[topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

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Auteur	Sujet : [topik unique] Génétique, biologie moléculaire et structurale.

Rohlala

Reprise du message précédent :

Rasthor a écrit :

Excellent ! Quel journal ?

Zappé ce message
Je suis pas dans la bioinfo [:o_doc]

Message cité 1 fois

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Rasthor

Rohlala a écrit :

Zappé ce message
Je suis pas dans la bioinfo [:o_doc]

Ah ok, pas grave. :jap:

Ayrin

Miaou

Oceanborn a écrit :

A 31 ans, 3/4 ans avec un salaire de caissier (et encore) dans un pays où la vie coûte chère, c'est pas vraiment une perspective trop réjouissante. (Mais bon, pour l'instant je penche très fortement vers le PhD oui :jap: ).

Faut que j'en parle avec mon superviseur mais au debut je bosserai probablement sur des modèles prédictifs avec de la méthylation. J'aimerai aussi y intégrer du machine learning et du software dev pour mes skills futurs. Je sais pas trop comment se décide un PhD en fait. [:ula] [:ula]

Bon, le labo est pas dégeu, plusieurs Nature par an, les lab head membres de l'académie nationale, des collaboration avec le Broad, King's College, UCLA, Berkeley etc... C'est plutôt une bonne adresse je pense.

Si l'ambiance est bonne dans ton labo et que t'es motivé pour une thèse, fonce :jap:

Le salaire n'est pas élevé, mais généralement t'as pas ou peu d'IR à payé, non ?
T'as aussi l'avantage d'avoir des confs dans le monde pour voyager, et de pouvoir moduler tes horaires assez facilement quand t'as besoin

Plusieurs Nature par an, des bonnes collaborations... Tu demandes quoi de plus ? [:cosmoschtroumpf]

Message cité 1 fois
Message édité par Ayrin le 21-07-2016 à 05:53:03

merlin_67

Arrangeur d'angles farfelus

Oceanborn a écrit :

C'est un labo de biostats, il travaillent avec pas mal de données différentes. Probablement du NGS dans le lot ouais, mais aussi des SNPs, du methyl array etc...
Ils ont des collaborations avec pas mal d'instituts donc ont accès à pas mal de banques et financent eux-mêmes des séquencages aussi.

Faut que j'en parle avec mon superviseur mais au debut je bosserai probablement sur des modèles prédictifs avec de la méthylation. J'aimerai aussi y intégrer du machine learning et du software dev pour mes skills futurs. Je sais pas trop comment se décide un PhD en fait. [:ula] [:ula]

Bon, le labo est pas dégeu, plusieurs Nature par an, les lab head membres de l'académie nationale, des collaboration avec le Broad, King's College, UCLA, Berkeley etc... C'est plutôt une bonne adresse je pense.

tu pourras à l'occaze m'envoyer en mp les coord de ton labo ? On serait à la recherche d'un anglophone pour un postdoc de 2,5 ans en bioinfo [:barracus:3]

Message cité 3 fois

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Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.

Rasthor

merlin_67 a écrit :

tu pourras à l'occaze m'envoyer en mp les coord de ton labo ? On serait à la recherche d'un anglophone pour un postdoc de 2,5 ans en bioinfo [:barracus:3]

Pourquoi ? :??:

Message cité 1 fois
Message édité par Rasthor le 21-07-2016 à 11:29:01

Oceanborn

the veggie boy a écrit :

Tout est négociable.
Parfois faut un peu bosser en secret sur un truc, et venir avec un beau résultat auprès des chefs pour qu'ils acceptent que tu continues là-dessus alors qu'ils auraient pas accepté si tu avais annoncé l'idée à la base.
C'est un peu comme ça que j'ai fait du machine learning sur un de mes papiers.

Pour ce qui est software development, si y'a bien un domaine qui ne respecte pas de bonnes pratiques là-dedans, c'est la recherche. Impose toi à toi-même des règles strictes dès le départ, fous tout sur github, etc. C'est pas facile de s'y tenir, surtout si tu es le seul bioinfo du labo, mais ça vaut la peine.

