Au Brésil, l’épidémie de Covid-19 est aujourd’hui dominée par plusieurs lignées virales SARS-CoV-2 qui ont toutes en commun de posséder la mutation E484K dans la protéine S (spike ou spicule), qui permet au virus de se fixer sur les cellules qu’il infecte. Cette mutation est problématique dans la mesure où elle peut contribuer à un échappement aux anticorps.

Parmi ces lignées virales brésiliennes, le variant P.1 est considéré comme préoccupant (Variant Of Concern ou VOC en anglais). Deux autres lignées, baptisées P.2 et N.9, sont considérées comme des variants à suivre, encore appelés variants d’intérêt (Variants Of Interest ou VOI en anglais).

Les variants VOC P.1 et P.2 ont évolué au Brésil à partir du même lignage (B.1.1.28) alors que le VOI N.9 dérive, lui, d’un autre lignage (B.1.1.33). Ce dernier est probablement apparu dans ce pays en août 2020 et s’est répandu dans différents états des régions Sud-Est, Sud, Nord et Nord-Est.

Le variant P.1 a été pour la première fois identifié au Japon chez des voyageurs en provenance d’Amazonas, état du nord du Brésil. Il s’est rapidement diffusé à travers tout le Brésil depuis son identification le 11 janvier 2021. Il a ensuite été établi qu’il était déjà présent dans des échantillons biologiques collectés début décembre 2020. Des analyses phylogénétiques ont montré qu’il avait probablement émergé au début ou à la fin de novembre 2020. À Manaus, capitale de l’état de l’Amazonas, la fréquence du variant P.1 a très rapidement atteint les 73 % en janvier Contrairement à la lignée dont il dérive, le variant P.1 renferme les mutations E484K et N501Y, également présentes dans le variant B.1.351 identifié en Afrique du Sud. Il comporte environ 35 mutations. L’une d’elles est la mutation K417N/T, située, comme E484K, dans une région cruciale dénommée RBD, qui est le domaine de liaison de la protéine spike au récepteur cellulaire ACE2.

Le variant P.1 renferme donc trois mutations préoccupantes dans le RBD de la protéine spike : K417N/T, E484K et N501Y.

Isolé dans trente-six pays

À ce jour, outre le Brésil et le Japon, le variant P.1 a été isolé dans 34 autres pays (par ordre décroissant du nombre de séquences génétiques rapportées) : Italie, États-Unis, Belgique, Pays-Bas, Allemagne, France, Royaume-Uni, Espagne, Suisse, Portugal, Irlande, Japon, Suède, Turquie, Mexique, Australie, Nouvelle-Zélande, Jordanie, Luxembourg, Norvège, Roumanie, Singapour, Costa Rica, Aruba (Antilles néerlandaises), Iles Féroé, Corée du Sud, Slovénie, Saint-Martin (Caraïbes). En Amérique du Sud, il a été isolé au Chili, au Pérou, en Colombie, au Paraguay, en Équateur, en Guyane française et au Suriname. La semaine du 6 avril 2021, en Guyane, le variant brésilien représentait 76 % des prélèvements criblés et/ou séquencés (le variant anglais était, lui, présent à hauteur de 11 %).

En France, des enquêtes « flash », faisant appel au séquençage du génome viral sur une sélection aléatoire de prélèvements RT-PCR positifs, sont régulièrement menées. Celle du 16 mars 2021 a montré une prévalence nationale du variant P.1 de 0,5 %.

Au niveau national, Santé publique France déclarait pour la semaine du 22 au 28 mars 2021 une suspicion cumulée de variant sud-africain ou brésilien de 4,4 % sur la base de résultats de tests PCR positifs de criblage.

Chez les 10-19 ans, la proportion de suspicions de variant sud-africain ou brésilien était de 3,8 %, de 4,5 % chez les 20-29 ans, de 3,9 % chez les 40-49 ans, de 4,3 % chez les 30-39 ans, de 3,9 % chez les 40-49 ans, de 4,1 % chez les 50-59 ans. Elle est de 4,4% chez les 60-69 ans et 70-79 ans et de 4,8 % chez les 80-89 ans. Chez les personnes âgées de 90 ans et plus, cette proportion est de 5,1 %.

Un variant plus contagieux

À ce jour, les études ont estimé que le variant P.1 est 1,4 à 2,2 fois plus contagieux que la souche de référence. Publiée le 23 mars 2021 sur le site medRxiv, une étude, réalisée par des épidémiologistes de l’université fédérale de Santo André (état de São Paulo), rapporte une transmissibilité de P.1 2,6 fois plus importante par rapport à la souche de référence [1].

