Chasse aux variants : la France est-elle à la traîne ?
Le séquençage est l’arme la plus efficace pour détecter les nouveaux variants du SARS-CoV-2. Avec l’émergence du variant indien sur le territoire, certains scientifiques jugent que la cette technique est insuffisante en France.
La politique de séquençage actuelle en France est jugée insuffisante pour détecter les variants du coronavirus par certains scientifiques, alors que les pouvoirs publics défendent leur action. Depuis le début de l’année, avec l’arrivée du variant britannique, baptisé variant « Alpha » par l’OMS, Santé publique France a mis en place un dispositif de criblage afin de détecter ce variant sur le territoire.
Contrairement au séquençage des génomes des virus, qui est plus compliqué et qui permet d’avoir une analyse plus fine, le criblage ne détecte que les variants connus. Aujourd’hui, il est utilisé pour suivre la circulation du variant britannique, du Sud-Africain et du brésilien (baptisé respectivement « Alpha », « Beta » et « Gamma ») en France. Certains scientifiques regrettent la difficulté de détection, de fait, du variant indien (« Delta »), qui émerge ces derniers jours et que cette technique ne permet pas de suivre de façon optimale.
Une surveillance insuffisante selon des scientifiques
« Le nombre de tests criblés a connu une baisse (ces derniers temps) et on n’a pas mis en place une détection efficace du variant indien, du variant bordelais, ou encore du variant vietnamien. », jugé Philippe Froguel, diabétologue et généticien au CHU de Lille et à l’Imperial College de Londres.
Durant la semaine glissante du 22 mai au 28 mai, quelque 40 000 tests PCR positives ont été passés au criblage contre un niveau de 95 000 tests criblés au début du mois :
Mais pour la virologue Bruno Lina, directeur du Hospices Civils de Lyon et membre du Conseil scientifique, la réaction de santé publique est à la hauteur face à ce variant. « Quand on dit qu’on ne détecte pas le variant indien en France et cela existe dans d’autres pays, c’est parce que ce variant ne circule pas de la façon importante en France. On a repris les échantillons du réseau de surveillance et on ne le trouve pas. »
Son laboratoire à Lyon, est, avec les trois autres centres nationaux de référence (CNR) et une quarantaine de laboratoires hospitaliers du réseau ANRS, la plateforme qui se charge de la mission de séquençage en France. Selon lui, la France séquence aujourd’hui 4 000 à 6 000 échantillons des génomes de virus par semaine et cette capacité a évolué « de façon considérable » depuis la fin de l’année dernière. Seuls quelques milliers d’échantillons ont été séquencés dans toute l’année 2020.
Pourtant, selon certains scientifiques, ce rythme est toujours très lent. Interrogé par le Figaro , Éric Karsenti, biologiste médaille d’or du CNRS et membre de l’Académie des sciences, a jugé qu’il faudrait séquencer « 10 000 à 15 000 échantillons par semaine » pour avoir une vision plus précise de la circulation du virus en France.
En Europe, la France est à la moyenne
Selon les chiffres de COVID CoV Genomics (CG), un site développé par des chercheurs de l’Institut Broad de MIT et Harvard, la France séquence environ 5 prélèvements du virus pour 1 000 cas positifs. L’Hexagone est dans la moyenne par rapport aux autres pays européens, mais bien en retard comparé à d’autres états.
L’analyse du site est appuyée sur les données de Gisaid, la plateforme internationale qui regroupe tous les séquençages du SARS-CoV-2, et les données de l’Université Johns-Hopkins pour le nombre de cas positifs pour pays.
Selon cette plateforme, les pays nordiques sont en tête de la liste. L’Islande possède un niveau de 712 séquençages pour 1 000 cas positifs et 347 pour le Danemark, qui est au deuxième rang. Après eux, le Royaume-Uni se situe à la troisième place avec un niveau de 87 séquençages pour 1 000 cas
La France se place à la 23e place pour ce critère (avec 5.6 séquençages pour 1 000 cas).
