Reprise du message précédent :
Je viens ici pour pas être noyé dans le topic covid  
 

 
 
 
Aujourd'hui on peut espérer que les pires mutations sur la spicule ont eu lieu ? Genre, le variant delta, on fera pas mieux ? Mais donc, les vaccins ARNm étant basés sur cette spicule, on serait protégés contre des mutations "ailleurs" sur le virus ?  
On peut s'attendre à quoi, en fait, comme mutations ? Est-ce qu'on peut espérer "rien" ?

 
Ca dépend de ce qu'on appelle "pire".
- Si c'est pour augmenter la contagiosité, j'espère qu'on est au maximum ou pas loin parce que ça commence à être très élevé là.
- Si c'est pour augmenter l'échappement, je pense qu'on de quoi s'occuper pour quelques siècles. Cependant ces mutations se feront souvent au détriment de la contagiosité. Si on regarde le variant qui échappe le mieux à l'immunité (le sud-africain), c'est pas le plus efficace pour se transmettre. Il s'est fait écrabouiller par le variant anglais qui s'est fait lui-même mettre une raclée par le variant indien.
 
Etant donné qu'il n'y a quasiment aucune chance pour que le covid disparaisse, je pense qu'on a vu pour le moment qu'une infime proportion des mutations possibles. La grippe invente toujours des nouveaux variants 5000 ans après son apparition. Ce qu'il faut espérer pour le covid, c'est qu'on approche du moment où toute mutation d'échappement ne pourra se faire qu'au détriment de sa contagiosité et/ou de sa pathogénicité et donc que la sévérité de la pandémie refluera

j'ai besoin de vos éclairages de sachants.
 
J'ai fouillé sans succès https://www.santepubliquefrance.fr/ [...] sur-geodes
 
Les chiffres actuels calculent des taux d'incidence (nb de cas positifs pour 10.000 habitants).
 
Je me réfère à la carte pour les PO :
https://germain-forestier.info/covi [...] emaine.png
 
Comment calculent-ils la population globale des PO en cette période touristique ?
Comment parviennent-ils à prendre en compte la population touristique supplémentaire ?
 
Je comprends pas. Je ne vois aucune donnée fiable sur laquelle s'appuyer pour calculer la population réelle.
 
S'ils restent sur la population habituelle du département, ça crée forcément des décalages dans les départements les plus touristiques (qui sont ceux les plus touchés à l'heure actuelle)

 
Quand un labo balance un résultat de test vers Sidep il balance son FINESS géographique et l'adresse du patient (j'imagine même principe pour les antigeniques en pharmacie)

 
c'est quoi le "FINESS géographique" ?
Et en quoi, ça joue ?
 
Est-ce les taux d'incidence sont calculés par partir des résultats de tests (nb positif / nb total) ?
 

 
Auto-réponse (j'ai fini par trouver à côté)
 
Le résultat du test utilise le FINESS / adresse du patient pour localiser sa résidence et le prendra en compte avec cette adresse  
=> les taux d'incidence sont mesurés par SPF en nombre de résidents positifs / nb de résidants total du département-région-pays.
 
pour l'exemple, Un parisien en tourisme en pyrénées orientales et se faisant tester positif sera conmptabilisé à Paris, pas les pyrénées.

Bon, vu que ça ne prend pas sur le topic poubelle...
 
La question de l'efficacité déclinante des vaccins avec le temps n'est-elle pas un raisonnement un peu circulaire ? On mesure jusque-là une efficacité qui s'est limitée à une fenêtre de temps. Si on prend cette efficacité comme une probabilité par unité de temps, sachant qu'on mesure le global pour l'instant, alors in fine on voit une efficacité par unité de temps constante, mais une efficacité globale déclinante avec le temps (forcément, par composition).
 
Correct ? Je n'ai pas fait les calculs, mais en soi ça me paraît pas débile.

salut
 
si je ne dis pas de betise:
 
- on mesure dans les premiers temps ,les anticorps dans le sang dus aux vaccins.
-les anticorps baissent au bout d un moment,normal
-les lymphocytes"memoire" doivent "prendre" le relais pour une re infection plus tard
 
mais en même temps,on a ces saletés de variants qui déjoue les anticorps vaccin v1 dirons nous,qui donc,mathématiquement,atténue l "efficacité" des anticorps parce que non "adéquat".
 
d ou ma grogne contre le temps a attendre les v2 par exemple,mais a priori Pfizer doit commencer a tester son v2 indien au mois d aout
 
ta probabilité par unité de temps tient a chaque combo variant/virus  

 
Pour l'instant tout les vaccins restent très efficace contre les variants.  
 