Au Brésil, le variant P.1 serait donc un peu plus contagieux que le variant anglais B.1.1.7 qui, lui, présente une transmissibilité accrue d’un facteur 2,3 par rapport à la souche historique de référence.

Réinfections par le variant P.1

Les estimations de cette équipe brésilienne confirment par ailleurs la capacité du variant P.1 à entraîner des réinfections, à savoir provoquer une nouvelle infection chez des individus ayant déjà été infectés par la souche ancestrale.

Selon les estimations des épidémiologistes brésiliens, les réinfections par P.1 représentaient 28 % de cas survenus à Manaus entre novembre 2020 et janvier 2021 [2].

Quid de la dangerosité du variant P.1 ?

Mais le variant P.1 est-il pour autant plus virulent que les lignées qui circulaient auparavant au Brésil ? À ce jour, les données cliniques manquent. On ignore si P.1 est associé à une charge virale plus élevée ou à une durée d’infection plus longue. En d’autres termes, la pathogénicité de P.1 est encore inconnue.

La presse brésilienne fait néanmoins état d’une augmentation de la mortalité chez des patients plus jeunes qu’auparavant. On peut cependant noter que l’on observait déjà, au début de la pandémie, plus de décès chez les patients de moins de 60 ans au Brésil par rapport à ce que l’on avait observé en Chine ou en Italie.

Afin d’en savoir plus, des épidémiologistes américains (Cincinnati, Ohio) et brésiliens (université fédérale de l’état du Parana, Curitiba) ont analysé les données sanitaires de cet état situé dans le sud du Brésil, frontalier avec l’Argentine au sud-ouest et le Paraguay à l’ouest. Publiée le 26 mars sur le site medRxiv, leur étude porte sur des informations collectées entre le 1er septembre 2020 et le 17 mars 2021. Dans l’état du Parana, le variant P.1 a été identifié pour la première fois le 16 février 2021. Depuis mars 2021, il a été isolé dans environ 70 % des échantillons biologiques collectés.

Les résultats préliminaires obtenus par Maria Helena Santos de Oliveira et ses collègues montrent que depuis la diffusion du variant P.1 on observe une augmentation du taux de létalité au Parana dans toutes les tranches d’âge, en particulier parmi les jeunes adultes et ceux d’âge moyen. Il n’a cependant pas été noté de risque accru de décès chez les enfants et les adolescents.

Plus précisément, le taux de létalité parmi les 20-29 ans a ainsi triplé entre janvier et février 2021, passant de 0,04 % à 0,13 % dans cette fourchette d’âge. Durant cette même période, il a doublé parmi les 40-49 ans, atteignant 0,9 % dans cette classe d’âge. De même, ce taux a quasiment doublé chez les 30-39 ans et les 50-59 ans. Une augmentation des décès a également été observée parmi les plus de 60 ans, mais pas dans les mêmes proportions.

Les raisons de l’augmentation du taux de létalité dans ces différents groupes d’âge ne sont pas claires. Cela tient-il à une plus forte exposition au virus parmi les adultes les plus jeunes ou à une virulence accrue du variant P.1 ? Il n’est pas possible aujourd’hui de conclure entre ces deux hypothèses. En effet, il semble difficile de distinguer entre ce qui tiendrait d’une augmentation de la virulence du SARS-CoV-2 et ce qui ne serait que la conséquence d’une pression extrêmement forte sur les hôpitaux, d’un manque de lits de soins critiques, d’un manque d’approvisionnement en oxygène, voire d’un effondrement local ou régional d’un fragile système de santé. Avec pour résultat une prise en charge médicale non satisfaisante et une mortalité plus importante.

Bien que l’on puisse penser que la transmissibilité accrue du nouveau variant P.1 a entraîné une saturation du système hospitalier et un dépassement des capacités de soins, force est de constater que l’augmentation de la létalité a pourtant coïncidé avec une baisse du nombre total de cas d’infections dans l’état du Parana, font remarquer les chercheurs. Il est donc possible que les adultes jeunes, gagnés par la « fatigue pandémique », soient moins respectueux des gestes barrières et s’exposent donc plus au virus. Cette hypothèse est cependant loin d’être pleinement satisfaisante pour expliquer la soudaine augmentation de la létalité alors même que le nombre de cas diminue.

