Reprise du message précédent :

Euh... si si quand même. Toutes les études cliniques chez nous passent devant le commité d'éthique pour pouvoir être validées, et même pour zigouiller une malheureuse souris faut passer devant les éthiciens.

 
Les chercheurs tirent régulièrement la sonnette d'alarme quand il y a des ennuis probables en vue, par exemple le rechauffement climatique.    
 
Pour ce qui est du vieillissement, c'est probablement pas avant cinquante ans qu'on aura des moyens de le contrer, donc c'est inutile de s'arrêter pour le moment. On pourrait passer à côté de beaucoup de découvertes très intéressantes et non prévues. L'idée, c'est plutôt de s'arrêter "dix ans avant", une fois qu'on a réellement les moyens de s'attaquer au problème.

 
Et que font-ils à ton avis ?  

Ok. Ces mesures dépendent des labos où on bosse, non ? Ou alors c'est des trucs communs par pays ?

En Suisse ça fait partie de la législation fédérale en tout cas...

 
Voyons RyKM, tu sais bien que les chercheurs sont tous des savants fous asociaux, comment voudrais-tu qu'ils aient réfléchi à ça ?  

 
Ca dépend des niveaux (exemple: cellules souches, aux US seulement qq états, en Europe je crois qu'il y a uniquement les UK...)
 

Et la Suisse ?
 
EDIT: Je disais bien qu'on avait voté en 2004 pour ces lois:
http://www.admin.ch/ch/f/pore/va/20041128/det516.html

 
La Suisse c'est pas l'Europe  

 
bonjour,  
 
je m'appelle Mali et c'est moi qui suis a la recherche d'info sur l'oxyde de rose.
par manque de temps, je ne vais pas pouvoir extraire ce composé de la plante.  
mon intention est donc de savoir comment il est extrait en industrie, les problèmes rencontrés, le rendement....
ainsi je pourrais présenter l'expèrience que j'ai réalisé et ce que fait l'industrie pr en extraire!
 
merci encore

Mais tout ça, il n'y a que les industriels qui pourront te le dire...Le problème c'est que par souci de confidentialité, il est probable qu'ils ne te donneront pas beaucoup de détails... Sauf s'ils sont intéressés par ta méthode...
 
Bon courage  

Un truc qu'il est bieng dans Nature :
 
Jaillon O, Aury JM, Brunet F, Petit JL, Stange-Thomann N, Mauceli E, Bouneau L, Fischer C, Ozouf-Costaz C, Bernot A, Nicaud S, Jaffe D, Fisher S, Lutfalla G, Dossat C, Segurens B, Dasilva C, Salanoubat M, Levy M, Boudet N, Castellano S, Anthouard V, Jubin C, Castelli V, Katinka M, Vacherie B, Biemont C, Skalli Z, Cattolico L, Poulain J, De Berardinis V, Cruaud C, Duprat S, Brottier P, Coutanceau JP, Gouzy J, Parra G, Lardier G, Chapple C, McKernan KJ, McEwan P, Bosak S, Kellis M, Volff JN, Guigo R, Zody MC, Mesirov J, Lindblad-Toh K, Birren B, Nusbaum C, Kahn D, Robinson-Rechavi M, Laudet V, Schachter V, Quetier F, Saurin W, Scarpelli C, Wincker P, Lander ES, Weissenbach J, Roest Crollius H (2004) Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype. Nature 431:946-957.
 

Dans le même style:
 
Dehal P, Boore JL.
Two rounds of whole genome duplication in the ancestral vertebrate.
PLoS Biol. 2005 Oct;3(10):e314. Epub 2005 Sep 6.

2 mecs face à 47. PLoS c'est pour les enfants.

A toi de voir.  
Mais j'ai le sentiment que si tu aimes le papier de Nature, tu aimeras aussi celui de PloS.  

A part ça, pour ceux qui utilise Pubmed, vous ne trouvez pas qu'il y a de gros problèmes au niveau de l'indexation des mot-clés ?

 
Faut savoir l'utiliser    
 
Sinon gros papier dans Nature de Miss Gasser today    
 
http://www.nature.com/nature/journ [...] 04845.html

Pour rester dans Nature, y'avait, y'a fort longtemps, un papier intéressant sur les échelles de temps moléculaires entre les différentes espèces modèles. Les méthodes sont en général très souvent controversée (les horloges moléculaires donnent parfois des écarts-types égal à la valeur elle-même. ). Mais ça reste intéressant pour se donner une idée.
 