Très à la mode la méthylation :jap: (ce qui est à la fois positif et négatif, comme tous les sujets à la mode)

Merci pour les infos. :jap:

Ayrin a écrit :

Tu demandes quoi de plus ? [:cosmoschtroumpf]

Oui, l'endroit est top pour une thèse. Je vais me laisser quelques semaines pour réfléchir, mais je suis globalement bien parti pour revenir oui! C'était juste pas dans mes plans quand j'ai commencé ma reconversion. [:joce]

Message cité 1 fois

Ayrin

Miaou

Oceanborn a écrit :

En même temps, tes plans de départ n'incluaient même pas la bioinfo jusqu'à qu'HFR ne soit là pour te guider

merlin_67

Arrangeur d'angles farfelus

Rasthor a écrit :

Pourquoi ? :??:

on voudrait qq'un de pro actif sur la rédaction d'articles, et également, il y aura bcp d'interactions avec des labos européens (c'est dans le cadre d'un H2020). J'ai dit anglophone, pas "anglais"

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Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.

the veggie boy

Mammy

merlin_67 a écrit :

tu pourras à l'occaze m'envoyer en mp les coord de ton labo ? On serait à la recherche d'un anglophone pour un postdoc de 2,5 ans en bioinfo [:barracus:3]

In which country is your lab?

Message cité 1 fois

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blacklist

merlin_67

Arrangeur d'angles farfelus

the veggie boy a écrit :

In which country is your lab?

in France of course [:moonzoid:2]

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Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.

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Rasthor

http://www.sciencemag.org/news/201 [...] -materials

Sympa la video.

the veggie boy

Mammy

Reçu à l'instant sur une mailing-list bioinfo:

Citation :

Dear All

I’m delighted to invite you to a conference I help organise every year, blabla blabla, with speakers who use the latest genomic technologies to tackle problems from across the life sciences:

We have sessions on:

Bioinformatics and Computational genomics
Clinical and translational genomics
Environmental genomics
Developmental biology
Genome engineering and synthetic biology (NEW this year)
Microbial genomics
New Technologies, incl. highlight single cell genomics
Plant and animal genomics
Vendor sessions
Science Communication
Career development/opportunities

Speakers include:

Speaker 1
Speaker 2
Speaker 3
Speaker 4
Speaker 5
Speaker 6
Speaker 7
Speaker 8

And many many more!

I look forward to seeing you there!

Cheers

Citation :

Dear Organisers
Looks like an interesting meeting. Why do you send an email advertising it with just eight male speakers highlighted. I looked on the website and there are a number of women speakers too. This attitude is offensive and off-putting for many scientists and people in general. I decided not to tweet about it, but perhaps I should to make you think more carefully next time. You could even make some amends by sending out a new email and pointing out your initial unthinking bias.

[:lynk] [:lynk] [:lynk]

Message cité 1 fois

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blacklist

Kirby_Bros

the veggie boy a écrit :

Reçu à l'instant sur une mailing-list bioinfo:

Citation :

Dear All

I’m delighted to invite you to a conference I help organise every year, blabla blabla, with speakers who use the latest genomic technologies to tackle problems from across the life sciences:

We have sessions on:

Bioinformatics and Computational genomics
Clinical and translational genomics
Environmental genomics
Developmental biology
Genome engineering and synthetic biology (NEW this year)
Microbial genomics
New Technologies, incl. highlight single cell genomics
Plant and animal genomics
Vendor sessions
Science Communication
Career development/opportunities

Speakers include:

Speaker 1
Speaker 2
Speaker 3
Speaker 4
Speaker 5
Speaker 6
Speaker 7
Speaker 8

And many many more!

I look forward to seeing you there!

Cheers

Citation :

[:lynk] [:lynk] [:lynk]

Aaaaaaah putain ce que ça peut me gonfler ça en tant que meuf de passer pour la vieille victime. La je suis en meeting en Europe (euro evo devo) y'a plein de nanas et personne n'essaye de nous enrôler dans des sections style alcooliques anonymes women in science ou on discute pendant des heures de l'oppression patriarcale (vécu). Plus marrant aussi de se faire dragouiller le soir à 2gr plutôt que de rester dans une espèce de rapport asexué hypocrite parce que les mecs en face (ou les filles d'ailleurs) n'en pensent pas moins.

Mais oui sacré potentiel pop corn pour ce genre de mail.

