A la demande de plusieurs personnes, je crée ce nouveau topic sur le covid-19. Pourquoi faire si il en existe déjà deux ? Et bien ces topics sont animés, très animés avec des dizaines de pages quotidiennes et une impossibilité de fait de suivre des discussions sur certaines questions passionnantes soulevées par le virus et par l'épidémie.  
 
Je propose donc ici d'aborder toutes les avancées sur les aspects médicaux, scientifiques voire technologiques liés au covid-19. Au moment où je crée ce topic, pas moins de 66342 publications scientifiques apparaissent avec le mot clef "covid" dans la base de données pubmed recensant les articles en biologie/médecine. C'est colossal, par comparaison le HIV qui était jusqu'à l'année dernière le virus le plus étudié n'a jamais dépassé les 15000 publications par an. Cela signifie que personne n'a lu la totalité de cette littérature et donc que même la personne la mieux informée sur le sujet va rater de nombreux résultats importants.

Par exemple les discussions sur les sujets suivants sont les bienvenues :
- Comment le covid-19 est apparu chez l'homme, par quelle(s) espèce(s) animale(s) est-il passé auparavant ?
- Comment le virus a-t'il évolué depuis de l'épidémie ? Existe-t'il des mutations significatives parmi les milliers de variants observés ?
- Qu'est ce qu'un virus ? Qu'est-ce qu'un coronavirus ? Comment ça marche ?  
- Points communs et différences entre le covid et d'autres virus comme le Sars, le Mers, les autres coronavirus voire d'autres virus non apparentés comme la grippe
- Les symptômes et la physiologie de la maladie
- Pourquoi certains patients sont asymptomatiques et pas d'autres ? Pourquoi les symptomes diffèrent d'une personne à l'autre
- Quels traitements contre le covid, qu'il s'agisse d'antiviraux ou de médicaments ciblant les symptomes
- Les différents vaccins, où en sont-ils ?
- Les méthodes de dépistage : PCR, sérologie et autres.
- Ou en est le niveau d'immunité dans la population ? L'immunité collective, c'est encore loin ?
 
(NB : je ne suis pas médecin donc j'aurais sans doute plus de mal à lancer des sujets plus médicaux)
 
Ce dont on ne parlera pas ici :
- Le suivi du nombre de cas et la situation sanitaire ===> Tolorfen et Orodreths font un super boulot sur le topic covid principal ( https://forum.hardware.fr/hfr/Discu [...] 8532_1.htm )  
- Quelle réponse sanitaire à la crise liée au covid, le confinement, le couvre-feu, les masques, les mesures de distanciation ===> idem, le topic covid principal est également le bon topic pour ça
- Yarien/Yaparien/Balec/Onvatousmourir ===> topic covid principal
- Je tousse et j'ai de la fièvre, est-ce que j'ai le covid ? ===> C'est dommage mais ce n'est pas sur hfr que vous trouverez la réponse
 
 
Quelles sources d'informations ? Voilà quelques pistes, à compléter bien sur.
 
Résultats de tests cliniques : http://www.metaevidence.org/COVID19.aspx
 
Journaux scientifiques : c'est la source des autres sources, tout ce qui arrive dans la presse sur le covid est passé auparavant par un journal scientifique (ou alors c'est mauvais signe). Ce sont les sources les plus précises mais aussi les moins digestes. Parmi les centaines de journaux scientifiques publiant régulièrement sur le sujet, en voilà trois qui ont un intérêt particulier. Ce sont des revues de haut niveau, donc c'est en général dans ces revues qu'on va trouver les résultats les plus importants. Elles contiennent par ailleurs des articles de vulgarisation (en accès libre) présentant les nouveaux résultats. Enfin, elles ont pour une fois le bon gout de laisser en accès libre une bonne partie des résultats scientifiques liés au covid.
- Le Lancet  . Journal médical
- Le Journal of the American Medical Association ou JAMA     . Journal médical
- Nature   . Journal scientifique généraliste, non médical
-Science . Journal scientifique généraliste, non médical
 
