Tout d’abord, la première exigence en cas de configuration à plusieurs disques : ne laisser branché que celui qui accueillera l’installation !!!
Dans ton cas, tu vas devoir débrancher l’ancien disque, avant de redémarrer et relancer l’installation. Ça évitera que le nouveau Windows mette ses fichiers de démarrage sur l’ancien disque, ce qui menacerait de t’empêcher de démarrer le nouveau Windows si jamais tu devais virer ce disque dur.
Une fois que ce sera fait et que le nouveau Windows sera installé, tu pourras rebrancher l’autre disque et refaire pointer tes dossiers utilisateurs (Documents, Images, etc.) vers ceux du disque dur.
Attention à te rendre propriétaire des dossiers en question depuis le nouveau Windows, et à bien mentionner le chemin d’accès complet vers ces dossiers (D:\Users\TonAncienCompte\Documents pour Documents, et ainsi de suite pour les autres) !
Enfin, pour ce qui est de Linux… Le nouveau Windows ne l’ayant pas vu (et de toute façon, Windows est un goujat qui ne connaît que lui-même), tu n’auras plus de dual boot au démarrage. Soit tu vas devoir appuyer sur une touche au redémarrage pour accéder à un menu proposant sur quel disque démarrer ; soit tu devras passer par un Linux live pour restaurer Grub (mais si tu as déjà installé un Linux, je pense que tu sauras comment faire).