Question : combien de molécules d'ARNm dans un vaccin Pfizer et combien de cellules chez un humain ?
 
Merci

 
Pfizer: 30 micrograms d'ARN. On pourrait calculer le poids moléculaires de l'ARNm pour en déduire la quantité.
Nombre de cellules humaines: 30'000'000'000'000 cellules humaines: https://journals.plos.org/plosbiolo [...] io.1002533

 
L'ARNm de Pfizer contient environ 4500 nucléotides. Tu comptes 300 Da pour un nucléotide, sachant que le Da, l'unité de masse classiquement utilisée en biologie correspond à la masse d'un atome d'hydrogène.
 
Il y a environ 30 µg d'ARNm dans le vaccin Pfizer. Il ne reste plus qu'à poser les calculs !

 
J'arrive à 1E13, ça me parait beaucoup par raport aux 3E13 du nombre de cellules, non?

 
Aucune idée du nombre de cellules qui vont se mettre à produire la protéine S. Je ne connais pas les détails du conditionnement de Pfizer mais il y a de bonnes chances que les molécules d'ARNm ne soient pas isolées mais qu'elles forment des grappes. Autrement dit, tu vas avoir une grande majorité des cellules qui ne vont jamais voir un ARNm et une poignée qui vont en avaler 100, 1000, 10000 ...., d'un coup. Il faudrait comparer avec le vaccin Moderna qui utilise une autre stratégie de conditionnement. Il faudrait aussi comparer aux doses utilisées avec les ARNm oncolytiques où l'objectif est de ne rater aucune cellule cancéreuse et où les doses à utiliser sont donc sans doute bien plus importantes.

Rappel de la nécessité (again) d'avoir un grand nombre d'individus vaccinés face à Delta plus contagieux

https://www.nature.com/articles/d41586-021-02054-z

Rapport inter-académique sur la Covid-19 et le monde animal : que sait-on du chaînon manquant ?

https://www.sciencemag.org/news/202 [...] us-do-next

tiens, info que j'avais raté, après les lettres grecques, on aura droit aux constellations pour les noms de variants

Le fénofibrate, nouveau traitement miracle ?  
 
https://www.news-medical.net/news/2 [...] ients.aspx
 
Ils rentrent en seconde phase si j'ai bien compris  
 
 
 

Oui, plusieurs etudes en phase 2.  
Et meme en phase 3, il y a deja des trucs:
https://clinicaltrials.gov/ct2/show [...] w=2&rank=1

Je me demande comment ça fonctionne, quand même, pour moi c'est une molécule qui fait baisser les triglycérides (et ça fonctionne parfaitement), j'ai du mal à saisir le rapport avec le covid Sauf si les triglycérides jouent un rôle dans l'inflammation ?

Apparement, le covid-19 augmenterait le taux de lipides chez certains patients, et serait toxique.

 
Je ne vois pas trop non plus le mécanisme qui pourrait être derrière. Cependant ça reste des résultats très préliminaires (pas de groupe placebo et petits effectifs) et l'effet n'est pas encore démontré.

C est un activateur de prolifération des peroxysomes, au niveau mécanistique. PPAR

Interessant:
 
 
Sur les vaccins a adénovirus, il y aurait des problemes des splicing sur l'ARNm, donc des proteines Spike incomplète qui se libèrent dans la circulation sanguine, et c'est ce qui créerait (au conditionel pour le moment) les problèmes de thromboses.  
 
Source:
https://www.nature.com/articles/d41586-021-02291-2

 
 
Et le pre-print, avec discussion Q&A:
https://www.researchsquare.com/article/rs-558954/v1

Je ne sais pas si c'est la bonne explication mais si c'est le cas c'est pas une bonne nouvelle pour le vaccin Sanofi. Leur protéine recombinante a de bonnes chances de se comporter comme les protéines issues de l'épissage.

C'est fou quand même qu'ils n'aient pas pensé a ce détail de splicing. Surtout la cytotoxicité de la proteine Spike est maintenant connue.

 
Cela dit c'est comême pas de bol de générer un site d'épissage "par hasard"

Donc elle irait dans la circulation sanguine ? Un de problème du SARS-Cov2 est justement que la protéine Spike s'attache aux récepteurs ACE-2 un peu partout ou c'est possible, comme les petits vaisseaux sanguins. (si je me souviens bien).

