En gros, tu veux qu'un user récupère le .bat, le lance une fois et que celui-ci se lance ensuite seul à chaque "démarrage". C'est ça ?
Et bien dans ton .bat, tu mets au début une vérification de son existence dans le dossier mentionné plus haut (if exist ...) et si ce n'est pas le cas, tu copies le fichier .bat récupéré par l'utilisateur dans ce dossier (copy ...)
PS : mis dans le dossier "démarrage" des "All users", le script s'exécutera dès qu'un user ouvrira sa session.