Bases de données/Moteur de recherche d'articles scientifiques  

• La National Library of Medicine, qui gère PubMed, a mis en place une page spéciale covid.
• l'Allen Institute for AI (AI2) propose un moteur de recherche utilisant l'IA pour classifier les articles.
• Microsoft fait pareil, avec des très pratiques suggestions et classifications par tags pour chercher les articles sur le même thème.
• Et toujours Google et son classique Scholar
• Le rapport hebdomadaire de l'INSERM sur les dernières études les plus fiables et peer-reviewé

Toujours l'Inserm, avec d'autres données
 
- https://nextstrain.org/
 
Blogs : je ne les ai pas trop suivi mais les blogs suivants me semblent de bonne qualité. A compléter bien sur
- Le blog de Vincent Racaniello (virologue) https://www.virology.ws/
- This week in virology [url]https://www.microbe.tv/twiv/[/url]
- Un blog du monde https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/
- Les Newsletters de Frederic Adnet (medecin urgentiste et chef de service) https://fr.calameo.com/accounts/6282760
- Le site de Tania Louis, docteur en virologie et médiatrice scientifique https://tanialouis.fr/la-folle-histoire-des-virus/
 
Un peu de couleur (merci à Mikesab)
Cycle de réplication du virus:
(du classique)

 
Les routes d'infections connues:

 
Une liste assez exhaustive des symptômes:

Pour lancer le sujet, je propose un résultat récent sur la façon dont le virus est sorti de Chine pour arriver en Europe et en Amérique du Nord. Si vous vous souvenez, il y a eu un certain nombre de cas ici et là en janvier/février, avant que la situation échappe brutalement à tout contrôle. En analysant les séquences des virus circulant à cette époque, il apparait que le virus est arrivé chez nous en deux temps.
-En janvier, le virus sort plusieurs fois de Chine et donne des clusters en Europe et aux USA mais ceux-ci restent sous contrôle et les virus issus de ces clusters disparaissent sans laisser de descendance.
- Puis arrive le cluster de Lombardie. L'origine de ce cluster daterait environ du 28 janvier. C'est à partir de ce cluster que tout dégénère avec un temps de doublement très court. Ce virus se propage en Europe et atteint New York dès la mi-février.
Pas de comparaison avec la souche D614G mais d'après le timing et la localisation l'apparition de cette souche coincide pas mal avec la dégradation très rapide de la situation à partir de la Lombardie.
 
https://science.sciencemag.org/cont [...] 6/564.full
 

Drap.

Drapeau  

(C'est mon souriard, n'y voyez pas de mâle ).

Merci  

Je n'ai pas très envie de souhaiter longue vie au topic car cela voudrait dire qu'on en a pour longtemps... Qu'il dure au moins le temps de cette crise sanitaire  

Sur Twitter, je suis depuis le début le Pr Frédéric Adnet qui se démarque par la concision de ses informations et sa non-contagion au virus grosse tête media  
On peut suivre ses newsletters ici > https://fr.calameo.com/accounts/6282760

Super idée !
Enfin un truc lisible sans tous les HS de merde

Aller je contribue.

Un superbe article du Newyorker sur un labo P3 de Harlem qui étudie le SARS-COV-2 depuis mars.

Entre autre découverte, le virus pirate nos cellules à un niveau exceptionnel ! (60% d'ARN viral dans une cellule infectée au lieu de 1% pour les virus habituels ! Ils n'ont jamais vu ça, seul niveau comparable, la polio).
Le virus bloque également la réponse interféron mais pas la réponse cytokinique.
Bref il a l'air bien pénible ce virus

Attention, en Anglais, long, un peu technique mais abordable pour l'informaticien que je suis.
Bonus, très bon résumé du système immunitaire et de son historique (majorité de l'article en fait).

How the Coronavirus Hacks the Immune System

https://www.newyorker.com/magazine/ [...] une-system

Super, merci pour le topic

Drap

 
OK, mais un petit peu dommage quand même à mon humble avis. Dans ma compréhension, il y a des scientifiques, au sens large disons, qui cherchent à comprendre quelles sont les bonnes mesures à appliquer. Quelque chose à l'intersection des sciences sociales, de l'épidémiologie et de la médecine.  
 
