Post-1789. De nombreux contre-révolutionnaires chrétiens essaient de résister à la Convention. La plupart sont des civils qui ne jouissent plus librement du droit de culte. La Convention leur envoie une armée pour leur faire fermer leurs gueules. Cette armée est vaincue. Le gouvernement enrage. Il crie vengeance. Les contre-révolutionnaires sont arrêtés et faits prisonniers. Ils sont plusieurs dizaines à être exposés en place public et fusillés lors de grandes rafles. Parfois les munitions manquent et les fusilliers achèvent les blessés à la baïonnette. Après des mois d'horreur, les fusilliers eux-mêmes refusent de prendre part aux atrocités. Une partie des victimes n'est que vaguement associée aux contre-révolutionnaires, beaucoup ne sont même pas jugés. Les rafles et la terreur auront duré deux ans. Deux mille personnes sont mortes et balancées dans des fosses communes.
Vingt-cinq ans plus tard, une chapelle a été érigée en leur mémoire et les corps ont été en grande partie récupérés pour créer un ossuaire.
Aujourd'hui, la crypte est visitable sur rendez-vous, mémorial d'un des plus grands massacres civils de l'époque. Elle est aussi devenue lieu de culte non-officiel du bloc identitaire de Lyon.