Reprise du message précédent :
 
non, car tu sélectionnes d'autres bactéries pathogènes, type clostridium difficile, classique des diarrhées post antibiotiques...

https://www.letemps.ch/sciences/201 [...] tionnelles
 

Amen.
 

 
Je l'ai eu comme prof, c'est un mec génial, bourré d'humour!

 
D'ailleurs les papiers à l'origine de ce prix ne sont pas sortis dans Cell, Nature ou Science. Difficile de se faire recruter aujourd'hui sans un papier dans la triade.

Meme avec, c'est dur.

Bon, je viens de regarder:

- En 1978, il a ete engage comme Group Leader a l'EMBL. La meme annee, il a un Science (avant? apres?).
- En 1987, il a ete engage comme prof a l'uni de Lausanne. Il avait deja des Nature (1984, 1986) et Science (1978) derriere.

Quand meme !  

 
Oui, c'est pas Bozo le clown évidemment    
 
Cependant la mise au point de la technique c'est sa série de "petits" papiers du début des annes 80, avec le Nature de 1986 sur SFV qui est le premier gros article sur le sujet (sauf erreur de ma part, le Nature de 1984 est une revue et non un article).

Un truc aussi est comme il l'a dit, il déteste la competition (trait bien suisse). Donc il allait dans des sujets de niche.
Le probleme est que tu ne peux pas faire ca de nos jours. Des que tu sors des sentiers pour les demandes de grants, tu te fais basher.

vous voulez créer de la dette   ?

 
Maintenant, il ne cache plus ses affinites politiques:
http://www.treefinder.de/

https://blog.insito.me/2017s-greate [...] 13c34bb7f7

Fundamentals of Data Visualization
http://serialmentor.com/dataviz/index.html
 
 
Ca peut etre utile pour faire vos graphs (indépendamment du langage utilisé).  

Un bon resume du papier sur FOXP2 qui montre qu'il n'y a pas eu de selection recente des mutations qu'on pensait etre la base de l'apparition du langage chez l'humain.
 
Le graphical abstract du papier en question est bien aussi  
 

 

En ce moment je bloque sur les vitamines
Est ce que leur inventaire est bien connu et semblable dans des larges pan du règne animal ou bien on est dans le flou total en dehors des espèces domestiques ?
Par exemple, peut on savoir si notre besoin en caroténoïde est du à la perte d'un partenaire symbiotique ou autre capacité d'en produire nos même ?  
Est ce qu'on peut dater à partir de quand elles sont apparus ?
Est ce qu'il y a des grandes question ou réponse que la génétiques a pu apporter autour de ces petites briques ?

 
Une vitamine c'est par definition un truc dont tu as besoin mais que tu ne produis pas. La vitamine C est devenue une vitamine tres recemment. Les autres primates (y compris les gorilles et chimpanzés il me semble) en produisent et donc ce n'est pas une vitamine pour eux. Nous avons perdu l'enzyme dont nous n'avions pas réellement besoin puisque nous en avions largement assez dans l'alimentation et c'est devenu une vitamine.  
 
Pour les autres je ne sais pas mais je ne serai pas surpris que ce soit un processus commun et donc que la liste des "vitamines" aient une certaine variabilité entre les espèces et dépendant notamment du regime alimentaire.

https://twitter.com/DanielBolnick/s [...] 1491704832
 
Le coup des pipettes en trop....        

ah c'est exactement le genre d'intrigue qui m'intéresse   Je vais aller la la BU du coin investiguer un peu.

Ils n'auront pas besoin d'en recommander pour un bon moment...        
Il faut juste trouver comment stocker ça en attendant  

 
D'après wikipedia la perte de l'enzyme permettant la synthèse de l'acide ascorbique est plus ancienne et remonte à 40 M d'années. Une histoire assez intéressante d'ailleurs :
 

Question naive: Les GWAS, c'est principalement:
 
1) Imputation des SNP manquants.
2) Calcul des odd ratio pour voir les positions qui varient plus que prevu.
 
Et c'est tout ?

Avant de faire tes tests statistiques, tu testes d'abord quelle variable est associée avec ton phenotype, pour déterminer ce que tu inclus comme confounder dans ton modèle. Genre sexe, âge, etc.
Typiquement tu vas, notamment, faire une PCA et inclure les n premières composantes principales, pour éviter de capturer des variations dues a la structure de population dans ton test statistique plutôt que des variations réellement associées au phénotype.

   
 
Et sinon, c'est tout ? Y'a des modeles ultra-sophistiques pour les odd-ratios, ou bien c'est juste un bete test de Fisher ?