Exemple (article payant, désolé flemme de chercher un exemple gratuit) :  
 
Covid-19 : dans le Grand Paris, les personnes âgées défavorisées sont les premières victimes
 

 
 
La politique n'est jamais loin, qui peut attirer les trolls, mais je classe ça dans "science".

'bonsoir bonne idée je drap

Drap’

D'ailleurs, dans mon article linké au dessus, ils disent que cette stratification par âge de la gravité de la maladie est assez exceptionnelle aussi.

Ils tentent de l'expliquer par un système immunitaire dégradé avec l'âge, mais c'est le cas pour toutes les maladies, et pourtant seul le Covid semble avoir une différence aussi nette entre les jeunes et les vieux.

Les enfants carrément insensibles aux effets graves (à de très rares exceptions), c'est vraiment le méga jackpot qu'on ait eu avec cette maladie (et la seule raison qui fait que je mette les gosses à l'école).

Un article que j'avais trouvé intéressant sur le fait que l'approbation et le déploiement d'un premier vaccin "bof" causera des problèmes éthiques et pratiques pour la recherche de meilleurs vaccins :

https://www.sciencemag.org/news/202 [...] etter-ones

Un peu de couleur pour la première page:

Cycle de réplication du virus:
(du classique)

Les routes d'infections connues:

Et, bien sûr, une liste assez exhaustive des symptômes:

Hello , merci pour le topic  

Encore un topic Cauvide qui va faire beaucoup de pages ...

Calculateur de besoin d'aération en intérieur :
http://lafabrique.centralesupelec.fr/avf/

Merci pour la création du topic    
 
Voici quelques méta moteurs sur les sources scientifiques, que j'avais posté sur le topic principal. Au début de l'épidémie, les grands noms de l'informatique et du traitement de données par IA ont planché sur l'indexation des études sur le covid :
 

• La National Library of Medicine, qui gère PubMed, a mis en place une page spéciale covid.
• l'Allen Institute for AI (AI2) propose un moteur de recherche utilisant l'IA pour classifier les articles.
• Microsoft fait pareil, avec des très pratiques suggestions et classifications par tags pour chercher les articles sur le même thème.
• Et toujours Google et son classique Scholar

Bien entendu la majorité des études sont en anglais, souvent avec une formulation technique. Toujours basé sur l'IA, Deepl est un outil de traduction qui s'en sort vraiment pas mal sur ce genre de papiers.

Drap

 
La quantité d'ARN viral ne présage pas forcément du niveau auquel le virus pirate les cellules. Par définition, un virus pirate les cellules sinon il ne va pas très loin. Et pour ce faire, il a besoin notamment de détourner les ribosomes cellulaires, les "machines" qui produisent les protéines et qui sont un des éléments les plus importants de la cellule. Les ribosomes sont normalement là pour produire les ARN cellulaires à partir de gènes cellulaires, sauf que les virus en ont besoin pour leurs propres ARN. A partir de là il y a plein de stratégies possibles.
- La stratégie du "flooding" qui consiste à inonder la cellule avec les ARN viraux pour que statistiquement ils soient lus plus souvent
- Eliminer les ARN cellulaires pour qu'il ne reste plus que les ARN viraux  
- "Détruire" une partie du ribosome pour que celui ne fonctionne plus, et apporter un correctif pour que le ribosome fonctionne à nouveau mais uniquement avec les ARN viraux  
- etc...
 
Certaines stratégies notamment la dernière fonctionnent très bien avec une quantité faible d'ARN viral vu que les ARN cellulaires s'accumulent sans être utilisés et donc ils ne gênent pas le virus.
 
---
Pour ce qui est de bloquer la réponse interféron, tous les virus ont à un niveau ou à un autre des stratégies pour se défendre contre le système immunitaire, au moins le temps d'infecter la personne suivante. Un virus incapable de se défendre, il ne fait pas long feu. Le système interféron est un des principaux moyens de défense antivirale de notre organisme et c'est donc également un des systèmes contre lequel les virus ont développé le plus de solutions. Et encore on parle de "petits virus" avec un génome relativement court (30 000 paires de base) et qui ont besoin de gérer le système immunitaire pendant seulement une dizaine de jours. Pour des virus qui infectent une personne pendant des années voire pendant la vie entière, ça devient autrement plus critique d'avoir des défenses efficace.