Ayrin

Miaou

Parce qu'on ne s'en lasse pas

Oceanborn

merlin_67 a écrit :

tu pourras à l'occaze m'envoyer en mp les coord de ton labo ? On serait à la recherche d'un anglophone pour un postdoc de 2,5 ans en bioinfo [:barracus:3]

C'est une pratique courante ca de recruter des PhD dans d'autres labos? Ca se passe comment, mail direct au supervisor? Pas de risque que ca soit mal interprete par mes supervisors?
(Juste pour savoir hein, je connais pas encore toutes les pratiques de l'academique :jap: )

Message cité 2 fois

Rasthor

Oceanborn a écrit :

C'est une pratique courante ca de recruter des PhD dans d'autres labos? Ca se passe comment, mail direct au supervisor? Pas de risque que ca soit mal interprete par mes supervisors?
(Juste pour savoir hein, je connais pas encore toutes les pratiques de l'academique :jap: )

Des PhD qui sont deja en these dans d'autres labo ? Oui, c'est pas terrible comme pratique.

Mais si c'est des etudiants de masters, aucun soucis. Tu envoies ton annonces a leur superviseur pour demander a transmettre plus loin. Il va peut-etre envoyer sur la mailing-list du departement.

Oceanborn

Je faisais reference au recrutement de PhD pour des post-docs (cf le poste de Merlin que je quotais). :jap:

teepodavignon

Sheraf.

Bonjour,
J'ai une question concernant la résistance des bactéries. Le transfert de gène horizontal peut propager une résistance, mais est-il possible qu'une vieille souche faible pollue le capital génétique d'une autre bactérie résistante par le même mécanisme ?
Je connais mal le mécanisme exacte du phénomène je sais pas si ça fait sens.

Message édité par teepodavignon le 03-08-2016 à 14:04:49

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Laurent est mon fils.

Rasthor

En ce jeudi 4 août, j'annonce officiellement la fin de ma poursuite d'une carrière académique. :hello:
Je vais trouver autre chose a faire, mais ailleurs.

Message cité 2 fois

the veggie boy

Mammy

Rasthor a écrit :

En ce jeudi 4 août, j'annonce officiellement la fin de ma poursuite d'une carrière académique. :hello:
Je vais trouver autre chose a faire, mais ailleurs.

:sweat: :hello:

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blacklist

syr01

Hystérie connective

Je te souhaite de trouver rapidement :jap:

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\o/ Haut-fait "Première Page" achevé le 28-05-2011 \o/

epsiloneridani

Modérateur

Rasthor a écrit :

En ce jeudi 4 août, j'annonce officiellement la fin de ma poursuite d'une carrière académique. :hello:
Je vais trouver autre chose a faire, mais ailleurs.

"Autre chose" mais tu restes en R&D ou tu vas voir ailleurs ?

Message cité 1 fois

Kirby_Bros

J'espère que tu trouveras un truc qui te plait. Franchement de ce que je vois autour de moi, j'ai plein de potes qui ont switché et qui s'éclatent (avec de la thune en prime ).

Rasthor

epsiloneridani a écrit :

"Autre chose" mais tu restes en R&D ou tu vas voir ailleurs ?

N'importe quoi qui ne soit pas base sur des impact factors, du nombre de publications dans Science-Nature-Peche-et-Tradition, de la somme de grants ~~gaspillee~~ accumulee ou de devoir lecher le cul de what-mille personne du comite de recherche.

J'en ai ma claque. Mon but final est de vivre en Suisse, mais le pays est trop compétitif pour moi niveau académique (et trop petit), surtout que mon domaine de recherche trop peu intéressant. Je vais donc essayer de switcher vers l'industrie. La ou je suis en UK, il y a en a beaucoup, j'espere trouver un poste et me faire une place dans ce milieu.

J'ai fait une erreur de partir a l'etranger. Ca m'a permis de voir d'autres chose, mais niveau carriere long terme (et donc finances), ce ne fut clairement pas une bonne idee.