 
Probablement. La protéine S est une protéine membranaire avec sa région transmembranaire au C-ter. La partie N-terminale est exposée au milieu extracellulaire et c'est elle qui s'attache aux récepteurs et également elle qui est la cible des anticorps anti-covid. Si par épissage (ou par protéolyse limitée) la protéine perd son domaine transmembranaire, elle n'est plus retenue et flotte librement dans l'espace extracellulaire. Donc ça va faire de la protéine S "libre" qui va se balader dans la circulation sanguine.

c'est dredi, je peux m'en méler  
surtout à ce sujet   je connais très bien

Oui, elle fera tomber les taux de triglycerides circulantes (TG) mais ce n'est pas son intéret (voir plus bas). Cela dit, pour répondre à ta question, il y a tout un univers de régulation de l'inflammation (et de la réponse immune) par les lipides.
Je ne connais pas trop les triglycerides, mais je sais qu'elles sont (comme les phospholipides de nos membranes cellulaires) des substrat de lipases qui vont en libérer de l'acide arachidonique ou linoléique. Or, ces deux là, ils sont au sommet de cascades biochimiques qui conduisent à la biosynthèse de molécules régulant l'inflammation comme les prostaglandines ou d'autres éicosanoïdes comme on dit.

Pas tout à fait. En fait non.
C'est un ligand activateur (= une petite molécule qui se fixe sur une protéine pour l'activer) d'une famille de protéines appelées les Peroxysome Proliferator activated receptors. PPAR (Pipare en français   )
En fait, tu fais deux confusions:
- les fibrates sont des activateurs des PPAR, pas les PPAR eux-mêmes
- les PPAR ont été ainsi appelés il y a 30 ans parce qu'ils étaient exprimés en réponse au traitement de modèles cellulaires ou murins à un groupe de molécules appelées "peroxysome proliferators". Ces molécules activent la prolif des péroxysomes, pas les PPARs.
C'est une remarque de forme.

Sur le fond, les fibrates activent les 3 PPARs connus : alpha, beta/delta et gamma.
Je ne connais que le troisième et, en particulier mais pas que, il joue un rôle considérable
1- dans la régulation négative de l'inflammation (=il calme le jeu),
2- dans la diminution du stress oxydatif,
3- dans l'augmentation de la biosynthèse et de la fonction des mitochondries, et
4- dans le métabolisme cellulaire (en boostant la synthèse d'acides gras).
Chaque point 1, 2, 3, 4 est bon pour l'hôte:
1- moins d'inflammation, meilleure survie (même si immunoévasion avec certains virus)
2- moins de stress oxydant, donc meilleure survie ET moins d'inflammation (c'est lié)
3- meilleure survie, meilleure production d'énergie et meilleure respiration cellulaire alors que l'infection soumet la cellule hôte à un stress de ouf pour avoir assez d'énergie pour la réplication virale qui lui est imposée
4- idem que 3 plus: meilleure survie, meilleure production d'acides gras pour en avoir pour sa survie ET pour satisfaire les besoins de ce %**$+° de virus pour assembler son enveloppe

Pour info, les activateurs des PPARs sont prometteurs dans plein de maladies et en particulier les problèmes neurologiques liés au HIV (qui vont jusqu'à la démence).
C'est un tout petit aspect du rôle de PPAR gamma. Pour en savoir plus -> MP pour une revue récente à ce sujet

Bordel, hfr parfois ça redonne foi en l'humanité, merci pour tous ce genre de  post ( et quelques autres intervenants, ça change du nid à trolls de l'autre topic).
 

t'es gentil mais c'est exactement ce que j'ai dit... ce sont des activateurs de PPAR... (j'ai résumé) j'ai fait mon master 2 dessus, il y a mtnt 20 ans  

Au sujet des thromboses, l'hypothèse pertinente du moment est assez bien expliquée ici:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8402319/
(figure 3)

