Reprise du message précédent :

 
comment est calculé le " facteur d'impact" ?

jama intern med impact factor dans google  
http://www.bioxbio.com/if/html/JAMA-INTERN-MED.html
 
J'avoue ne pas avoir chercé d'autre indicateurs à partir de 19 on est plus à une vache près.

Tu t'attaques à un gros morceau

 
À priori c'est, en gros, le nombre total de citations d'articles dans le journal divisé par le nombre total d'articles dans le journal, sur une ou plusieures années. Dans le cas de JCR c'est 2 ans.
 
Un papier qui semble bien expliquer: https://www.uksg.org/sites/uksg.org [...] 84HK78.pdf

Les valeurs p sont donnés en supp. info

Mais la p-value ne permet d'éliminer les variables croisées ?
Je veux dire quelle est la réduction de risque associée à une alimentation plus riche en légumes ?
Ou alors j'ai soit mal compris, soit raté l'info dans la publi.

Je pose ça là :
 

 
avec l'article qui va avec : DECRYPTAGE : L’alimentation BIO associée statistiquement à une réduction du risque de cancer au global dans NutriNet-Santé ?
 
Limites de l'étude :
 

• Cette étude est une étude observationnelle (et non pas une étude d’intervention/essai clinique), ce qui ne permet pas de conclure à éventuellement une relation causale.
• Le biais de sélection de la population : les participants de NutriNet-Santé sont des volontaires (comme dans pratiquement toutes les études cohortes !). Ces sujets ne sont pas représentatifs de la population générale, ils sont généralement mieux éduqués ou plus attentifs à leur santé/leur alimentation. On ne peut donc pas extrapoler directement ces résultats. De même, les consommateurs de bio mangent généralement mieux en terme de qualité nutritionnelle. Cependant il est possible de sous-estimer cette relation entre la consommation de bio et la réduction du risque de cancer dans cette population qui « mange mieux » que la population. Ce biais a été pris en compte par les nombreux facteurs d’ajustement dans les modèles et les analyses de sensibilité (stratification, ajustements…).
• La durée de suivi de 4 ans et demis est faible par rapport au temps de développement de certains cancers de plusieurs années.  Le biais de causalité inverse ne peut pas être exclu. Les associations identifiées sont restées après avoir retirés les cas incidents des 2 premières années de suivi.
• Cela explique le très faible nombre de cas incidents de cancer pour les cancers colorectaux (n=99), les lymphomes non hodgkiniens (n=47) et les autres lymphomes (n=15). Ce qui rend difficilement interprétable les risques relatifs pour ces cancers avec peu de cas incidents.
• L’exposition alimentaire a été modélisée par des quartiles de consommateurs de bio. La partition en classe introduit une perte d’information (on ignore la répartition des individus dans les classes) et l’interpolation linéaire peut surestimer ou sous-estimer la valeur réelle des paramètres. Heureusement les résultats sont cohérents entre l’exposition alimentaire en continue et en quartiles.
• La non-détection de cas de cancer ne peut pas être exclue
• Les facteurs de confusion résiduels peuvent être présents. Par exemple, la cohorte NutriNet ne comporte pas de données sur les facteurs génétiques comme des SNPs.

 
Les forces de cette étude
 

• Un grand nombre de participants
• Un grand nombre de prises en compte de facteur de confusion
• Une estimation détaillée de la consommation du bio (plus détaillée que dans l’étude de The Million Women Study) avec l’utilisation d’un score
• De nombreuses analyses de sensibilité
• La validation des questionnaires alimentaires et des cas

C'est une analyse de régression utilisant le modèle de Cox (utilisé historiquement pour l'estimation des survies, mais qu'on peut appliquer à l'incidence de nouveaux évènements).
La p-value est calculée en fonction de covariables selon le modèle utilisé (les 3 modèles sont décrits dans la table 4).

 
tu ne m'a pas compris,  
je réagissait à "Toute la profession agricole, ingénieurs agronomes et autres technolâtres addicts à l'ultracapitalisme sont bien sûr vent debout pour pointer les erreurs méthodo et confirmer que c'est bien l'ingestion régulière de pesticides variés qui fait les centenaires "
j'aime pas ces raccourcis peu constructifs.
juste pour signaler que le bio est AUSSI de l'agro alimentaire de masse, représenté par la même  "profession agricole, ingénieurs agronomes et autres technolâtres addicts à l'ultracapitalisme"
 
et perso je mange raisonnable : 'bio' (peu de produit transformés surtout) et de proximité + mon potager (plein de dioxine, mais bio..).  
 