Jette un oeil a ceci :
 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3014363/
https://www.sciencedirect.com/scien [...] 9715004930
 
et les pages des soft associes :
 
https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Overview
https://github.com/UW-GAC/GENESIS
 
C'est ce qu'on appelle du mixed model association testing, la 1e ref en bas de cette page https://cnsgenomics.com/software/gc [...] ssociation est interessante d'ailleurs :
 
https://www.nature.com/articles/ng.2876
 
Apres, tu peux toujours faire ta GWAS avec plink... mais c'est moins sophistique disons (cf. les articles postes).
 
En fonction de la taille de ton echantillon, des correlations entre ton phenotype et le reste, de l'effet de structure de population, etc, etc. les methodes plus avancees ont un gros intérêt ou pas.

Ceci est un tres bon primer/tuto et tres actuel : https://www.nealelab.is/blog/2017/9 [...] obank-gwas
 
dans le paragraphe "Association",
 

 
Les details sur le QC sont tres interessants.

+1 avec tout ce qu'a dit Veggie boy.
Je suis dans le lab qui developpe GCTA (et GCTB maintenant, qui s'appuie sur un Bayesian MLM). Si y a des questions specifiques, je peux essayer d'y repondre.

Ma chef m'a obligé à passer de GCTA à GENESIS pour le projet principal sur lequel je bossais  
Mais je tiens à signaler que j'appréciais beaucoup le côté user friendly de GCTA
Un vrai plaisir à utiliser. On l'utilise toujours dans le labo pour d'autres projets d'ailleurs.

Oui, les gars de mon labo qui codent ça sont pas mauvais.

C'est quoi l'avantage de Genesis ?

Sinon pour rasthor, y a Bolt du Broad qui bien aussi, un peu plus rapide je crois.

Edit: perso mon sujet c'est REML, donc si y a des questions la dessus aussi, je serai content d'aider.

C'est cense etre mieux pour tenir compte des effets de structure de population dans des cohortes multi-ethniques (en gros).

Oceanborn: merci.

sidela: y'a rien de sur pour cette histoire. Le gars est en conge sabatique, non paye par son uni. Une enquete est en cours.

Et puis techniquement c'est pas si simple que ça. C'est pas quelque chose qu'il peut faire sans support technique (entre la récolte des gametes, la FIV, le CRISPR, la vérification de la modification sur des embryons, l'implantation, le suivi de grossesse....) Lancer un tel programme sans que l'université le sache d'une façon ou d'une autre ça me semble bien étrange.

 
J'étais pas au courant de ça  
 
Autant techniquement je pense qu'il n'y a plus rien d'insurmontable à réaliser une telle expérience, autant ça demande un peu plus de moyen qu'une paire de pipettes et un garage.

Un bon resume sur STAT : https://www.statnews.com/2018/11/26 [...] ies-china/

J'ai un hfrien qui me soutient que la génétique/épigénétique/biologie n'aurait strictement aucun impact avéré sur le comportement humain. Pas de prédisposition génétiques aux troubles du comportement comme la schizophrénie non plus visiblement.

Quelqu'un a envie de se faire chier à détailler un peu tout ça ou pas spécialement ?

Ah, et il veut aller voir mon boss pour discuter du fait que je ne suis pas d'accord avec lui, l'heure est grave

https://ghr.nlm.nih.gov/condition/schizophrenia#genes
 

https://en.wikipedia.org/wiki/Schizophrenia#Genetic

ma soeur est schizo  

 
C'est pas le cas de toutes les soeurs ça?  

Je pense que notre cher ami ne viendra pas trop la ramener ici finalement, il m'a mis en ignore list  

Visiblement ça n'a pas plu que de dire qu'on ne pouvait pas faire des raccourcis avec la science et surtout dès qu'il s'agit de prédisposition. Non parce que visiblement dire qu'un terrain génétique existe = les bébés sont des tueurs à la naissance. Alors que c'est ceux qui font ces raccourcis, qui n'ont pas lieu d'être, qui sont des dangers pour la société.

Ensuite ça n'a pas dû plaire non plus d'énoncer que les chercheurs ne changeaient pas les faits scientifiques simplement parce qu'on tente l'intimidation sur eux. Je n'avais encore jamais vu ça sur HFR de "menacer" d'aller voir mon boss/ses collègues pour énoncer des faits scientifiques qui ne plaisent pas  
Il faut que je raconte tout ça à mon boss lundi pour le faire rire un peu

wtf

 
Le problème c'est que ce sont des sujets compliqués, qui touchent à des sujets éthiques sur lesquels tout le monde a un avis mais Dame Nature se contrefiche du politiquement correct. Tu rajoutes à ça que la génétique est un domaine qui suscite de nombreux fantasmes et d'autant plus que ce n'est pas enseigné dans le secondaire. A l'arrivée, se lancer là-dedans ça mène quasiment toujours à des discussions qui dérapent.
 

 
Heureusement ça dérape rarement à ce point