Au Brésil, l’épidémie de Covid-19 est aujourd’hui dominée par plusieurs lignées virales SARS-CoV-2 qui ont toutes en commun de posséder la mutation E484K dans la protéine S (spike ou spicule), qui permet au virus de se fixer sur les cellules qu’il infecte. Cette mutation est problématique dans la mesure où elle peut contribuer à un échappement aux anticorps.
 
Parmi ces lignées virales brésiliennes, le variant P.1 est considéré comme préoccupant (Variant Of Concern ou VOC en anglais). Deux autres lignées, baptisées P.2 et N.9, sont considérées comme des variants à suivre, encore appelés variants d’intérêt (Variants Of Interest ou VOI en anglais).
 
Les variants VOC P.1 et P.2 ont évolué au Brésil à partir du même lignage (B.1.1.28) alors que le VOI N.9 dérive, lui, d’un autre lignage (B.1.1.33). Ce dernier est probablement apparu dans ce pays en août 2020 et s’est répandu dans différents états des régions Sud-Est, Sud, Nord et Nord-Est.
 
Le variant P.1 a été pour la première fois identifié au Japon chez des voyageurs en provenance d’Amazonas, état du nord du Brésil. Il s’est rapidement diffusé à travers tout le Brésil depuis son identification le 11 janvier 2021. Il a ensuite été établi qu’il était déjà présent dans des échantillons biologiques collectés début décembre 2020. Des analyses phylogénétiques ont montré qu’il avait probablement émergé au début ou à la fin de novembre 2020. À Manaus, capitale de l’état de l’Amazonas, la fréquence du variant P.1 a très rapidement atteint les 73 % en janvier Contrairement à la lignée dont il dérive, le variant P.1 renferme les mutations E484K et N501Y, également présentes dans le variant B.1.351 identifié en Afrique du Sud. Il comporte environ 35 mutations. L’une d’elles est la mutation K417N/T, située, comme E484K, dans une région cruciale dénommée RBD, qui est le domaine de liaison de la protéine spike au récepteur cellulaire ACE2.
 
Le variant P.1 renferme donc trois mutations préoccupantes dans le RBD de la protéine spike : K417N/T, E484K et N501Y.
 
 
 
 
Isolé dans trente-six pays
 
À ce jour, outre le Brésil et le Japon, le variant P.1 a été isolé dans 34 autres pays (par ordre décroissant du nombre de séquences génétiques rapportées) : Italie, États-Unis, Belgique, Pays-Bas, Allemagne, France, Royaume-Uni, Espagne, Suisse, Portugal, Irlande, Japon, Suède, Turquie, Mexique, Australie, Nouvelle-Zélande, Jordanie, Luxembourg, Norvège, Roumanie, Singapour, Costa Rica, Aruba (Antilles néerlandaises), Iles Féroé, Corée du Sud, Slovénie, Saint-Martin (Caraïbes). En Amérique du Sud, il a été isolé au Chili, au Pérou, en Colombie, au Paraguay, en Équateur, en Guyane française et au Suriname. La semaine du 6 avril 2021, en Guyane, le variant brésilien représentait 76 % des prélèvements criblés et/ou séquencés (le variant anglais était, lui, présent à hauteur de 11 %).
 
En France, des enquêtes « flash », faisant appel au séquençage du génome viral sur une sélection aléatoire de prélèvements RT-PCR positifs, sont régulièrement menées. Celle du 16 mars 2021 a montré une prévalence nationale du variant P.1 de 0,5 %.
 
Au niveau national, Santé publique France déclarait pour la semaine du 22 au 28 mars 2021 une suspicion cumulée de variant sud-africain ou brésilien de 4,4 % sur la base de résultats de tests PCR positifs de criblage.
 
Chez les 10-19 ans, la proportion de suspicions de variant sud-africain ou brésilien était de 3,8 %, de 4,5 % chez les 20-29 ans, de 3,9 % chez les 40-49 ans, de 4,3 % chez les 30-39 ans, de 3,9 % chez les 40-49 ans, de 4,1 % chez les 50-59 ans. Elle est de 4,4% chez les 60-69 ans et 70-79 ans et de 4,8 % chez les 80-89 ans. Chez les personnes âgées de 90 ans et plus, cette proportion est de 5,1 %.
 
Un variant plus contagieux
 
À ce jour, les études ont estimé que le variant P.1 est 1,4 à 2,2 fois plus contagieux que la souche de référence. Publiée le 23 mars 2021 sur le site medRxiv, une étude, réalisée par des épidémiologistes de l’université fédérale de Santo André (état de São Paulo), rapporte une transmissibilité de P.1 2,6 fois plus importante par rapport à la souche de référence [1].
 
