Ton dossier global et le (ou les) autres sont bien sensés arrivés sur des répertoires différents sur le poste client ?
Si oui tu peux faire ça : un repo par dossier, et un pull.
Tu peux aussi faire un seul gros repo avec tout, et ne descendre sur les postes clients que les dossiers dont tu as besoin. Mais tu auras d'autres soucis, par exemple une gestion des droits bancales où tout le monde a accès à tout, alors qu'avec un repo par groupe tu peux faire des accès en conséquence.
Tu pourrais t'amuser à faire des branches ou utiliser des mécanismes magiques compliqués de git mais si tu débutes c'est pas forcément idéal.
Tu vas certainement trouver des gens pour dire que git (ou plus généralement n'importe quel SCM) n'est pas fait pour faire de la gestion de configuration et d'environnement, etc, mais si le but est d'y stocker des scripts et de les tenir à jour ça ira très bien. Par contre évidemment pour y balancer des binaires de 1Go genre installeurs de trucs et machins, c'est moins fait pour même si ça peut fonctionner aussi.
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