Nat Rev Genet. 2002 Nov;3(11):838-49.  Related Articles, Links
The origin and evolution of model organisms.
Hedges SB.
NASA Astrobiology Institute and Department of Biology, 208 Mueller Laboratory, The Pennsylvania State University, University Park, Pennsylvania 16802, USA. sbh1@psu.edu
The phylogeny and timescale of life are becoming better understood as the analysis of genomic data from model organisms continues to grow. As a result, discoveries are being made about the early history of life and the origin and development of complex multicellular life. This emerging comparative framework and the emphasis on historical patterns is helping to bridge barriers among organism-based research communities.

Ca c'est intéressant au moins (pas comme ces myriades de papiers pour biochimistes, traitant de la passionnante découverte de la structure 3D d'un récepteur protéique mutant trouvé dans les poils de cul de phacochères )

Allez, un petit dernier pour la route.
 
Nature. 2006 Feb 23;439(7079):965-8.  Related Articles, Links
 Comment in:
 
* Nature. 2006 Feb 23;439(7079):923-4.
 
Tunicates and not cephalochordates are the closest living relatives of vertebrates.
 
Delsuc F, Brinkmann H, Chourrout D, Philippe H.
 
Departement de Biochimie, Centre Robert-Cedergren, Universite de Montreal, Succursale Centre-Ville, Montreal, Quebec H3C3J7, Canada.
 
Tunicates or urochordates (appendicularians, salps and sea squirts), cephalochordates (lancelets) and vertebrates (including lamprey and hagfish) constitute the three extant groups of chordate animals. Traditionally, cephalochordates are considered as the closest living relatives of vertebrates, with tunicates representing the earliest chordate lineage. This view is mainly justified by overall morphological similarities and an apparently increased complexity in cephalochordates and vertebrates relative to tunicates. Despite their critical importance for understanding the origins of vertebrates, phylogenetic studies of chordate relationships have provided equivocal results. Taking advantage of the genome sequencing of the appendicularian Oikopleura dioica, we assembled a phylogenomic data set of 146 nuclear genes (33,800 unambiguously aligned amino acids) from 14 deuterostomes and 24 other slowly evolving species as an outgroup. Here we show that phylogenetic analyses of this data set provide compelling evidence that tunicates, and not cephalochordates, represent the closest living relatives of vertebrates. Chordate monophyly remains uncertain because cephalochordates, albeit with a non-significant statistical support, surprisingly grouped with echinoderms, a hypothesis that needs to be tested with additional data. This new phylogenetic scheme prompts a reappraisal of both morphological and palaeontological data and has important implications for the interpretation of developmental and genomic studies in which tunicates and cephalochordates are used as model animals. * Nature. 2006 Feb 23;439(7079):923-4.
 
 
 
Ca bouleverse la taxonomie actuelle.    

Urochordata == Tuniciers == Ascidie == Ciona intestinalis
Ca ressemble à ça:

(piqué ici: http://students.washington.edu/mar [...] rch.shtml)
 
 
 
Cephalochordata == Amphioxus
Ca ressemble à ça:

(piqué ici: http://news-info.wustl.edu/tips/20 [...] rate.html)
 
 
 
C'est dingue quand même. Le premier serait plus proche de nous que le second.  

Ouais, enfin j'attends de voir les contre-expertises... car la phylo basée sur 3 gènes en bataille c'est bien beau, mais encore faut-il que ce soit cohérent avec le reste  

a phylogenomic data set of 146 nuclear genes  
 
Ca commence à faire lourd.
 
 
Le problème du Tuncier (Ciona), c'est qu'il a beaucoup plus divergé que le Céphalochordés. Donc il produit des phénomènes d'attraction longues branches qui font très souvent foirer les arbres en Neibhourjoining. Avec du Maximum de vraissemblance (Maximum Likelihood), c'est déja plus robuste.

Ouais et puis se baser sur 1 tunicier... et foutre en outgroup tout un tas de bestioles... (si j'ai bien compris)
 
D'ailleurs ils le disent eux-mêmes : This new phylogenetic scheme prompts a reappraisal of both morphological and palaeontological data z'auraient pas un peu zappé une étape les cocos là ?

 
Dingue, c'est le mot...
 
Vous êtes des gens bizarres, quand même, à se demander qui de la méduse ou de la crevette vous ressemble le plus  

Tu peux nous rappeler ce que tu fais déja ?

Il organise des courses de protons et de neutrons dans un bécher et c'est nous les "dingues"

1 Echinoderme (oursins)
1 Cephalochordate (amphixous)
4 Tuniciers
8 Vertebrés
 
Pour les bestioles en outgroup, c'est justement pour valider les noeuds.
D'ailleurs, les valeurs de bootstrap sont très élevées.

