Ce sont quelques complications qui peuvent survenir lors de la prise du médicament, en sachant que les effets secondaires induits varient selon les individus.
 
Les effets indésirables de la chloroquine en chimio prophylaxie sont très rares et se manifestent, sous forme de prurit, éruptions cutanées, pigmentation ardoisée des ongles et des muqueuses, lentement réversible, troubles de l’accommodation, opacification de la cornée réversible à l’arrêt du traitement, baisse de l’acuité visuelle, rétinopathie.
Les effets indésirables de la chloroquine en traitement curatif, se manifestent sous forme de céphalées, nausées, risque d’abcès au point d’injection, et de choc anaphylactique aux sulfites avec la forme injectable.

· il est important de prévenir immédiatement votre médecin en cas de survenue des effets suivants afin que votre médecin décide d’une prise en charge et d’une surveillance adaptées :
 
o Si votre vision se trouble ou se modifie, une atteinte de la rétine pourrait être suspectée.
 
o Si vous développez des troubles neurologiques appelés troubles extrapyramidaux qui se caractérisent par des mouvements anormaux au niveau de la tête et du cou (spasmes de la face, contraction des mâchoires, mouvements anormaux des yeux, difficultés pour avaler ou pour parler, torticolis) ou encore par une contracture généralisée du corps.
 
o Si vous présentez une éruption cutanée associée ou non à de la fièvre, de la fatigue, à une perturbation de l’état général, ou encore à un gonflement des ganglions. Un syndrome d’hypersensibilité médicamenteuse pouvant potentiellement mettre votre vie en danger pourrait être suspecté, les cas rapportés restant exceptionnels (voir rubrique 4).
 
o Si vous avez perdu connaissance, avez ressenti des sueurs, des tremblements, des palpitations cardiaques, ou que vous étiez pâle. Ces signes peuvent être évocateurs d’une hypoglycémie (baisse des concentrations en sucre appelé glucose dans le sang). La chloroquine peut provoquer une diminution du niveau de glucose dans le sang. Un contrôle du niveau de glucose dans le sang pourra être nécessaire.
 
o Si vous ressentez des palpitations ou des troubles cardiaques (cœur qui bat trop vite, trop lentement ou de manière irrégulière ) pendant le traitement, vous devez en informer immédiatement votre médecin. Le risque d’apparition de problèmes cardiaques peut augmenter avec la dose. Par conséquent, la posologie recommandée doit être respectée. Il a été signalé chez des patients traités par la chloroquine des cas de maladie cardiaque, conduisant à un dysfonctionnement du cœur entrainant parfois le décès.

Toxicité, effets adverses et secondaires
 
Longtemps ce médicament n'a pas été mis sur le marché car jugé trop toxique par l'industrie pharmaceutique. Sa toxicité aiguë et chronique est citée par des études médicales dès les années 194026. Ses effets nocifs, multi-organe si ce n'est systémiques, ainsi que ceux de ses dérivés et spécialités commerciales ont été peu à peu précisés, dès les années 1950. Ils concernent notamment les usages autres qu'antipaludéens, souvent chroniques, et où les doses sont plus élevées (ex. : comme anti-inflammatoire, antiviral ou pour traiter le lupus érythémateux)27. Ces traitements induisent un cumul de doses dépassant celui des thérapies antipaludiques28.
 
Les effets toxiques incluent des réactions neuromusculaires, auditives, gastro-intestinales, cérébrales, cutanées, oculaires, sanguines et cardiovasculaires. Leurs mécanismes sont encore mal compris ; ils pourraient notamment être induits par des métabolites oxydants, induisant des espèces réactives de l'oxygène29. Dans le modèle animal, l'hydroxychloroquine (HCQ) est 2 à 3 fois moins toxique que sa molécule-mère (la chloroquine) tout en ayant des propriétés pharmacologiques proches30,31,32. C'est aussi un des métabolites de la chloroquine33.  

Remarques d'intérêt toxicologique  
 
    On considère généralement que les risques induits par la chloroquine et plus encore par l'hydroxychloroquine sont acceptables et faibles si la dose thérapeutique recommandée est respectée76,77 ; les accidents sont souvent dûs à un surdosage accidentel ou volontaire (suicide). Chez l'adulte, 1 à 1,5 g (20 mg/kg) suffisent à induire une toxicité et 5 g sont potentiellement mortelles78. Pour l'hydroxychloroquine, moins toxique, Shishtawy et al. en 2014 recommandaient de ne pas dépasser « 6,5 mg/kg de poids corporel (soit 200–400 mg/jour) »32. Et Vaziri notait vingt ans plus tôt (en 1994) que des formulations à microencapsulation, à « libération contrôlée et au goût masqué » réduiraient ou vireraient beaucoup de ces effets toxiques79.
    L'hydroxychloroquine (HCQ) en tant que médicament ou métabolite de la chloroquine a une demi-vie assez longue dans l'organisme humain (environ un mois) et il lui faut six mois environ pour être entièrement éliminée du corps, faisant que certains effets secondaire perdurent plusieurs semaines ou mois après l'arrêt du traitement33.
    La chloroquine (ou l'HCQ) n'est pas arrêtée par la barrière placentaire33.
    Longtemps la grossesse n'a pas été considérée comme une contre-indication au traitement (y compris en combinaison avec l'Azithromycine80), puis des indices et des études sur le modèle animal ont montré que cette molécule doit être évitée chez la femme enceinte (et idéalement dans les mois précédent la grossesse, en raison de sa demi-vie). À forte dose, des avortements et effet tératogènes (malformations oculaires : anophtalmies et microphtalmies) sont constatés chez le rat de laboratoire exposé in utero81. L'œil embryonnaire concentre la chloroquine (qui est un chorio-rétinotoxique), et on a montré en 2013 (par l'injection intraveineuse de chloroquine radiomarquée à des souris gravides) que le produit traversait rapidement le placenta et qu'il s'accumulait sélectivement dans les structures mélaniques des yeux fœtaux. De plus ces tissus oculaires conservaient encore le médicament cinq mois après son élimination du reste du corps54. Selon la fiche de sécurité du phosphate de chloroquine : « il n'y a pas d'études adéquates et bien contrôlées évaluant l'innocuité et l'efficacité de la chloroquine chez les femmes enceintes. L'utilisation de chloroquine pendant la grossesse doit être évitée, sauf dans la suppression ou le traitement du paludisme lorsque, de l'avis du médecin, le bénéfice l'emporte sur le risque potentiel pour le fœtus »82,55,83,33.
    La chloroquine et nombre de ses dérivés peuvent interférer négativement avec d'autres médicaments, vaccins ou avec la prise de certaines drogues ; ce sujet est abordé plus bas.