 
Ces sujets sont très intéressants et d'ailleurs j'y participe sur le topic de Tolorfen. Cependant si on parle de ce thème, ça va faire 90% des posts du topic et on va retomber sur le même problème que le topic principal, les autres thématiques vont être noyées dans la masse.
 
Edit : j'ai rajouté les liens proposés ici dans le premier post

 
J'avais raté cet article mais je le trouve également très intéressant et il pose bien les problématiques qu'il y a derrière (et pas uniquement sur le point que tu soulèves). Ca explique également bien pourquoi il faut avoir plusieurs projets de vaccin concurrents, avec des stratégies aussi différentes que possible plutôt que de mettre tous nos efforts sur un gros projet.
 
Cette question notamment est importante :  
 

 
Les vaccins ciblent traditionnellement un des composants du virus, la(es) protéine(s) dites d'enveloppe (généralement appelée "spike" dans le cas du covid). C'est probablement une des meilleures cibles surtout pour l'immunité B, par contre pour l'immunité T ce n'est pas le cas. Plusieurs projets font un "all-in" sur la protéine d'enveloppe et donc ils prennent un risque de ce côté. La contrepartie c'est que ces vaccins sont probablement plus surs.

Il faut ajouter Twiv (This week in virology) à la FP
Le podcast de référence sur le sujet
https://www.microbe.tv/twiv/

 
Vincent Racaniello que je citais est associé à eux mais j'ai rajouté ton lien  

[quotemsg=61232570,24,1014991]

J'avais raté cet article mais je le trouve également très intéressant et il pose bien les problématiques qu'il y a derrière (et pas uniquement sur le point que tu soulèves). Ca explique également bien pourquoi il faut avoir plusieurs projets de vaccin concurrents, avec des stratégies aussi différentes que possible plutôt que de mettre tous nos efforts sur un gros projet.

Cette question notamment est importante :

Les vaccins ciblent traditionnellement un des composants du virus, la(es) protéine(s) dites d'enveloppe (généralement appelée "spike" dans le cas du covid). C'est probablement une des meilleures cibles surtout pour l'immunité B, par contre pour l'immunité T ce n'est pas le cas. Plusieurs projets font un "all-in" sur la protéine d'enveloppe et donc ils prennent un risque de ce côté. La contrepartie c'est que ces vaccins sont probablement plus surs.[/quotemsg]
Qu'est-ce que tu entends par "plus sûrs"? Niveau efficience ou  effets secondaires?

Posté sur le topic principal mais j’envoie ici aussi : La Revue Francophone des Laboratoires propose ce mois un article très complet sur les différents tests covid : https://www.sciencedirect.com/scien [...] 5X20303130 (en Français)
 
Sinon je suis tombé sur un article récent sur l'ozonothérapie dans le traitement du covid. D'après Wikipedia, c'est assez foireux : Aucune des variantes de l'ozonothérapie n'est agréée par les grandes agences gouvernementales de régulation des pratiques thérapeutiques
 
En plus, la technique d'injection utilisée semble pas super safe  
 
Par ailleurs, la technique dénommée DIV (Direct Intravenous Injection), qui consiste à injecter l'ozone « directement » dans la circulation sanguine, est formellement décriée par la plupart des instances précitées, car elle comporte des risques secondaires graves, dont une possible embolie ainsi que d'autres éventuelles conséquences adverses indésirables, voire potentiellement létales.
 
   
 
Conclusion de l'étude :
 
This preliminary report describes the clinical outcomes in a small group of patients with COVID-19 who were moderately ill (SIMEU clinical phenotypes 2–4) and were treated with BAT plus O3-AHT with respect to BAT alone. Specifically, clinical improvement status was observed in 53% of the patients in the O3 group and 33% in the control group; instead, the clinical stability was observed in 40% of O3-AHT group and in 50% in the control group, failure was observed in 7% of O3-AHT group with respect to 17% of the control group. Mortality was observed in only two cases in the control group: the low rate of mortality may be due to the patients’ profiles enrolled in the study with mild or moderate cases of pneumonia due to SARS-CoV-2.
 
