux vaut tard que jamais : je viens de découvrir les dynéines, kinétochores et tout le bordel. Et je suis époustouflé. Est-ce qu'on connait, dans les grandes lignes, l'évolution de ces structures protéiques ? J'aimerais vraiment savoir de quoi c'est parti à la base pour arriver, par évolutions successives, à un truc aussi complexe que ça

 
Ca me rappelle l'expérience qui montre que la papillon se souvient de choses qu'il a apprises quand il était chenille, et ce malgré le fait que la chrysalide ait tout transformé en bouillie informe entre temps

 
C'est des beaux bestiaux oui
 
C'est très mal connu mais oui, c'est des beaux bestiaux.  
 
Pour la dynéine, on en retrouve chez tous les eucaryotes à ma connaissance mais pas au-delà. Par ailleurs le niveau de complexité est variable. En gros le coeur de la structure (la chaine lourde DHC), capable à lui seul de se mouvoir le long des microtubules est retrouvé partout. Le "moteur" est constitué de six répétitions d'une ATPase de type AAA, une famille d'ATPase qu'on retrouve également chez les bactéries même si sauf erreur de ma part on ne connait aucune protéine bactérienne qui aurait une fonction proche (il faut dire qu'il n'y a pas de microtubules bactériens, ça n'aide pas). Sur cette DHC sont venus se greffer un certain nombre d'autres sous-unités permettant de réguler l'activité (le plus connu étant la dynactine qu'on retrouve chez une partie des eucaryotes dont les animaux) ou permettant de lier tel ou tel type de cargos.
 
Le kinétochore c'est encore plus mal connu notamment sur le plan structural. Sur le plan évolutif j'en parle même pas. Eventuellement tu peux regarder https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5579357/, ne t'embête pas trop avec le texte et va directement aux images pour voir comment le réseau de protéine a pu se constituer même si ça n'apprendra rien sur l'apparition du coeur de la machine. Pour cela il faudrait sans doute aller remonter très loin dans l'évolution, probablement chez les archaea mais elles sont très mal connues.

Je suis tout de même extrêmement curieux de savoir comment ce genre de trucs à pu devenir ainsi par mutations successives. Bien sûr, c'est parti de structures beaucoup plus simples, ayant d'autres fonctions, mais que ce soit de l'exaptation ou l'apparition de nouveaux truc from scratch, ça m'époustoufle complètement. Autant je n'ai aucune difficulté conceptuelle à considérer qu'en partant de LECA, le dernier ancêtre commun des eucaryotes, on arrive, après 2 milliards d'années, aux méduses, girafes, fourmis et pinsons : il ne s'agit finalement que de colonies de cellules eucaryotes organisées d'une façon particulière et produisant certaines protéines spécifiques supplémentaires (et négligeables en proportion) leur donnant un rôle dans le bouzin en fonction de leur position. Pas de problème à imaginer que ça apparaisse en 2 milliards d'années d'évolution : malgré la diversité des formes macroscopiques produites, ce ne sont au final que de toutes petites variations autour d'un thème connu : "la cellule eucaryote qui communique avec ses voisines".

Pareil pour le concept d'abiogénèse, des premières cellules, ou de monde ARN, y'a rien qui me choque particulièrement dans ce que j'ai pu en lire à mon niveau.

Par contre, que toutes ces machines protéiques hyper complexes aient pu se mettre en place progressivement à partir de 0, avec tous les stades intermédiaires "efficaces" (en tout cas viables et utiles), dans à peu près la même durée (2 milliards d'années), ça, ça me stupéfie. J'aimerais bien voir "l'arbre évolutif" de certaines protéines ou structures protéiques, car j'imagine que ça doit également être un arbre : une protéine simple initialement, par différentes mutations, va donner différentes protéines coexistantes et avec différentes spécialisations. On a des exemples de ça ? Pas au sens évolution par exemple d'une même protéine ou structure (le ribosome par exemple) dans les différentes branches du vivant, mais l'évolution d'une protéine initiale qui en donne différentes avec des fonctions franchement différentes (pas juste un pigment qui décale sa sensibilité de couleur comme pour les cônes de la rétine, quoi).

Cet étonnement est sincère, ce n'est, évidemment, en rien un pas vers le créationnisme ou un doute sur l'évolution. Je précise au cas où

En partant de la meme structure et en changeant 9 acides amines, on arrive a des trucs totalement different en terme de fonction.
(je ne sais pas ce qu'il en est pour la structure)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC95154/
Melamine deaminase and atrazine chlorohydrolase: 98 percent identical but functionally different

La aussi:

Tracking the connection between evolutionary and functional shifts using the fungal lipase/feruloyl esterase A family
https://bmcevolbiol.biomedcentral.c [...] -2148-6-92
(les fonctions sont tres differentes, mais la structure reste la meme).