 

C'est-à-dire que ce traitement permet d'attribuer à chaque variable détectée une influence sur le résultat ?
J'ai l'impression que tu parles de la figure sans numéro et non la table 4 ?
Aurais-tu un lien qui explique cette analyse ?

je retiens surtout quelles sont les personnes qui mangent bio ici, car quand il n'y aura plus rien à cultiver à cause du réchauffement climatique ce sont celles là qu'il faudra manger en premier pour être en bonne santé.

Pardon, c'est la table 2, et oui c'est à peu près ça (à ceci près que ce ne sont pas des variables "détectées" mais des covariables identifiées au départ comme possiblement liées à la durée avant l'apparition de l'évènement considéré).
 
C'est un peu compliqué de détailler ici le fonctionnement d'un modèle de Cox, et je suis pas expert non plus donc j'ai peur de dire des choses imprécises.
Un papier relativement clair à ce sujet : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2394368/

Oui, par détecté j'entendais effectivement ça.
Je vois de quoi ça parle, on fait ce genre des trucs dans le même genre en modélisation. Merci pour le lien.

Au sujet de Nutrinet.
 
Je sais bien que le propre du topic est de canarder sur tout ce qui bouge mais clairement je trouve cette étude plutôt bien construite et les conclusions prudentes.  
Ce qu'en font les médias ensuite est autre chose.

Ben, le topic semble plutôt ok avec les conclusions non ?

 
Malheureusement c'est assez courant les études tout à fait sérieuses dont la version vulgarisée est digne de ce topic.

 
C'est presque plutôt la norme... surtout dans certains torchons.

 
Presque plutôt la norme ?    
 
C'est carrément la norme que la reprise grand public soit un bon titre pute à clic passant 90% des conditions nécessaires et des précautions à avoir pour se focaliser sur le petit paragraphe qui va bien.

 
n'oublie pas l'usage putassier du présent dans le titre, et le conditionnel dans tout le reste de l'article

 
J'essayais de rester prudent.  

Ha ici aussi vous parlez du papier sur le bio. J'ai fait un post sur le sujet sur le topic OGM. Je le reproduis ici car le topic OGM personne n'y va jamais
 
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Après le plus gros problème de cette étude, ou plutôt les deux gros problèmes c'est la sélection des sujets : ils ne sont pas choisis aléatoirement dans la population cible, n'importe qui peut faire partie de l'étude, il suffit de s'inscrire sur internet. C'est un très mauvais biais de sélection. Malheureusement les chercheurs font comme ils peuvent, ils n'ont pas des fonds illimités, faut bien qu'ils trouvent un moyen d'avoir des cohortes de bonne taille et recruter sur internet est un moyen facile et peu coûteux d'avoir des sujets, donc évidemment on leur jette pas la pierre, mais c'est une très vilaine faiblesse de leur étude je pense. Et puis si il y a un apport continu de sujet, c'est plus vraiment une cohorte, non ? Du coup comment ils choisissent ceux qu'ils incluent dans leur analyse ? Ceux qui ont été recrutés depuis combien de temps ? Je ne sais pas comment on fait d'habitude. Ça pose quelques questions méthodologiques.
 
Le deuxième gros problème c'est le taux de rétention. Le plus gros problème des études de cohorte en épidémiologie c'est de garder les sujets sur le long terme, et au plus on a d'abandons, de sujets perdus de vue, au plus l'interprétation des résultats devient scabreuse. Là le site de l'étude annonce 250 000 participants recrutés et le papier en compte seulement 60 000. Ça me parait un taux de rétention abominablement bas, surtout pour une période aussi courte (7 ans pour le moment). Ça vaut donner quoi dans 10 ans ? 20 ans ? 30 ans ?
 
Concernant les résultats on avait déjà eu des études sur le même sujet qui avaient conclu l'inverse :
 
voir ici pour un résumé :
https://www.pseudo-sciences.org/spip.php?article2570
 

https://www.tandfonline.com/doi/abs [...] 0490911846
 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed [...] t=Abstract
 
Et surtout une autre étude de cohorte, beaucoup plus solide (échantillon beaucoup plus large et beaucoup moins biaisé), la million women study :

https://www.nature.com/articles/bjc2014148
 
 
Bon bien sûr les médias ne font à aucun moment état de la million woman study. Le plus intéressant par contre reste les lymphomes non hodgkiniens, puisque les deux études montrent une possible association entre alimentation bio et risque réduit de lymphome non hodgkinien, on tient sans doute une piste intéressante là-dedans. A part ce ça, difficile de soutenir l'idée que l'alimentation bio a un impact significatif sur la santé des consommateurs.
 