Sur le reste, on en parle plus bas

Je réponds aux deux posts à la fois.
Il fait savoir que l'épissage est controllé par:
1- des séquences très conservées mais toutes petites: le GURAGU en donneur et le AG/G en accepteur, aux jonctions exon-intron précisemment
2- des séquences plus distantes mais nécessaires et bien moins conservées, en particulier le point de branchement (en 5' de l'accepteur, avec sa suite de pyrimidines etc)
3- des séquences encore moins explicites et situées un peu partout (exemple, dans les premiers introns des  gènes)
De 1 à 3 on est de moins en moins bien conservé. Des sites d'épissage en fait, pour chaque gène, il y en a une foultitude. Ils vont fixer peu ou prou les protéines effectrices, et l'ensemble va être peu ou prou pertinent avec la courbure et la conformation de la chromatine à cet endroit (un peu comme comme pour l’initiation de la transcription).
C'est la stabilité physique (qu'on peut traduire par une "fréquence" ) de ces assemblages qui va faire que tel ou tel épissage a ou pas une pertinence biologique.
On peut, RT et PCR au poing, découvrir de multiples transcrits d'épissage, dont la relevance biologique ira de 0 à 1 pour schématiser. Jetez un coup d'oeil pour vous convaincre sur les bases de données type Ensembl.org. Et je ne vous fais pas mention de mon expérience perso
Donc ce que vous décrivez ne me parait pas anormal.
Pour moi, ça ne remet pas en question la vaccination (1) mais ouvre un questionnement sur la présence de ces polypeptides "alter-épissés" possibles dans le tissus, puis dans le sérum, sinon au-delà (2).
AMHA:
1- la vaccination, c'est polyclonal. Les cellules présentant l'antigène feront le boulot. Dans le pire des cas, le polypeptide pas prévu ne sera pas immunogénique. Ou alors, médiocrement, mobilisera des lympho pour rien et le tri se fera au niveau du switch isotypique qui consiste en la sélection des meilleurs clones répondeurs 3-4 semaines après la primo-immunisation.
2- oui, il y a des polypeptides "pas trop prévus" qui vont se promener un certain temps (?) dans le sérum. Alors, AMHA:
-> c'est prévu par la vie, et la réponse innée va en faire son affaire
-> certains auront  une affinité pour ACE2 et feront peut-être des dégâts localement sur leur passage, MAIS , par stœchiométrie, comme ACE2 est très abondant dans les vaisseaux comme dans le muscle, ils pourront s'y fixer, ça va bousculer la cellule cible, mais ne pourront pas aller bien loin car ACE2 est >>>> abondant que ces quelques polypeptides -à durée de vie limitée. En fait, ACE2 c'est à la fois notre talon d'Achille et l'éponge qui va séquestrer ces polypeptides "alter-épissés".

Je me permets de vous faire remarquer que c'est pareil pour le fragment S1 de spike, issus de protéolyse (un peu ce qu'évoque epsilon). Voici une publi que m'a communiquée un adhérent antivax d'une assoce de patients, et que j'ai retourné comme il se doit:
https://academic.oup.com/cid/advanc [...] 65/6279075
Lisez en entier, hein. On pourra y revenir ici si vous le souhaitez.

je pense que Sanofi contrôle la taille de ce qu'ils ont produit, et sans doute aussi, dans les étapes pré cliniques, la nature (spectro de masse).

Tu te souviens bien. Oui, dans les vaisseaux et pas que: ACE2 est aussi dans les neurones...
Ce qu'il faut discerner, c'est la différence entre:
- une spike "naturelle" exposée à la surface du virus et VOUEE à être reproduite lors de l'infection
- une spike "iatrogène", issue de la vaccination, et qui fondamentalement est VOUEE à rester un stock, un stock fini.
Le premier, il rencontre ACE2 et, en fin de cycle, il y néo-biosynthèse de la particule virale et donc de spike.
Le second, il rencontre ACE2 et.... au pire il flingue la cellule cible mais n'a pas de "descendance ".
Pauvre vieux

Je suis d'accord avec toi, voir plus haut et voir la publi que j'ai citée.
Mais ne va pas dire ça sans explications à un antivax-contre-son-gré !      
Le mien avait juste compris tout à l'envers et faisait de cette étude un argument anti vax.

Désolé pour le pavé, vous me manquiez

mince désolé, j'avais compris que tu disais autre chose    
 
Manquerait plus qu'on se connaisse    

merci à toi

Je ne suis pas capable d'être utile sur l'autre fil. Pas compétent. Mais il y a des gars qui assurent, parce que depuis cet été, c'est un festival, ce topic là.
EDIT: et merci aux  léxomilou, epsilon, daouar et autres

Mon regard hors HFR si vous le permettez:

j'ai une activité à la fois associative et professionnelle

et je passe des heures (des soirées entières) à recevoir et à répondre à des questions de patients qui ont TOUT à gagner à se faire vacciner mais dont l'entourage les influence mal (égocentrisme, narcissisme etc...)
Le pire, et bien pire que les trolls HFR, c'est les proches de patients qui tout en fausse modestie viennent essayer de me manipuler pour acquérir un micro pouvoir sur leur cousin/neveu/cadet porteur de notre mutation génétique. Des vrais pro du biais cognitif. Je les retourne, pas de problème. Mais c'est à vomir, ces valides qui mettent en danger leurs proches malades juste pour satisfaire leur égo.

Bon, enfin, bref, je voulais juste te remercier    

Wahou, punaise, merci pour toutes ces explications et réponses. Ca dépasse largement le cadre de mes non-compétences, et ça reste intéressant malgré tout Un grand chapeau monsieur (ou mme)

La chasse à la chauve souris commence à être fructueuse ?  
https://www.lemonde.fr/blog/realite [...] s-au-laos/