Reprise du message précédent :

 
Arf    
 
Ouais mais le topik c'est "genetique, biologie moleculaire"    
 
Tu as droit a une derogation speciale si tu veux poster ici sur la biologie autre que genetique-bio mol    
 
     

 
Ah mais je m'intéresse quand même à la génétique ... mais à l'échelle d'un continent, et non d'une micropipette.

 
Etude des ecosystemes ?

 
oui ! mais je n'ai rien contre les tripoteurs de verrerie, ce sont eux qui nous font les analyses de mtDNA et autres joyeusetés permettant l'étude spatiale et temporelle de taxons, par exemple

 
C'est cool aussi la genetique des populations    
 
J'en ai fait un peu (j'ai passe deux licences: ecosystemes et population, et bio mol), les concepts sont sympas   Hardy-Weinberg and Co j'imagine.
 

 
Entre autres, mais c'est infiniment plus varié comme tu t'en doutes.
 
Par exemple, s'intéresser aux facteurs [paléo-]climatiques, biogéographiques, comportementaux de la structure des populations actuelles de rongeurs, disons au pif le campagnol roussâtre et son collègue aquatique. Tout cela donc, via les mtDNA et autres joyeusetés sérologiques que nous concoctent nos amis les spécialistes en microverroterie.
 
(Avec plein d'applications à la clé : conservation des biotopes, prévention d'épizooties, réponses différentes des taxa aux dérèglements climatiques etc.)
 
--
 
Pour ceux qui ne sont pas encore au courant, Google a lancé http://scholar.google.com/ un moteur de recherche de publis, de citations etc. Pour l'heure c'est un peu foutoir, mais c'est encore expérimental.

 
T'interesses pas les investisseurs avec ca    (humour   )
 
Clair c'est cool, mais tu peux etre plus precis   tu regardes quoi sur l'ADN des mitochondries ?
 
 
edit: je viens d'essayer google, effectivement c'est bien le bazar, ils sont pas pres de detroner PubMed

forcement...

 
Enfin
 
 
Toujours vivant Rasthor apres cette aventure egyptienne

Entre autres les séquences cytochrome-b. Toujours intéressant (mais aussi un peu traître) de confronter les divergences moléc et morpho.
 
Pour Google, ça ne m'étonne pas d'eux : depuis quelques temps ils ouvrent plein de services en version Beta (gmail, scholar...). Reste à voir si ça deviendra un concurrent valable de PubMed, Scirus etc.

 
Moi c'est precisemment l'une des choses qui m'avaient froisse avec l'approche "population", y a bcp de postulats fragiles.  
 
Les comparaisons de sequnces en est un bon exemple.  
 
Postulat : il existe un lien entre l'evolution de la sequence du cytochrome-c et l'evolution morphologique de l'espece.  
 
C'est pas evident quand meme.  
 
 

Toujours.
Pourquoi serais-je mort ? Et de quoi ?

 
C'est pas toi qui devait aller sur le mont Sinai juste apres la mort d'Arafat ?

Y'en a qui font des alignements de séquences ici ? C'est hallucinant tout ce que l'on peut sortir comme infos à partir d'un bon alignement de séquences protéiques.

 
Ca depend  

 
Oui, c'est un des problèmes avec toute l'approche 'horloge moléculaire' : autant les réversions de caractères morpho peuvent être bien documentées, autant de possibles variations du taux/nombre de substitutions viennent semer la zizanie. D'où l'intérêt de trouver (via l'expérimentation sur de l'actuel) quels bouts de séquence sont véritablement informatifs quant à la phylogénie. Puis d'intégrer ça aux autres données spatiales + historiques. Mais on s'en sort malgré tout.
 
Pour La Science (?) avait sorti un petit article très sympa sur les précautions à prendre vis-à-vis de cette satanée horloge, je chercherai...

Sisi, c'est bien moi. A Dahab, petit village bedouin situé entre Sharm El-Sheikh et Taba (Attentat du Hilton il y a un mois...   )
Mais je ne vois toujours pas le problème.  
 
 
Edit: pour ceux que ça intéresse, on peut se parler en mp pour éviter de polluer ce topic.  

 
Surtout qu'y a pas que ca qui compte    
 
Boulot de fou en perspective, mais super trippant    
 
Si t'as quelques ref. d'articles interessant histoire se saisir l'approche, je suis preneur.

Certes, et c'est justement l'intérêt d'y adjoindre un apport écologique (x facteurs de contrôle à un instant t) et historique (pour comprendre la part respective de ces x contrôles écologiques).
 
Enfin bon, ma partie est plutôt axée sur le rapport écologie/histoire (avec un peu de mol pour 'essayer'), que sur de la pure analyse bête et méchante. Donc bon, postez avec commisération pour nous autres les écolos.
 

Et en plus ces bestioles sont adorables, c'est un régal d'aller les échantillonner.
 

Méthode Kimura, tu devrais trouver plein de biblio. Par contre, à notre niveau (intraspécifique + sous-continental) il n'y a pas eu grand chose de publié qui possèderait une partie de bio mol. L'approche est plutôt récente, c'est encore au stade de la version Beta : vérifier si ça peut fonctionner.
 