Ha oui et un dernier truc rigolo, c'est la rubrique "conflits d'intérêts" :

 
J'ai du mal à comprendre, les conflits d'intérêts c'est pourtant le dada des journalistes habituellement, si un type arrive avec une étude qui dit que le glyphosate est bon pour la santé et qu'un des auteurs de l'étude a un jour bossé pour Monsanto, ils foutent à la poubelle direct, ils expliquent que le papier a été commandé directement par Monsanto et que ce n'est qu'un tissu de mensonge. Même quand y a pas de conflit d'intérêts ils essaient d'en trouver, parce qu'on ne la leur fait pas à eux. Mais là bizarrement, aucune mention de celui-ci, qui apparait pourtant en toutes lettre dans l'article original, même pas de travail d'investigation à fournir. Non vraiment c'est incompréhensible, ils devaient être mal réveillés  

 
parfois ils ont du remord et mettent un point d'interrogation comême.  
 

Primum Non Nocere  et David Louapre de Science Etonnante ont fait chacun un fil sur Twitter à ce sujet. Très intéressant d'ailleurs. Doc Primum participe à l'étude, et apparemment le Groupe 4 a des question extrêmement contraignantes qui participerais pour beaucoup au facteur de confusion.
D'ailleurs, j'ai appris plein de termes et une méthodologie que je ne connaissais pas jusque là, donc elle est très bien cette études

et où sont comptés les fameux effets secondaires des produits obsolètes et dangereux dont l'agriculture bio abuse ?

 
Règle n°1 du titre putaclic. Si le titre est une question, la  vraie réponse sera non.

 
Ouais
J'avais lu un truc dans le genre qui disait en substance  
 
"si le titre votre article de vulga scientifique est une question et que la réponse à la fin de l'article est "non", ça ne valait sans doute pas la peine de l'écrire "

À mon avis c'est une belle connerie pour le coup.

C'etait juste une vanne, ça venait a la fin d'une diatribe sur la vulgarisation scientifique façon "ça m'intéresse' avec des titres putaclik genre "le vaccin universel contre le cancer pour 2018 ?"

Sinon par rapport au études épidémio je trouve que ça serait éclairant d'avoir aussi un paramètre tel que le nombre de jours d'arrêt maladie Parce que pour ma part si l'étude m'indique qu'on a plus de chance d'avoir un cancer du fion en mangeant bio ou de la mÿthe en mangeant pas bio, ça devient dur d'avoir une vue éclairée du meilleurs choix à faire

 
Comme disait gabug "c'est que l'association retenue est liée à une réduction absolue du risque de cancer de 0.6%, ce qui signifie qu'il faut que 166 personnes adoptent le comportement concerné pour éviter un cancer. Donc si relation causale il y a, l'effet ne parait pas cliniquement très important."
 
C'est donc toujours à mettre en corrélation avec ça

Un tiny risk qui est quand même la deuxième cause de mortalité au monde.

Se faire tirer dessus par un chien nageur avec un flingue c'est la deuxième cause  de mortalité au monde ?  

Waouh qui l'eut cru ?

 
t'as jamais entendu parler des chiens de fusil ?

Les shark attacks aussi c'est tout ptit comme proba.

L'augmentation du risque de crever, dans cette discussion, elle est plutôt liée aux cancers favorisés par l'anxiété provoquée par ce genre de raisonnement de paranos congénitaux, en fait.

Bonjour.
 
https://www.sciencesetavenir.fr/san [...] lz0-e4dXV0

 
Bullshit, pas bullshit ?

Et la synchronisation des bâillements des gens, même sans contact visuel ou auditif ?

C'est le seul phénomène qui se transmet plus vite que la vitesse de la lumière dans le vide.

Je suis en train de lire le papier là : http://www.pnas.org/content/early/ [...] 1703643115
C'est un peu costaud.
Apparemment la théorie du couplage inter-cerveaux est très à la mode (pas mal de vidéos sur youtube par exemple), par contre pour l'instant je ne saurais pas trop donner mon propre avis sur le sujet.

J'ai lu aussi, franchement sans baigner dans le sujet, ça semble difficile de se faire une idée critique.

Oui c'est pour ça que je poste ici, s'il y a des pros du domaine dans le coin

 
tu as des liens ?
 
Je vois déjà pas de définition claire de ce qu'est le "brain-to-brain coupling"
en gros, de ce que je comprends, dans certains cas, les réseaux de neurones de deux cerveaux se comporteraient comme s'ils bossaient pour un unique cerveau ? juste parce que les gens se touchent ? (et que donc en gros ça met en relation les cerveaux par le biais des stimuli divers ?)