Tu peux aussi regarder les travaux de Rachel Kolodny:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed [...] d=21737750

Par exemple:
Global view of the protein universe
https://www.pnas.org/content/111/32/11691.long

Il y a beaucoup de phénomènes pour générer de nouvelles protéines:
- SNP: Mutation simple de type singe-polymorphism.
- Indels: Insertion de long fragments / Deletion de long fragments.
- Repetition de motif: un meme codons sera répété plusieurs fois a la suite par replication slippage.
- Domains and genes fusions: un gène va être lie a un autre (dans certains types de cancer, on a par exemple BCR-ABL1).

Au niveau plus global:
- Spéciation event: deux populations se séparent et deviennent des especes distinctes, chaque gene va evoluer differement.
- Duplication event: un gène va etre recopie en entier a une autre place (i.e. sur un autre chromosome).
- Transfert horizontal: un gene d'une espèce A est insere dans une autre espece B (courant chez les bacteries, plus rare chez les eukaryotes).

Les protéines fonctionnent comme des legos, avec les structures secondaires (helices alpha, feuillets beta, boucles) et les domaines complets qui peuvent s'ajouter et se supprimer a loisir pour former des nouveaux trucs.

 
Une des difficultés pour comprendre les machines dont tu parles, c'est qu'elles sont énormes et donc souvent extrêmement difficiles à étudier. Il y a en plus le problème plus particulier que ce sont des machines spécifiques des eucaryotes et que les racines de l'arbre se situent sans doute quelque part entre les archaea et les eucaryotes primitifs, c'est à dire dans les deux cas des organismes sur lesquels quasiment personne ne travaille. En gros on a des données génomiques et ça s'arrête à peu près là. Il faudrait d'autres types d'information, notamment étudier ces machines intermédiaires sur le plan fonctionnel, étudier leur architecture etc... Cependant pour chaque organisme ça représente un boulot colossal, c'est pas un thésard même doué qui va boucler ça en trois ans.
 
Dans ce genre de complexe tu as fréquemment plusieurs niveaux d'évolution. En plus de l'évolution à l'échelle de la protéine, tu vas avoir des protéines initialement dédiées à toute autre chose qui vont s'ajouter et modifier/affiner/réguler la fonction de l'ensemble. Donc il suffira peut-être de trois mutations sur la protéine n°4 du complexe pour créer un site d'interaction avec une nouvelle protéine et comme évolutivement c'est favorable, tu vas te retrouver avec un nouveau complexe qui contient une nouvelle sous-unité. Il faut donc voir ces complexes géants (on va dire, à partir de quelques centaines de kDa) comme des structures modulaires avec des éléments qui se rajoutent les uns après les autres. Du coup ça raccourcit fortement les temps nécessaires pour faire apparaitre de telles machines.  
 
C'est assez bien décrit avec le ribosome par exemple. A partir du ribosome bactérien tu vas rajouter une "couche" de protéines pour aboutir au ribosome eucaryote, puis encore une couche pour celui des métazoaires et ainsi de suite, ce qui va permettre une régulation de plus en plus fine de la machine (au détriment de la rapidité).
 
En pratique tu retrouves souvent plus ou moins les mêmes modules dans des machines très différentes. Les modules ATPase par exemple qu'on retrouve un peu partout. Leur incorporation à tel ou tel complexe va ensuite imposer des contraintes évolutives différentes et on peut avoir une divergence fonctionnelle et éventuellement architecturale. Prenons justement un module ATPase avec une activité de "1000" récemment incorporé à un complexe, augmentant l'efficacité de ce dernier. Sauf qu'en pratique, une activité de "10" suffirait pour produire l'effet positif. L'ATP c'est pas gratuit donc tu peux t'attendre à ce qu'il y ait une pression forte pour dégrader l'activité ATPase et l'amener au niveau réellement nécessaire mais pas plus. Dans le même temps il faudra "optimiser" la fixation de ce nouveau domaine ATPase au complexe, que ce soit en augmentant l'affinité autant que possible, ou alors en la rendant dépendante de tel ou tel cofacteur ce qui est une façon d'ajouter une couche de régulation.
 
Cette architecture modulaire est sans doute une des sources principales de complexité chez les eucaryotes. Le génome de la levure S. Cerevisiae (un eucaryote), c'est seulement trois fois plus long que celui d'E. Coli, mais la combinatoire à partir d'un nombre d'éléments limités permet un très fort accroissement de complexité.
 
Edit : se faire griller par un Suisse, cette honte  

Pour rasthor
https://twitter.com/JSheltzer/statu [...] 0856594433
 

Cool, merci.
 
Il avait déjà publié ce genre de stats il y a quelques années, si je me souviens bien.
 
(j'avais peut-etre meme poste sur ce topic.... )

Super intéressant, merci