Reprise du message précédent :
Question con, t'as un contrôle isotypique pour ton primaire et la condition secondaire seul ? Ca te donnerait une idée de l'aspécificité généré par ton protocole.
 
Les plaisirs du travail de mise au point, entre les différents tampons, les étapes de saturation, les concentrations et les durées d'incubations, les lavages... Bon courage

 
Pas mieux.  

Nucleic Acids Research qui met moins de 24h pour te refuser via l'éditeur, c'est efficace      
 
qui va à l'ESHG ?

 
Le tout c'est de savoir quel jour les boards des journaux se réunissent et d'envoyer tes articles juste avant, c'est comme ça qu'on bat des records. Ma meilleure perf pour le moment c'est environ 6 heures. Il faut tout de même dire qu'on est désavantagé par le décalage horaire avec tous ses journaux basés aux USA

Les nouveaux impact factors sont sortis
Scientific Reports qui passe en dessous de 5... alors que je viens de soumettre un truc dedans y'a 2 jours        
 
Parcours actuel du papier :  
 

• N.ucleic A.cids R.esearch    
• C.ancer R.esearch    
• G.enome B.iology    
• G.enome M.edicine    
• Sci Reports    

 
je crois qu'on va le retirer et soumettre ailleurs du coup, on ne voulait pas descendre en dessous de 5.
 
Oncotarget est resté au dessus de 5 malgré l'énorme augmentation du nombre de papiers acceptés    

Ah ben super, j'ai publié dans Sci Reports en début d'année    
 
Tu as la liste quelque part?

Non, j'ai juste vu l'info sur les sites de certains journaux, et tous n'ont pas encore mis à jour leur site.
Mais mon unif ne paie plus pour JCR, donc je n'ai pas la liste complète des IF. On a accès à scimago par contre, c'est pas mal.

Je suis allé voir sur Citefactor les classements. Ça vaut quelque chose ça ?
Je vois Bioinformatics tout juste à 5 (classement 2015), ça me semble bizarre quand même.

Ils seraient passés à 7.3 : https://academic.oup.com/bioinformatics
pas mal du tout pour un journal bioinfo
mais ça a toujours été le plus prisé dans le domaine, me semble-t-il

Merci !

Clairement. En terme d'outils/algos bioinfo, c'est un peu la référence.

Trouvé    

Petite question qui m'est venue en écoutant une émission sur le prion, est ce qu'il existe de l'ADN ou l'ARN pathogène ?

Oui, on appelle ça des virus.  

 
Chez les plantes tu as les viroïdes, c'est un ARN simple brin circulaire pas bien gros (qqs centaines de bp), sans protéine et c'est pathogène.

bon ben pour parler des gros virus alors, est ce qu'il serait inédit de voir des morceaux d'ARN dont l'activité de catalyse est la source de la destruction cellulaire, ou la formation de complexe comme avec les aptamère qui conduirait à la déformation/désactivation de certaines fonction cellulaire.

Si tu peux oui, c'est un peu le plos one de science j'ai l'impression. MBE a pris cher aussi non ?

Nous on hésite entre Plos Biol, elife et current Biol pour notre papier (on finira sans doute plus bas)

 
bon la dictature de l'IF bof, entre un article d'iF 7 cité 3 fois , et un autre  d'IF 3.5 cité 80 fois, tu choisis quoi ?    

 
bien sur mais
- y'a toujours des sources de financement qui regardent l'IF en premier
- j'ai l'impression que tu vas être plus vite cité dans un journal à IF plus élevé (toutes autres choses restant égales)

Ce système tourne franchement pas rond. Si tu vends une belle histoire avec deux trois jolies images ça peut bien passer (de toute façon personne ira fouiller dans tes raw data, dans tes stratégies d'analyse etc... exactement là où il faudrait entrer dans le détail), et en plus si tu as une certaine renommée tu seras bien mieux considéré. Cette Science que tu veux.

 
Le truc réellement important, c'est de ne pas descendre en-dessous du seuil à partir duquel les articles ne sont plus lus. Dans ma discipline je regarde la table des matières des 3 meilleures revues, en plus des quelques revues généralistes. Si un article sort ailleurs et qu'il n'apparait avec mes mots clefs habituels sur Pubmed c'est possible que je le rate et ça fera des citations en moins.

Ou t'as plein de données de dispo parce que t'es dans un gros labo qui a des coopérations, tu publies aisément.
Ex t'as plein de données de séquencage à ta disposition, tu fais une GWAS, t'identifies plein de SNP/gènes impliqués dans une maladie/trait. Hop, t'as ta publie dans Nature genetics.

L'IF, c'est du pipeau.

