Juste quelques commentaires et précisions sur le post de daouar au lieu de le laisser sombrer dans les profondeurs du topic
daouar a écrit :
Neurologic manifestations in 1760 COVID-19 patients admitted to Papa Giovanni XXIII Hospital, Bergamo, Italy
La plus grosse cohorte existante sur les conséquences sur le système nerveux du sars-cov-2, par des neurologues qui ont eu la "chance" d'être affecté à une unité covid de Bergame. Au passage : It is worth noting that more than 50% of our patients were below 65 years of age. This observation should alert physicians that neurologic involvement is not a exclusive prerogative of the older population
Sur la cohorte, 7.8% ont eu des atteintes neurologiques, mais le détail est trop technique pour mes maigres connaissances en la matière...
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Sur les 265 observations d'atteinte neurologique, environ 1/4 étaient potentiellement fatales avec surtout des AVC, des syndromes de Guillain-Barré et une poignée de syndromes plus rares mais pas très sympathiques.
C'est une des approches les plus utilisées actuellement pour le développement de molécules thérapeutiques, que ce soit contre le covid, contres pathogènes et même contre des maladies qui n'ont rien de contagieux. Une grande partie de l'activité biologique d'un humain, d'un hamster, d'une méduse, d'un pissenlit, d'une bactérie ou d'un virus comme le covid est le fait de protéines. Les protéines ne sont pas juste une source alimentaire pour faire gonfler les biceps mais ce sont avant tous des grosses molécules remplissant une ou plusieurs fonctions très précise. Pour prendre quelques exemples de protéines très connues : l'hémoglobine est une protéine de nos globules rouges capable de transporter l'oxygène en le fixant au niveau au niveau des poumons et en le relarguant dans le reste de l'organisme. Ou encore la kératine, une protéine capable de s'accrocher à elle-même pour former des assemblages de grande taille que nous appelons suivant les cas "ongles", "cheveux", "pwals" ou encore "cornes". Les enzymes sont une sous-famille de protéines (en première approximation) capable de réaliser des réactions chimiques précises.
Pour situer, un humain comme la plupart des vertébrés a de l'ordre de 30000 protéines différentes. Les bactéries, "plus simples", sont aux alentours de 5000. Les virus encore plus petits en ont encore largement moins. Le covid en a une dizaine, ce qui lui suffit à se multiplier et à nous pourrir la vie.
La plupart des protéines (dont les enzymes) ont une forme (ou "structure" ) bien précise. C'est à dire que les atomes constituant ces protéines sont disposés à un endroit précis, ce qui donne à cette protéine sa structure. Cette structure est une protéine essentielle puisque c'est elle qui définit la fonction de la protéine. Par exemple, une enzyme va avoir à sa surface une zone appelée "site actif" avec une forme particulière. Une molécule-cible avec une forme complémentaire va pouvoir s'accrocher à la protéine, à la façon des pièces de puzzle. Et comme pour les pièces de puzzle, seules les molécules-cibles avec exactement la bonne forme vont pouvoir s'accrocher. Une fois accrochée à l'enzyme, cette enzyme va réaliser la réaction chimique pour laquelle elle est prévue puis relarguer la molécules cible.
Imaginons à présent qu'on ait une protéine nuisible. On voudrait donc pouvoir la neutraliser, sans pour autant neutraliser les 30000 protéines de notre organisme qui elles font leur boulot essentiel. Une solution serait d'avoir une molécule "avec la bonne forme", capable de s'accrocher solidement au site actif de cette protéine nuisible mais que cette molécule soit insensible à la réaction chimique générée par cette enzyme. Cette enzyme se retrouve alors piégée : son site actif est bloqué et elle ne peut plus fonctionner. On a donc potentiellement une molécule thérapeutique qu'il faudra ensuite valider en essais cliniques.
Une des approches les plus efficaces actuellement pour concevoir des molécules thérapeutiques, que ce soit contre le covid ou contre n'importe quelle pathologie contagieuse ou non consiste donc à concevoir des molécules vérifiant les propriétés décrites dans le paragraphe précédent. Ca peut se faire in vitro avec des "banques" de molécule qu'on va tester une par une jusqu'à ce qu'on en trouve une qui marche. Ca peut aussi se faire in silico par modélisation, ce qui demande alors une puissance de calcul très importante. C'est là que les projets de calcul distribué sont très utiles pour la mise au point de ces molécules.
La dizaine de protéines du covid constituent autant de protéines potentielles à cibler. Cependant certaines sont plus simples à viser que d'autres. Par exemple la protéine appelée S est la cible privilégiée des anticorps monoclonaux, ce dont on a parlé en long et en large avec Trump et son Regeneron. Une autre est nsp12, une enzyme capable de dupliquer le génome du virus et qui est la cible visée avec plus ou moins de succès par la ribavirine, le remdesivir et d'autres. Et donc celle dont on parle est une "protéase", une enzyme du virus nécessaire pour activer les autres protéines du virus. Sans cette protéase aucune des protéines du virus ne peut fonctionner, ce qui en fait une cible très intéressante.
L'abre phylogénétique est bien sur incomplet, ils ont pris quelques variants représentatifs des milliers de variants déjà identifiés dans le monde. Parmi ces milliers il y a plein de variants "français", y compris des variants "parisiens", "marseillais" ou "mulhousiens" mais jusqu'à preuve du contraire aucun de ces variants ne se comporte différemment des autres, que ce soit en terme de contagiosité ou de pathogénicité. La seule mutation qui semble avoir eu un effet jusque là est celle qui est apparu au tout début de l'épidémie (sans doute en janvier) quand elle est arrivée en Europe et qui a rapidement supplantée les autres souches en raison d'une contagiosité supérieure. Et encore même pour celle-là ce n'est pas parfaitement clair.