Reprise du message précédent :

T'es dans quel champ ? Tu n'as l'impression que ne pas avoir de PhD va te pénaliser pour la suite de ta carrière ?

Je pense que je pourrai revenir dans le labo dans lequel je suis en stage et faire un PhD après mon M2 (qui commence en septembre), mais mon but c'est l'industrie. J'hésite pas mal en ce moment.

Je m'insurge: les post-docs finissent bien plus tard    
 
Probablement repost:

Je débarque peut-être mais je veux bien de réaliser que Nature citait désormais les noms des reviewers dans les articles. Evidemment ça n'apparaitra que quand les articles sont acceptés mais je trouve que c'est une bonne chose

J'avais pas remarqué non plus
 
Bon, ça fait 1 mois et 10 jours qu'on a envoyé nos réponses aux reviewers, pas de nouvelles
En plus, on part tous en vacances bientôt

 
J'ai recemment reviewe des papiers pour Plos One et pour Scientific Report (ce dernier sous la houlette Nature donc). Quand tu soumet ta review, il y a une case pour si tu veux que ton nom soit rendu public aux yeux des auteurs. J'ai pas coche mais c'est peut-etre aussi valable sur la version finale du papier.

 
J't'ai mis "major revisions" et avec un paquet de manips en plus  

Saleté, mais accepte le mon papier bordel Donc je dois annuler mes vacances ?
Sinon, ouais, ça sent pas bon

Si une bonne ame pouvait m'acceder à ça :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22364005 Fixed , thanks
 
Bon c'est chez les russes , mission mal barré à priori , mais je tente

tu lis le russe ?
essaie avec ça
https://sci-hub.cc/

merci je vais tenter (pour le russe ,non je google translate il me faut juste 3 lignes de textes , durée et posologie )

 
Sci-hub FTW  

finallement j'essaie le brute force
=> enterofuril  .ru sous google

ça commence à mordre : (edit : c'est bien lui)
http://www.pharmateca.ru/en/archive/article/8197  (ils ont de belles illustrations en couverture , un peu hors du temps )

'tain la derniere fois j'ai cherché la nuit entiere , mais j'étais loin ... et la , quasi pouf ...  

Ils lisent HFR Papier accepté Reviewer#2 voulait faire chier encore, mais l'éditeur a tranché

Excellent ! Quel journal ?

Féloches !
 
Question ici.  
J'ai des rétines disséquées à plat comme sur cette figure panel (a). J'ai également mes photorécepteurs marqués comme sur cette figure et je veux les compter. Pour ça pas de problème, j'ai un script imageJ qui me découpe mon image en 25 carrés identiques et je fais le comptage automatiquement de chaque image et j'ai une densité de photorécepteurs.  
 

 
Ce que je voudrais faire, c'est ensuite faire une heatmap avec ça, non pas avec des chiffres comme ils ont fait sur le panel (b) mais avec des couleurs pour que ce soit plus visuel. Et c'est là que je coince.
 
J'ai une solution à la main:
Ouvrir la rétine complète dans photoshop, la diviser en carrés envoyés chacun dans une layer avec un script puis coloration à la main. Mais c'est long   (au pire je solliciterai mes undergrads mais bon).
 
Je me demande s'il n'y a pas moyen de créer une heatmap carrée (de la taille de mon image totale divisée en carrées de comptage) à partir de excel où je note mes densités que je pourrais ensuite coller sur l'image dans photoshop. Des idées ?

 
En solution complètement automatique, la principale difficulté c'est d'avoir un bon script qui va te compter chaque objet une fois et une seule. Vu que tes objets ont tous l'air d'avoir la même taille, tu pourrais peut-être avoir une approximation tout à fait acceptable en divisant ton image en carrés et en comptant automatiquement dans chaque carré le nombre de pixels dont l'intensité dépasse un certain seuil ?

Tu as deja le compte par carre ?

Je me demande s'il n'y aurait pas moyen de faire le coloriage avec l'outil "maps" dans R ?

http://www.zoology.ubc.ca/~kgilber [...] ngMaps.pdf
http://www.computerworld.com/artic [...] steps.html

Il faudrait définir ton image global comme un pays, et chacun des 25 carres comme un etat. Ensuite il y a surement moyen de faire un gradient avec les valeurs absolues ou relatives de tes valeurs.

epsiloneridani yep, c'était tout le challenge au début, j'avais des trucs pas fiable mais j'ai un plug-in performant et j'ai pu scripter une partie ce qui fait que ça va plutôt vite. Ensuite je balance ça dans un excel.
 
