Reprise du message précédent :

Ah ouais, ca marche en plus.  

Bento Lab: A DNA laboratory for everybody
https://www.kickstarter.com/project [...] -everybody
 
 

je ne suis pas convaincu de l'intérêt du bazar

Autant s'acheter un minION avec quelques flowcells.

 
C'est un investissement.
 
L'idée derrière c'est que tout le monde puisse manipuler du BET dans sa cuisine pour pouvoir vendre des anticancéreux dans vingt ans

ça revient moins cher de faire ton prélèvement, foutre ça dans de la carbo et l'envoyer au BGI et attendre qu'ils t'e-mail les fastq

Je connaissais pas, c'est chouette Y a même les chapitres de livres

Marrant. Utile pour le fieldwork à la limite, ou en lycée mais je vois pas bien non plus à qui ça profitera. Qui voudrait faire des manips chez soi pour le fun ? (Au delà de la découverte du truc par des l'on scienrifiques).

Ils utilisent quoi comme produit pour le gel ? Du bromure d'éthidium ? C'est toxique ce truc normalement.
 
(Rasthor, un peu largué sur la biol mol).

J'ai pas regardé pour le bento.

Dans mon labo de thèse les gens voulaient passer au gelgreen ou je sais pas quoi red. Mais bon, j'avais refusé net pour ma part (on pouvait choisir) car clairement moins efficace pour des PCR difficile quand tu as à visualiser des bandes de merde. Aux US on est au BET à l'ancienne et no problem. Du moment qu'on fait un peu gaffe, ne pas le manipuler à mains nues, ne pas le boire (je crois qu'il y a eu un cas)...

 
Gelred. Moins toxique et marche tout aussi bien. Et pas besoin de gants speciaux / poubelle a part comme avec le BET.  

mouais enfin faut pas déconner, il y a une psychose sur le Bet dont le passage cutané n'est pas prouvé à ma connaissance, alors qu'il y a encore 15 ans on pipetait du P32 à tire larigot... on passe d'un extrême à l'autre... et les alternatives sont amha pas meilleurs que le BET... du moment que ça interagit avec l'ADN, il y a danger...

 
De toute façon il ne faut pas rêver, pour révéler de l'ADN tu as besoin de molécules qui se collent à l'ADN et si elles se collent à l'ADN, il y a de grosses chances qu'elles soient cancérigènes.

 
L'avantage du bromure d'éthidium par rapport aux autres produits c'est qu'on a un peu plus de recul sur les risques associés. Notamment parce qu'il est utilisé en médecine vétérinaire à des doses très supérieures à celles utilisées dans les labos.

C'est ça, mais je trouve la sensibilité vraiment moins bonne également. Quand j'avais eu à amplifier des trucs en primer dégénérés où je devais distinguer des choses fines, on voyait vraiment la différence, mais bon, pour la majorité des PCR de routine, ça fait tout aussi bien, c'est vrai.

merlin :    Aussi liée au fait qu'on connait bien le mécanisme.  
Sans faire de parallèle foireux, ça me fait penser au BPA pour ce qui est des perturbateurs endocriniens. Il cristallise toute la haine alors que la plupart des molécules utilisées en remplacement peuvent être tout aussi dangereuses (ou peu/pas étudiées avec un manque de recul) et qu'il y a d'autres perturbateurs pouvant être plus toxiques. Mais bon, ça fait bien pour les services hygiène et sécurité de pousser des hauts cris sur certains trucs en particulier alors que sur d'autres...

edit : voilà, le recul effectivement

LE pb pour l'évaluateur est que souvent on remplace une molécule dangereuse que l'on connait bien, par une autre dont on ne connait pas les effets... par ex le BPA par le BPS ou F et qui s'avèrent tout autant tox...
A ce propos, je viens de lire Intoxication de S Horel ou comment les industriels ont plombé la décision de la commission européenne sur les perturbateurs endocriniens.

Quelle a été la plus longue durée entre soumission et reviews pour un de vos papiers ?
 
(et quel journal ? )

Je ne me souviens plus. Mais après deux mois sans nouvelles, je me permets de contacter l’éditeur pour savoir ou ca en est.

et si l'éditeur ne répond pas aux e-mails ?