L'important, c'est de publier dans Cell/Nature/Science. Autrement tu ne vaux rien.

 
pour tenure oui
pour grants, pas d'accord : y'en a qui regardent, voir qui demandent de mentionner explicitement l'IF  (véridique )

honnêtement quand je fais ma biblio, je ne regarde pas les if des journaux... il y en a tellement. Ensuite, oui entre un Cell et un "annales de la faculté de médecine de strasbourg" le choix est vite fait. Pour les gros journaux, de toute façon, il faut avoir des slots, même avec la meilleure recherche du monde, si tu n'en as pas, bah tu regardes ailleurs :-)

Dites, ça vaut le coût de se faire séquencer sur 23andme (ou autre, si vous avez mieux je suis preneur) quand on a un ADN mosaïque ? Faut acquérir deux tests c'est ça (dans mon cas), voire plus pour faire séquencer les deux ou les sites proposant des séquençage ont déjà prévu ce cas de figure ?
 

Quelle est ta raison de penser que tu as un ADN mosaïque ?

Un caryotype dans le cadre d'une FIV ICSI.

Qu'est-ce que tu cherches à faire au juste ?

 
Ca dépend à quel point tu es mosaïque mais il y a de bonnes chances qu'un seul échantillon soit suffisant pour tout séquencer. Par contre si un test ne suffit pas le deuxième ne suffira pas non plus, il dira pareil. Eventuellement précise avec l'échantillon que tu envoies que tu sais que tu es mosaïque et précise le chromosome concerné (ainsi que le pourcentage de mosaïcisme si tu le connais).

Merci pour cette réponse complète

Edit : Erf Ayrin, j'ai passé 15 mn à répondre à ton mp afin de voir que tu l'avais supprimé (et du coup perte du mien)

Intelligence Artificielle & biologie cellulaire
 
http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/p [...] cellulaire

http://www.nature.com/nature/journ [...] lback=true
 
dans 2 jours dans la presse grand public, avec petite illustration à base de bienvenue à gattaca

ou en est on par rapport à cette découverte qui remonte à 2013 ? des progres ?....
 
http://www.futura-sciences.com/san [...] adn-50992/

 
Le projet Encode avait surtout servi à faire une recherche plus ou moins exhaustive de ces séquences de régulation, ça fait depuis longtemps qu'on sait qu'il y a des séquences régulatrices en plus des séquences codantes, on savait également en identifier un certain nombre telle que la célèbre TATA-box. Avant Encode on ne savait pas trop quelle proportion du génome était occupée par ces éléments régulateurs et dans la grande majorité des cas on ne savait pas où ils se trouvaient.
 
L'autre truc, c'est que Encode a apporté une validation expérimentale et non biaisée. On disposait d'outils bioinformatiques pour prédire la localisation de ces éléments, souvent ça marche pas trop mal mais de temps en temps on rate un élément (ou alors on a un faux positif) et c'est souvent ces éléments difficiles à prédire qui sont les plus intéressants : ça veut dire qu'on a pour un gène un mode de régulation pas tout à fait classique et ça cache souvent des choses très importantes.
 
edit : bon je ne vais pas les embêter parce que leur article a 4 ans. Cependant on ne dit pas "G-quadrupède" mais "G-quadruplex"  

qui va à l'ASHG en octobre ?

Une question. Il parait qu'il y a les bonnes et les mauvaises bactéries et que les bactéries développent une résistance aux antibiotiques. Il parait aussi que les antibiotiques perturbent notre flore intestinal en tuant nos bonnes bactéries.
 
Ma question est la suivante, est-ce que les bonnes bactéries développent aussi une résistance aux antibiotiques ? Ce qui voudrait dire que plus on en prend moins on devrait en subir les effets secondaires type diarrhées. Est-ce le cas ?

Oui, elle le peuvent aussi. Les bacteries peuvent tout faire.

Pas forcement.

Comment ça se fait qu'elles prennent pas le même chemin que les mauvaises bactéries alors ?
 
Les décénnies se succédant depuis l'invention des antibios devraient y avoir de moins en moins de gens souffrant de problèmes d'estomac comme il y a de plus en plus de bactéries résistantes non ?

Je pense qu'on s'intéresse moins à savoir pourquoi un patient a eu peu d'effet secondaire après une prise qu'on ne le devrait.

Par ailleurs, il me semble qu'il y a justement eu des études qui ont visé à explorer le potentiel thérapeutique des désordres intestinaux. Il s'agit de transférer des souches bactériennes de patients sains vers des malades  et les résultats ont été positifs et ont montré une disparité dans l'efficacité des transfert au sein du groupe sain.

Il a l'air d'y avoir des mutations qui s'installent à long terme et de façon héréditaire également puisqu'une partie du microbiote est hérité de la mère.  A priori ça a l'air d'être un domaine encore à explorer. Si t'as des idées de recherche hésite pas à faire une start up y a des sous

(enfin je parle sous le contrôle des connoisseurs, c'est pas mon domaine )

non, car tu sélectionnes d'autres bactéries pathogènes, type clostridium difficile, classique des diarrhées post antibiotiques...