Et c'est vraiment le mapping qui me pose problème, c'est cette étape que je voudrais maintenant automatiser. Bonne idée Rasthor, y'a peut-être moyen de faire ça dans R. Je vais regarder ça merci

Article intéressant sur la visualisation:
 
The visualizations transforming biology
http://www.nature.com/news/the-vis [...] gy-1.20201

Excuse moi de ne pas t'avoir répondu plus tôt (en vrai j'avais oublié )
 
Je suis dans l'immuno. Pénaliser oui et non, j'en sais rien. Tout dépend de ce à quoi tu aspires. Perso je ne me voyais pas faire de la paperasse et passer ma vie à chercher des fonds. Je ne me voyais pas également dans l'académique et la recherche appliquée est pour moi plus épanouissante.
 
Ma vision des choses étriquée : une thèse, c'est 4 ans de boulot à fond pour avoir le droit de galérer pour trouver un post-doc qui te donne le droit de galérer pour trouver un autre post-doc pour... Le système du "publish or die" tel qu'il est aujourd'hui ne me convient pas du tout (surtout qu'il aboutit à un paquet de papiers non reproductibles) et je préfère bosser pour créer du brevet et qu'on me laisse le temps de bâtir quelque chose de solide.
 
De belles opportunités se sont présentées à moi (j'ai baroudé pas mal en temps que tech de labo, puis reprise d'étude et j'ai pu entrer en stage de M2 dans une boite pharma) et clairement je me mets dans le lot des chanceux.
 
Alors oui, ma carrière a peu de chance de beaucoup évoluer, mais je me donne dans ce que je fais, j'apprends beaucoup et je vois l'avenir de façon un peu plus sereine que si je devais passer mon temps à courir pour trouver des bourses.
 
Pour résumer, PhD/post doc je vois ça comme trop de sacrifices pour au final trop peu de plaisir / "retour sur investissement". Éventuellement, faire une thèse CIFR s'il y a une possibilité réelle d'embauche derrière, ce qui révèle du miracle par les temps qui courent.

C'est un peu comme au Loto: 100% des professeurs sont passes par un PhD/Postdoc.

 
Avec un peu plus de chance de réussir quand même    
 
Moi de ce que je vois aux US, c'est beaucoup plus facile de se reconvertir qu'en France et je pense que c'est également le cas dans d'autres pays. Depuis un an j'ai déjà vu passer pas mal d'offre dans l'édition, les biotechs, la com scientifique, de vrais jobs avec un salaire à la hauteur des études. Ma chef nous fait tourner en général au cas où on voudrait postuler. C'est aussi la mentalité générale qui est comme ça, je suis surprise aussi de voir que de se retrouver au chômage fait moins peur, les gens disent beaucoup "bah on trouvera autre chose" même si certains sont tristes de quitter l'académique.  
 
Tout ça pour dire que je pense qu'ailleurs qu'en France, faire un PhD voire même un post-doc peut servir de tremplin pour autre chose car ils y a des boites qui recherchent nos compétences. En France certes, il y a encore d'énormes progrès à faire là-dessus.

 
Pas de soucis Syr. J'ai assez la même vision que toi, et même si je suis dans un super labo, je ne suis pas vraiment attiré par l'académique sur le très long terme.
 
Par contre, quand je vois la plupart des offres des boites de biotechs et pharmas, j'ai le sentiment que la majorité d'entre elles demandent un PhD pour les postes les plus intéressants. Je pense pouvoir trouver un poste en m'arrêtant au niveau master (dans le public en contrat court ou le prive), mais sur le long terme, je me demande si c'est pas intéressant de pousser pour un PhD (optique bosser dans le prive toujours).
 
Un autre avantage du PhD, c'est que ça me laisserait le temps de développer des compétences que je n'ai pas et qui me semblent nécessaires pour être bon dans mon job (cf message de Kirby).
 
Bref, merci pour ta réponse.

 
c'est vrai, c'est un peu la course à l'armement. En big pharma, le phd +post doc est indispensable. Et maintenant, il y a tellement de bons formés avec un phd que le master me semble un peu short, sauf parcours "professionalisant" comme on peut en avoir un à nancy. Ensuite pour répondre à Kirby, effectivement, les américains sont plus fonceurs et moins angoissés que nous autres européens, c'est culturel.
 Il faut dire qu'il y a une telle offre (même si cela n'a rien à voir avec il y a 20 ans) que l'on ne peut qu'être plus serein.

Ouais j'ai l'impression.
 