Un recent article de Nature en parle:
http://www.nature.com/naturejobs/s [...] j7611-313a

Citation :

Planting roots

Another downside: the time that it takes to adjust to unfamiliar surroundings can negatively affect work performance, says physicist Philip Moriarty, who completed his undergraduate degree and PhD at Dublin City University before moving for a postdoc to Nottingham, where he is now. As a principal investigator, Moriarty values postdocs who stay around long enough to give his research group a sense of continuity. From a stable position, he adds, scientists can still expand their horizons with extended lab visits, workshops and conferences.

“It's not a particularly conducive environment for a postdoc to do their best work if they're worrying all the time about where the next position will be and having to drag their families across the world,” he says. “If you stay in the same place, you can build on your previous work and establish yourself as a truly independent researcher in a more sustained way than you can if you're moving from post to post.”

Message édité par Rasthor le 04-08-2016 à 23:34:59

merlin_67

Arrangeur d'angles farfelus

Oceanborn a écrit :

le gars finit son phd, doit publier en post doc... c'est du win-win... [:cosmoschtroumpf]
encore plus si tu peux créer des liens entre les deux labos [:pdbzombifiay:3]

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Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.

the veggie boy

Mammy

C'est encore chaud...

http://www.nature.com/nature/journ [...] 19057.html :pt1cable:

Et les "petits" papiers déjà basés dessus qui sortent en même temps :

http://www.nature.com/ng/journal/v [...] .3638.html
http://www.nature.com/gim/journal/ [...] 1690a.html

La db : http://exac.broadinstitute.org/

:jap:

(pendant ce temps, j'attends que le petit article où je suis milieu-t-ième auteur et où on a séquencé 10 exomes d'une obscure famille consanguine soit publié :sweat: )

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blacklist

Rasthor

Hard Things a PI Must Do:
http://mistressoftheanimals.scient [...] i-must-do/

_tchip_

j'ai le neveu de ma copine qui a un microscope et qui aime bien l'utiliser. J'ai accès à un labo de chimie pour l'achat de colorants et je sais aussi qu'on peut faire des expériences de révélations spécifiques par coloration sur certains organismes. Est ce que vous avez des exemples ou des endroits qui en compile pour faire un peu de science amusante sur la structure des cellules (à pas trop petite échelle non plus, je suis pas sur de pouvoir observer une division cellulaire)?

Message édité par _tchip_ le 23-08-2016 à 13:46:52

---------------
J'adore la France, dans 20-30 ans y en aura plus.

syr01

Hystérie connective

La coloration au rouge neutre ou au bleu de methylène sur l'oignon, c'est un des premiers trucs appris en TP

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\o/ Haut-fait "Première Page" achevé le 28-05-2011 \o/

bomberm4n

grumpf ?

:hello: Vous avez des livres à conseiller pour découvrir la génétique ?

Bon c'est sans doute un peu vague comme question mais disons que la bioinformatique est éventuellement un domaine qui m'intéresse et vu que je n'ai qu'un background académique en informatique il me manque tout ce qui est biologie/génétique

Message cité 1 fois
Message édité par bomberm4n le 29-08-2016 à 18:58:03

---------------
graaah !

Rasthor

bomberm4n a écrit :

:hello: Vous avez des livres à conseiller pour découvrir la génétique ?

Bon c'est sans doute un peu vague comme question mais disons que la bioinformatique est éventuellement un domaine qui m'intéresse et vu que je n'ai qu'un background académique en informatique il me manque tout ce qui est biologie/génétique

En Anglais il y a celui qui est pas mal, meme s'il date:

Fundamentals of Molecular Evolution 2nd (second) Edition by Graur, Dan, Li , Wen-Hsiung published by Sinauer Associates (1999) Paperback

bomberm4n

grumpf ?

Meurci :jap: (Pour être sûr, il est compréhensible pour les gros noobs dans le domaine ?)

Message cité 1 fois

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graaah !

Rasthor

bomberm4n a écrit :

Meurci :jap: (Pour être sûr, il est compréhensible pour les gros noobs dans le domaine ?)

Y'a beaucoup de matiere on va dire. Mais ca part du debut.

bomberm4n

grumpf ?

Bon ben j'ai trouvé le livre d'occase à moins de 10€ sur Mamazon donc va pour ça [:barracus:3]

---------------
graaah !

