Reprise du message précédent :
Tu couches!

 
==> MP    
 
 
Pourquoi il l'a et pas moi  

 
En général, quand il y a des boucles que tu ne vois pas, tu les vires du fichier pdb avec les coordonnées. Et dans les figures de l'article, tu mets des pointillés, tout le monde sait que ça veut dire "cette boucle, elle m'énerve, je la vois pas et j'ai autre chose à faire que de passer 3 ans à essayer de la placer   "

Vous n'êtes que des marabouts hérétiques!
Giordano bruno a été brulé pour moins que ça.
 
Celà dit, le plus dur c'est de cristalliser le bordel (le côté marabout) après la diffraction c'est moins pénible non?

 
Ca dépend ce que tu veux faire. Quand tu fais la structure d'une protéine dont tu connais un homologue, la meilleure chose à faire est de tenter un remplacement moléculaire. Si la protéine sur laquelle tu travailles a un homologue à 40%, ça devrait se faire relativement bien par cette méthode. Pareil si tu travailles sur un complexe A-B et que A est connu, tu vas tenter le remplacement moléculaire. Cette méthode est assez souvent utilisée dans le cas de complexes protéine-Fab : si tu as un bon anticorps, ça peut être une bonne idée de cristalliser non pas la protéine seule, mais la protéine en complexe avec le Fab
 
Quand tu n'as pas d'homologue et que tu pars d'une page blanche pour résoudre ta structure, c'est là qu'il faut passer par la parfois cauchemardesque étape des atomes lourds. Dans ce cas, tu as besoin de plusieurs jeux de données : un "natif", c'est à dire le cristal avec la protéine seule, et un ou plusieurs "dérivés", des cristaux de complexe protéine-atomes lourds. On va par exemple essayer de fixer une petite molécule contenant un atome de plomb ou de mercure à la protéine en espérant que ça diffractera toujours. Ensuite, la comparaison des jeux "natifs" et "dérivés" donnera (quand ça marche !) les premières cartes de densité à partir desquelles il sera possible de résoudre la structure

 
En général, on fait le cristal sans l'atome lourd, puis on le "trempe" dans une solution contenant l'atome lourd. Suivant les cas :
- L'atome lourd ne se fixe pas
- L'atome lourd se fixe et en profite pour dénaturer la protéine
- L'atome lourd se fixe, ne dénature pas la protéine, mais déforme légèrement le cristal et donc tu peux plus le comparer au jeu natif
- L'atome lourd se fixe et laisse intact le cristal, mais tu n'arrives pas à trouver l'atome lourd et donc ça sert à rien
 
- Et parfois, miracle, tu tombes sur l'atome lourd utilisable ! Sur les protéines qui me sont passés entre les mains et de ce que j'ai vu ailleurs, 10 à 20 tentatives sont nécessaires avant de trouver le bon

Surtout que le santicorps peuvent former un réseau qui peut faciliter la précipitation et peut-être la cristalisation du coup...

Ok.
Les homologues de séquence pruimaire je suppose?

Et pour la stéréo? Vous êtes obligé de connaitre au moins un atome sinon vous pouvez pas savoir dans quelle configuration se trouve les atomes et par conséquent la protéine?

 
On utilise des Fab (juste l'extremité des anticorps) et non des anticorps entiers. Le but du jeu est justement d'empecher les anticorps de former le réseau qu'ils veulent : on aurait alors toutes les chances d'arriver à un agrégat informe plutot qu'à un beau cristal bien ordonné. D'ailleurs, les protéines qui ont tendance à s'auto-associer font souvent partie des protéines les pires à cristalliser.    
 

 
C'est souvent lié de toute façon : au delà de 25% d'identité en aa, on a très probablement deux protéines homologues (en structure). Et le remplacement moleculaire devient assez jouable pour deux protéines homologues (en structure) ET ayant au moins 25% d'acides aminés identiques

 
Je suis pas sur de bien comprendre la question.    
 