 
Bon, leurs groupes c'est 2x30 patients... Le journal Internal and Emergency Medicine qui a accepté l'article n'a pas l'air trop pourri non plus, même si on est loin des références du domaine...  
 
Vous en pensez quoi de ce genre de traitement un peu "alternatif" ?
 

 
C'est moins vrai aujourd'hui où on utilise des vecteurs recombinants mais auparavant il y avait des risques d'effets secondaires plus importants.

https://www.medrxiv.org/content/10. [...] 20191205v2
Evolution of immunity to SARS-CoV-2

Je suis pas sur d'avoir tout compris mais il est dit que même si la production d'anticorps décroit après l'infection, l'organisme devrait en recréer rapidement lors d'une réinfection. Bonne nouvelle donc si ça se confirme

Le conseil scientifique de HFR vient de voir le jour.
Faire médecine grande encore

C'est quoi ton avis epsilon sur cette histoire de variant issu des visons qui passerait à travers les vaccins ? C'est méga ultra puant comme nouvelle ou j'interprète mal ?

 
Honnêtement je ne sais pas trop quoi en penser, je ne trouve pas les séquences correspondantes et je ne suis apparemment pas le seul. Même si ceux à l'origine de cette observation n'ont pas eu le temps d'écrire un article, la moindre des choses est de publier la séquence si on considère qu'il y a un vrai gros problème urgent (publier une séquence doit prendre 5 minutes). Ce tweet résume assez bien mon avis :
 
https://twitter.com/firefoxx66/stat [...] 2039182339
 

 
Que le virus passe de l'homme à une autre espèce n'a rien d'incroyable, il a déjà franchi une barrière d'espèce l'année dernière pour infecter l'Homme donc il peut parfaitement le refaire d'autant plus qu'avec des centaines de millions de cas de covid en un an, il a du avoir un certain nombre d'opportunités. D'autant plus que le vison est sauf erreur de ma part assez sensible aux coronavirus humains.
Par contre de là à dire qu'il y a des mutations très inquétantes qui seraient apparues à cette occasion, j'aimerais bien un peu plus de preuves. Là, il n'y a rien de concret et on est censé croire sur parole, sauf que c'est pas comme ça que ça marche.

Ok

Si ça se trouve avec les visons on passe à coté d'une variante moins dangereuse qui aurait éteint l'épidémie

 
Et qui rend le poil soyeux
 
Plus sérieusement, aujourd'hui, je suis tombé sur un article à propos d'un traitement "prometteur" quoique pas encore testé à ce stade, à base de sybodys, soit des mini anticorps synthétiques:
https://www.sciencesetavenir.fr/san [...] or=CS2-37-
L'article scientifique cité:
https://www.nature.com/articles/s41467-020-19204-y
 
Pour les scientifiques du topic: votre avis sur cette approche ?

Je n'ai pas osé poser la question ailleurs mais quid du rôle de projets comme Folding@home, Rosetta@home et WCG. Je lis qu'ils ont permis de décrire des mécanismes de fonctionnement du virus et de trouver des substances qui seraient des candidats antivirus à tester mais je n'ai qu'une vague idée de ce que ça vaut.

 
Le génome du covid contient une dizaine de gènes permettant de produire au total une bonne vingtaine de protéines. Chacune de ces protéines va remplir un ou plusieurs rôles bien précis. La protéine S dont on a parlé quelques fois permet par exemple au virus de trouver le récepteur ACE2 à la surface d'une cellule puis de rentrer dans celle-ci. On va retrouver une RdRp, une protéine majeure permettant de recopier le génome viral et de produire des ARNm, on va retrouver diverses protéines capables de neutraliser certaines défenses cellulaires et ainsi de suite.  
 