Aragorn Le Rouge

Après si tu as des questions hésite pas à utiliser ce topic

---------------
@avd.racing The margin between success and drama is fractional. - Jacky Ickx

Rasthor

http://www.lemonde.fr/sciences/art [...] 50684.html

Citation :

Les plus anciennes traces de vie découvertes au Groenland

Sacré coup de vieux pour l’origine de la vie sur Terre. Des géologues australiens viennent de découvrir au Groenland des traces d’une activité microbienne remontant à 3,7 milliards d’années, soit 200 millions d’années de plus que les records précédents trouvés dans des roches d’Australie ou d’Afrique du Sud. Et 800 millions d’années environ seulement après la formation de la planète.

Rasthor

L'ombre de Voinnet planne encore. [:woo]

Institutions in France and Switzerland are investigating figures in several molecular biology papers, according to a joint press release published today.
http://retractionwatch.com/2016/09 [...] l-we-know/

Citation :

According to Swiss daily NZZ, O. Voinnet is “not at the center of the investigation, but is involved as a co-author of the publications in question”. The new investigations were initiated when discrepancies came to light in the course of corrective work performed on Voinnets publications. (http://www.nzz.ch/zuerich/aktuell/faelschungsvorwuerfe-in-mikrobiologie-eth-untersucht-fachpublikationen-ld.115622)

Message cité 1 fois
Message édité par Rasthor le 09-09-2016 à 09:15:59

epsiloneridani

Modérateur

Rasthor a écrit :

L'ombre de Voinnet planne encore. [:woo]

Institutions in France and Switzerland are investigating figures in several molecular biology papers, according to a joint press release published today.
http://retractionwatch.com/2016/09 [...] l-we-know/

Citation :

Limite il faudrait rétracter toutes ses publis, on gagnerait du temps. Heureusement que je n'ai jamais copublié avec lui [:the coli:5]

Message cité 1 fois

merlin_67

Arrangeur d'angles farfelus

epsiloneridani a écrit :

Limite il faudrait rétracter toutes ses publis, on gagnerait du temps. Heureusement que je n'ai jamais copublié avec lui [:the coli:5]

on sait ce qu'il devient ?

Message cité 2 fois

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Les vers de terre s'enfoncent dans le sol pour ne pas tomber amoureux des étoiles.

epsiloneridani

Modérateur

merlin_67 a écrit :

on sait ce qu'il devient ?

Il me semble qu'il a été suspendu à titre temporaire par le CNRS et par Zürich. Je suppose ou plutôt j'espère qu'une exclusion définitive sera prononcée une fois l'enquête bouclée, rien qu'avec ce qui est prouvé il devrait être exclu du monde scientifique.

Message cité 1 fois

Rasthor

merlin_67 a écrit :

on sait ce qu'il devient ?

Malade aux dernieres nouvelles, mais ca date d'avril 2016:
https://forbetterscience.wordpress. [...] ic-elites/

Citation :

Olivier Voinnet, the disgraced former star plant scientist and professor at ETH Zürich, is apparently on extended sick leave, his lab members have been redistributed to other research groups inside the faculty. This I learned from several independent sources, which made the information sufficiently reliable to share here.

Soupçons de manipulations à l'EPFZ et au CNRS
SciencesDes doutes sont apparus concernant des figures et graphiques dans plusieurs publications dans la biologie moléculaire.
http://www.tdg.ch/savoirs/sciences [...] y/25205242

Citation :

Au cours des dernières semaines, des doutes sérieux sont apparus concernant des figures et graphiques dans plusieurs publications du domaine de la biologie moléculaire, écrivent l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich et le Centre national de la recherche scientifique à Strasbourg. Le chercheur français Olivier Voinnet, mis en cause l'an dernier, est le co-auteur de ces publications.

Les deux hautes écoles précisent toutefois que le Français ne figure pas au centre de l'enquête à venir. Ce biologiste de l'ARN avait reçu un avertissement pour avoir enfreint son devoir de vigilance. Des illustrations accompagnant ses conclusions avaient été manipulées dans plusieurs publications.

Comment vous interprétez ces deux phrases ?

Et golden facepalm:

Citation :

enfreint son devoir de vigilance

[:rofl] [:rofl] [:rofl]

Message cité 1 fois
Message édité par Rasthor le 09-09-2016 à 10:27:08

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