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Pendant la « drôle de guerre », Maurice Papon est sous-lieutenant du 2e régiment d'infanterie coloniale qui cantonne à Tripoli, au Liban. Après l'armistice, il rejoint en novembre 1940 la France occupée et s'installe à Vichy, pour prendre ses fonctions de sous-chef de bureau à l'administration centrale du ministère de l'Intérieur. L'heure est à la « Révolution nationale » et Maurice Papon semble en adopter les principes? Ce qui lui permet de progresser dans l'administration vichyste : en février 1941, il est nommé sous-préfet de 1ere classe et, en mars 1941, dirige le cabinet de Maurice Sabatier, secrétaire général pour l'administration au ministère de l'Intérieur. C'est en juin 1942 que le jeune fonctionnaire (il a alors 31 ans) accède au poste de secrétaire général de la préfecture de la Gironde, à Bordeaux. La ville se situe en zone occupée et Maurice Papon succède à Maurice Sabatier, qui est nommé par Pierre Laval préfet régional d'Aquitaine. A la préfecture de la Gironde, M. Papon dirige notamment le service des questions juives, dont la principale tâche est de recenser les Juifs à travers le département : dans les hôpitaux, les maisons de retraite, des rafles sont organisées. Les déportés sont ensuite acheminés vers le camp de Drancy, à l'est de Paris, avant de partir vers les camps de la mort en Allemagne et en Europe de l'Est. Ce service, Maurice Papon va le diriger jusqu'en mai 1944. Car avec le débarquement des Alliés, le haut fonctionnaire sent le vent tourner.
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