Une bonne partie de ces protéines sont des cibles potentielles pour des antiviraux. Par exemple si on empêche la RdRp de fonctionner, le virus ne peut plus dupliquer son génome et donc il ne peut plus se multiplier (c'est la cible visée -avec peu de succès- par le remdesivir), si on empêche S de se lier à ACE2 le virus ne peut plus rentrer dans une cellule et donc c'est également terminé pour lui, etc...
 
Comment fait une molécule thérapeutique pour bloquer une protéine virale ? Pour une molécule antivirale, ça va se passer la plupart du temps de la façon suivante. Les protéines sont des chaines d'acide aminés se suivant dans un ordre précis. Par exemple, la protéine M du virus (une des petites protéines du virus) a la séquence d'acides aminés suivante, où chaque lettre représente un acide aminé précis.
 

 
Cette séquence en acide aminé se déduit de façon immédiate du génome viral et donc on détermine très rapidement la "formule chimique" de chaque protéine. Cependant cette formule chimique est totalement insuffisante pour comprendre comment la protéine fonctionne ou comment la bloquer avec un inhibiteur. C'est un peu comme si dans un site archéologique on retrouvait 2000 pages en une langue qu'on ne sait pas déchiffrer, ça nous ferait une belle jambe.
 
Pour déchiffrer le message contenu dans une protéine, on a besoin de savoir comment elle s'organise dans l'espace. Chaque atome constituant une protéine va se placer à un endroit précis dans l'espace, ce qui va donner à la protéine une forme précise. On dit que la protéine va se "replier". La séquence en acide aminé de la protéine va en première approximation être associé à un unique arrangement (ou "structure" ) en 3 dimensions. Une fois que l'on connait la structure de la protéine dans l'espace (et moyennant encore pas mal de boulot), on va pouvoir comprendre bien plus précisément comment la protéine fonctionne. Par exemple sur la protéine S, on va voir à la surface de sa structure une zone capable de se lier à la protéine cellulaire ACE2. Donc si on dispose d'une molécule capable de s'accrocher à cette zone de la protéine S, elle va la bloquer et ACE2 ne pourra plus s'accrocher.
 
Là où intervient Folding@home, Rosetta et autres, c'est dans la détermination des structures tridimensionnelles. Cette étape peut être effectué de façon expérimentale mais c'est un travail très lourd et pas forcément très adaptée au screening de milliers d'inhibiteurs puisque pour chaque inhibiteur, il faut en théorie une nouvelle structure. Folding et les autres proposent de calculer in silico la structure de la protéine (avec éventuellement des inhibiteurs) à partir de la seule séquence. Ce sont des calculs extrêmement lourds même pour une petite protéine, à la limite de nos capacités actuelles (et au-delà pour des "grosses" protéine comme S ou la RdRp qui sont des cibles particulièrement intéressantes)
 
Finalement, on se retrouve dans une stratégie hybride, bien plus performante que chaque méthode prise individuellement. Grace à un très gros effort, les structures  sans inhibiteurs d'une bonne partie des protéines du covid ont pu être déterminées par des approches expérimentales. Ces structures expérimentales sans inhibiteurs peuvent ensuite être utilisées comme point de départ par les serveurs de prédiction de structure, ce qui réduit considérablement le volume des calculs, ce qui permet également de traiter des protéines de grande taille et le tout en améliorant la fiabilité du résultat. Les programmes de prédiction peuvent donc trier bien plus rapidement que le ferait les approches expérimentales les quelques molécules les plus prometteuses parmi les milliers qui sont testées. Les molécules sélectionnées sont alors validées (ou non) expérimentalement mais le taux d'échec est très fortement diminué, ce qui fait gagner un temps énorme.

On sait déjà que les visons contaminent les humains (cas prouvés sur des travailleurs en Hollande).
Que le gouvernement Danois décide de détruire l'intégralité de son industrie des visons, c'est qu'il y a quelque chose.

Probablement une mutation du spike problématique pour les vaccins.

Heureusement les frontières sont fermées et l'épidémie légère là bas  

Du coup, est-ce que ça signifie que d'ici 10-20 ans, avec l'augmentation de la puissance de calcul, on pourra créer bien plus facilement des antiviraux ?
Voir les designer entièrement de manière informatique ?