Mais pour Bruno Lina, le directeur de l’un des quatre CNR, la France n’est pas à la traîne. « Aujourd’hui on est sur un niveau de séquençage qui répond aux besoins de santé publique. Ce n’est pas parce qu’on le fait beaucoup et on le fait bien. Regardez le Royaume-Uni, qui a séquencé le premier cas du variant britannique en octobre et qui n’a donné les informations qu’en fin décembre. On voit que ce n’est pas parce qu’on fait beaucoup de séquençages et qu’on interprète bien. O n a aujourd’hui un outil qui a dimensionné à la hauteur de ce qu’on lui demande de faire », défend le directeur.
Les scientifiques qui critiquent la lenteur du séquençage en France dénoncent le manque d’intégration du secteur privé dans ce travail.
Les laboratoires privés excluent
Positionné sur le sujet depuis des mois, le professeur Philippe Froguel a critiqué directement les CNR, estime que ces derniers veulent « une exclusivité du séquençage » en excluant la contribution des laboratoires et des centres génomiques privés comme le sien.
Le biologiste Éric Karsenti, partage la même vision et a affirmé auprès du Figaro qu’il est « tout à fait possible d’augmenter le nombre de séquençages en faisant appel à France Génomique qui sont des experts du séquençage et qui n’ont pas encore été mis à contribution ».
D’après Bruno Lina, l’intégration du secteur privé est prévue : « on rentre bien dans une logique de partenariat. »
Santé publique France a rendu public ce lundi 31 mai un appel à manifestations d’intérêt afin de compléter les capacités de séquençages en France par des laboratoires privés. Mais selon le professeur Philippe Froguel, « cet appel bureaucratique » va prendre un temps long pour mettre en place les choses et il serait préférable de mieux mobiliser les moyens existants, comme France Génomique.
https://www.ouest-france.fr/sante/v [...] 4cff38a16b
Chasse aux variants: pourquoi la France est toujours à la traîne
Le directeur des maladies infectieuses à SPF concède tout de même que tous les laboratoires ne jouent pas le jeu, sans citer de nom. “On est en train de travailler avec le ministère pour savoir où cela bloque, mais je ne pense pas que ce soit de la mauvaise volonté, plutôt une question de ressource et de technicité”, tempère-t-il.
Évidemment, la France n’a pas commencé sa course au variant aussi bien équipée que la Grande-Bretagne ou le Danemark, autre champion du séquençage. Mais le souci n’est-il vraiment que technique? “Le véritable problème, c’est qu’on en est encore à réfléchir en termes de valorisation des données produites et que ça bloque leur diffusion”, souligne Jean-Stéphane Dhersin, Directeur Adjoint Scientifique au CNRS spécialiste en modélisation et responsable de la plateforme de coordination de la modélisation autour du coronavirus, MODCOV19.
“En recherche clinique, les données sont un enjeu central, si vous avez des données originales, par exemple des séquences de génomes inédites, vous pourrez publier des articles dans de grandes revues scientifiques”, décrypte un confrère. Un peu comme les brevets permettent de rentabiliser la recherche d’un vaccin, les données concernant les variants permettent de rentabiliser de coûteux séquençages de génomes. Logique, mais au vu de la crise actuel, cette rétention de données est plutôt surprenante, “dès lors que le recueil de ces données bénéficie d’un important plan de financement public spécifique”, rappelle Jean-Stéphane Dhersin.
Et si la quantité importe, la qualité aussi. Et ici aussi, le bât blesse en France. “Une des difficultés des données français, c’est qu’on ne sait pas à quel point elles sont représentatives, or, plus que la question du nombre, c’est la question des biais qui est importante”, note Patrick Hoscheit.
″Être représentatif, c’est justement le but de nos enquêtes flash”, rappelle Bruno Coignard. Fin janvier, SPF lançait effectivement des grandes campagnes de séquençage basées sur des échantillons aléatoires de test PCR positifs pour vérifier la progression du variant anglais.
“Mais cette politique n’est pas claire, on ne sait toujours pas exactement quelles sont les séquences remontées, à quel point elles sont représentatives de la situation en France”, commente Samuel Alizon, directeur de Recherche au CNRS, spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses. “Les génomes viennent de quelle zone géographique? De quelle tranche d’âge? Aujourd’hui, ces données ne sont pas publiques et donc non vérifiables”, se lamente un autre chercheur, espérant que le gouvernement fasse bouger les choses en termes de transparence.
https://www.huffingtonpost.fr/entry [...] 202706c2ba