Si la question, c'est "pourquoi on a besoin de l'atome lourd pour résoudre", la réponse est la suivante :
 
La carte de densité électronique qu'on cherche à déterminer est la transformée de Fourier des "facteurs de structure" F. Ces nombres F sont des nombres complexes et quand tous ces F sont déterminés, on passe très simplement à la carte de densité.
Les données expérimentales sont les modules |F| de ces facteurs de structure, donc il nous manque une partie de l'information, à savoir la phase phi de ces nombres complexes. Une fois qu'on a les deux, on remonte simplement aux F = |F| exp (i phiF) et le problème est réglé. Il faut donc déterminer les phiF.
D'où l'intérêt des atomes lourds : ceux-ci ont des facteurs de structures A = |A| exp (i phiA) de module |A| très élevé et connus (il y a des tables pour ça)
Le cristal dérivé lourd aura des facteurs de structures D = A + F = |D| expi (i phiD) et on pourra mesurer les |D|
 
En résumé, on sait que D = A + F, on connait |F|, A et |D|. Un petit peu de mathématiques montre qu'il va rester seulement deux solutions possibles pour phiF. L'utilisation d'un second dérivé lourd (ou l'utilisation du signal anomal) va permettre d'obtenir une nouvelle relation D2 = A2 + F, avec |D2| et A2 connus. Il ne reste plus qu'une solution pour phiF, donc les F sont connus et la structure est  (quasiment) résolue.  

Il est vrai que le réseau n'est pas un cristale, j'y ai repensé après.
Mais dans mon élan j'ai pas réfléchit que c'était Fab et non pas Fc que tu utilisais.

C'est clair, je me souviens que l'IL-15 et l'IL-2 n'ont que 20% d'homologie, pourtant elles se lient quasiment au même récepteur et il semble que leur structure tertiaire soit plus que proche, sinon quasiment identique d'aspect, mais pas d'emplacement d'aa spécifiques. Seules les zones de charge et d'hydrophobicité varient.

Genre tu bottes en touche.
Non c'est pas ce que je voulais dire...
Les aa sont des molécules chirales, comportant des atomes asymétriques.
Il sont tous L normalement.
Il faut bien en tenir compte à un momen,t ou à un autre, sinon tu vas résoudre le miroir de la protéine en question.
Non?
 
Je sais pas si je suis clair?

La loose Et la Glycine

Elle n'est pas chirale, donc elle ne peut pas avoir de configuration R ou L.
Celà dit il suffit qu'il y a un 3H et le compte est bon.

 
J'ai pas trop réfléchi à la question, mais il ne me semble pas qu'il y ait d'ambiguité de ce coté là. Soit il y a une ambiguité et les programmes sont capables de la lever tout seuls, soit il n'y a pas d'ambiguité (ce qui me semble le plus probable)  

Ah...

Ah putain j'ai trouve une 2nde mutation    
 
Va falloir confirmer le bazar avec un rescue, sinon ils vont faire la gueule les referees    
 
Note pour plus tard: ne jamais bosser le week end, risque de mauvaise nouvelle bcp trop eleve ==> menace de week end pourri.  

Condoléances.

 
Tu me rappeleras de t'enfoncer quand t'en seras a ta derniere annee de these et qu'un resultat ne se confirme pas  

Tiens les Suisses, cadeau:
 
http://www.metacafe.com/watch/2535 [...] drum_corp/
 
Top niveau et pas qu'en recherche, la Suisse  

 
Ils sont de Basel, y'a le FMI la-bas ==> biologie moleculaire  

RyKM, un commentaire sur les prix Nobel de médecine décernés aujourd'hui ?    
 

C'est ce que j'allais poster... encore un Nobel pour C.elegans    
 
Le dernier datait de 2002    
 
Tous les 4 ans  

 
Bah Andy Fire, il a carrément un vecteur à son nom    
 
Et Craig Mello, il a inventé le bombardement aux billes d'or qu'on utilise pas mal au labo  

2 fois en 1 siècle

 
C.elegans est un modèle très jeune  

Et in modèle qui rampre.

Z'êtes morts?

C'est vrai que c'est calme  

Tout ça parce que t'as pas fait péter le champ' ! ! ! !

 
On aura la reponse definitive dans qq jours    
 
Je flippe grave  

Si t'as trucidé tous ces nématodes pour rien, je te fous Brigitte Bardot sur le râble

 
Avec moi les nematodes, ils arretent pas de niquer    
 
La genetique, c'est essentiellement faire des croisements    
Sont contents mes vers  

T'es un peu le Larry Flint des paillasses, quoi

 
C'est le gars qui s'etait presente en Californie face Schwarzy (et qui est producteur de prOn...) ?  

Tu veux dire qu'il prend des photos et qu'il les publie dans un magasine?

Nature, un magazine pour les gens qui aiment se promener tout nus

Non, Larry Flint est un producteur de pr0n (et qui s'etait presente en Californie face Schwarzy ).

Clair, Nature: RykM "Moa? La rosée sur les fesses le matin j'adore! Et vous"