Laquelle ?

Le plus proche des physiciens, la question ne se pose pas. La crevette.
 
 

C'est une insulte ça ?
 
Un truc de biologiste : "Toi de la méduse ou de la crevette, on voit bien que tu es plus proche de la crevette, hihihi".
 
Décidément

Et susceptible avec ça...

Bon ben qu'on me foute 5 échinos (avec "ch", c'est pas des chevaux ), 3 céphalocordés, 4 tuniciers, 8 vertébrés, et disons un escargot de Bourgogne en outgroup
Et on zieutera ce qu'il en sort    
 

Ben le reappraisal des données morpho et paléo
C'est bien beau de donner des branchements, encore faut-il que ce soit cohérent avec l'ordre connu de branchement, et parcimonieux du point de vue morpho
Note que je critique pas le papier ou la conclusion, juste que le terme "evidence" me semble un peu hardi

Pour l'outgroup, tu peux foutre n'importe quoi qui ne soit pas un deutérostomien, ça ne va pas changer grand chose. A mon avis.
Je plussoye, plus y'a d'espèce différente, et bien répartie, mieux c'est.  
Par contre, je ne sais pas si avoir plus de céphalochordés va beaucoup changer la topologie de l'arbre. Faut voir.
Et pour finir, je rêve aussi qu'il y ait enfin un génome de mollusque disponible.        

C'est justement ça qu'ils remettent en question.
Cette différence entre morpho et moléculaire ouvre la porte à beaucoup d'investigation, toujours à mon avis.
Ca va être un sujet très intéressant à suivre pour les prochains mois/années.  

Ca c'est typique le genre de truc à sortir pendant la réception chez l'ambassadeur...

Le tout en savourant une délicieuse huitre.
 

 
Pour chercher des fonds ou des echantillons?

Bonjour a tous !
j'apporte ma petite contribution à votre topic sous la forme d'une suggestion de lecture. C'est rapide et  - je crois - important (et ça ne concerne pas que les bioinformaticiens comme vous vous en rendrez compte...)
a+ ;o)
 
 
http://bioinformatics.oxfordjourna [...] /1416?etoc
 
[mode subjectif on]
ps : A mon gout, on ne manque pas de genomes, on manque de SNPs !
c'est bien de resoudre quelque rateaux, mais c'est un peu descriptif, alors que des données de polymorphismes + données de terrains/paillasse, cay le bien pour tester les modèles d'évolution ou pour decouvrir des associations gènes/phenotypes non?
(Attention je n'ai pas dit que le debat "amphioxus/ciona: qui a divergé le premier" n'est pas d'un interêt fondamental ! c'est juste que c'est pas une question qui m'obsède (quoique ils sont de ma famille eux aussi...). D'autre part est-ce vraiment necessaire de sequencer (et d'assembler !) un genome en entier alors que le but c'est d'aligner une centaine de séquence codantes ??...)  
[mode subjectif off]

 
(note: je ne peux lire l'article pour l'instant, je ne reagis qu'au ps)
 
La machinerie cellulaire ne se resume pas aux sequences codantes (prot ou autres), loin de la.
 
PS: Vieux debat

Réponse: oui.
 
Il y a plein d'applications et de questions fondamentales dont la puissance augmente avec le nombre de séquence étudiée.  
A chaque séquençage complet, on augmente l'espace bidimentionnel selon deux axe:
- On augmente le nombre de gène différent possible ayant le même nombre d'espèce.
- On augmente le nombre d'espèce différente.
 
On évite aussi les biais engendré par le séquençage partiel. J'entend par là que la plupart des labos bossent et séquence des gènes en rapport avec le développement ou l'immunité, puis envoyent ça dans Genbank ou Uniprot, et délaisse la plupart des autres familles de gènes.
Alors qu'avec des séquençages entier, on a accès à tout l'information génétique.
 
EDIT:
Le cas typique est l'exemple cité. Ils ont utilisé 146 séquences, parce qu'ils n'en avaient d'autres sous la main.
Faire une phylogénie sur 1 gène ou 146 gènes, c'est pas pareil. Tout comme 146 et 1'000, ou 10'000, ou 20'000.      

D'un phacochère, non, mais d'un gnou, là oui! Surtout si la structure 3D de ce récepteur est identique à celle d'un récepteur de cellules neuronales humaines dont le gène est porté par le chromosome Y.