Au Brésil, le variant P.1 serait donc un peu plus contagieux que le variant anglais B.1.1.7 qui, lui, présente une transmissibilité accrue d’un facteur 2,3 par rapport à la souche historique de référence.
 
Réinfections par le variant P.1
 
Les estimations de cette équipe brésilienne confirment par ailleurs la capacité du variant P.1 à entraîner des réinfections, à savoir provoquer une nouvelle infection chez des individus ayant déjà été infectés par la souche ancestrale.
 
Selon les estimations des épidémiologistes brésiliens, les réinfections par P.1 représentaient 28 % de cas survenus à Manaus entre novembre 2020 et janvier 2021 [2].
 
Quid de la dangerosité du variant P.1 ?
 
Mais le variant P.1 est-il pour autant plus virulent que les lignées qui circulaient auparavant au Brésil ? À ce jour, les données cliniques manquent. On ignore si P.1 est associé à une charge virale plus élevée ou à une durée d’infection plus longue. En d’autres termes, la pathogénicité de P.1 est encore inconnue.
 
La presse brésilienne fait néanmoins état d’une augmentation de la mortalité chez des patients plus jeunes qu’auparavant. On peut cependant noter que l’on observait déjà, au début de la pandémie, plus de décès chez les patients de moins de 60 ans au Brésil par rapport à ce que l’on avait observé en Chine ou en Italie.
 
Afin d’en savoir plus, des épidémiologistes américains (Cincinnati, Ohio) et brésiliens (université fédérale de l’état du Parana, Curitiba) ont analysé les données sanitaires de cet état situé dans le sud du Brésil, frontalier avec l’Argentine au sud-ouest et le Paraguay à l’ouest. Publiée le 26 mars sur le site medRxiv, leur étude porte sur des informations collectées entre le 1er septembre 2020 et le 17 mars 2021. Dans l’état du Parana, le variant P.1 a été identifié pour la première fois le 16 février 2021. Depuis mars 2021, il a été isolé dans environ 70 % des échantillons biologiques collectés.
 
Les résultats préliminaires obtenus par Maria Helena Santos de Oliveira et ses collègues montrent que depuis la diffusion du variant P.1 on observe une augmentation du taux de létalité au Parana dans toutes les tranches d’âge, en particulier parmi les jeunes adultes et ceux d’âge moyen. Il n’a cependant pas été noté de risque accru de décès chez les enfants et les adolescents.
 
Plus précisément, le taux de létalité parmi les 20-29 ans a ainsi triplé entre janvier et février 2021, passant de 0,04 % à 0,13 % dans cette fourchette d’âge. Durant cette même période, il a doublé parmi les 40-49 ans, atteignant 0,9 % dans cette classe d’âge. De même, ce taux a quasiment doublé chez les 30-39 ans et les 50-59 ans. Une augmentation des décès a également été observée parmi les plus de 60 ans, mais pas dans les mêmes proportions.
 
Les raisons de l’augmentation du taux de létalité dans ces différents groupes d’âge ne sont pas claires. Cela tient-il à une plus forte exposition au virus parmi les adultes les plus jeunes ou à une virulence accrue du variant P.1 ? Il n’est pas possible aujourd’hui de conclure entre ces deux hypothèses. En effet, il semble difficile de distinguer entre ce qui tiendrait d’une augmentation de la virulence du SARS-CoV-2 et ce qui ne serait que la conséquence d’une pression extrêmement forte sur les hôpitaux, d’un manque de lits de soins critiques, d’un manque d’approvisionnement en oxygène, voire d’un effondrement local ou régional d’un fragile système de santé. Avec pour résultat une prise en charge médicale non satisfaisante et une mortalité plus importante.
 
Bien que l’on puisse penser que la transmissibilité accrue du nouveau variant P.1 a entraîné une saturation du système hospitalier et un dépassement des capacités de soins, force est de constater que l’augmentation de la létalité a pourtant coïncidé avec une baisse  du nombre total de cas d’infections dans l’état du Parana, font remarquer les chercheurs. Il est donc possible que les adultes jeunes, gagnés par la « fatigue pandémique », soient moins respectueux des gestes barrières et s’exposent donc plus au virus. Cette hypothèse est cependant loin d’être pleinement satisfaisante pour expliquer la soudaine augmentation de la létalité alors même que le nombre de cas diminue.