Ajout: un article classique (= peu axé sur le contrôle écologie+comportement), concernant le Sg. Microtus : Conroy & Cook, Journal of Mammalogy, vol.81 (issue 2) pp.344–359

[nom]Paul Benjamin a écrit[/nom]

yep'    mais je faisais allusion a des facteurs inherents a la structure de l'ADN. Certes les transversions peuvent etre considerees comme apparaissant de maniere aleatoire mais pas le comportement de l'ADN (recombinaison pour ne citer que ca) il y a un effet de position simplement enorme  
 
 

 
Yaisse, je me souviens de mon stage de licence, on allait ramasser qq salamandres dans des etangs c'etait cool. En plus le Prof. etait une encyclopedie vivante (un vrai biologiste a l'ancienne)  
 

 
C'est note    

Je fais aussi dans le batracien, pour la gestion des zones humides. Mais ce type de bébêtes appelle nettement moins les calins. Enfin bon, on s'y attache malgré tout, je suppose que c'est pareil pour les nématodes.

 
Moins quand meme, faut dire que je les maltraite un peu    
 
Quelques rayons gamma par ci, une petite digestion a la soude par la    
 
   

 
Si tu trouves le même phénomène sur des gènes n'ayant rien à voir entre eux (cytochromes, ARNt, polymérases...), ça doit quand même avoir un minimum de sens j'imagine.  

 
A propos d'alignements de séquences, est-ce que quelqu'un aurait un logiciel libre efficace pour l'alignement multiple de séquences ? Je précise qu'il s'agit de protéines virales, avec les conséquences que cela entraîne : les taux de mutations sont démentiels (1 plantage tous les 10000 bases), mais on dispose de beaucoup de séquences (>20), ce qui facilite la convergence. On travaille typiquement à des taux de similarités en aa de l'ordre de 20% (voire moins ) . Il y a quand même quelques très rares résidus très conservés (de l'ordre de 5%), ce qui peut aider.  

RT?

 
Non, encore plus fort : RNA-polymérase RNA-dépendante sans correction d'erreurs  

 
Quand tu cherches les résidus fonctionnellement important d'une séquence protéique, c'est quand même assez puissant comme méthode  

J'ose pas imaginer la joyeusté de l'alignement après...

Essaye peut-être ça:
http://igs-server.cnrs-mrs.fr/~cno [...] _page.html

 
  p'tain ca fait peur.
 

Me souviens que j'avais dû aligner les séquences d'une bonne soixantaine de strains de papillomavirus pour trouver des zones suffisemment conservées pour développer un test de détection générique à base de RT-Q-PCR, c'était l'horreur absolue... Bon moi j'ai fais ça avec VectorNTI, mais c'est tout sauf un soft gratuit ... Doit y avoir des sites sur le net qui te font des alignements gratos, mais je sais plus où exactement, faudra que je retrouve ça.

 
T'es sur    
 
Vector NTI nous s'en sert pour stocker nos plasmides, primer etc, bizarre  
 
Incyte spa mal pour les alignements mais c'est pas gratuit.
 
Sinon je suppose que NCBI doit pouvoir faire ca.
 
Autrement je sais que le NIH essaye de mettre en ligne un max de logiciels gratuits ==> pour info j'avais cherche ET trouve un logiciel pour quantifier a partir d'un phospho-imager, c'etait gratos  

Voui, sûr.
Avec Vector NTI 9.0.0, y a une fonction d'alignements multiples assez pratique...

 
Oki j'avais pas remarque    
 
Par contre la licence coute super cher  

Ca c'est clair que je vais pas me payer ça pour passer le temps chez moi... Mais c'est un bon soft multifonction pour la bioinfo.

 
Bien sur, il faut un peu "trier" pour augmenter les chances de tomber sur les résidus importants. Par exemple, les résidus tels que P, G sont souvent très conservés pour des raisons structurales, mais ils ont rarement un rôle en eux-même. Par contre, un résidu chargé (E,D,H,K,R) conservé ne l'est rarement par hasard. Après, c'est pas une science exacte, ça permet juste de minimiser le nombre de plasmides à construire avant de tomber sur le bon.  

Un autre outil assez intéressant une fois que l'on a un alignement:
http://wwwmgs2.bionet.nsc.ru/mgs/programs/crasp/

 
Et encore, c'est souvent qu'on arrive pas du tout à aligner des protéines d'une même famille virale . Heureusement qu'il y a les polymérases qui sont (vaguement) conservées, ça permet au moins de regrouper les virus par familles. Après, les autres protéines, ça devient vraiment sportif.

 
C'est marrant parce que nous on raisonne dans l'autre sens    
 
On part d'un mutant et on ne sait pas ou est cette mutation; on caracterise le mutant tout ca   (bcp de boulot inside) et apres on sequence et on voit ou est la mutation.
 
Dans l'ex de notre dernier papier, on est tombe sur une mutation ponctuelle dans une proteine qui se lie aux ARNm et inhibe leur traduction. Et cette mutation est specifique d'un seul ARN, cad que la prot' ne se lie plus a l'ARNm de p53 mais toujours aux autres cibles.
 
Apres c'est vrai qu'une petite cristallisation du complexe pourrait etre sympa    

 
Je suis sur qu'il y a un paquet de cristallographes qui va essayer, si c'est pas déjà fait. C'est secret, le nom de la protéine en question ?

 
C'est comme ça qu'on fait la différence entre un biochimiste et un généticien. Le généticien part du mutant pour arriver à la mutation, le biochimiste part de la mutation pour arriver au mutant