Depend apres combien de temps et combien de fois.
Mais dans ce cas, c'est contact a l’éditeur en chef (ou celle/celui au dessus de l’éditeur dans la hiérarchie).

 
Oui voilà, la gueule de mes étudiants américains à qui j'ai présenté ça l'autre jour avec quelques résultats sur le zebrafish qui montrent justement la toxicité même plus grande du BPS  (même si c'est toujours à prendre avec des pincettes, ne serait-ce que pour la transposition à l'homme, les quantités ingérées, la fenêtre développementale...)
 
"Et mais il si ne vaut mieux pas réchauffer dans des récipients en plastique on fait comment avec le take out?"  

 
Je n'ai pas du avoir plus de six semaines depuis très longtemps, les journaux ont fait pas mal d'efforts je trouve.
 

Quel journal le six heure ?

 
Je ne sais plus si c'était Mol Cell ou NSMB mais ça avait été rondement mené

j'avais parlé un peu plus haut de JBN (journal of biomed nanotech). soumis en février 2014, revue de retour en septembre (!!) accepté décembre 2014... publié... janvier 2016    
autrement, small je crois, refusé en 2heures    
Au moins tu perds pas 3 semaines à espérer  

 
Il faut pas des primers spécifiques pour étudier une séquence en PCR ?
Du coup les seules séquences qui seront analysables seront celles qu'ils détermineront eux comme présentant un intérêt pour ceux qui n'ont pas accès à du matos de labo ?

Y en a qui utilisent Gene Ontology ici ?

Parfois. T'as une question particulière ?

Non, pas vraiment, c'est surtout pour savoir si c'est utilisé. (J'espérais plus une réponse de biologistes purs en fait ).
Pour les cours, on est en train de coder avec un collègue un package python qui utilise Gene Ongology.

En gros on entre un GO.OBO et une liste de GO_id spécifiques au chercheur, on précise le type de relation recherchée, et ça peut donner trois outputs :
- la liste des GOTerms enfants pour une relation donnée, pour chacun des GO_ids de la liste
- le nombre d'enfants, pour une relation donnée, pour chacun des GO_ids de la liste
- le goslim le plus proche dans la liste des parents d'un GO_id de la liste, pour la relation passée en argument (itérée sur la totalité des parents jusqu'à revenir à la racine)

C'est encore assez moche, en lignes de commandes etc, mais je me dis que si ça peut être utile à certains, autant le mettre à disposition. Il existe déjà des programmes pour manipuler Gene Ontology, mais toutes les fonctionnalités ne sont pas encore couvertes.
Et si y a des besoins pour coder un truc spécifique qui pourrait être utile à quelques uns, étant qu'on a déjà créé tous les objets pour manipuler l'arbre, ça peut se faire assez simplement.

 
Ca coute 5 euros un primer en même temps, c'est pas le bout du monde

bcp pour ma part

Un langage de programmation pour les cellules vivantes :   http://up-magazine.info/index.php/ [...] -le-vivant
 

champignon crispr

https://www.washingtonpost.com/news [...] egulation/ ?

yes, j'aimerais gouter

tu vas sans doute y gouter sans le savoir .  
 Etant base aux US, je te dirais vu que c'est permis apparement

Ca peut-etre pas mal. Ca doit crisprer sous la dent.

Un stage de 6 mois en interne chez Frontiers, ca vous tente ?    
 
https://forbetterscience.wordpress. [...] frontiers/

Merci mais je vais rester dans mon institut.
 
Je préfère les free biscuits/coffee tous les matins, les free beers les vendredi aprems, les 1-2 conférences / jour de chercheurs, l'accès à un cluster dédié, mon macbook pro, l'accès à un campus énorme, etc...
Abusé comme la recherche à l'étranger est mieux pourvue qu'en France.

C'est la norme ca, non ?    
 
 

 
 
Ca déprend vraiment des labos. Il n'y a pas qu'en France que les chercheurs te disent que ce n'est plus comme avant et que de nos jours c'est bien plus difficile d'avoir des fonds ou un poste.