Parlant de ca, ca y est, on m'a propose un PhD dans le labo dans lequel je suis. Je pourrai le commencer apres mon m2.
 
Plus qu'a se decider.

 
Fais le, t'as rien à perdre.
Ne serait-ce que pour ton CV, sur le long terme c'est pas grand chose 4 ans, et ça vaut le coup, même si tu te destines à une carrière dans l'industrie.

Tu vas faire du NGS ?

A 31 ans, 3/4 ans avec un salaire de caissier (et encore) dans un pays où la vie coûte chère, c'est pas vraiment une perspective trop réjouissante. (Mais bon, pour l'instant je penche très fortement vers le PhD oui ).

C'est un labo de biostats, il travaillent avec pas mal de données différentes. Probablement du NGS dans le lot ouais, mais aussi des SNPs, du methyl array etc...
Ils ont des collaborations avec pas mal d'instituts donc ont accès à pas mal de banques et financent eux-mêmes des séquencages aussi.
 
Faut que j'en parle avec mon superviseur mais au debut je bosserai probablement sur des modèles prédictifs avec de la méthylation. J'aimerai aussi y intégrer du machine learning et du software dev pour mes skills futurs. Je sais pas trop comment se décide un PhD en fait.
 
Bon, le labo est pas dégeu, plusieurs Nature par an, les lab head membres de l'académie nationale, des collaboration avec le Broad, King's College, UCLA, Berkeley etc... C'est plutôt une bonne adresse je pense.

C'est ou ?

Ouais, fonce alors.

Regarde aussi ce que demande les boites pharma dans leurs annonces de job. Ca peut t'orienter sur les compétences techniques a maîtriser, sachant que l’académique, il y a très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très très peu de postes fixes.
J'ai un peu rate le coche de mon cote. Je sais faire des arbres phylogénétiques avec modèles complexes de substitution de nucléotides. Mais les pharmas, c'est pas trop ce qui les intéressent.

Pas la Suisse. Beaucoup plus loin, dans un pays où ils font tout à l'envers.

Certes, mais t'as des compétences recherchées. Si je trouve mon stage de M2 dans l'industrie je ferai passer ton CV.

Pas vraiment. Je l'ai dit, ce qui marche fort en ce moment, c'est les analyses NGS. Et je n'ai aucune expérience la-dedans, pas la moindre publications.

Ah cool, tu viens en Angleterre.    
 
 
 

A ce que j'ai compris il y est deja mais je comprends pas trop car y'a pas de "M2" en UK    
En tout cas prevois un passeport pour pouvoir y apposer un Visa d'ici 2-3 ans  

Ah non non, je suis en Australie et j'ai mon m2 à commencer en France en septembre avant de commencer le PhD en juin/juillet prochain, si je décide de le faire.
 
Rasthor, tu peux pas envisager de faire une analyse de données NGS issues des banques publiques en à côté de ton boulot ? Avec ton bon niveau en python ça pourrait être suffisant pour avoir poste dans le domaine par la suite non ?

J'avais bien compris. D'ou mon smilet "  "
Mais les Anglais font aussi tout a l'envers.

Je  me suis deja amuse avec le programme Trinity. Mais si je ne publie pas un truc avec du NGS, ca ne vaut rien sur le papier au final.
Et faire une analyse ne veut pas dire que je maitrise le truc.

je comprends pas le délire que se font les gens avec le visa et passeport pour la GB depuis le brexit    
ils n'ont jamais été dans l'espace schengen    
pour l'europe de l'ouest t'a plus besoin de passeport depuis longtemps...

Visa pour y vivre et y travailler.    
 
Passeport, je suis d'accord avec toi.  

 
Tout est négociable.  
Parfois faut un peu bosser en secret sur un truc, et venir avec un beau résultat auprès des chefs pour qu'ils acceptent que tu continues là-dessus alors qu'ils auraient pas accepté si tu avais annoncé l'idée à la base.
C'est un peu comme ça que j'ai fait du machine learning sur un de mes papiers.
 
Pour ce qui est software development, si y'a bien un domaine qui ne respecte pas de bonnes pratiques là-dedans, c'est la recherche. Impose toi à toi-même des règles strictes dès le départ, fous tout sur github, etc. C'est pas facile de s'y tenir, surtout si tu es le seul bioinfo du labo, mais ça vaut la peine.
 
Très à la mode la méthylation (ce qui est à la fois positif et négatif, comme tous les sujets à la mode)

Zappé ce message
Je suis pas dans la bioinfo